Trên nền tảng những biện pháp đó, trong những năm qua, ngành Thuế đã có nhiều cố gắng trong việc đấu tranh chống chuyển giá, mà trọng tâm là chống chuyển giá đối với các doanh nghiệp FDI. Một trong những biện pháp quan trọng trong thực tiễn chống chuyển giá đối với các doanh nghiệp FDI là tập trung thanh tra các doanh nghiệp liên tục kê khai lỗ kéo dài mà vẫn đầu tư mở rộng sản xuất, kinh doanh. Qua thanh tra bước đầu đã phát hiện những doanh nghiệp có dấu hiệu chuyển giá để tiến hành đấu tranh đảm bảo xác định lại giá chuyển giao theo quy định của pháp luật. Trong một số trường hợp, ngành Thuế đã thực hiện nhiều biện pháp nhằm xác định đúng giá trị giao dịch, chẳng hạn như phối hợp với các cơ quan chức năng như công an, tài chính; phối hợp với cơ quan thuế các nước để nắm bắt thông tin về giao dịch kinh tế của các doanh nghiệp...
Báo cáo tổng kết công tác thuế năm 2010 của Tổng cục Thuế cho biết: “Trong năm 2010 đã thanh tra, kiểm tra thuế tại các doanh nghiệp sản xuất, lắp ráp ôtô, các doanh nghiệp sản xuất, kinh doanh chè tại Lâm Đồng..., truy thu 133,4 tỷ đồng, giảm lỗ hơn 1.400 tỷ đồng”. Hay Tổng cục Thuế Đồng Nai cũng truy thu công ty thuốc lá Bat – Vinataba khoảng 354 tỷ đồng do không đạt đủ các yêu cầu về miễn giảm thuế. Tập đoàn Bảo Long phải chịu thuế cộng với số tiền phạt lên tới 1,9 tỷ. Tất nhiên, không phải toàn bộ số lỗ được xác định giảm và số thuế truy thu đều là kết quả của hoạt động đấu tranh chống chuyển giá, mà một phần là kết quả của việc phát hiện các hành vi trốn thuế khác, song trong đó, đã có những kết quả bước đầu của hoạt động đấu tranh chống chuyển giá. Điển hình là trường hợp các doanh nghiệp FDI sản xuất, kinh doanh chè ở Lâm Đồng. Báo cáo tham luận của Cục thuế Lâm Đồng tại Hội nghị tổng kết công tác thanh tra, kiểm tra thuế năm 2010 cho biết: Theo báo cáo tài chính và quyết toán thuế đã được kiểm toán của 17 doanh nghiệp FDI sản xuất, kinh doanh chế biến chè thì sản lượng chè xuất khẩu năm 2009 là 1.522 tấn, doanh thu là 105 tỷ đồng với giá bán xuất khẩu từ 2,8 – 4 USD/kg chè thành phẩm dẫn đến số lỗ năm 2009 là 63,68 tỷ đồng; số lỗ lũy kế đến 31/12/2009 là 317 tỷ đồng. Trong đó, nhiều đơn vị đã lỗ gần hết số vốn đầu tư hoặc vượt hơn số vốn đầu tư. Bằng việc thực hiện nghiêm túc quy trình nghiệp về kiểm tra thuế tại cơ quan thuế, Cục thuế Lâm Đồng nhận thấy, với giá chè búp tươi là 35.000 đồng/kg và định mức tiêu hao 5 kg chè tươi được 1 kg chè olong thành phẩm thì giá thành nguyên liệu chính là 175.000 đồng/kg. Trong khi đó, giá xuất khẩu quy ra tiền Việt Nam chỉ là 64.580 đồng/kg.
Với nhận định về dấu hiệu chuyển giá ở các doanh nghiệp này, cơ quan thuế đã thực hiện hàng loạt các nghiệp vụ thanh tra theo quy định của pháp luật như: khảo sát thực tế; thu thập thông tin (từ các tổ chức cá nhân là đối tác mua hàng, bán hàng; từ nhân viên đã từng làm việc tại các doanh nghiệp này; từ các cơ quan nhà nước có liên quan như Hải quan, Sở Công thương...); tổ chức đối thoại với các doanh nghiệp có dấu hiệu chuyển giá và tiến hành kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp... Kết quả kiểm tra tại trụ sở các doanh nghiệp FDI này đã đi đến kết luận về hành vi chuyển giá của doanh nghiệp và xác định các doanh nghiệp này có lãi từ năm 2005 hoặc 2006 và phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của pháp luật.