Quy hoạch
Theo quy hoạch năm 1999, ranh giới của khu bảo tồn kéo dài từ rạch Cừ (xã An Điền) đến rạch Khém Thuyền (xã Thạnh Phong), gồm các tiểu khu 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 với tổng diện tích là 4510 ha. Theo điều 17 của quy chế quản lý rừng đặc dụng, rừng phòng hộ và rừng sản xuất là rừng tự nhiên ban hành kèm theo quyết định số 08/2001/QĐ-TTg ngày 11 tháng 01 năm 2001 của Thủ tướng Chình phủ thì diện tích đất ở, ruộng vườn, và nương rẫy cố định của dân cư số trong khu rừng đặc dụng sẽ không tính vào diện tích rừng đặc dụng. Mặc khác diện tích nuôi trồng thủy sản và đất làm nông nghiệp trên cồn cát, bãi cát không có khả năng tái tạo lại rừng sẽ được chuyển sang vùng đệm để giải quyết nhu cầu đất ở và đất canh tác cho nhân dân địa phương.
Giai đoạn 2005 đến nay, ranh giới của khu bảo tồn kéo dài từ rạch cừ xã An Điền (phía cửa sông Hàm Luông) đến rạch Khâu Băng xã Thạnh Phong (phía cửa sông Cổ Chiên). Toàn bộ tiểu khu 20 (trước đây thuộc xã Thạnh Phong) sẽ không nằm trong khu vực bảo tồn. Toàn bộ tiểu khu 17 và tiểu khu 13 khoảnh 2, tiểu khu 14 các khoảnh 1b, 2, 3b, 4; tiểu khu 19 các khoảnh 3a, 3b, 7 sẽ được chuyển thành vùng đệm. Khoảnh 2b thuộc tiểu khu 18, diện tích 165,5 ha sẽ xây dựng khu di tích lịch sử Cồn Bửng của đường Hồ Chí Minh trên biển sẽ không tính vào khu bảo tồn mà tính vào diện tích Vùng đệm. Mặc khác khu vực rừng mới tái sinh và các bãi lầy đang trong quá trình diễn thế tự nhiên ở phía cửa sông Cổ Chiên (khoảnh 8 tiểu khu 9) sẽ được đưa vào Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt.
Biện pháp quản lý
Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt: các biện pháp quản lý trong phân khu này không có quá nhiều sự thay đổi. Điểm khác biệt lớn nhất trong giai đoạn 1999 – 2004 là tại phân khu cho phép thu hoạch tài nguyên thủy sản dưới các kênh rạch và dòng chảy tự nhiên nhưng đến năm 2005 trở lại đây thì Ban quản lý Khu bảo tồn trực tiếp quản lý và tổ chức mọi hoạt động bảo vệ, chăm sóc, nuôi dưỡng rừng, các hộ dân không được tác động trong phân khu này.
---
Đến giai đoạn từ năm 2005 trở lại đây Phân khu phòng hộ xung yếu ven biển và cửa sông được đổi thành tiểu phân khu Phục hồi sinh thái I (thuộc Phân khu phục hồi sinh thái) nhằm tăng cường công tác quản lý, phân định rõ chức năng của từng phân khu hướng đến quản lý bền vững. Diện tích của tiểu phân khu giảm do không bao gồm đất Nông nghiệp như trước. Khi thành lập tiểu phân khu Phục hồi sinh thái I thì chủ yếu chú trọng các công tác trồng rừng kết hợp phòng chống xói lở, không tiến hành thực hiện các biện pháp tỉa thưa cũng như tận dụng các sản phẩm củi và gỗ nhỏ ở khu vực này như giai đoạn 1999 – 2004. Bên cạnh đó, Phân khu phục hồi sinh thái II cũng tiếp tục phát triển các biện pháp quản lý của Phân khu nghiên cứu thực nghiệm nhưng có một số thay đổi vềđất thổ cư sẽ không tính vào diện tích của khu bảo tồn, trước đây những người sinh sống lâu đời trong phân khu sẽ được cấp 500 m2 đất thổ cư nhưng đến giai đoạn này sẽ tiến hành đo đạt xác định ranh giới từng lô đất, kết hợp với các cơ quan có thẩm quyền ở địa phương công nhận quyền sử dụng đất hợp pháp của các hộ dân, đo đạt thiết kế loại hình sử dụng đất trên thực địa, lập hồ sơ quản lý đất đai đến từng lô, thửa.
Việc phát triển thêm Phân khu dịch vụ - hành chính từ sau năm 2004 nhằm xây dựng các công trình làm việc và sinh hoạt của Ban quản lý Khu bảo tồn. Đây cũng là nơi bố trí các mô hình nghiên cứu, thực nghiệm quản lý sử dụng bền vững tài nguyên đất ngập nước. Ngoài ra đây còn là nơi bố trí các dịch vụ du lịch sinh thái, tham quan, nghỉ ngơi, giải trí của du khách.