Inđônêxia đang có một NIS rất kém. Tầm quan trọng của công nghệ trong tăng trưởng kinh tế đã được Chính phủ Inđônêxia nhận thấy từ những năm 70, với việc thành lập Bộ Nghiên cứu và Công nghệ (MRT). MRT là thành phần chủ chốt trong NIS của Inđônêxia, có trách nhiệm giúp Tổng thống xây dựng các chính sách quốc gia và điều phối việc thực hiện trong các lĩnh vực nghiên cứu KH&CN. Nhận thức được các chính sách công nghệ không hiệu quả, MRT đã đề nghị Luật về NIS (ANIS) lên Nghị viện. ý tưởng của Luật này xuất phát từ các nghiên cứu về NIS ở các nước phát triển. MRT cho rằng độc lập công nghệ sẽ kéo theo thúc đẩy đổi mới công nghệ. Tuy nhiên, tăng nhu cầu đổi mới công nghệ đòi hỏi sự liên kết mạnh giữa các thành tố trong NIS, mà đây lại là một điểm rất kém của Inđônêxia. Chẳng hạn, các trường đại học Inđônêxia hiếm khi tiến hành nghiên cứu, còn tại các viện nghiên cứu thì các nghiên cứu lại không liên quan đến nhu cầu doanh nghiệp. Do vậy, theo MRT, Luật trên sẽ giải quyết được vấn đề này.
Inđônêxia có Cơ quan Thẩm định và ứng dụng Công nghệ (AAAT) để thực hiện nhiệm vụ của Chính phủ trong các lĩnh vực thẩm định và ứng dụng công nghệ phù hợp với các quy định hiện hành; Viện Khoa học Inđônêxia, tiến hành các nghiên cứu khoa học và chịu trách nhiệm trực tiếp trước Tổng thống Inđonêxia. Các viện R&D cũng hoạt động dưới sự quản lý của các Bộ chính như Bộ Nông nghiệp, Bộ Giáo dục Quốc gia. Inđonêxia có Trung tâm R&D vì Uỷ ban Giám sát Phát triển và Kiểm soát Tài chính, thực hiện các giám sát và điều phối R&D cho mục đích quản lý hệ thống giám sát.
Tại Inđônêxia, vẫn còn nhiều cơ quan về công nghệ và công nghiệp được sở hữu và cấp vốn bởi Chính phủ. Phần lớn ngành công nghiệp của Inđônêxia vẫn nhập khẩu công nghệ, nghiên cứu khoa học do các cơ quan nhà nước tiến hành hiếm khi được áp dụng vào ngành công nghiệp. Tăng trưởng vẫn tiếp tục trong ngành công nghiệp nhưng chủ yếu do đầu tư nước ngoài.
Cũng giống như Thái Lan, sự liên kết giữa trường đại học và ngành công nghiệp ở Inđonêxia vẫn còn ở giai đoạn "phôi thai". Cơ cấu tổ chức:
Văn phòng Tổng thống Bộ Tư pháp và Nhân Quyền Bộ Công nghiệp và Thương mại Bộ Nghiên cứu và Công nghệ Bộ Giáo dục Quốc gia Viện các ngành khoa học (LIPI) Ban Tổng Giám đốc về Quyền sở hữu Trí tuệ Cơ quan vì R&D Công nghiệp Cơ quan Thẩm định và Ứng dụng Công nghệ Viện R&D Quốc gia
Phần III