phức hệ 1 và 2
• Quang hợp hấp thụ năng lượng ánh sáng và chuyển thành năng lượng hóa học,hiệu quả trong điều kiện bình thường.
• Trong một số điều kiện, hệ thống không thể xử lý tất cả các năng lượng đến . Năng lượng dư thừa có thể dẫn đến sản xuất của các dạng độc hại và thiệt hại cho hệ thống. • Các sinh vật quang hợp có các quy định và tái cấu trúc cơ chế. Một số các cơ chế điều chỉnh lưu lượng năng lượng trong hệ thống ăng ten, để tránh bị kích thích quá mức của các trung tâm phản ứng và đảm bảo hai phức hệ được bình đẳng hướng.
Khi có các cơ chế bảo vệ và làm sạch thì thiệt hại cho bộ máy quang hợp vẫn diễn ra, và cần bổ sung cơ chế các loại oxi hoạt động để tiêu tan các hợp chất gây hại để sửa chữa
Có những chỉ dẫn là phần lớn sự thiệt hại của quang
hợp bắt nguồn từ chất nhận cuối cùng của các phức hệ chất nhận quinon, và cũng có thể nghịch lý vì quỷ đạo lớn là ở phía bên ôxi hóa của phức hệ 2 .
Nếu tỷ lệ sự thiệt hại của quang hợp là tương đối thấp, chu trình sửa chữa có thể theo kịp với nó, và hệ thống hoạt động ở gần hiệu quả tối đa.
Nếu tỷ lệ sự thiệt hại của quang hợp là cao hơn tỷ lệ sửa chữa, sau đó trung tâm phản ứng của phức hệ 2 hư
hỏng được tích lũy, và hệ thống biểu hiện các điều kiện của sự ức chế quang hợp , là một phức hệ phức tạp mà có thể có nguồn gốc từ phân tử khác nhau theo điều kiện khác nhau .
Trong điều kiện tối ưu, phức hệ 2 dễ bị ảnh hưởng hơn phức hệ 1 về sự thiệt hại trong quang hợp .
Các mối đe dọa lớn của phức hệ 1 đến từ loại ôxy hoạt động có thể được tạo ra từ sự tự oxi hoá của chất nhận ferredoxin.