Hệ vi sinh vật sản xuất nước mắm: có từ nguyên liệu, dụng cụ, thiết bị, môi trường (không khí, nước). Khi vi sinh vật xâm nhập vào chượp có các ảnh hưởng sau:
- Tham gia vào quá trình thủy phân protein nhưng rất yếu vì bị ức chế bởi nồng độ muối cao.
- Tham gia tích cực vào việc hình thành hương vị của nước mắm, chủ yếu là các vi sinh vật kỵ khí có khả năng sinh hương.
Trong nước mắm có thể có vi khuẩn Clostidium, tụ cầu vàng – trước đay đã được quy định không được phép hiện diện trong thực phẩm. Đây là những loại vi khuẩn gây tiêu chảy, sốt, gây hại cho đường tiêu hóa.
Ngoài ra, khi nhà sản xuất bổ xung Ure vô cơ vào nước mắm nhằm tăng độ đạm, hay bổ sung thêm một số hóa chất và chất làm ngọt sẽ tăng nguy cơ độc hại đối với người tiêu dùng.
Nước mắm Phú Quốc được sản xuất đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm. Các cơ sở sản xuất, kinh doanh nước mắm Phú Quốc phải tuân thủ các quy định tại các tiêu chuẩn nghành của Bộ Thủy sản 28 TCN 135: 1999 Tàu cá – Điều kiện đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm, 28 TCN 175: 2002 Cơ sở sản xuất nước mắm – điều kiện đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm và các quy định pháp luật liên quan.
Nước mắm Phú Quốc nổi tiếng nhờ độ đạm cao ( 20 – 40 g N/lít) mang vị dìu dịu, ngọt ngào quyến luyến và thơm ngon lừng mùi các cơm sóc tiêu đặc sản, chỉ riêng Phú Quốc mới có. Nước mắm ở đây lâu càng ngon.
Nước mắm cốt nguyên chất màu nâu sậm trong vắt và sánh đặc. Nước mắm thường có màu từ nâu vàng, nâu đỏ hay từ nâu vàng đến lâu đỏ.