Nghiên cứu xác định các đoạn ADN mã vạch cho cây râu mèo (orthosiphon aristatus) ở việt nam phục vụ cho giám định loài

C Trong suốt trình học tập, nghiên cứu rèn luyện Trường Đại học Lâm Nghiệp, để vượt qua khó khăn, thử thách đạt kết mong muốn học tập sống, ngồi cố gắng thân, tơi cịn nhận quan tâm, giúp đỡ từ thầy cơ, gia đình bạn bè Nhân dịp này, cho phép tơi bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến thầy giáo tận tình hướng dẫn, giảng dạy tơi suốt q trình học tập, nghiên cứu rèn luyện Trường Đại học Lâm nghiệp Tôi xin chân thành cảm ơn PGS.TS Bùi Văn Thắng, Th.S Nguyễn Thị Huyền tận tình giúp đỡ bảo tơi q trình hồn thành khóa luận Với kiến thức kỹ thầy, cô truyền dạy khơng giúp tơi hồn thành khóa luận mà cịn tài sản quý báu theo giúp sau Đồng thời, xin gửi lời cảm ơn đến Ban Lãnh đạo Viện Công nghệ sinh học Lâm Nghiệp, Trường Đại học Lâm nghiệp tạo điều kiện thuận lợi cho tơi có mơi trường tốt để học tập, nghiên cứu rèn luyện Cuối xin gửi lời cảm ơn chân thành đến thầy cô, gia đình, bạn bè - người động viên, khích lệ tơi suốt q trình học tập, rèn luyện thực khóa luận tốt nghiệp Mặc dù có nhiều cố gắng để hồn thành khóa luận cách hồn chỉnh nhất, song khơng thể tránh khỏi thiếu sót Do vậy, tơi mong góp ý thầy bạn để kiến thức tơi hồn thiện Tơi xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày tháng năm 2019 Sinh viên thực oàn Thu i ải ỤC ỤC L I C M N i MỤC LỤC ii D NH MỤC TỪ VI T T T iv D NH MỤC CÁC B NG v D NH MỤC CÁC HÌNH vi ĐẶT VẤN ĐỀ CH NG T NG QU N T I LI U 1.1 T ng quan đôi tượng nghiên cứu 1.1.1 Nguồn gốc phân loại 1.1.2 Đặc điểm hình thái 1.1.3 Đặc điểm sinh thái phân bố 1.1.4 Thành phần hóa học 1.1.5 Tác dụng dược lý 1.2 T ng quan DN mã vạch DNA barcode) 1.2.1 Giới thiệu DN mã vạch 1.2.2 Các đặc điểm trình tự DN barcode 1.2.3 Một số locus sử dụng phương pháp DNA barcode 11 1.2.4 Những nghiên cứu ứng dụng mã vạch ADN giám định loài 17 CH NG MỤC TI U, N I DUNG, V T LI U V PH NG PHÁP NGHI N CỨU 23 2.1 Mục tiêu nghiên cứu 23 2.2 Nội dung nghiên cứu 23 2.3 Vật liệu, hóa chất, thiết bị sử dụng nghiên cứu 23 2.3.1.Vật liệu nghiên cứu 23 2.3.2 Hóa chất sử dụng nghiên cứu 24 2.3.3 Các thiết bị sử dụng nghiên cứu 25 2.4 Phương pháp nghiên cứu 26 ii 2.4.1 Tách chiết DN t ng số 26 2.4.2 Phương pháp PCR với mồi đặc hiệu 28 2.4.3 Tinh sản phẩm PCR 31 CH NG K T QU NGHI N CỨU V TH O LU N 33 3.1 Kết tách chiết DN t ng số 33 3.2 Kết PCR nhân gen với mồi đặc hiệu 33 3.2.1 Kết nhân đoạn gen rpoB với cặp mồi đặc hiệu 34 3.2.2 Kết nhân đoạn gen trnL-trnF với cặp mồi đặc hiệu 35 3.3 Kết phân tích trình tự đoạn gen rpoB 35 3.3.1 Trình tự đoạn gen rpoB 35 3.3.2 Kết so sánh trình tự gen rpoB với trình tự Ngân hàng gen NCBI 36 3.3.3 Kết xây dựng phát sinh dựa trình tự gen rpoB 38 3.4 Kết phân tích trình tự gen trnL-trnF 41 3.4.1 Trình tự gen trnL-trnF phân lập từ Râu mèo 41 3.4.2 Kết so sánh trình tự gen trnL- trnF với trình tự Ngân hàng gen NCBI 42 3.4.3 Kết xây dựng phát sinh dựa trình tự gen trnL- trnF 44 K T LU N V KI N NGH 48 T I LI U TH M KH O iii DANH ỤC T TT T Các chữ viết tắt Nghĩa tiếng Anh Nghĩa tiếng Việt ATP Adenosin triphosphat Adenosin triphosphat BME β-mereaptoethanol β-mereaptoethanol BOLD Barcode of Life data Barcode of Life data bp Base pair Cặp base CBOL Consortium for the Barcode of Life Consortium for the Barcode of Life cpDNA Chloroplast DNA gen lục lạp CTAB Cetyl trimethylammonium bromide Cetyl trimethylammonium bromide Cytb Cytochrome b Cytochrome b DNA (ADN) Deoxyribonucleic acid Axit deoxyribonucleic dNTP Deoxyribonucleotide triphosphate Deoxyribonucleotid triphosphate EBA Extraction Buffer A Đệm tách EBB Extraction Buffer B Đệm tách B F-Primer Foward-Primer Mồi xuôi ITS Internal Transcribed Spacer vùng DN nằm gen kb Kilobase (1000 base) 1000 cặp base Nicotinamide adenine dinucleotide Nicotinamide adenine dinucleotide phosphate phosphate National Center for Biotechnology Trung tâm Quốc gia Thông tin Công Information nghệ sinh học PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi polymerase PVP Polyvinyl pyrrolidone Polyvinyl pyrrolidone NAD(P)H NCBI RFLP Restriction fragment length Phân tích đa hình trình tự DN polymorphism RNA Ribonucleic acid Axit ribonucleic rRNA Ribosomal RNA ARN ribosome SDS Sodium Dodecyl Sulphate Sodium Dodecyl Sulphate R-Primer Reverse primer Mồi ngược TAE Tris-Acetate-EDTA Tris-Acetate-EDTA tRNA Transfer RNA RN vận chuyển iv DA ỤC CÁC B G Bảng 1.2 Thông tin số mồi DNA Barcode thiết kế cho hệ gen lục lạp 15 Bảng 2.1 Kí hiệu mẫu Râu mèo sử dụng cho nghiên cứu 23 Bảng 2.2 Thành phần đệm tách A (100µl) 24 Bảng 2.3 Thành phần đệm tách B (100µl) 24 Bảng 2.4 Thành phần đệm TE (100µl) 24 Bảng 2.5: Thành phần phản ứng PCR 29 Bảng 2.6: Chu kì nhiệt cho phản ứng PCR nhân gen rpoB 29 Bảng 2.7: Chu kì nhiệt cho phản ứng PCR nhân gen trnL-trnF 30 Bảng 2.8 Trình tự thơng tin cặp mồi 30 Bảng 3.1: Mức độ tương đồng so sánh mẫu Râu mèo