Ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn tạo giống lúa chịu mặn ứng phó với biến đổi khí hậu

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN NGUYỄN THỊ HUẾ ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ TRONG CHỌN TẠO GIỐNG LÚA CHỊU MẶN ỨNG PHĨ VỚI BIẾN ĐỔI KHÍ HẬU LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội, 2013 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN NGUYỄN THỊ HUẾ ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ TRONG CHỌN TẠO GIỐNG LÚA CHỊU MẶN ỨNG PHĨ VỚI BIẾN ĐỔI KHÍ HẬU Chuyên ngành: Di truyền học Mã số: 60420121 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Người hướng dẫn khoa học: TS Lê Hùng Lĩnh TS Đỗ Thị Phúc Hà Nội, 2013 LỜI CẢM ƠN Trong suốt trình thực tập hoàn thành luận văn, nỗ lực cố gắng thân, nhận giúp đỡ nhiệt tình cán thuộc mơn Sinh học phân tử, Viện Di truyền Nông nghiệp Tôi trân trọng thầy cô môn Di truyền, khoa Sinh học, Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQGHN lãnh đạo cán thuộc Bộ môn Sinh học phân tử Viện Di truyền Nông Nghiệp tạo điều kiện giúp đỡ giúp xây dựng hồn thành luận văn Đặc biệt tơi chân thành cảm ơn TS Lê Hùng Lĩnh, TS Đỗ Thị Phúc tận tình hướng dẫn suốt trình nghiên cứu hồn thành luận văn Qua tơi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc TS Tạ Hồng Lĩnh, Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam giúp đỡ, chia sẻ kinh nghiệm có nhiều ý kiến đóng góp để tơi hồn thành luận văn Cuối tơi xin tỏ lịng cảm ơn chân thành tới gia đình, bạn bè động viên giúp đỡ tơi suốt thời gian thực luận văn Trân trọng! Hà Nội, ngày 18 tháng 12 năm 2013 Nguyễn Thị Huế DANH MỤC BẢNG TT Tên bảng Bảng Tác động mực nƣớc biển dâng cao đến khu vực Đông Á Bảng Độ mặn số điểm hệ thống sông lớn vùng ĐBSH Bảng Kịch nƣớc biển dâng Việt Nam so với thời kỳ 1980 – 1999 11 Bảng So sánh thị phân tử so với thị hình thái 23 Bảng Thơng tin thị phân tử NST1 31 Bảng Đánh giá tiêu chuẩn cải tiến (SES) quan sát mức hại 37 Trang mặn giai đoạn mạ Bảng Kết lọc mặn sau tuần giống 45 Bảng So sánh hai giống FL478 OM6976 46 Bảng Kết lọc mặn sau tuần dòng 55 Bảng 10 Một số đặc điểm nơng học hình thái dịng/giống lúa 59 tham gia thí nghiệm Giao Thủy, Nam Định, năm 2012 Bảng 11 Năng suất yếu tố cấu suất dòng/giống 62 tham gia thí nghiệm Giao Thủy, Nam Định, năm 2012 Bảng 12 Một số đặc điểm nơng học hình thái dịng chịu mặn 65 thí nghiệm Giao Thủy, Nam Định năm 2013 Bảng 13 Năng suất yếu tố cấu thành suất dịng chịu mặn thí nghiệm Giao Thủy, Nam Định năm 2013 69 DANH MỤC HÌNH Tên hình TT Trang Hình Diễn biến nhiệt độ quy mơ tồn cầu khu vực Hình Xu biến động mực nƣớc biển trung bình trạm quan trắc nƣớc biển tồn cầu Hình Mức tăng nhiệt độ trung bình mùa đơng vào cuối kỷ 21 theo kịch phát thải trung bình