được quy định trong luật KTNN chưa đủ đảm bảo tính độc lập của KTNN. Theo Điều 5, Khoản 3, Tuyên bố Lima “Sự tồn tại của cơ quan kiểm toán tối cao và mức độ độc lập cần thiết của nó cần phải được quy định trong hiến pháp; nội dung cụ thể hơn có thể xác định bằng những đạo luật đơn giản.” Trong Hiến pháp của Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam không có bất kỳ khoản mục nào quy định về KTNN; Như vậy có nghĩa tính độc lập của KTNN chưa thực sự được coi trọng và đề cao, làm yếu đi địa vị của nó so với các cơ quan nhà nước hoặc cơ quan hiến pháp khác.
- Ngoài ra, với vị trí là cơ quan chuyên môn của Quốc hội nên các báo cáo kiểm toán của KTNN mới chỉ tập trung vào đánh giá, xác nhận, kết luận và kiến nghị về những nội dung đã kiểm toán, mà chưa thể hiện được tính hiệu lực và giá trị pháp lý của các báo cáo này. Đây là một trong những nguyên nhân làm phát sinh chồng chéo, không rõ trách nhiệm, nghĩa vụ trong việc thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn thanh tra, kiểm tra có liên quan đến hoạt động quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước giữa Thanh tra tài chính, thanh tra Chính phủ và KTNN.
- Với số lượng KTVNN hiện nay thực hiện điều hành trực tuyến đôi khi lại cũng mang lại những bất lợi vì không thể trực tiếp chỉ huy các nhiệm vụ, hoạt động trực tiếp tới số lượng lớn các Kiểm toán viên như vậy.
quyết định; KTNN khu vực dù có tư cách pháp nhân, có con dấu, tài sản và trụ sở riêng nhưng lại không được quyền tự chủ trong hoạt động. Điều này làm ảnh hưởng lớn tới hoạt động của KTNN các khu vực, họ không có sự chủ động trong hoạt động của mình.
- Sự tha hóa về đạo đức nghề nghiệp của 1 số kiểm toán viên nhà nước mà nổi cộm lên trong năm vừa qua là vụ của 4 kiểm toán viên nhà nước: Nguyên Văn Quyên, Ngô Quang Đăng, Nguyễn Quang Thanh và Ngô Hồng Minh.