nghiên cứu với loài ngân hàng gen NCBI 40 Bảng 3.2: Mức độ tương đồng gen trnL- trnF so sánh mẫu Râu mèo nghiên cứu với loài ngân hàng gen NCBI 47 v DA ỤC CÁC Ì Hình 1.1: Cây Râu mèo ( Nguồn: Blog cảnh.vn) Hình 3.1: Kết điện di ADN t ng số mẫu Râu mèo 33 Hình 3.2: Sản phẩm PCR nhân gen rpoB mẫu Râu mèo 34 Hình 3.3: Sản phâm PCR nhân đoạn gen trnL-trnF từ mẫu Râu mèo 35 Hình 3.4 So sánh trình tự đoạn gen rpoB phân lập từ loài Râu mèo nghiên cứu với trình tự gen rpoB lồi Râu mèo (Clerodendranthus spicatus) có mã số EU590872.1 ngân hàng gen NCBI 37 Hình 3.5 So sánh trình tự đoạn gen rpoB phân lập từ lồi Râu mèo nghiên cứu với trình tự gen rpoB công bố Ngân hàng gen NCBI 38 Hình 3.6 Cây phân loại dựa gen rpoB xây dựng MUSCLE phương pháp Neighbor-joining) 41 Hình 3.7: So sánh trình tự đoạn gen trnL- trnF phân lập từ loài Râu mèo (Orthosiphon aristatus) với lồi Orthosiphon aristatus có mã số FJ593460.1 Ngân hàng gen NCBI 43 Hình 3.8 So sánh trình tự đoạn gen trnL- trnF phân lập từ lồi Râu mèo nghiên cứu với trình tự gen trnL- trnF công bố Ngân hàng gen NCBI 44 Hình 3.9 Cây phân loại dựa gen trnL- trnF xây dựng MUSCLE phương pháp Neighbor-joining) 47 vi ĐẶT Ấ ĐỀ Cây Râu mèo hay cịn có tên gọi khác É mùi, Bơng bạc, có tên khoa học là: Orthosiphon aristatus Đây loài thực vật thuộc họ bạc hà (Lamiaceae), nhiệt đới tương đối điển hình, mọc tự nhiên ph biến Ấn Độ, Indonesia, Malaysia, Thái Lan Ở Việt Nam, phân bố chủ yếu vùng đồng miền núi: Cao Bằng, Thanh Hóa , Lâm Đồng, Phù Yên, v.v [1] Râu mèo ưa ẩm, ưa sáng chịu bóng, thường mọc đất giàu chất mùn, gần bờ nước thung lũng [1] Cây hoa Râu mèo lồi thuốc q đơng y sử dụng để chữa nhiều bệnh sỏi thận, hạ đường huyết, cúm, thấp khớp, viêm gan, v.v Do Râu mèo thuốc quý, có giá trị kinh tế cao, nên việc khai thác mức dẫn đến Râu mèo đứng trước nguy tuyệt chủng Vì vậy, cần thiết để xây dựng ADN mã vạch cho loài giá trị nhằm làm sở cho chiến lược bảo tồn phát triển bền vững DNA barcode (mã vạch ADN) Paul Heber, nhà nghiên cứu Đại học Guelph, Ontario đưa lần vào năm 2003, nhằm giúp nhận diện mẫu vật (Hebert, 2003) Mã vạch ADN đoạn gen ngắn, đặc trưng loài sinh vật, sử dụng để định danh loài sinh vật chưa biết phương pháp so sánh với trình tự ADN ngân hàng gen Gần nhờ vào phát triển khoa học cơng nghệ nói chung kỹ thuật sinh học phân tử nói riêng cho phép nhanh chóng xác định khác biệt vật chất di truyền loài sinh vật, chí cá thể sinh vật lồi Từ định danh sinh vật xác định mối quan hệ di truyền cá thể, quần thể hay xuất xứ Như vậy, việc kết hợp thị hình thái thị phân tử ADN nhanh chóng xác định khác biệt giữ sinh vật với sinh vật khác cách xác Vì vậy, kỹ thuật sinh học phân tử xem công cụ hỗ trợ có hiệu cho việc phân tích di truyền lồi sinh vật Trong đó, mã vạch DN xem công cụ để giám định sinh vật xác định mối quan hệ di truyền loài Nhận thấy tầm quan trọng DNA barcode ứng dụng bảo tồn phân tích đa dạng di truyền lồi Râu mèo, thực đề tài “Nghiên cứu xác định đoạn ADN mã vạch cho Râu mèo (Orthosiphon aristatus) Việt Nam phục vụ cho giám định loài” nhằm góp phần cung cấp thơng tin sở liệu cho việc xác định xác lồi cấp độ phân tử C Ư G T n qu n ôi t T G A T n n hi n c u 1.1.1 Nguồn gốc phân loại Cây Râu mèo thuộc loại thân thảo phân bố rộng nhiều địa phương đất nước ta Bản hân o i ho h c Giới (Regnum) Plantae Bộ (Ordo) Lamiales H (Familia) Lamiaceae Chi (Genus) Orthosiphon Loài (Species) O stamineus Tên đồng nghĩa: Orthosiphon stamineus Benth Clerodendranthus spicatus (Thunb.) C.Y.Wu Orthosiphon rotundifolius Tên khác : Cây bơng bạc Tên nước ngồi : Orthosiphon, thé de Java barbiflore, moustache de chat ( Pháp) 1.1.2 c m hình thái Cây thân thảo, sống lâu năm, cao 0,3 – 0,5m, có Thân mảnh cứng, hình vuồn, mọc đứng, thường có màu nâu tím, nhẵn có lơng, phân cành Lá mọc đối, hình trứng, dài – 6cm, rộng 2,5 – 4cm, gốc trịn , đầu nhọn, mép khía to, gân n i rõ mặt ; cuống dài – 4cm Cụm hoa mọc thẳng thân đầu cành, dài – 10cm, gồm – 10 vịng, vịng có hoa màu trắng tím; bắc nhỏ rụng sớm; đài hình chng có răng, rộng, tõe ngồi; tràng hình ống hẹp, thẳng cong, dài 2cm, môi chia thùy, môi nguyên; nhị mọc thị ngồi hoa, dài gấp – lần tràng, nhị mảnh, nhẵn; vòi nhụy dài nhị Qủa bế tư, nhỏ, nhẵn Mùa hoa : tháng – [1] Hình 1.1: Cây Râu mèo ( Nguồn: Blog cảnh.vn) 1.1.3 c m sinh thái phân bố Độ cao phân bố từ khoảng 10 m Phù Yên) đến 600 m Cao Bằng) Cây sinh trưởng mạnh mùa hè Mùa đơng có tượng bán tán lụi phần thân cành mặt đất Cây hoa nhiều hàng năm, tái sinh tự nhiên chủ yếu từ hạt, tỷ lệ hạt nảy mầm thường thấp Râu mèo tái sinh chồi khỏe, từ phần lại sau bị cắt Cây ưa ẩm, ưa sáng chịu bóng, thường mọc đất giàu chất mùn, gần bờ nước thung lũng [1]  hân Chi Orthosiphon, có 40 loài giới, phân bố rải rác khắp vùng nhiệt đới châu Á, châu Phi châu Đại Dương Vùng nhiệt đới Đông Nam Á coi nơi tập trung có tính đa dạng cao thành phần lồi chi, Việt Nam có loài Râu mèo nhiệt đới