Một vài công nghệ pin nhiên liệu có thể sử dụng trực tiếp những nhiên liệu khác hydrogen. Một vài cặp có khả năng được đưa ra dưới đây:
• Pin nhiên liệu PEM dùng trực tiếp Mêtanol • Pin nhiên liệu amoniac kiềm
• Pin nhiên liệu dùng trực tiếp hydrocacbon Cacbonat nóng chảy hoặc oxit rắn.
Giống như những bản sao hydrogen của chúng, những pin nhiên liệu PEM dùng trực tiếp Mêtanol (DMFCs) đã được tích cực nghiên cứu và hiện nay có nhiều ưu điểm như không có chất tinh chế lại, giải quyết được vấn đề nhiên liệu lỏng, và không có nhiệt độ cao trong hệ thống. Hạn chế lớn nhất là bắt buộc phải pha loãng Mêtanol trong dung dịch nước để cung cấp cho điện cực nhiên liệu, và sự kết hợp mạnh của mêtanol – do sự hấp thụ của nó trong trong màng polymer nhưng hầu hết là do động học của nó chậm.
Amoniac AFCs13 có thể được thay đổi thực hiện crackinh nhiệt amoniac. Khí amoniac được cung cấp trực tiếp tới pin nhiên liệu và là chất xúc tác được bẻ gãy ở anot. Phản ứng pin nhiên liệu amoniac sinh ra một điện áp nhiệt động rất thấp và mất mát kích hoạt cao hơn hydrogen AFCs. Mất mát kích hoạt có thể được giảm bớt nhờ cải thiện chất xúc tác. Thú ví hơn, nó có thể sử dụng trực tiếp ammoniac cho các công nghệ pin nhiên liệu khác nếu nó thật sự không tồn tại tính axit tự nhiên của chất điện phân vì chúng sẽ bị phá hủy bởi amoniac kiềm.
MCFCs và SOFCs có khả năng crackinh trực tiếp những hydro cacbon bởi vì nhiệt độ hoạt động của chúng cao. Vì vậy, chúng không dùng trực tiếp Hydrocacbon, nhưng chiết hydrogen bên trong chúng. Hiển nhiên sự lựa chọn này có tất cả những hạn chế của pin nhiên liệu nhiệt độ cao như được thảo luận trong phần kỹ thuật pin nhiên liệu trên.