Ngay từ năm 1995, Thanh tra Chính phủ đã có các hoạt động hợp tác song phương về thanh tra, giải quyết khiếu nại tố cáo và phòng, chống tham nhũng với một số nước ASEAN và sau đó là các hoạt động đa phương trong các diễn đàn quốc tế và khu vực ASEAN.
8.1. Hợp tác song phương:
Thanh tra Chính phủ đã ký kết thoả thuận hợp tác với các cơ quan thanh tra, chống tham nhũng của 5 nước trong khu vực, bao gồm: Cơ quan Thanh tra Nhà nước Lào (năm 1995), Bộ Quan hệ với Quốc hội -Thượng viện và Thanh tra Campuchia (năm 2003), Uỷ ban chống tham nhũng Inđônêxia (năm 2007), Ủy ban chống tham nhũng Malaysia (năm 2010) và Cục Điều tra các Hành vi tham nhũng Singapo (năm 2010) và dự kiến ký kết thỏa thuận hợp tác với các cơ quan có chức năng tương ứng của Thái Lan và các nước còn lại trong khối ASEAN.
Nội dung hợp tác song phương chủ yếu tập trung vào hợp tác về đào tạo, tập huấn nghiệp vụ; chia sẻ kinh nghiệm, thông tin về thanh tra, giải quyết khiếu nại tố cáo và phòng, chống tham nhũng; hỗ trợ kỹ thuật trong khả năng có thể. Cơ chế tổ chức thực hiện các cam kết hợp tác này chủ yếu thông qua hình thức trao đổi đoàn hàng năm - gồm có đoàn đi thăm, làm việc và đoàn đi đào tạo nghiệp vụ. Trên thực tế, trong những năm gần đây, Thanh tra Chính phủ đã giúp đào tạo nghiệp vụ thanh tra cho nhiều cán bộ thanh tra của Lào và Campuchia, được Chính phủ và cơ quan thanh tra của Lào và Campuchia đánh giá cao.
8.2. Hợp tác đa phương:
Sau một thời gian là quan sát viên, Thanh tra Chính phủ trở thành thành viên chính thức của Thỏa thuận hợp tác đa phương về phòng, chống tham nhũng khu vực Đông Nam Á từ tháng 9/2007. Điều đáng chú ý là hoạt động hợp tác đa phương này là do các cơ quan chống tham nhũng của các nước khu vực Đông Nam Á (vốn đều là thành viên của ASEAN) tự khởi xướng từ năm 2004 chứ không phải là hoạt động hợp tác chính thức trong khuôn khổ tổ chức ASEAN. Hiện Thỏa thuận đã có tám thành viên (trong đó bốn thành viên sáng lập từ năm 2004 là Cơ quan Chống tham nhũng Brunei, Uỷ ban Chống tham nhũng Inđônêxia, Cơ quan chống tham nhũng Malaysia, Cơ quan Chống tham nhũng Singapore và bốn thành viên gia nhập năm 2007 là Cơ quan Chống tham nhũng
Campuchia, Cơ quan Thanh tra Philippin, Uỷ ban Chống tham nhũng Quốc gia Thái Lan, Thanh tra Chính phủ Việt Nam). Thỏa thuận để ngỏ cho hai nước thành viên còn lại của ASEAN là Lào và Myanmar gia nhập trong thời gian tới.
Nội dung hợp tác chính bao gồm: (i) trao đổi, chia sẻ thông tin và phối hợp trong hoạt động phòng, chống tham nhũng; (ii) hợp tác trong đào tạo, tập huấn chuyên môn, nghiệp vụ; trao đổi chuyên gia; (iii) hỗ trợ kỹ thuật khi cần thiết; (iv) đăng cai và tham gia vào các diễn đàn, hội thảo, hội nghị khu vực về phòng, chống tham nhũng. Ban Thư ký của Thỏa thuận gồm đại diện của mỗi nước thành viên được thành lập để hỗ trợ và thúc đẩy các hoạt động hợp tác. Hội nghị toàn thể của Tổ chức (tiếng Anh gọi tắt là Hội nghị SEA- PAC) và cuộc họp Ban Thư ký diễn ra một năm một lần, do các nước thành viên luân phiên tổ chức. Thanh tra Chính phủ đã đăng cai tổ chức thành công, có hiệu quả Hội nghị SEA-PAC lần thứ 5 (năm 2009) và Cuộc họp Ban Thư ký SEA-PAC lần thứ 6 (tháng 6 năm 2010) tại Hà Nội.