* Nguyên nhân khách quan
Các thị trường nhập khẩu thủy sản của Việt Nam rất quan tâm tới chất lượng sản phẩm, người tiêu dùng ưa thích các sản phẩm thủy sản tươi ngon, chất lượng tốt xong mỗi quốc gia, mỗi vùng lãnh thổ lại có tập quán tiêu dùng riêng nên đã đặt ra những quy định riêng về sản phẩm thủy sản nhập khẩu. Trước những yêu cầu khắt khe về chất lượng và vệ sinh an toàn thực phẩm, để được đảm bảo có thể xuất khẩu và các lô hàng không bị trả lại Việt Nam phải thuê các chuyên gia thẩm định, chi phí thuê rất tốn kém mà giá xuất khẩu lại ở mức thấp nên không phải lô hàng nào xuất khẩu cũng được kiểm duyệt kỹ. Các nước nhập khẩu hàng thủy sản của Việt Nam ngày càng sử dụng các rào cản một cách tinh vi hơn, các vụ kiện chống bán phá giá ngày càng trở lên phổ biến hơn trong khi đội ngũ cán bộ quản lý vẫn còn thiếu kinh nghiệm trong các vụ giải quyết Tranh chấp nên thường bị thua thiệt. Thêm vào đó hàng năm Việt Nam phải đối mặt với nhiều thiên tai: lũ lụt, bão ở miền Trung. Điều này trực tiếp ảnh hưởng tới hoạt động nuôi trồng và đánh bắt bão ở miền Trung. Điều này trực tiếp ảnh hưởng tới hoạt động nuôi trồng và đánh bắt thủy sản của Việt Nam dẫn tới tình trạng thiếu nguyên liệu chế biến phục vụ cho hoạt động xuất khẩu phải nhập khẩu nguyên liệu từ bên ngoài. Bên cạnh đó, các DN còn chịu sự cạnh Tranh không lành mạnh, kinh doanh kiểu chộp giật, nên bị đối tác lợi dụng đưa giá xuất khẩu xuống mức quá thấp với chất lượng thấp (tỷ lệ mạ băng cao, dùng hóa chất giữ nước...) không những làm tổn hại đến hiệu quả và lợi ích của người nuôi cá mà còn ảnh hưởng đến uy tín của cá Tra Việt Nam, tạo cớ cho những thông tin không tốt của báo chí các nước, dẫn đến nguy cơ làm mất thị trường nhập khẩu.
* Nguyên nhân chủ quan
Nguồn nguyên liệu cho chế biến xuất khẩu còn bị thiếu trầm trọng, các nhà máy chế biến mới chỉ sử dụng hết 60-70% công suất, nguồn nguyên liệu phụ thuộc hoàn toàn vào tự nhiên, do đó ảnh hưởng đến sản phẩm chế biến cho xuất khẩu. Việc quy hoạch vùng nguyên liệu luôn bị phá vỡ bởi tư duy sản xuất theo phong trào của nhà nông. Việc cấp phép xây dựng nhà máy chế biến thuỷ sản không tính đến vùng nguyên liệu của các địa phương đã gây lãng phí lớn, mất cân bằng cung – cầu, tất cả các nhà máy chế biến thuỷ sản khu vực Đồng bằng sông Cửu Long chỉ hoạt động cầm chừng, khoảng 30-50% công suất thiết kế, do thiếu nguyên liệu. Trình độ khoa học công nghệ và cơ sở hạ tầng của Việt Nam dù đã được cải thiện nhưng vẫn còn yếu kém, thiếu kinh nghiệm trong quản lý khiến cho lợi thế so sánh trong xuất khẩu thủy sản không đạt được hiệu quả mong muốn vì quá thấp. Quy trình sản xuất nguyên liệu chưa tuân thủ tiêu chuẩn Global GAP (sản xuất nông nghiệp theo tiêu chuẩn quốc tế). Trong khi các thị trường lớn của thuỷ sản Việt Nam coi đây là điều kiện tiên quyết để nhập khẩu mặt hàng này.
Vấn đề môi trường chưa được quan tâm đúng mức, cả ở vùng sản xuất nguyên liệu cũng như ở nhà máy chế biến. Điều này dẫn tới chất lượng thủy sản không được đảm bảo, không đáp ứng được yêu cầu của các nhà nhập khẩu.
Hầu hết các DN xuất khẩu sản phẩm thuỷ sản thiếu hiểu biết về luật pháp quốc tế và pháp luật thị trường cũng như các nhà nông không nắm bắt được các yêu cầu và quy định về chất lượng, nguồn gốc thủy sản, nhiều ngư dân còn bỡ ngỡ với những quy đinh mới (như quy định IUU năm 2010 của EU) dẫn tới tình trạng sản phẩm thủy sản không được nhập khẩu và bị trả lại do không đúng yêu cầu gây thiệt hại cho các DN cũng như các ngư dân. Giữa người nuôi với người chế biến chưa có sự liên kết chặt chẽ nên việc phân chia lợi ích trong chuỗi giá trị từ sản xuất đến xuất khẩu không hài hoà.
Cạnh Tranh không lành mạnh giữa các DN xuất khẩu trong nước, thay vì cạnh Tranh bằng chất lượng thì nhiều DN canh Tranh về giá, họ mua những nguyên liệu không đảm bảo, chất lượng kém để chế biến sau đó bán với giá thâp dẫn đến bán phá giá. Điều này đã tạo cơ hội cho các DN các nước cạnh Tranh bôi nhọ sản phẩm thủy sản xuất khẩu của Việt Nam sang một số thị trường ở EU và thị trường khác.
Cơ quan quản lý nhà nước về thủy sản từ trung ương tới địa phương còn ít về số lượng, đội ngũ cán bộ công chức còn hạn chế về chất lượng. Còn tồn tại nhiều văn bản quản lý của ngành thiếu định hướng quy hoạch và hỗ trợ cần thiết cho các DN và ngư dân trong ngành. Sự quản lý chưa chặt chẽ trong khi tình trạng bơm chích tạp chất vào nguyên liệu và kinh doanh nguyên liệu thủy sản có tạp chất vẫn đang tồn tại dai dẳng và khó bị phát hiện do các đối tượng tiêm chích tạp chất đã sử dụng nhiều biện pháp tinh vi hơn đã gây khó khăn cho các DN trong việc tìm kiếm nguồn nguyên liệu đáp ứng tiêu chuẩn ATVSTP.
Môi trường xuất nhập khẩu và kinh doanh cho các DN dù đã được cải thiện nhiều trong thời gian qua nhưng vẫn chưa thực sự đáp ứng được mong mỏi của các DN nhất là trong điều kiện hội nhập kinh tế quốc tế. Các thủ tục về xuất nhập khẩu và đầu tư còn rườm rà, nhiều chi phí tiêu cực phát sinh làm tăng chi phía sản xuất.
Ngành thủy sản còn thiếu chiến lược về xây dựng và phát triển nguồn nhân lực trong lĩnh vực khai thác, nuôi trồng, chế biến còn thiếu nhiều kỹ sư giỏi và đội ngũ công nhân có tay nghề. Tình trạng thiếu thầy và thợ diễn ra phổ biến gây cản trở cho việc sản xuất hàng thủy sản xuất khẩu.