tương đối điển hình, mọc tự nhiên ph biến Ấn Độ, Indonesia, Malaysia, Thái Lan, nước Đông Dương Châu Phi Cây trồng Indonesia, Ấn Độ, Thái Lan, Cu Ba Việt Nam Trên giới, Indonesia nước trồng nhiều Râu mèo Ngoài khối lượng dược liệu sử dụng nhiều nước, năm 1991 – 1995 nước xuất sang thị trường châu Âu năm từ 170 đến 200 Râu mèo khô H nh So sánh tr nh t đoạn gen rpoB phân lập từ loài Râu mèo nghiên cứu với tr nh t gen rpoB công bố Ngân hàng gen NCBI 3 Kết qu xây d ng phát sinh d a tr nh t gen rpoB Sau xử lý trình tự gen nhận đối chiếu với thông tin ngân hàng gen NCBI, so sánh MUSCLE, chúng tơi chọn trình tự có độ tương đồng cao có mã số là: KM877414.1; KM877412.1; EU590872.1; FR720478.1; KM877047.1; KM877418.1 để so sánh, kết so sánh thu sau: CLUSTAL multiple sequence alignment by MUSCLE (3.8) KM877414.1 -AAATGCATT-GTTGGAACTGGGTTGGAACGGCAAGCAGCTCTAGATTCGGGAGCTCT KM877412.1 -AAATGCATT-GTTGGGACTGGGTTGGAACGACAAGCAGCTCTAGATTCGGGGGCTCT EU590872.1 GTTGGAACGACAAGCAGCTCTAGATTCGGGGGCTCT Raumeo TTTAAGTGCATTTGTTGGAACTGGGTTGGAACGACAAGCAGCTCTAGATTCGGGGGCTCT FR720478.1 -GTTGGAACTGGGTTGGAACGACAAGCAGCTCTAGATTCGGGGGCTCT KM877407.1 -AAATGCATT-GTTGGAACTGGGTTGGAACGACAAGCAGCTCTAGATTCGGGGGCTCT KM877418.1 -AAATGCATT-GTTGGAACTGGGTTGGAACGACAAGCAGCTCTAGATTCGGGGGCTCT ********* ******************** ***** KM877414.1 TGCTATAGCTGAACGCGGGGGAAAGATCATTTATATAGATACTGACAAAATCCTTTTCTC KM877412.1 TGCTATAGCTGAACGCGGGGGAAAGATCATTTATATAGATACTGACAAAATCCTTTTCTC 38 EU590872.1 TGCTATAGCTGAACGCGGGGGAAAGATCGTTTATATAGATACTGACAAAATCCTTTTCTC Raumeo TGCTATAGCTGAACGCGGGGGAAAGATCGTTTATATAGATACTGACAAAATCCTTTTCTC FR720478.1 TGCTATAGCTGAACGTGGGGGAAAGATCATTTATATAGATACTGACAAAATCCTTTTCTC KM877407.1 CGCTATAGCTGAACGCGGGGGAAAGATCATTTATATAGATACTGACAAAATCCTTTTCTC KM877418.1 CGCTATAGCTGAACGCGGGGGAAAGATCATTTATATAGATACTGACAAAATCCTTTTCTC ************** ************ ******************************* KM877414.1 GGGGAATGGAGATACTCTAAGCATTTCATTAGTTATGTATCAACGTTCCAACAAAAATAC KM877412.1 GGGGAATGGAGATACTCTAACCATTTCATTAGTTATGTATCAACGTTCCAACAAAAATAC EU590872.1 GGGGAATGGAGATACTCTAAGCATTTCATTAGTTATGTATCAACGTTCCAACAAAAATAC Raumeo GGGGAATGGAGATACTCTAAGCATTTCATTAGTTATGTATCAACGTTCCAACAAAAATAC FR720478.1 GGGGAATGGAGATACTCTAAGCATTTCATTAGTTATGTATCAACGTTCCAACAAAAATAC KM877407.1 GGGGAATGGAGATACTCTAAGCATTTCATTAGTTATGTATCAACGTTCCAACAAAAATAC KM877418.1 GGGGAATGGAGATACTCTAAGCATTTCATTAGTTATGTATCAACGTTCCAACAAAAATAC ******************** *************************************** KM877414.1 TTGTATGCATCAAAAACCCCAGGTTCGGCGGGGTAAATGCATTAAAAAGGGACAAATTTT KM877412.1 TTGTATGCATCAAAAACCCCAGGTTCGGCGGGGTAAATGCATTAAAAAGGGACAAATTTT EU590872.1 TTGTATGCATCAAAAACCCCAGGTTCGGCGGGGTAAATGCATTAAAAAGGGACAAATTTT Raumeo TTGTATGCATCAAAAACCCCAGGTTCGGCGGGGTAAATGCATTAAAAAGGGACAAATTTT FR720478.1 TTGTATGCATCAAAAACCCCAGGTTCGGCGGGGTAAATGCATTAAAAAGGGACAAATTTT KM877407.1 TTGTATGCATCAAAAACCCCAGGTTCGGCGGGGTAAATGCATTAAAAAGGGACAAATTTT KM877418.1 TTGTATGCATCAAAAACCCCAGGTTCGGCGGGGTAAATGCATTAAAAAGGGACAAATTTT ************************************************************ KM877414.1 AGCAGACGGTGCTGCTACGGTTGGCGGCGAACTTGCTTTGGGGAAAAACGTATTAGTAGC KM877412.1 AGCAGACGGTGCTGCTACGGTTGGCGGCGAACTTGCTTTGGGGAAAAACGTATTAGTAGC EU590872.1 AGCAGACGGTGCTGCTACGGTTGGCGGCGAACTTGCTTTGGGGAAAAACGTATTAGTAGC Raumeo AGCAGACGGTGCTGCTACGGTTGGCGGCGAACTTGCTTTGGGGAAAAACGTATTAGTAGC FR720478.1 AGCAGACGGTGCTGCTACGGTTGGCGGCGAACTTGCTTTGGGGAAAAACGTATTAGTAGC KM877407.1 AGCAGACGGTGCTGCTACGGTTGGCGGCGAACTTGCTTTGGGGAAAAACGTATTAGTAGC KM877418.1 AGCAGACGGTGCTGCTACGGTTGGCGGCGAACTTGCTTTGGGGAAAAACGTATTAGTAGC ************************************************************ KM877414.1 TTATATGCCGTGGGAGGGTTACAATTCTGAAGATGCGGTACTCATTAGCGATCGTTTGGT KM877412.1 TTATATGCCATGGGAGGGTTACAATTCTGAAGATGCGGTACTCATTAGCGATCGTTTGGT EU590872.1 TTATATGCCGTGGGAGGGTTACAATTCTGAAGATGCGGTACTCATTAGCGATCGTTTGGT Raumeo TTATATGCCGTGGGAGGGTTACAATTCTGAAGATGCGGTACTCATTAGCGATCGTTTGGT FR720478.1 TTATATGCCGTGGGAGGGTTACAATTTTGAAGATGCAGTACTCATTAGCGATCGTTTGGT KM877407.1 TTATATGCCGTGGGAGGGTTACAATTTTGAAGATGCGGTACTCATTAGCGATCGTTTAGT KM877418.1 TTATATGCCGTGGGAGGGTTACAATTTTGAAGATGCGGTACTCATTAGCGATCGTTTAGT ********* **************** ********* ******************** ** KM877414.1 ATATGAAGATATTTATACTTCTTTTCACATACGGAAATATGAGATTCAGACTCATGTGAC KM877412.1 ATATGAAGATATTTATACTTCTTTTCACATACGGAAATATGAGATTCAGACTCATGTGAC EU590872.1 ATATGAAGATATTTATACTTCTTTTCACATACGGAAATATGAGATTCAGACTCATGTGAC Raumeo ATATGAAGATATTTATACTTCTTTTCACATACGGAAATATGAGATTCAGACTCATGTGAC FR720478.1 ATATGAAGATATTTATACTTCTTTTCACATACGGAAATATGAGATTCAGACTCATGTGAC 39 KM877407.1 ATATGAAGATATTTATACTTCTTTTCACATACGGAAATATGAGATTCAGACTCATGTGAC KM877418.1 ATATGAAGATATTTATACTTCTTTTCACATACGGAAATATGAGATTCAGACTCATGTGAC ************************************************************ KM877414.1 AAGCCAAGGCCCTGAAAGGATCACTAACGAAATACCACATTTAGAAGCCCATTTACTTCG KM877412.1 AAGCCAAGGCCCTGAAAGGATCACTAACGAAATACCGCATTTAGAAGCCCATTTACTTCG EU590872.1 AAGCCAAGGCCCTGAAAGGATCACTAACGAAATACCGCATTTAGAAGCCCATTTACTTCG