Mặc dù có những thành công như trên nhưng bên cạnh đó công ty cũng còn có những khó khăn và hạn chế như:
- Các bệnh viện trung ương và một số bệnh viện tuyến tỉnh thành song hành cùng với công ty trong nhiều năm, song hiện nay, do tính chất chữa bệnh và điều trị bệnh nhân theo các chuyên ngành sâu, nên yêu cầu về sự đa dạng cũng như tính chữa trị đặc hiệu và tính chuyên môn cao hơn rất nhiều, sản phẩm cần đáp ứng là hàng ngoại và
Điều này đã làm công ty mất đi một số lượng doanh thu đáng kể. Như vậy, công tác điều tra nghiên cứu thị trường còn yếu cả về quy mô và chất lượng, chưa đáp ứng được yêu cầu đặt ra đối với thị trường.
- Sản lượng tiêu thụ ở thị trường chủ yếu tăng ở các tỉnh thành phố lớn như Hà Nội, TP Hồ Chí Minh, Đà Nẵng…trong khi đó doanh thu ở các tỉnh nhỏ lẻ khác như Hưng Yên, Bắc Giang, Nghệ An, Bình Thuận còn khá khiêm tốn. Như vậy, hệ thống phân phối của công ty chưa hoạt động thật sự hiệu quả.
- Trình độ nghiệp vụ chuyên môn, nghiệp vụ bán hàng của trình dược viên còn hạn chế, chủ yếu là trình độ trung cấp chỉ có số ít là dược sỹ đại học. Trong năm 2010, năng suất lao động bình quân của công ty giảm so với năm 2009, lý do là tốc độ tăng về số lượng lao động lớn hơn tốc độ tăng của doanh thu. Như vậy, công ty cần có chính sách sử dụng lao động hợp lý hơn.
- Chính sách giá còn chưa linh hoạt cho người tiêu dùng. Một số loại thuốc như
Lubrex – sản phẩm điều trị thoái hoá khớp, Superkan – thuốc điều trị thiểu năng
tuần hoàn não, Silymax – thuốc bảo vệ gan, phục hồi chức năng gan… giá vẫn khá cao đối với người tiêu dùng có thu nhập thấp bị mắc những bệnh này. Các bệnh viện, đại lý, các cửa hàng thuốc thì giá cả cũng như mức hoa hồng cho các khách hàng này chưa thực sự hấp dẫn, cạnh tranh so với các công ty phân phối dược phẩm khác. - Mặc dù công ty có một trang website riêng nhưng việc tận dụng trang web này chưa triệt để, công ty chưa tận dụng trang web để quảng bá thương hiệu của mình, chưa xây dựng một trang web bán hàng trực tuyến.
- Công ty chưa có bộ phận thống kê riêng biệt mà do bộ phận kinh doanh đảm nhiệm, công tác thống kê mới chỉ dừng lại ở việc tổng hợp theo từng quý, số liệu tính toán còn sơ sài, chưa có tính thiết thực cao, chưa đáp ứng được yêu cầu cả ban Giám đốc công ty.