Qua nhiều nghiên cứu cho thấy rằng tính chống chịu mặn xảy ra ở giai đoạn hạt nảy mầm, sau đó trở nên rất mẫn cảm ở giai đoạn mạ (tuổi 2-3 lá), rồi trở nên chống chịu ở giai đoạn tăng trưởng, tiếp theo là nhiễm trong thời kỳ thụ phấn, thụ tinh và cuối cùng thể hiện tính chống chịu trong thời kỳ hạt chín (Pearson và ctv, 1966). Còn theo Kaddah và ctv. (1975), ghi nhận rằng ở giai đoạn trổ lúa không bị mẫn cảm với stress do mặn.
Hiện tượng bị nhiễm mặn phần lớn do sự hấp thu một lượng quá thừa Sodium, dẫn đến mất cân bằng giữa Na+
và K+ trong cây. Mà ion K+ là thành phần không thể thiếu của nhiều loại enzim cần thiết cho sự quang hợp và hô hấp. Theo Lê Văn Hòa và Nguyễn Bảo Toàn (2004), thì K+
còn được biết đến trong việc điều tiết khí khẩu, là cơ chế chính kiểm soát chế độ nước của cây, cũng như thế năng thẩm thấu trong không bào, duy trì hàm lượng nước trong mô cao ngay cả khi ở trong điều kiện hạn.
Theo Yeo và Flower (1984) được trích bởi Bùi Chí Bửu và Nguyễn Thị Lang (2003) đã tổng kết cơ chế chống chịu mặn của cây lúa theo từng nội dung như sau: • Hiện tượng ngăn chận muối - Cây không hấp thu một lượng muối dư thừa nhờ hiện tượng hấp thu có chọn lọc
• Hiện tượng tái hấp thu - Cây hấp thu một lượng muối thừa nhưng được tái hấp thu trong mô libe. Na+ không chuyển vị đến chồi thân
• Chuyển vị từ rễ đến chồi -Tính trạng chống chịu mặn được phối hợp với một mức độ cao về điện phân ở rễ lúa, và mức độ thấp về điện phân ở chồi, làm cho sự chuyển vị Na+ trở nên ít hơn từ rễ đến chồi
• Hiện tượng ngăn cách từ lá đến lá - Lượng muối dư thừa được chuyển từ lá non sang lá già, muối được định vị tại lá già không có chức năng, không thể chuyển ngược lại.
• Chống chịu ở mô - Cây hấp thu muối và được ngăn cách trong các không bào (vacuoles) của lá, làm giảm ảnh hưởng độc hại của muối đối với hoạt động sinh trưởng của cây
• Ảnh hưởng pha loãng - Cây hấp thu muối nhưng sẽ làm loãng nồng độ muối nhờ tăng cường tốc độ phát triển nhanh và gia tăng hàm lượng nước trong chồi.