Raumeo AAGCCAAGGCCCTGAAAGGATCACTAACGAAATACCGCATTTAGAAGCCCATTTACTTCG FR720478.1 AAGCCAAGGCCCTGAAAGGATCACTAACGAAATACCGCATTTAGAAGCCCATTTACTTCG KM877407.1 AAGCCAAGGCCCTGAAAGGATCACTAACGAAATACCGCATTTAGAAGCCCATTTACTTCG KM877418.1 AAGCCAAGGCCCTGAAAGGATCACTAACGAAATACCGCATTTAGAAGCCCATTTACTTCG ************************************ *********************** KM877414.1 GAATTTAGACAAAAA KM877412.1 CAATTTAGACAAAAA EU590872.1 CAATTTAGACAAAAAC - Raumeo CAATTTAGACAAAAACGGAATTGTGATGCTGGGATCAAC FR720478.1 CAATTTAGACAAAAATGGAATTGT - KM877407.1 CAATTTAGACAAAAA KM877418.1 CATTTTAGACAAAAA -* ************ Kết cho thấy lồi Râu mèo (Orthosiphon aristatus) có quan hệ gần gũi với lồi Râu mèo có tên khoa học Clerodendranthus spicatus đồng nghĩa với Orthosiphon aristatus) có mã EU590872.1 cách xa so với loài khác Bảng 3.1) Các kết thu nghiên cứu sở liệu góp phần phục vụ cơng tác nhận diện giám định lồi Râu mèo (Orthosiphon aristatus) Bản 3.1: M c ộ t ơn n hi so sánh mẫu Râu mèo n hi n c u với loài ngân hàng gen NCBI hiệu en c ộ t ơn STT Tên loài Plectranthus barbatus KM877414.1 98,58% Plectranthus mollis KM877412.1 98,78% Clerodendranthus spicatus EU590872.1 100% Ocimum basilicum PR720478.1 98,98% Isoclon coetsa KM877047.1 98,78% Isodon nilgherricus KM877418.1 98,58% 40 n (%) Dựa vào kết so sánh sơ thu trên, xây dựng quan hệ loài Râu mèo nghiên cứu với loài so sánh ngân hàng gen NCBI có mã số là: KM877414.1; KM877412.1; EU590872.1; FR720478.1; KM877047.1; KM877418.1 Kết thu hình 3.6 cho thấy: Râu mèo nghiên cứu có mối quan hệ gần với loài Râu mèo (EU590872.1) nguồn gốc Trung Quốc, nằm nhánh Hình 3.6 Cây phân o i dự tr n en rpoB xây dựn ằn C E (ph ơn pháp ei h or-joining) 3.4 Kết phân t ch tr nh tự en trnL-trnF 34 Tr nh t gen trnL-trnF phân lập từ Râu mèo Kết xác định trình tự nucleotide cho thấy, đoạn gen trnL- trnF nhân có kích thước 881bp, khơng có sai khác mẫu nghiên cứu, kết tương đồng 100% Kết giải trình tự đoạn gen trnL- trnF mẫu Râu mèo sau: CTCGAAATCCGGGTAGACGCTACGGACTTAATTGGATTGAGCCTTGGTATGGAAACCT ACTAAGTGATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCCGGAATTAATAAAAATGGGCAATCC TGAGCCAAATCCTGTTTTCTCAAAACAAAGGTTCAAAAAACGAAAAAAAGGATAGGTG CAGAGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAATGGGAGTTGACTGCGCTGGTAGAGGAAT CTTTCCATGGAAACTTTAGAAAGGATGAAGGATAAACGCATCTATTGAATCTATATCA AATGGTTAATGATGGCCCGAATCTTTTAATATGAAAAAATGGAAAAATTGGTGTGAAT TGATTCTACGTTGAAGAAAAAATCGAATATTCATCAACTCATTCGCTCCATAGTCCGA TAGATCTTTTAAAGAACTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCATTCTACA TGTCAATATCGGCAACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAA TCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAAAAGCCTATTTGACCCCTAAAATATTTA 41 CCCTACCCCCCCTTAGCGGTTCCAAATTCCTTTATCTTTCTGATTCTTTGACAAACGT ATTTGGGCGTAAATGACTTTCTCTTATCACATGTGATATAGAATACGCATTCCAAATG AAGCAAGGAATGCCAATGTGAATAATTCACAAAATAGCATTAAAGTTACAGGACTTGG AGAAAACTTTGTAATCCCCCTTGTTCCTTTAATTGACATCGACTCCAGTCATCTAATA AAATGAGGGTGGGATGCTACGGTCGGGATAGCTCAGCTGGTAGAGCAGAGGACTGAAA ATCCTCGTGTA Kết qu so sánh tr nh t gen trnL- trnF với tr nh t Ngân 3.4 hàng gen NCBI Từ tương đồng trình tự, nhận thấy khơng có khác cấp độ cá thể lồi Râu mèo Do lấy trình tự mẫu đại diện cho loài để phân tích kết Kết Blast trình tự gen trnL- trnF phân lập từ Râu mèo nghiên cứu với trình tự cơng bố Ngân hàng gen NCBI cho thấy có mức độ tương đồng 100% 823bp/823bp) với loài Râu mèo (Orthosiphon aristatus, mã số FJ593460.1) Hình 3.7) tương đồng cao với lồi khác Hình 3.8) Orthosiphon aristatus isolate tRNA-Leu (trnL) gene and trnL-trnF intergenic spacer, partial sequence; chloroplast Sequence ID: FJ593460.1Length: 836Number of Matches: Range 1: to 823GenBankGraphics Score Expect Identities Gaps Strand 1520 0.0 823/823(100%) 0/823(0%) Plus/Plus bits(823) Query 58 Sbjct Query 118 Sbjct 61 Query 178 Sbjct 121 Query 238 Sbjct 181 Query 298 Sbjct 241 TACTAAGTGATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCCGGAATTAATAAAAATGGGCAATCCT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TACTAAGTGATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCCGGAATTAATAAAAATGGGCAATCCT 117 GAGCCAAATCCTGTTTTCTCAAAACAAAGGTTCaaaaaacgaaaaaaaGGATAGGTGCAG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GAGCCAAATCCTGTTTTCTCAAAACAAAGGTTCAAAAAACGAAAAAAAGGATAGGTGCAG 177 60 120 AGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAATGGGAGTTGACTGCGCTGGTAGAGGAATCTTTC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAATGGGAGTTGACTGCGCTGGTAGAGGAATCTTTC 237 CATGGAAACTTTAGAAAGGATGAAGGATAAACGCATCTATTGAATCTATATCAAATGGTT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CATGGAAACTTTAGAAAGGATGAAGGATAAACGCATCTATTGAATCTATATCAAATGGTT 297 AATGATGGCCCGAATCTTTTAATATGAAAAAATGGAAAAATTGGTGTGAATTGATTCTAC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AATGATGGCCCGAATCTTTTAATATGAAAAAATGGAAAAATTGGTGTGAATTGATTCTAC 357 42 180 240 300 Query 358 Sbjct 301 Query 418 Sbjct 361 Query 478 Sbjct 421 Query 538 