Một là, việc quy định trực tiếp hàng hoá, dịch vụ không thuộc diện chịu thuế GTGT nên đã dẫn đến nhiều cách hiểu khác nhau trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế GTGT. Phạm vi đối tượng nộp thuế GTGT được xác định trong luật là quá rộng, trong đó chủ thể là hộ kinh doanh cá thể chiếm một tỷ lệ lớn nhưng chưa có thói quen lập và sử dụng hoá đơn. Khi thực hiện các cung ứng chịu thuế nên gây nhiều khó khăn phức tạp trong quản lý hành chính thuế.
Hai là, căn cứ tính thuế là giá tính thuế và thuế suất, song thực tiễn thực thi nghĩa vụ thuế GTGT, giá tính thuế được phản ánh trên hoá đơn chứng tù còn có sự khác biệt so với giá thực, đặc biệt giá tính thuế của hàng tiêu dùng, nhưng không có đủ cơ sở pháp lý để chứng minh vì vậy trong nhiều trường hợp phạm vi mức độ của thuế GTGT không được xác định đúng. Lại cộng thêm tiêu chí phân định danh mục hàng hoá, dịch vụ dựa
trên tính năng công dụng và mục đích sử dụng hàng hoá, dịch vụ để xác định mức thuế suất, nên trong nhiều trường hợp cùng một mặt hàng có thể bị áp dụng các mức thuế khác nhau.
Ba là việc quy định hai phương pháp tính thuế những tưởng phù hợp với điều kiện thực tế của Việt nam song thực tiễn thực thi nghĩa vụ thuế GTGT đã đưa đến nhiều bất ổn và không thực tế, nhất là giá tính thuế của hai phương pháp này khác nhau.
Bốn là các quy định về khấu trừ đối với tài sản cố định còn nhiều bất hợp lý dẫn đến hai xu thế, có thể quyền khấu trừ không được bảo đảm hoặc có thể bị lạm dụng, mà cả hai nguyên tắc này đều không đảm bảo nguyên tắc pháp chế trong quá trình thực hiện.
Năm là xác định diện hoàn thuế quá rộng, cộng thêm cơ chế “tiền thoái hậu kiểm” cùng với thủ tục thành lập doanh nghiệp quy định trong luật doanh nghiệp không chặt chẽ, nên tiền của Nhà nước thất thoát bằng con đường này là khá lớn.
Sáu là cơ chế thực hiện nghĩavụ thuế GTGT còn đan xen nhiều yếu tố của cơ chế quản lý hành chính bao cấp nên nghĩa vụ thuế GTGT chưa được đảm bảo một cách công bằng thoả đáng. Giá trị pháp lý của mã số thuế, tờ khai thuế, thông báo nộp thuế, quyết toán thuế chưa được xác định trong pháp luật thuế GTGT, dẫn đến sự tuỳ tiện trong quá trình thực hiện.
Bảy là hoá đơn, chứng từ còn thiếu nhiều dữ kiện quan trọng để xác định trách nhiệm pháp lý của các bên, giá trị pháp lý của chúng chưa được xác định rõ ràng, cơ chế quản lý lỏng lẻo, việc lập và sử dụng hoá đơn, chứng từ khi mua hàng hoá, dịch vụ chưa trở thành thói quen nên hiện tượng gian lận hoá đơn để chiếm dụng tiền của ngân sách Nhà nước bằng con đường khấu trừ thuế hoặc hoàn thuế GTGT đã phát triển tới mức báo động và không chỉ dừng lại ở sự đơn lẻ của từng doanh nghiệp mà có sự móc nối giữa các doanh nghiệp.