Hình Kịch nƣớc biển dâng cho khu vực ven biển Việt Nam 10 Hình Vị trí thị NST1 Locus gen Saltol 30 Hình Thí nghiệm lọc mặn giai đoạn mạ điều kiện nhân 37 tạo Hình Kết kiểm tra DNA tổng số gel agarose 0,8% 47 Hình Kết điện di với thị RM493 20 cá thể BC1F1 49 Hình Kết điện di với thị RM3412b 20 cá thể BC1F1 50 Hình 10 Kết điện di với thị RM493 18 cá thể BC2F1 50 Hình 11 Kết điện di với thị RM3412b 18 cá thể BC2F1 51 Hình 12 Kết điện di với thị RM493 22 cá thể BC3F1 51 Hình 13 Kết điện di với thị RM3412b 22 cá thể BC3F1 52 Hình 14 Kết điện di với thị RM493 32 cá thể BC3F2 53 Hình 15 Kết điện di với thị RM3412b 32 cá thể BC3F2 53 Hình 16 Mạ đƣợc 14 ngày tuổi, bắt đầu thí nghiệm lọc mặn 57 Hình 17 Mạ sau ngày dung dịch mặn 57 Hình 18 Mạ sau 12 ngày môi trƣờng mặn 57 DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT TT Từ viết tắt Nội dung CNSH Công nghệ sinh học ANLT An ninh lƣơng thực NST Nhiễm sắc thể IRRI Viện nghiên cứu lúa Quốc tế Bộ NN&PTNT Bộ Nông nghiệp Phát triển Nông thôn ĐBSCL Đồng sông Cửu Long TGST Thời gian sinh trƣởng BĐKH Biến đổi khí hậu SES Standard Evaluating Score 10 EB Extraction Buffer 11 TE Tris – EDTA 12 DNA Deoxyribonucleic acid 13 AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism 14 CTAB Cetyltrimethyl Amonium Bromide 15 EDTA Ethylenediaminetetra Acetic Acid 16 MAS Marker Assisted Selection 17 PCR Polymerase Chain Reaction 18 RAPD Random amplified polymorphism DNA 19 RFLP Restriction Fragment Length Polymorphisms 20 SDS Sodium Dodecyl Sulphate 21 SSR Simple Sequence Repeats 22 TBE Tris – Bric Acid – EDTA 23 BC Back Cross 24 QTL Quantitative Trait Loci MỤC LỤC MỞ ĐẦU .1 Tính cấp thiết đề tài: Mục tiêu nghiên cứu đề tài Ý nghĩa đề tài 3.1.Ý nghĩa khoa học 3.2 Ý nghĩa thực tiễn Đối tƣợng phạm vi nghiên cứu đề tài 4.1 Đối tƣợng nghiên cứu: 4.2 Phạm vi nghiên cứu: .3 Chƣơng 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Ảnh hƣởng BĐKH đến sản xuất nông nghiệp Thế giới Việt Nam .4 1.1.1 Ảnh hƣởng BĐKH đến sản xuất nông nghiệp Thế giới 1.1.2 Ảnh hƣởng BĐKH đến sản xuất nông nghiệp Việt Nam 1.2 Nghiên cứu đặc tính sinh lý, sinh hóa liên quan đến chống chịu mặn lúa 11 1.2.1 Cơ chế chống chịu mặn 11 1.2.2.Di truyền tính chống chịu mặn .16 1.3.Chỉ thị phân tử ứng dụng chọn tạo giống trồng 18 1.3.1 Khái niệm thị phân tử 18 1.3.2 Các loại thị phân tử 19 1.3.3 Ứng dụng phƣơng pháp MAS(Marker Assisted Selection) chọn tạo giống 22 1.4 Tình hình nghiên cứu chọn tạo giống lúa chịu mặn ngồi nƣớc 25 1.4.1 Tình hình nghiên cứu chọn tạo giống lúa chịu mặn nƣớc 25 1.4.2 Tình hình nghiên cứu chọn tạo giống lúa chịu mặn nƣớc 27 Chƣơng 2: ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .30 2.1 Đối tƣợng nghiên cứu 30 2.1.1 Vật liệu nghiên cứu .30 2.1.2 Địa điểm nghiên