Sbjct 481 Query 598 Sbjct 541 Query 658 Sbjct 601 Query 718 Sbjct 661 Query 778 Sbjct 721 Query 838 Sbjct 781 GTTGAAGAAAAAATCGAATATTCATCAACTCATTCGCTCCATAGTCCGATAGATCTTTTA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GTTGAAGAAAAAATCGAATATTCATCAACTCATTCGCTCCATAGTCCGATAGATCTTTTA AAGAACTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCATTCTACATGTCAATATCGGC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AAGAACTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCATTCTACATGTCAATATCGGC 417 360 477 420 AACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAAG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAAG 537 TCCCTCTATCCCCAAAAAGCCTATTTGACCCCTAAAATATTTACCCTAcccccccTTAGC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TCCCTCTATCCCCAAAAAGCCTATTTGACCCCTAAAATATTTACCCTACCCCCCCTTAGC 597 480 540 GGTTCCAAATTCCTTTATCTTTCTGATTCTTTGACAAACGTATTTGGGCGTAAATGACTT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GGTTCCAAATTCCTTTATCTTTCTGATTCTTTGACAAACGTATTTGGGCGTAAATGACTT 657 TCTCTTATCACATGTGATATAGAATACGCATTCCAAATGAAGCAAGGAATGCCAATGTGA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TCTCTTATCACATGTGATATAGAATACGCATTCCAAATGAAGCAAGGAATGCCAATGTGA 717 ATAATTCACAAAATAGCATTAAAGTTACAGGACTTGGAGAAAACTTTGTAATCCCCCTTG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ATAATTCACAAAATAGCATTAAAGTTACAGGACTTGGAGAAAACTTTGTAATCCCCCTTG 777 TTCCTTTAATTGACATCGACTCCAGTCATCTAATAAAATGAGGGTGGGATGCTACGGTCG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TTCCTTTAATTGACATCGACTCCAGTCATCTAATAAAATGAGGGTGGGATGCTACGGTCG 837 GGATAGCTCAGCTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGT ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GGATAGCTCAGCTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGT 600 660 720 780 880 823 Hình 3.7: So sánh tr nh tự o n en trnL- trnF phân ập từ loài Râu mèo (Orthosiphon aristatus) với oài Orthosiphon aristatus có mã s FJ593460.1 Ngân hàng gen NCBI 43 H nh So sánh tr nh t đoạn gen trnL- trnF phân lập từ loài Râu mèo nghiên cứu với tr nh t gen trnL- trnF công bố Ngân hàng gen NCBI Kết qu xây d ng phát sinh d a tr nh t gen trnL- trnF Dựa vào kết Blast NCBI, chúng tơi chọn trình tự có độ tương đồng cao có mã số Ngân hàng gen NCBI là: AJ563793.1; AJ505472.1; FJ593460.1; AJ505474.1; AJ505476.1; AJ505475.1 để so sánh Kết so sánh thu sau: CLUSTAL multiple sequence alignment by MUSCLE (3.8) AJ563793.1 AJ505472.1 FJ593460.1 Raumeo AJ505474.1 AJ505476.1 AJ505475.1 -ACGGACTTAATTGGATTGAGCCTTGGTATGGAAACCTAC TTGAGCCTTGGTATGGAAACCTAC -TAC CTCGAAATCCGGGTAGACGCTACGGACTTAATTGGATTGAGCCTTGGTATGGAAACCTAC TTGAGCCTTGGTATGGAAACCTAC TTGAGCCTTGGTATGGAAACCTAC -TGAGCCTTGGTATGGAAACCTAC *** AJ563793.1 AJ505472.1 FJ593460.1 Raumeo AJ505474.1 AJ505476.1 AJ505475.1 TAAGTGATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCCGGCAATTAATAAAAATGGGCAATCCTGA TAAGTGATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCCGGCAATTAATAAAAATGGGCAATCCTGA TAAGTGATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCCGG-AATTAATAAAAATGGGCAATCCTGA TAAGTGATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCCGG-AATTAATAAAAATGGGCAATCCTGA TAAGTGATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCCGGCAATTAATAAAAATGGGCAATCCTGA TAAGTGATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCCGGCAATTAATAAAAATGGGCAATCCTGA TAAGTGATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCCGGCAATTAATAAAAATGGGCAATCCTGA ********************************** ************************* AJ563793.1 AJ505472.1 FJ593460.1 Raumeo AJ505474.1 GCCAAATCCTGTTTTCTCAAAACAAAGGTTCAAAAAACGAAAAAAAAAGGATAGGTGCAG GCCAAATCCTGTTTTCTCAAAACAAAGGTTCAAAAAACGAAAAAAAAAGGATAGGTGCAG GCCAAATCCTGTTTTCTCAAAACAAAGGTTCAAAAAACG AAAAAAAGGATAGGTGCAG GCCAAATCCTGTTTTCTCAAAACAAAGGTTCAAAAAACG AAAAAAAGGATAGGTGCAG GCCAAATCCTGTTTTCTCAAAACAAAGGTTCAAAAAACG AAAAAAAGGATAGGTGCAG 44 AJ505476.1 AJ505475.1 GCCAAATCCTGTTTTCTCAAAACAAAGGTTCAAAAAACG AAAAAAAGGATAGGTGCAG GCCAAATCCTGTTTTCTCAAAACAAAGGTTCAAAAAACG AAAAAAAGGATAGGTGCAG *************************************** ******************* AJ563793.1 AJ505472.1 FJ593460.1 Raumeo AJ505474.1 AJ505476.1 AJ505475.1 AGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAATGGGAGTTGACTGCGCTGGTAGAGGAATCTTTC AGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAATGGGAGTTGACTGCGCTGGTAGAGGAATCTTTC AGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAATGGGAGTTGACTGCGCTGGTAGAGGAATCTTTC AGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAATGGGAGTTGACTGCGCTGGTAGAGGAATCTTTC AGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAATGGGAGTTGACTGCGCTGGTAGAGGAATCTTTC AGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAATGGGAGTTGACTGCGCTGGTAGAGGAATCTTTC AGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAATGGGAGTTGACTGCGCTGGTAGAGGAATCTTTC ************************************************************ AJ563793.1 AJ505472.1 FJ593460.1 Raumeo AJ505474.1 AJ505476.1 AJ505475.1 CATGGAAACTTTAGAAAGGATGAAGGATAAACGCATCTATTGAATACTATATCAAATGGT