Các chế tài Xử lý vi phạm về thuế giá trị gia tăng là một công cụ sắc bén có vai trò quyết định đến hiệu quả của hoạt động quản lý thuế giá trị gia tăng cũng như quyết định sự tồn tại, phát triển của sắc thuế này. Tùy vào tính chất nguy hiểm của hành vi và hậu
quả tổn thất cho NSNN mà hành vi vi phạm pháp luật về Thuế GTGT gây ra, nó có thể chịu hình thức xử lý vi phạm hành chính hoặc chịu trách nhiệm hình sự.
Hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế giá trị gia tăng là hành vi do tổ chức, cá nhân thực hiện một cách cố ý hoặc vô ý xâm phạm đến các lợi ích mà Luật thuế giá trị gia tăng bảo vệ nhưng chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự và theo quy định của pháp luật phải bị xử phạt vi phạm hành chính.
Nguyên tắc xử lý vi phạm hành chính về thuế giá trị gia tăng: Nguyên tắc pháp chế; Mọi vi phạm hành chính phải được phát hiện kịp thời, xử lý công minh, nhanh chóng theo đúng pháp luật; Nguyên tắc bình đẳng, công khai, nhân đạo trong xử lý vi phạm hành chính về thuế giá trị gia tăng
Các hành vi vi phạm hành chính về thuế giá trị gia tăng: Hành vi vi phạm thủ tục thuế; Hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn; Hành vi trốn thuế, gian lận thuế; Hành vi chậm nộp tiền thuế.
Thẩm quyền xử lý vi phạm hành chính về thuế giá trị gia tăng quy định chi tiết tại chương III, Thông tư 166/2013/TT-BTC. Các hình thức xử phạt chủ yếu mang tính chất khắc phục hậu quả vì những hành vi vi phạm pháp luật về thuế GTGT ở mức độ này chưa đến mức phải áp dụng các hình phạt mang tính răn đe, giáo dục như trong xử lý hình sự đối với tội phạm về thuế.
Đối với các hành vi vi phạm pháp luật về thuế đến mức xử lý hình sự là những hành vi có tính nguy hiểm cao thể hiện ở khía cạnh: phạm vi vi phạm rộng lớn, thủ đoạn tinh vi, gây thất thoát đáng kể của NSNN và không có khả năng khắc phục hậu quả. Điều 200, bộ luật hình sự 2015(sửa đổi năm 2017) quy định về tội trốn thuế cho cá nhân và pháp nhân thương mại. Tội trốn thuế là hành vi khai báo gian dối trong sản xuất, kinh doanh để không phải đóng thuế hoặc đóng mức thuế thấp hơn nhiều so với mức phải đóng, tội trốn thuế đã được sửa đổi về số tiền trốn thuế trong Bộ luật hình sự sửa đổi, bổ sung, với hình phạt nghiêm khắc nhất là bảy năm tù hoặc phạt tiền 4,5 tỷ đồng đối với cá nhân và đình chỉ hoạt động vĩnh viễn hoặc phạt tiền 10 tỷ đồng đối với pháp nhân.
Qua các quy định về các chế tài xử phạt hành vi vi phạm thuế GTGT nói trên, có thể thấy dù Nhà nước đã tích cực quản lý, răn đe nhưng tình trạng gian lận thuế để trục lợi vẫn tiếp tục xảy ra. Do đó, việc nghiên cứu để quy định một cách chặt chẽ hơn, đủ để điều chỉnh các quan hệ phức tạp phát sinh từ quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế là điều vô cùng cấp bách. Đồng thời, Nhà nước cũng cần có các chính sách và sự thực thi phù hợp để người nộp thuế thấy được lợi ích gián tiếp mà mình có được từ việc nộp thuế, từ đó nâng cao trách nhiệm trong việc thực hiện nghĩa vụ về thuế nói chung và Thuế GTGT nói riêng.