Trong quá trình tồn tại và phát triển, bên cạnh những vai trò to lớn thì kinh tế cá thể, tiểu chủ cũng bộc lộc những hạn chế, yếu kém nhất định:
Một là: Thành phần kinh tế cá thể, tiểu chủ phát triển trên địa bàn huyện có quy mô nhỏ, vốn ít. Đa số vốn kinh doanh của các hộ trong các ngành tiểu thủ công nghiệp, dịch vụ chủ yếu là sử dụng vốn của bản thân gia đình, nên việc đầu t phát triển sản xuất rất hạn chế. Công nghệ sản xuất còn lạc hậu cha áp dụng đợc những tiến bộ của khoa học, kỹ thuật vào trong sản xuất kinh doanh. Nguyên nhân chính là do trong t tởng, nhận thức của một bộ phận cán bộ, công chức vẫn còn mặc cảm với thành phần kinh tế này nên cha thực sự quan tâm. Chính vì vậy đã gây khó khăn cho các hộ sản xuất kinh doanh trong việc vay vốn đầu t cho sản xuất.
+ Nhìn chung trình độ quản lý của kinh tế cá thể, tiểu chủ còn yếu kém. Bởi vì lao động của các hộ kinh doanh cá thể, tiểu chủ chủ yếu là các xã viên hợp tác xã trớc đây, lao động từ các hộ sản xuất nông nghiệp chuyển sang tiểu thủ công nghiệp và dịch vụ. Vì vậy lao động trong thành phần kinh tế cá thể, tiểu chủ chủ yếu là lao động cha qua đào tạo, chiếm tới 90%, số lao động đợc qua đào tạo chỉ chủ yếu là trình độ trung cấp, sơ cấp: 10%.
Một nguyên nhân cơ bản nữa đó là tâm lý, quan niệm về việc làm: Thích làm việc trong các cơ quan, các doanh nghiệp Nhà nớc cho đó mới là có việc làm nảy sinh trong cơ chế cũ vẫn còn tồn tại trong dân chúng. Vì vậy những ngời có trình độ, có kiến thức, kỹ thuật đã qua đào tạo chuyên môn tìm mọi cách để đợc làm việc trong doanh nghiệp Nhà nớc, các doanh nghiệp t nhân lớn. Chỉ có những ngời cha có và không có trình độ, những học sinh không thi đậu vào các trờng đại học, cao đẳng và trung học chuyên nghiệp mới chấp nhận làm việc trong khu vực kinh tế cá thể, tiểu chủ.
Trong điều kiện mở cửa, hội nhập kinh tế nh hiện nay thì vẫn đề đổi mới kỹ thuật, công nghệ và đào tạo bồi dỡng kiến thức cho đội ngũ các chủ hộ và ngời lao động trong các cơ sở kinh tế cá thể, tiểu chủ đợc đặt ra hết sức cấp thiết.
+ Mặt bằng sản xuất của các hộ kinh doanh chủ yếu dựa vào đất ở của gia đình nên chật hẹp, manh mún, khó mở rộng sản xuất kinh doanh. Ngoài ra còn dẫn đến ô nhiễm môi trờng làm ảnh hởng tới sinh hoạt của dân c trong khu vực. Một số hộ gia đình muốn mở rộng sản xuất kinh doanh phải thuê lại đất,
nhà xởng của ngời khác nên phải trả giá cao hơn nhiều so với giá thuê của Nhà nớc quy định. Do mặt bằng sản xuất kinh doanh phải thuê nên các gia đình không mạnh dạn đầu t xây dựng cơ sở hạ tầng. Vì vậy điều dễ thấy ở thành phần kinh tế cá thể, tiểu chủ kết cấu hạ tầng rất thấp kém. Trong quá trình mở rộng sản xuất kinh doanh các hộ gia đình còn gặp nhiều khó khăn về các thủ tục liên quan đến đất đai, phải mất nhiều thời gian, công sức chi phí và những tiêu cực trong xã hội của một số cán bộ có thẩm quyền về nhà đất, nhiều khi làm lỡ cơ hội sản xuất kinh doanh .
+ Về ngành nghề kinh doanh: kinh tế cá thể, tiểu chủ chủ yếu hoạt động ở lĩnh vực kinh doanh thơng mại, xây dựng, dịch vụ ... đầu t vào sản xuất chế biến công nghiệp còn ít. Chính vì vậy cha tận dụng và khai thác đợc những tiềm năng trong lĩnh vực chế biến phục vụ cho xuất khẩu.
+ Quan điểm của Đảng trên một số vấn đề cụ thể về phát triển kinh tế cá thể, tiểu chủ cha đợc tổ chức quán triệt, tuyên truyền làm rõ để tạo sự thống nhất cao. Trong thực tế, nhiều chủ trơng, chính sách khuyến khích của Nhà nớc đối với thành phần kinh tế này bị biến dạng qua các tầng nấc hành chính nên vẫn cha thực sự khuyến khích đợc các hộ cá thể, tiểu chủ ra sức đầu t mở rộng quy mô sản xuất kinh doanh. Một số cơ chế chính sách của Nhà nớc cha phù hợp với kinh tế cá thể, tiểu chủ: là bộ phận vừa và nhỏ, vì vậy cha tạo ra đợc môi trờng pháp lý thuận lợi để khuyến khích, thúc đẩy kinh tế cá thể, tiểu chủ phát triển đúng hớng.
+ Vẫn còn nhiều định kiến, tâm lý về so sánh vị trí giữa ngời lao động trong các cơ quan doanh nghiệp Nhà nớc với ngời lao động trong khu vực kinh tế t nhân nói chung, trong thành phần kinh tế cá thể, tiểu chủ nói riêng. Những ngời hành nghề kinh doanh theo hình thức cá thể trên thực tế cha đợc coi trọng nh công nhân, cán bộ trong khu vực kinh tế Nhà nớc.