CATGGAAACTTTAGAAAGGATGAAGGATAAACGCATCTATTGAATACTTTATCAAATGGT CATGGAAACTTTAGAAAGGATGAAGGATAAACGCATCTATTGAAT-CTATATCAAATGGT CATGGAAACTTTAGAAAGGATGAAGGATAAACGCATCTATTGAAT-CTATATCAAATGGT CATGGAAACTTTAGAAAGGATGAAGGATAAACGCATCTATTGAAT-CTATATCAAATGGT CATGGAAACTTTAGAAAGGATGAAGGATAAACGCATCTATTGAAT-CTATATCAAATGGT CATGGAAACTTTAGAAAGGATGAAGGATAAACGCATCTATTGAAT-CTATATCAAATGGT ********************************************* ** *********** AJ563793.1 AJ505472.1 FJ593460.1 Raumeo AJ505474.1 AJ505476.1 AJ505475.1 TAATGATGGCCCGAATCTTTTAATATGAAAAAATGGAAAAATTGGTGTGAATTGATTCTA TAATGATGGCCCGAATCTTTTAATATGAAAAAATGGAAAAATTGGTGTGAATTGATTCTA TAATGATGGCCCGAATCTTTTAATATGAAAAAATGGAAAAATTGGTGTGAATTGATTCTA TAATGATGGCCCGAATCTTTTAATATGAAAAAATGGAAAAATTGGTGTGAATTGATTCTA TAATGATGGCCCGAATCTTTTAATATGAAAAAATGGAAAAATTGGTGTGAATTGATTCTA TAATGATGGCCCGAATCTTTTAATATGAAAAAATGGAAAAATTGGTGTGAATTGATTCTA TAATGATGGCCCGAATCTTTTAATATGAAAAAATGGAAAAATTGGTGTGAATTGATTCTA ************************************************************ AJ563793.1 AJ505472.1 FJ593460.1 Raumeo AJ505474.1 AJ505476.1 AJ505475.1 CGTTGAAGAAAAAATCAAATATTCATCAACTCATTCGCTCCATAGTCCGATAGATCTTTT CGTTGAAGAAAAAATCGAATATTCATCAACTCATTCGCTCCATAGTCCGATAGATCTTTT CGTTGAAGAAAAAATCGAATATTCATCAACTCATTCGCTCCATAGTCCGATAGATCTTTT CGTTGAAGAAAAAATCGAATATTCATCAACTCATTCGCTCCATAGTCCGATAGATCTTTT CGTTGAAGAAAAAATCGAATATTCATCAACTCATTCGCTCCATAGTCCGATAGATCTTTT CGTTGAAGAAAAAATCGAATATTCATCAACTCATTCGCTCCATAGTCCGATAGATCTTTT CGTTGAAGAAAAAATCGAATATTCATCAACTCATTCGCTCCATAGTCCGATAGATCTTTT **************** ******************************************* AJ563793.1 AJ505472.1 FJ593460.1 Raumeo AJ505474.1 AJ505476.1 AJ505475.1 AAAGAACTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCATTCTACATGTCAATATCGG AAAGAACTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCATTCTACATGTCAATATCGG AAAGAACTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCATTCTACATGTCAATATCGG AAAGAACTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCATTCTACATGTCAATATCGG AAAGAACTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCATTCTACATGTCAATATCGG AAAGAACTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCATTCTACATGTCAATATCGG AAAGAACTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCATTCTACATGTCAATATCGG ************************************************************ AJ563793.1 AJ505472.1 FJ593460.1 Raumeo AJ505474.1 AJ505476.1 AJ505475.1 CAACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAA CAACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAA CAACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAA CAACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAA CAACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAA CAACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAA CAACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAA ************************************************************ AJ563793.1 AJ505472.1 FJ593460.1 Raumeo AJ505474.1 AJ505476.1 AJ505475.1 GTCCCTCTATCCCCAAAAAGCCTATTTGACCCCTAAAATATTTACTCTATCCATCCCCCC GTCCCTCTATCCCCAAAAAGCCTATTTGACCCCTAAAATATTTACCCT ATCCCCCC GTCCCTCTATCCCCAAAAAGCCTATTTGACCCCTAAAATATTTACCCT ACCCCCCC GTCCCTCTATCCCCAAAAAGCCTATTTGACCCCTAAAATATTTACCCT ACCCCCCC GTCCCTCTATCCCCAAAAAGCCTATTTGACCCCTAAAATATTTACCCT A-CCCCCC GTCCCTCTATCCCCAAAAAGCCTATTTGACCCCTAAAATATTTACCCT ATCCCCCC GTCCCTCTATCCCCAAAAAGCCTATTTGACCCCTAAAATATTTACCCT ATCCCCCC 45 ********************************************* ** * ****** AJ563793.1 AJ505472.1 FJ593460.1 Raumeo AJ505474.1 AJ505476.1 AJ505475.1 TTAGCGGTTCCAAATTCCTTTATCTTTCTGATTCTTTGACAAACGTATTTGGGCGTAAAT TTAGCGGTTCCAAATTCCTTTATCTTTCTGATTCTTTGACAAACGTATTTGGGCGTAAAT TTAGCGGTTCCAAATTCCTTTATCTTTCTGATTCTTTGACAAACGTATTTGGGCGTAAAT TTAGCGGTTCCAAATTCCTTTATCTTTCTGATTCTTTGACAAACGTATTTGGGCGTAAAT TTAGCGGTTCCAAATTCCTTTATCTTTCTGATTCTTTGACAAACGTATTTGGGCGTAAAT TTAGCGGTTCCAAATTCCTTTATCTTTCTGATTCTTTGACAAACGTATTTGGGCGTAAAT TTAGCGGTTCCAAATTCCTTTATCTTTCTGATTCTTTGACAAACGTATTTGGGCGTAAAT ************************************************************ AJ563793.1 AJ505472.1 FJ593460.1 Raumeo AJ505474.1 AJ505476.1 AJ505475.1 GACTTTCTCTTATCACATGTGATGTAAAATACGCATTCCAAATGAAGCAAGGAATACCAA AACTTTCTCTTATCACATGTGATATAGAATACGCATTCCAAATGAAGCAAGGAATGCCAA GACTTTCTCTTATCACATGTGATATAGAATACGCATTCCAAATGAAGCAAGGAATGCCAA GACTTTCTCTTATCACATGTGATATAGAATACGCATTCCAAATGAAGCAAGGAATGCCAA GACTTTCTCTTATCACATGTGATATAGAATACGCATTCCAAATGAAGCAAGGAATGCCAA GACTTTCTCTTATCACATGTGATATAGAATACGCATTCCAAATGAAGCAAGGAATGCCAA GACTTTCTCTTATCACATGTGATATAGAATACGCATTCCAAATGAAGCAAGGAATGCCAA ********************** ** **************************** **** AJ563793.1 AJ505472.1 FJ593460.1 Raumeo AJ505474.1 AJ505476.1 AJ505475.1 T-TGAATAATTCACAAAATAGCATTCAAATTACAGGACTTGGAGAAAACTTTGTAATCCC TGTGAATAATTCACAAAATAGCATTAAAATTACAGGACTTGGAGAAAACTTTGTAATCCC TGTGAATAATTCACAAAATAGCATTAAAGTTACAGGACTTGGAGAAAACTTTGTAATCCC TGTGAATAATTCACAAAATAGCATTAAAGTTACAGGACTTGGAGAAAACTTTGTAATCCC TGTGAATAATTCACAAAATAGCATTAAAGTTACAGGACTTGGAGAAAACTTTGTAATCCC