Quá trình thu mẫu cần thu mẫu định tính và mẫu định lượng ở các điểm điều tra dọc theo hệ thống suối trong khu vực nghiên cứu. Chọn điểm có thể thu được mẫu định lượng để thu trước sau đó mới tiến hành thu mẫu định tính để tránh làm ảnh hưởng đến chất lượng mẫu định lượng. Mau được thu theo phương pháp của Edmunds et al..(1976) và McCafferty (1983), Nguyễn Văn Vịnh (2003).
Thu mẫu định tính
Quá trình thu mẫu định tính bằng vợt ao (Pond net) và vợt cầm tay (Hand net).
Chúng tôi tiến hành thu mẫu bằng cách: đặt miệng vợt ngược dòng nước, dùng chân đạp phía trước vợt trong vòng vài phút (thu mẫu đạp nước). Ở nơi có nhiều bụi cây dùng vợt tay để thu mẫu. Ở những nơi đáy có đá lớn không thu mẫu đạp nước được thì nhấc đá và thu mẫu bám ở dưới bằng panh mềm để tránh làm nát mẫu. Thu mẫu định tính được thực hiện ở cả nơi nước chảy và nước
đứng. Ở nhiều nơi có cây bụi thủy sinh dùng vợt sục vào các cây bụi đó và các rễ cây ven bờ suối, ở những vùng nước nhỏ hoặc dòng chảy hẹp việc thu mẫu được tiến hành bằng vợt cầm tay.
Thu mẫu định lượng
Sử dụng lưới Surber (50cm X 50cm, kích thước mắt lưới 0,2mm) lấy 2 mẫu:một mẫu ở nơi nước đứng và một mẫu ở nơi nước chảy.
Mau sau khi thu được loại bỏ rác, làm sạch bùn đất. Do các cá thể côn trùng nước có cơ thể mềm, dễ nát nên thu mẫu phải nhẹ nhàng và nhặt qua mẫu ngay tại thực địa. Mau thu ngoài thực địa được bảo quản trong cồn 70°, ghi etiket đầy đủ và đem về lưu trữ, bảo quản, phân tích và định loại tại phòng thí nghiệm.