Sử dụng phần mềm Netphos.
2.2.2.1 Các bước thực hiện
i. Bước 1: Truy cập phần mềm Netphos.
ii. Bước 2: Tải trình tự các nucleotide từ NCBI thành các đoạn ngắn 4000 nucleotide.
iii. Bước 3: Tải trình tự trên vào phần mềm Netphos để dự đoán các thay đổi.
2.2.2.2 Kết quả
Kết quả được lưu như sau Bao gồm 6 cột:
1. Sequence - Tên trình tự.
2. # - Vị trí của phần dư trong trình tự. 3. x - Dư lượng mã trong một chữ cái.
4. Context - Bối cảnh trình tự của phần dư, được hiển thị dưới dạng phần dư 9 phần tập trung vào phần dư.
5. Score - Điểm dự đoán (một giá trị trong phạm vi [0,000-1,000]; điểm trên 0,500 cho thấy dự đoán tích cực).
6. Kinase - kinase hoạt động hoặc chuỗi "unsp" cho dự đoán không cụ thể. 7. Answer - chuỗi "YES" cho các dự đoán tích cực, khác với dấu chấm.
Sequence - trình tự đầu vào được xử lý bởi NetPhos, với tổng quan về vị trí của các trang web được dự đoán.
Graphics - một âm mưu của điểm số minh họa các dự đoán. LƯU Ý: đối với mỗi phần dư chỉ có điểm cao nhất được hiển thị.
Sinh viên thực hiện: Văn Thị Tú Hướng dẫn: TS. Tạ Ngọc Ly 26
Tìm hiểu về thay đổi sau dịch mã của protein và các ứng dụng phần mềm tin sinh học để tìm
kiếm các thay đổi này trong protein của virus covid-19.
Đồ họa trình tự từ nucleotide 1 đến 3999.
Đồ họa trình tự từ nucleotide 4000 đến 7999.
Sinh viên thực hiện: Văn Thị Tú Hướng dẫn: TS. Tạ Ngọc Ly 27
Tìm hiểu về thay đổi sau dịch mã của protein và các ứng dụng phần mềm tin sinh học để tìm
kiếm các thay đổi này trong protein của virus covid-19.
Sinh viên thực hiện: Văn Thị Tú Hướng dẫn: TS. Tạ Ngọc Ly 28
Tìm hiểu về thay đổi sau dịch mã của protein và các ứng dụng phần mềm tin sinh học để tìm
kiếm các thay đổi này trong protein của virus covid-19.
Đồ họa trình tự từ nucleotide 8000 đến 11999.
Đồ họa trình tự từ nucleotide 12000 đến 15999.
Sinh viên thực hiện: Văn Thị Tú Hướng dẫn: TS. Tạ Ngọc Ly 29
Tìm hiểu về thay đổi sau dịch mã của protein và các ứng dụng phần mềm tin sinh học để tìm
kiếm các thay đổi này trong protein của virus covid-19.
Đồ họa trình tự từ nucleotide 16000 đến 19999.
Đồ họa trình tự từ nucleotide 20000 đến 23999.
Sinh viên thực hiện: Văn Thị Tú Hướng dẫn: TS. Tạ Ngọc Ly 30
Tìm hiểu về thay đổi sau dịch mã của protein và các ứng dụng phần mềm tin sinh học để tìm
kiếm các thay đổi này trong protein của virus covid-19.
Đồ họa trình tự từ nucleotide 24000 đến 27999.
Đồ họa trình tự từ nucleotide 28000 đến hết.
Sinh viên thực hiện: Văn Thị Tú Hướng dẫn: TS. Tạ Ngọc Ly 31
Tìm hiểu về thay đổi sau dịch mã của protein và các ứng dụng phần mềm tin sinh học để tìm
kiếm các thay đổi này trong protein của virus covid-19.