Trong quy trình thực hiện hợp đồng XK từ thị trường SÉC dù các nhà quản trị và nhân viên của doanh nghiệp đã nỗ lực để làm tốt những công việc có liên quan đến nghiệp vụ quản trị thực hiện hợp đồng song vẫn không thể tránh khỏi những vướng mắc phát sinh khi thực hiện hợp đồng. Nguyên nhân thì có nhiều cả chủ quan và khách quan tác động làm ảnh hưởng đến quá trình thực hiện hợp đồng XK. Chính vì thế công tác quản trị cũng gặp nhiều khó khăn để có thể đảm bảo hợp đồng thực hiện được đúng tiến độ cũng như hạn chế tối đa những rủi ro có thể mắc phải.
- Đã có biện pháp tìm kiếm thị trường, đối tác mới, tuy nhiên còn bị động do chưa thành lập một phòng Marketing độc lập. Chủ yếu vẫn là các bạn hàng quen thuộc từ thị trường SÉC.
- Trong các nghiệp vụ đăng ký hợp đồng, định mức tiêu hao nguyên vật liệu với cơ quan hải quan đôi lúc còn rườm rà, phức tạp, khiến hiệu quả không cao do mất thời gian và chi phí.
- Bên cạnh lợi thế từ việc giao thành phẩm theo phương thức FOB ít phải chịu rủi ro thì việc công ty nhập khẩu nguyên phụ liệu trong các hợp đồng gia công từ các bạn hàng SÉC theo hình thức CIF thì công ty cũng gặp phải những rủi ro nhất định trong quá trình vận chuyển. Hoạt động kiểm tra hàng hóa nhập khẩu cũng vẫn có những thiếu sót nhất định và chưa thực sự hiệu quả do chưa có một bộ phận kiểm định có kỹ thuật cao.
- Trong khâu sản suất hàng gia công xuất khẩu việc theo dõi kiểm tra chất lượng sản phẩm vẫn còn thiếu sót, dẫn tới việc lãng phí và kém hiệu quả do bán thành phẩm bị hỏng mà vẫn đưa vào sản xuất dẫn tới sụt giảm năng suất vì sẽ kéo theo sự sụt giảm về
một thị trường khó tính do vậy việc giảm sút về chất lượng thành phẩm cũng khiến cho doanh nghiệp bị ảnh hưởng trong uy tín cũng như việc thực hiện hợp đồng gia công.
- Với một số hợp đồng vẫn còn gặp sai sót trong việc làm thủ tục hải quan sự thiếu sót về giấy tờ khiến công ty gặp một số rủi ro như tốn thời gian làm lại, bổ sung giấy tờ cho đầy đủ, bị phật..
- Các hình thức thanh toán còn chưa đa dạng, và có thể gây rủi ro cho việc kinh doanh của công ty. Khi tiến hành thanh toán bằng L/C do nguồn vốn của công ty còn hạn chế nên công ty thường phải làm các thủ tục vay ngân hàng để ký quỹ. Như vậy công ty vừa phải trả lãi suất ngân hàng đồng thời vốn để ký quỹ cũng không sinh lợi cho công ty