Website dạy học được phát triển dựa trên những chủ đề cơ bản được xây dựng thành cấu trúc. Những cấu trúc này sẽ quyết định giao diện của Site và tạo nên một dạng định hướng để hướng dẫn người sử dụng tiếp cận những thông tin muốn truyền tải. Các cấu trúc cơ bản là: tuần tự, tạo lưới, phân cấp và mạng.
- Cấu trúc tuần tự: là cách sắp xếp, tổ chức thông tin đơn giản nhất. Trật tự này có thể tuân theo thứ tự thời gian, cũng có thể là một loạt chủ đề được sắp
xếp hợp lý từ tổng quát đến cụ thể, hoặc theo bảng chữ cái giống như mục lục. Các liên kết duy nhất trong Site là những liên kết hỗ trợ đường dẫn tuyến tính.
- Cấu trúc lưới: là cách hữu hiệu để tạo mối tương quan giữa các biến số. Các khối đơn lẻ trong lưới phải có cấu trúc đồng bộ về các chủ đề chính và phụ. Các chủ đề sắp xếp theo dạng lưới thường không được phân cấp cụ thể theo mức độ quan trọng. Cơ sở dữ liệu dùng cho Website được thiết kế đều rất nhất quán trong cấu trúc. Vì lý do này, cấu trúc lưới chỉ phù hợp với những người sử dụng có kinh nghiệm, hiểu bản chất của toàn bộ cấu trúc và cách tổ chức thông tin.
- Cấu trúc hệ thống phân cấp: là cách tổ chức thông tin phức tạp hơn nhưng hữu hiệu nhất. Vì các Website luôn được tổ chức quanh một trang chủ đơn lẻ nên sơ đồ phân cấp đặc biệt phù hợp với tổ chức Website và hầu hết người sử dụng đều nhận thấy đây là một cấu trúc dễ hiểu.
- Cấu trúc mạng: tổ chức có các liên kết dày đặc bao gồm các thành phần thông tin ở trong cùng một Site lẫn thông tin ở Site khác. Mặt dù khai thác tối đa sức mạnh của các liên kết và phối hợp với các trang Web là mục đích của tổ chức mạng, nhưng kiểu cấu trúc có tổ chức phối hợp này của Website lại thiếu tính thực tiễn, lộn xộn gây khó hiểu cho người sử dụng. Với cấu trúc này, Website chỉ hoạt động tốt trong những Site có quy mô nhỏ bao gồm danh sách các liên kết và trong những Site có mục đích giáo dục cao hoặc những Site dùng cho người sử dụng có kinh nghiệm, có nhu cầu bổ sung kiến thức.
Hầu hết những Website phức tạp đều có đặc điểm chung của bốn loại cấu trúc trên. Tuy nhiên, tùy theo điều kiện, mục đích sử dụng để lựa chọn kiểu cấu trúc thích hợp. Trong thực tế vẫn có thể thiết kế tự do không tuân theo cấu trúc nào, từ đó hình thành nên Website mà không cần thiết kế cơ sở dữ liệu. Cách làm này không đòi hỏi người thiết kế phải am hiểu rõ về lập trình, đồng thời phát huy được khả năng sáng tạo của người thiết kế.[28]