Xây dựng nhiều đập lớn phía thượng lưu cũng sẽ góp phần làm giảm lượng phù sa màu mỡ ở hạ lưu. Phù sa ở hạ lưu giảm thì nước sẽ trong và lúc đó sẽ gây ra hiệu ứng làm xói mòn, sạt lở đất để cân bằng lại phù sa
Đập Tiểu Loan sẽ chặn mất khoảng 35% lượng phù sa vẫn theo dòng nước xuôi về Nam bồi bổ các cánh đồng lúa; sự thay đổi lưu lượng dòng chảy sẽ phá hoại tập quán di trú và sinh sản của các loài cá.
Những con đập đó sẽ ngăn cản các luồng cá di cư và gây xáo động lớn tới dòng sông, ảnh hưởng đến ngành ngư
nghiệp của các nước lưu vực sông Mê Kông, an ninh lương
Các nước hạ lưu không ai nắm được cụ thể quy
trình vận hành các nhà máy thủy điện của các nước nằm ở thượng lưu. Phía Trung Quốc chỉ có thông báo một số
thông tin từ hai trạm thủy văn về mùa lũ, không có số liệu về mùa khô cho nên muốn tính toán, kiểm tra lại quy trình vận hành là rất khó khăn, nan giải.
Chưa hết, việc các đập nước đầu nguồn nếu xả lũ vào đúng…mùa lũ, hoặc tích nước vào đúng mùa khô, thì sẽ là thảm họa kinh hoàng cho vùng hạ lưu.
Trữ lượng cá giảm sút và mực nước sông biến đổi không dự đoán được đã làm cuộc sống của những cộng đồng dưới hạ lưu dòng sông thêm khó khăn, điều này cho thấy rằng các con đập trên dòng chảy chính của sông sẽ gây ra sự tàn phá.
Phù sa trên thượng nguồn sông Mêkong
Là nước cuối cùng của sông Meekong, Việt Nam sẽ là nước chịu ảnh hưởng nặng nề nhất.
Điều dễ thấy nhất sẽ là thiếu nguồn nước ngọt nghiêm
trọng. Điều đó đã xảy ra vào mùa khô giữa tháng tư (2009) và trong những năm tới sẽ còn tiếp tục gay gắt.
Vào mùa lũ, lượng nước cũng đã sụt giảm
Tạo điều kiện cho nước mặn từ biển Đông thâm nhập sâu vào Châu thổ sông Cửu Long, tàn phá ruộng đồng và các khu vực nuôi thủy sản; có khi nước mặn lan vào tận huyện Mỏ Cày tỉnh Bến Tre, cách bờ biển hơn 50 cây số.