TGTGAATAATTCACAAAATAGCATTAAAGTTACAGGACTTGGAGAAAACTTTGTAATCCC TGTGAATAATTCACAAAATAGCATTAAAGTTACAGGACTTGGAGAAAACTTTGTAATCCC * *********************** ** ******************************* AJ563793.1 AJ505472.1 FJ593460.1 Raumeo AJ505474.1 AJ505476.1 AJ505475.1 CCTTGTCCCTTTAATTGACATCGACTCCAGTCATCTAATAAAATGAGGGTGGGATGCTAC CCTTGTCCCTTTAATTGACATCGACTCCAGTCATCTAATAAAATGAGGGTGGGATGCTAC CCTTGTTCCTTTAATTGACATCGACTCCAGTCATCTAATAAAATGAGGGTGGGATGCTAC CCTTGTTCCTTTAATTGACATCGACTCCAGTCATCTAATAAAATGAGGGTGGGATGCTAC CCTTGTCCCTTTAATTGACATCGACTCCAGTCATCTAATAAAATGAGGGTGGGATGCTAC CCTTGTCCCTTTAATTGACATCGACTCCAGTCATCTAATAAAATGAGGGTGGGATGCTAC CCTTGTCCCTTTAATTGACATCGACTCCAGTCATCTAATAAAATGAGGGTGGGATGCTAC ****** ***************************************************** AJ563793.1 AJ505472.1 FJ593460.1 Raumeo AJ505474.1 AJ505476.1 AJ505475.1 GGTCGGGATAGCTCAGCTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTGGTCGGGATAGCTCAGCTGGTAGAGCAGAGGACT GGTCGGGATAGCTCAGCTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTGGTCGGGATAGCTCAGCTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTA GGTCGGGATAGCTCAGCTGGTAGAGCAGAG GGTCGGGATAGCTCAGCTGGTAGAGCAGAGGACT GGTCGGGATAGCTCAGCTGGTAGAGCAGAG ****************************** Kết so sánh cho thấy loài Râu mèo (Orthosiphon aristatus) nghiên cứu có quan hệ gần gũi với loài Orthosiphon aristatus (FJ593460.1) cách xa so với loài khác Các kết thu nghiên cứu sở liệu góp phần phục vụ công tác nhận diện giám định loài Râu mèo (Orthosiphon aristatus) 46 Bản 3.2: c ộ t ơn n gen trnL- trnF so sánh mẫu Râu mèo n hi n c u với oài tr n n ân hàn STT en CB hiệu en Tên loài Hemizygia subvelutina Ocimum serratum Orthosiphon aristatus (cây Râu mèo) Orthosiphon aristatus (cây Râu mèo) Orthosiphon rotundifolius (cây Râu mèo) Orthosiphon parishiv AJ563793.1 AJ505472.1 FJ593460.1 AJ505474.1 AJ505476.1 c ộ t ơn n (%) 98,04% 98,92% 100% 99,64% 99,64% AJ505475.1 99,64% Dựa vào kết so sánh sơ thu trên, chúng tơi xây dựng quan hệ lồi Râu mèo nghiên cứu với loài so sánh Ngân hàng gen NCBI có mã số là: AJ563793.1; AJ505472.1; FJ593460.1; AJ505474.1; AJ505476.1; AJ505475.1 Kết thu hình 3.9 cho thấy, Râu mèo nghiên cứu có họ hàng gần với lồi Orthosiphon aristatus có mã số FJ593460.1 Hình 3.9 Cây phân o i dự tr n gen trnL- trnF xây dựn (ph ơn pháp ei h or-joining) 47 ằn C E K T K G Kết uận Đã nhân thành công đoạn gen rpoB trnL-trnF từ mẫu Râu mèo (Orthosiphon aristatus); đoạn gen rpoB có kích thước 519 bp đoạn gen trnL-trnF có kích thước 881 bp So sánh trình tự đoạn gen rpoB trnL-trnF mẫu nghiên cứu có mức độ tương đồng 100% So sánh đoạn gen rpoB phân lập từ Râu mèo có mức độ tương đồng cao với trình tự gen rpoB cơng bố Ngân hàng gen Quốc tế NCBI; tương đồng với loài Râu mèo Clerodendranthus spicatus (mã số EU590872.1) 100% (472/472bp) Gen trnL-trnF nhân từ Râu mèo có mức độ tương đồng cao với trình tự gen trnL-trnF công bố Ngân hàng gen Quốc tế NCBI: tương đồng với loài Râu mèo Orthosiphon aristatus (mã số FJ593460.1) 100% (823/823bp) loài Râu mèo Orthosiphon rotundifolius (mã số AJ505476.1) 99.64% (828/831 bp) Các loài thuộc chi Orthosiphon có trình tự gen rpoB tương đồng cao, khác 1% Đã xây dựng phát sinh loài Râu mèo dựa đoạn trình tự gen rpoB trnL-trnF với trình tự gen cơng bố NCBI; cho thấy lồi Râu mèo nghiên cứu nằm nhánh với loài Râu mèo Orthosiphon aristatus Kiến n hị Có thể sử dụng đoạn gen rpoB trnL-trnF làm thị DN mã vạch để giám định xác lồi Râu mèo Orthosiphon aristatus phục vụ cho công tác quản lý dược liệu Râu mèo, chọn tạo giống nhân giống 48 T T T G T A K O T Đỗ Huy Bích, Đặng Quang Chung, Bùi Xuân Chương, Đỗ Trung Đàm, Phạm Văn Hiển, Vũ Ngọc Lộ, Phạm Duy Mai, Phạm Kim Mãn, Đoàn Thị Nhu, Nguyễn Tập, Trần Đoàn 2006), “Cây thuốc động vật làm thuốc Việt Nam tập II” NXB Khoa học kĩ thuật, trang 623-624-625 Hồ Huỳnh Thùy Dương 2005), Sinh học phân tử, NXB Giáo Dục – Hà Nội, trang 191 -198 Nguyễn Tiến Dũng, Nguyễn Quỳnh Nga, Trần Ngọc Lân, Nguyễn Thị Thu, Ninh Thị Phíp, Đồn Thị Thanh Nhàn, Lê Thị Thu Hiền, Nguyễn Nhật Linh 2018), “Đặc điểm hình thái mã vạch ADN lồi bảy hoa Paris vietnamensis Takht.) H.Li” Tạp chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam 2018, 16(4): 282-289 Hoàng Đăng Hiếu 2012), sử dụng kỹ thuật sinh học phân tử phân tích đa dạng cà định dạng tập đồn Dó Bầu Aquilaria SP.), luận văn Th.sĩ Hà Văn Huân, Nguyễn Văn Phong 2015), “Xác định mã vạch cho Trà hoa vàng Tam Đảo Camellia tamdaoensis)”, Tạp chí Nơng nghiệp PTNT, số 5/2015, trang 123 – 124 Lê Thanh Hương, Nguyễn Nhật Linh, Bùi Mạnh Minh, Hà Hồng Hạnh, Huỳnh Thị Thu Huệ, Nông Văn Hải, Hà Văn Huân, Lê Thị Thu Hiền 2017), “Ứng dụng mã vạch ADN hỗ trợ định loại loài số mẫu sâm thuộc chi nhân sâm” Tạp chí Cơng nghệ Sinh học, số 15 Nguyễn Đức Lượng 2002), Công nghệ gen NXB Đại học Quốc Gia TP Hồ Chí Minh Lê Đình Lương, Quyền Đình Thi 2004), Kỹ thuật di truyền ứng dụng, NXB Đại học Quốc Gia Hà Nội Đinh Hoàng Long, Đỗ Lê Thăng 