cứu .32 2.2 Nội dung nghiên cứu 32 2.3 Phƣơng pháp nghiên cứu 32 2.3.1 Phƣơng pháp lai hữu tính giống lúa cho nhận gen 32 2.3.1.1 Chuẩn bị mẹ: 32 2.3.1.2 Khử đực 33 2.3.1.3 Chọn bố 33 2.3.1.4 Thụ phấn 33 2.3.2 Phƣơng pháp chọn lọc nhờ thị phân tử (MAS) .33 2.3.3 Phƣơng pháp thử độ mặn nhân tạo 35 2.3.4 Phƣơng pháp thí nghiệm đồng ruộng 38 2.3.5 Phƣơng pháp tách chiết DNA phân tích di truyền thị phân tử 38 2.3.5.1 Phƣơng pháp tách CTAB .38 2.3.5.2 Kỹ thuật PCR với mồi SSR 40 2.3.5.3 Phƣơng pháp điện di gel agarose 0,8% 41 2.3.5.4 Phƣơng pháp điện di gel polyacrylamide 4,5% 42 2.3.5.5 Phƣơng pháp xử lý số liệu 44 Chƣơng 3: KẾT QUẢ 45 3.1 Kết đánh giá xác định vật liệu bố mẹ nghiên cứu 45 3.1.1 Kết đánh giá khả chịu mặn giống lúa điều kiện nhân tạo 45 3.1.2 Kết đánh giá xác định vật liệu bố mẹ nghiên cứu 45 3.2 Kết chọn tạo dòng lúa chịu mặn từ tổ hợp lai OM6976/FL478 47 3.2.1 Kết tách chiết DNA phƣơng pháp CTAB 47 3.2.2 Kết kiểm tra đa hình locus gen saltol FL478 OM6976 48 3.2.3 Kết lai tạo lai F1 tổ hợp lai OM6976 FL478 48 3.2.4 Sử dụng thị phân tử xác định cá thể mang locus gen chịu mặn quần thể BC1F1 49 3.2.5 Sử dụng thị phân tử xác định cá thể mang locus gen chịu mặn quần thể BC2F1 50 3.2.6 Sử dụng thị phân tử xác định cá thể mang locus gen chịu mặn quần thể BC3F1 51 3.2.7 Sử dụng thị phân tử xác định cá thể mang locus gen chịu mặn quần thể BC3F2 52 3.3 Đánh giá vật liệu sử dụng nghiên cứu chọn tạo giống lúa chịu mặn .54 3.3.1 Đánh giá tính chịu mặn dịng lúa chọn tạo điều kiện nhân tạo 54 3.3.2 Đánh giá đặc tính nơng sinh học, yếu tố cấu thành suất khả chịu mặn dòng đƣợc tạo mang QTL/Saltol vụ mùa 2012 .58 3.3.2.1 Đánh giá khả sinh trƣởng, phát triển số dòng chịu mặn Giao Thủy, Nam Định vụ mùa năm 2012 58 3.3.2.1 Đánh giá yếu tố cấu thành suất số dòng chịu mặn Giao Thủy, Nam Định vụ mùa 2012 61 3.3.3 Đánh giá đặc tính nơng sinh học, yếu tố cấu thành suất khả chịu mặn dòng đƣợc tạo mang QTL/Saltol vụ xuân 2013 64 3.3.3.1 Đánh giá khả sinh trƣởng, phát triển số dòng chịu mặn Giao Thủy, Nam Định vụ Xuân năm 2013 64 3.3.3.2 Đánh giá yếu tố cấu thành suất số dòng chịu mặn Giao Thủy, Nam Định vụ Xuân năm 2013 68 KẾT LUẬN 74 Kết luận 74 Kiến nghị 74 TÀI LIỆU THAM KHẢO 75 Tài liệu tiếng Việt 75 Tài liệu tiếng Anh 76 PHỤ LỤC 82 Phụ lục 1: Danh sách hóa chất thành phần dung dịch 82 Phụ lục 2: Phân tích tiêu hình thái tiêu cấu thành suất dòng chịu mặn vụ mùa 2012 Giao Thủy, Nam Định 87 Phụ lục 3: Phân tích tiêu hình thái tiêu cấu thành suất dòng chịu mặn vụ xuân 2013 Giao Thủy, Nam Định 91 MỞ ĐẦU Tính cấp thiết đề tài: Trong năm gần biến đổi khí hậu diễn quy mơ tồn cầu hoạt động ngƣời làm phát thải mức khí nhà kính vào cầu khí Biến đổi khí hậu tác động nghiêm trọng đến sản xuất, đời sống mơi trