Các chủng PCV2 ựược lựa chọn ựể giải trình tự trong nghiên cứu này có thông tin tóm tắt như trình bày ở bảng 3.6
Bảng 3.6. Thông tin PCV2 ựược sử dụng ựể giải trình tự gen
TT Kắ hiệu Mẫu* Năm Cluster Triệu chứng ựiển hình
1 P2425NT Bệnh phẩm 2008 1C N/A
2 P473BY Bệnh phẩm 2009 Tái tổ hợp N/A 3 P477LG Bệnh phẩm 2009 Tái tổ hợp N/A 4 P485YH Bệnh phẩm 2009 Tái tổ hợp N/A 5 P624LB Bệnh phẩm 2009 Tái tổ hợp N/A 6 P789NH Bệnh phẩm 2010 Tái tổ hợp N/A 7 P902NH Bệnh phẩm 2010 Tái tổ hợp N/A
8 BG0_1 Bệnh phẩm 2011 Tái tổ hợp Còi cọc
9 BG0_2 Bệnh phẩm 2011 Tái tổ hợp Tiêu chảy, viêm da 10 BG0_3 Bệnh phẩm 2011 Tái tổ hợp Khó thở, viêm khớp 11 BG0_5 Bệnh phẩm 2011 Tái tổ hợp Triệu chứng thần kinh,
hô hấp
12 Han13_4 Bệnh phẩm 2011 Tái tổ hợp Còi cọc, khó thở 13 Han6_12 Bệnh phẩm 2011 Tái tổ hợp Khó thở
14 Han6_13 Bệnh phẩm 2011 Tái tổ hợp Khó thở
15 HB1_4 Huyết thanh 2011 Tái tổ hợp Không ựiển hình 16 HB1_6 Huyết thanh 2011 Tái tổ hợp Không ựiển hình 17 HD1_9 Huyết thanh 2011 Tái tổ hợp Tiêu chảy, viêm da 18 HN1 Bệnh phẩm 2011 Tái tổ hợp Còi cọc, khó thở 19 TN1_1 Bệnh phẩm 2011 Tái tổ hợp Viêm da, mắc PRRS 20 TN4_1 Bệnh phẩm 2011 Tái tổ hợp Viêm da, mắc PRRS 21 TN4_M1 Bệnh phẩm 2011 Tái tổ hợp Viêm da, mắc PRRS 22 TN4_M2 Bệnh phẩm 2011 Tái tổ hợp Viêm da, mắc PRRS 23 TN5_3 Bệnh phẩm 2011 Tái tổ hợp PRRS
24 Han0_3 Huyết thanh 2011 1A/1B Khó thở, tiêu chảy 25 Han0_4 Huyết thanh 2011 1A/1B Khó thở, tiêu chảy 26 Han14 Bệnh phẩm 2011 1A/1B Còi cọc, viêm da 27 HB1_1 Huyết thanh 2011 1A/1B Không ựiển hình 28 HB2 Bệnh phẩm 2011 1A/1B Khó thở, còi cọc
29 HD1_1 Huyết thanh 2011 1A/1B Tiêu chảy, viêm da 30 Han8 Bệnh phẩm 2011 1C Dịch tả lợn
31 BG01 Bệnh phẩm 2012 Tái tổ hợp Khó thở, còi cọc 32 BG58 Bệnh phẩm 2012 1A/1B Khó thở, còi cọc 33 BG63_1 Bệnh phẩm 2012 1C Còi cọc, viêm da 34 BG63_4 Bệnh phẩm 2012 Tái tổ hợp Còi cọc, tiêu chảy 35 Han27_1 Bệnh phẩm 2012 Tái tổ hợp Còi cọc, viêm da 36 Han27_4 Bệnh phẩm 2012 Tái tổ hợp Tiêu chảy, khó thở 37 Han28_1 Bệnh phẩm 2012 1C Tiêu chảy, khó thở 38 Han29 Bệnh phẩm 2012 1A/1B Còi cọc, viêm da 39 HD45_1 Bệnh phẩm 2012 Tái tổ hợp Còi cọc
40 HD45_2 Bệnh phẩm 2012 Tái tổ hợp Khó thở, viêm khớp *Mẫu lấy gồm hạch lympho, gan, lách, phổi, thận, tim
N/A: không có thông tin
Kết quả phân tắch cho thấy kắch thước genome của các chủng PCV2 lưu hành ở Việt Nam là 1.767 nucleotide. Kắch thước gen mã hóa protein sao chép ựược xác ựịnh gồm 945 nucleotide. Tuy nhiên, kắch thước gen mã hóa capsid protein dao ựộng từ 702 ựến 705 nucleotide. Mức tương ựồng nucleotide giữa các chủng ựược giải trình tự dao ựộng từ 97,3% - 100% (ựối với gen mã hóa protein sao chép, ORF1) và từ 92,2% - 100% (ựối với gen mã hóa capsid protein, ORF2).Kết quả phân tắch trình tự ựặc trưng genotype tại vị trắ 1469-1479 ựều chỉ ra rằng các chủng PCV2 trong nghiên cứu này thuộc genotype PCV2b, với motif ựặc trưng là CG/GGG/GTT/TGA hoặc AG/GGG/GTT/TGA (Cheung và cộng sự, 2007).