2008), “Cơ sở di truyền học phân tử tế bào”, NXB Đại học Quốc Gia Hà Nội 10 Nguyễn Thị Thanh Nga 2012), “Đánh giá đa dạng di truyền số loài dược liệu Việt Nam thuộc chi Đảng Sâm Codonopsis sp) kỹ thuật ND mã vạch”, luận văn Th.sĩ 11.Phạm Thị Thùy (2004) Công nghệ sinh học bảo vệ thực vật NXB ĐH Quốc Gia Hà Nội 12 Khuất Hữu Thanh 2006), Kĩ thuật gen nguyên lí ứng dụng, NXB Đại học Quốc Gia Hà Nội 13 Dương Thúy Yên, Nguyễn Kiệt, Bùi Sơn Nên, Nguyễn Văn Thường, Nguyễn Bạch Loan, Trần Đắc Định 2006), “ADN mã vạch đặc điểm hình thái cá bơng lau Pangasius krempfi), Cá tra bần P Mekongensis) cá dứa (P Elongatus)” Tạp chí Cơng nghệ Sinh học 14(1): 29-37, 2016 TÀI LI U TI NG ANH 14 sadatun bdullah Hartmut Rehbein 2016), “DNA barcoding for the species identification of commercially important fishery products in Indonesian markets”, Food Science Technology, 52(1), 266 – 274 15 Chen S.Y.H Han J Liu C Song J Et l 2010), “Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species”, PloS ONE 5: e8613 16 Chen SY, Zhao R, Xu L, Feng QJ, Wang B, Kang TQ 2016), “DNA Barcoding of Mongolian Medicinal Plant Scutellaria scordifolia” 2016 Jul;39(7):1483-7 17 Gao T Y.H Song j Liu C Zhu Y Et l 2010), “Identification of ITS2”, Journal of Ethnopharmacology, 130, pp 116 – 121 18 Hollings worth Pm, G.S Little Dp 2011), “Choosing and using a Plant ADN Barcode”, PloS ONE, 65 19 Hebert P.D.N ,C.A Ball S L , Proc R Soc Lond B Biol Sci,270, pp 313 321 20 Mark Y.S.H.P.D.N (2008), Barcode of Life, Scientific American, pp 8288 21 Mishra, P., Kumar, A., Nagireddy, A., Shukla, A K., & Sundaresan, V (2017) Evaluation of single and multilocus DNA barcode towards species delineation in complex tree genus Terminalia PloS one, 12(8): e0182836 22 Pang X., Xu H., Han J., Sông J 2012), “DNA barcoding technique to identify Menthae haplocalycis herba ” 2012 pr;37 8):1114-7 23 Pang X., Xu H., Han J., Song J 2012), “Applying DNA barcoding technique to identify menthae haplocalycis herba” 2012 pr;37 8):1114-7 24 Storchova H., M S Olson 2007), “The architecture of the chloroplast psbA-trnH non coding region in angiosperms” Plant systematic and evolution Biomedical and life sciences, Vol 268, No 1-4, pp 235-256 25 Taberlet P., Eric C., Francois P., Ludovic G., Christian M., Alice V., Thierry V., Gérard C., Christian B., and Eske W 2007),” Power and limitations of the chloroplast trnL (UAA) intron for plant ADN barcoding”, Nucleic cids Res, 35 3), pp14 26 Van DeWiel C C M., Van Der Schoot J., Van Valkenburg J L., Duistermaat C H., Smulders 2009), “DNA barcoding discriminates the noxious invasive plant species, floating pennywort (Hydrocotyle ranunculoides L.f.), from non-invasive relatives”, Molecular Ecology Resources (9), pp.1086-1091 27 Vijayan K and Tsou C H 2010), “DNA barcoding in plants: taxonomy in a new perspective”, Current science, vol 99, pp 1530 - 1540 28 Wu F., Mueller L A., Crouzillat D., Petiard V., Tanksley S D (2006), “Combining bioinformatics and phylogenetics to identify large sets of single-copy orthologous genes (COSII) for comparative, evolutionary and systematic studies: A test case in the euasterid plant clade”, Genetics (174), pp 1407-1420 29 Wang W., Wu Y., Yan Y., Ermakova M., Kerstetter R 2010) “DNA barcoding of the Lemnaceae, a family of aquatic monocots”, BMC Plant Biology (10), pp.205 30 Wang M., Zhao HX., Wang L., Wang T., Yang RW., Wang XL., Zhou YH., Ding CB., Zhang L 2013), “ Potential use of DNA barcoding for the identification of Salvia based on cpADN and nrADN sequences” 2013 Oct 10;528(2):206-15 31 Wang DY., Wang Q., Wang YL., Xiang XG., Huang LQ., Jin XH 2017), “ Evaluation of DNA barcode in Codonopsis (Campanulaceae) and in some large angiosperm plant genera” 2017 Feb 9;12 2) 32 Yong H L., Jinlan R., Shilin C., Jingyuan S., Kun L., Dong L and Hui Y 18 December, 2010) “Authentication of Taxillus chinensis using DNA barcoding technique”, Journal of Medicinal Plants Research Vol 24), pp 2706-2709 33 Yao H., Song J., Liu C., Luo K., Han J 2010), “Use of ITS2 region as theuniversal DNA barcode for plants and animals”, PLoS ONE 5), pp.13102 34 Zhang B., Yuan Q., Huang L., Liu X., Li X., Lin S., Chen M., Ge X (2012), “Locality identification of Chinese medicinal plant WEBSITE 35 botanyvn.com 36 vienduoclieu.org.vn ... ục ti u n hi n c u ục ti u chun : Xác định số đoạn ADN mã vạch cho Râu mèo (Orthosiphon aristatus) nhằm xây dựng sở liệu ADN mã vạch, phục vụ cho việc giám định loài quản lý nguồn tài nguyên sinh... cung cấp sở khoa học để xác định nhanh chóng xác thảo mộc [23] 19 1.2.4.2 Ở Việt Nam Ở Việt Nam, đến có số cơng trình nghiên cứu mã vạch ADN triển khai số sở nghiên cứu Tuy nhiên, nghiên cứu nhỏ... truyền loài Nhận thấy tầm quan trọng DNA barcode ứng dụng bảo tồn phân tích đa dạng di truyền lồi Râu mèo, thực đề tài ? ?Nghiên cứu xác định đoạn ADN mã vạch cho Râu mèo (Orthosiphon aristatus) Việt