Đồ án tốt nghiệp: Nghiên cứu mã vạch di truyền cá Tra (Pangasianodon hypopthalmus) bằng chỉ thị sinh học phân tử cytochrome b

DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT

MỞ ĐẦU

CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU

1.1. Tổng quan về cá Tra (Pangasius hypophthamus)
- 1.1.1. Vị trí phân loại
  - Lớp: Actinopterygii Hình 1.1: Cá Tra Pangasius
- 1.1.2. Đặc điểm chung
  - 1.1.2.1. Đặc điểm sinh học
  - 1.1.2.2. Đặc điểm sinh thái và môi trường sống
  - 1.1.2.3. Đặc điểm sinh trưởng
  - 1.1.2.4. Đặc điểm sinh sản
- 1.1.3. Tình hình nuôi và thương mại cá Tra ở Việt Nam
1.2. Các phương pháp định danh cá da trơn
1.2.1. Phân loại bằng hình thái
1.2.2. Phân loại bằng sinh học phân tử
1.2.2.1. Ty thể
- Hình 1.2: Ty thể mtDNA

CHƯƠNG 2: NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.2. Hóa chất, dụng cụ và thiết bị
- 2.2.1. Hóa chất thí nghiệm
- 2.2.2. Dụng cụ và thiết bị thí nghiệm
2.3. Hóa chất sử dụng cho phản ứng PCR
2.4. Hóa chất sử dụng để chạy điện di
- Hình 2.1: Thang chuẩn 1kp
- Hình 2.2: Thang chuẩn 50 bp
2.5. Phương pháp nghiên cứu
- 2.5.1. Phương pháp thu mẫu
  - 2.5.1.1. Mẫu cá Tra
  - 2.5.1.2. Mẫu cá da trơn khác
- 2.5.2. Phương pháp định danh
  - 2.5.2.1. Phương pháp định danh bằng hình thái
    - Bảng 2.1: Chỉ tiêu định danh hình thái theo Trương Thủ Khoa (1993)
  - 2.5.2.2. Phương pháp định danh bằng sinh học phân tử
- 2.5.3. Phương pháp thu và bảo quản mẫu phục vụ cho PCR
- 2.5.4. Phương pháp chạy PCR
  - 2.5.4.1. Khái niệm
  - 2.5.4.2. Nguyên tắc của phản ứng PCR
    - Hình 2.3: Phản ứng PCR
    - Bảng 2.2: Thành phần hỗn hợp phản ứng PCR
    - Bảng 2.3: Chu trình nhiệt của phản ứng PCR
- 2.5.5. Phương pháp tách chiết DNA
  - Hình 2.4: Sơ đồ quy trình tách chiết DNA
  - Bảng 2.4: Hóa chất sử dụng trong tách chiết DNA
- 2.5.6. Phương pháp điện di DNA trên gel agarose
  - 2.5.6.1. Chuẩn bị agarose gel
  - 2.5.6.2. Đặt mẫu DNA vào giếng
    - Hình 2.5: Sơ đồ minh họa các bước trong quá trình điện di agarose gel
2.6. Bố trí thí nghiệm của đề tài
- Hình 2.6: Sơ đồ quy trình nghiên cứu

CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN

3.1. Thu mẫu cá Tra và các loài cá da trơn khác
- Bảng 3.1: Số lượng và kí hiệu mẫu cá
3.2. Định danh bằng hình thái học
- 3.2.1. Định danh cá Tra tự nhiên (Pangasius hypophthalmus)
  - Hình 3.1: Cá Tra
  - Hình 3.2: Bong bong kéo dài qua lỗ hậu môn
  - Hình 3.3: Răng khẩu cái và răng lá mía nối với nhau thành hình vòng cung
- 3.2.2. Định danh cá Hú (Pangasius conchophilus)
  - Hình 3.4: Cá Hú
- 3.2.3. Định danh cá Basa (Pangasius bocourti)
  - Hình 3.5: Cá Basa
- 3.2.4. Định danh cá Vồ đém (Pangasius larnaudiei)
  - Hình 3.6: Cá Vồ đém
- 3.2.5. Định danh cá Xác sọc (Pangasius macronemus)
  - Hình 3.7: Cá Xác sọc
- 3.2.6. Định danh cá Bông lau (Pangasius krempfi)
  - Hình 3.8: Cá Bông lau
- 3.2.7. Định danh cá Vồ cờ (Pangasius sanitwongsei)
  - Hình 3.9: Cá Vồ cờ
3.3. Kết quả tách chiết DNA
- 3.3.1. Mẫu cá Tra chọn giống của Viện II
  - Hình 3.10: Kết quả chạy điện di trên gel của mẫu cá Tra chọn giống của Viện Thủy sản II.
3.4. Định danh bằng sinh học phân tử
- 3.4.1. Thí nghiệm 1: Khảo sát nhiệt độ bắt cặp của mồi cytochrome b
  - Bảng 3.2:Chu trình nhiệt của phản ứng PCR
  - Hình 3.11: Kết quả tối ưu phản ứng PCR
- 3.4.2. Thí nghiệm 2: Kiểm định tính ổn định của phản ứng PCR
  - Bảng 3.3: Chu trình nhiệt của phản ứng PCR
  - Hình 3.12: Kết quả chạy điện di
  - Hình 3.13: Kết quả điện di 7 mẫu cá da trơn

CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ

4.1. Kết luận
4.2. Kiến nghị

TÀI LIỆU THAM KHẢO

Mẫu cá Hú
Mẫu cá Basa
Mẫu cá Vồ đém
Mẫu cá Xác sọc
Mẫu cá Bông lau
Mẫu cá Vồ cờ