Cơ cấu tổ chức Thường trực UBND tỉnh nhiệm kì 2016-2021 gồm:
Chủ tịch: Đồng chí Đinh Văn Điến Các Phó Chủ tịch:
- Đồng chí Đinh Chung Phụng - Đồng chí Tống Quang Thìn - Đồng chí Nguyễn Ngọc Thạch
Các thành viên của UBND:
1. Đồng chí Nguyễn Ngọc Thạch - Chỉ huy trưởng Bộ Chỉ huy Quân sự tỉnh
2. Đồng chí Đinh Hoàng Dũng - Giám đốc Công an tỉnh 3. Đồng chí Bùi Hoàng Hà - Giám đốc Sở Nội vụ
4. Đồng chí Trần Song Tùng - Giám đốc Sở Tài chính
5. Đồng chí Nguyễn Cao Sơn - Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư 6. Đồng chí Phạm Thị Hồng - Giám đốc Sở Công thương
7. Đồng chí Lê Trọng Thành - Giám đốc Sở Giao thông Vận tải
8. Đồng chí Lâm Xuân Phương - Giám đốc Sở Lao động, Thương binh và Xã hội
9. Đồng chí Vũ Văn Kiểm - Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo
10. Đồng chí Bùi Thành Đông - Giám đốc Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch
11. Đồng chí Vũ Mạnh Dương - Giám đốc Sở Y tế
12. Đồng chí Vũ Đức Dũng - Giám đốc Sở Khoa học và Công nghệ 13. Đồng chí Trịnh Xuân Ba - Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường 14. Đồng chí Nguyễn Tất Tiến - Chánh Thanh tra tỉnh
15. Đồng chí Lâm Quang Toàn - Giám đốc Sở Thông tin và Truyền thông
16. Đồng chí Đinh Hồng Khanh - Giám đốc Sở Xây dựng 17. Đồng chí Nguyễn Hùng Tiến - Giám đốc Sở Tư pháp
18. Đồng chí Vũ Nam Tiến - Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn
19. Đồng chí Vũ Công Hoan - Chánh Văn phòng UBND tỉnh
Cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh Ninh Bình gồm:
+ Sở Công thương + Sở Giao thông vận tải + Sở Giáo dục và Đào tạo
+ Sở Khoa học và Công nghệ + Sở Kế hoạch và Đầu tư
+ Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn + Sở Nội vụ
+ Sở Lao động, Thương binh và Xã hội + Sở Tài chính
+ Sở Tài nguyên và Môi trường + Sở Thông tin và Truyền thông + Sở Tư pháp
+ Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch + Sở Y tế
+ Sở Xây dựng
+ Liên minh các Hợp tác xã
+ Ban quản lý các khu công nghiệp
+ Ban quản lý dự án các công trình trọng điểm + Đài Phát thanh – Truyền hình tỉnh
+ Thanh tra tỉnh
+ Trường Đại học Hoa Lư + Trường Chính trị tỉnh
+ BPGV ban Chỉ đạo PCTN
Cán bộ chuyên môn giúp việc Ủy ban nhân dân:
+ Trình độ chuyên môn: Trung cấp: 71.1%; cao đẳng và đại học: 11%; sơ cấp: 4,2%; còn lại là chưa qua đào tạo: 13,7% (chủ yếu là lực lượng cũ).
+ Trình độ văn hóa: trung học phổ thông: 94,04%; trung học cơ sở: 5,96%; không còn cán bộ chuyên môn có trình độ tiểu học.
+ Về độ tuổi: từ 46-60: 50,3%; từ 31-45: 40,5%, dưới 30 tuổi: 8,5%; trên 60 tuổi: 0,7%.
+ Được đào tạo về quản lý hành chính: 14,6%;
+ Biết ngoại ngữ: 8,4%; Biết sử dụng máy vi tính: 24,4%.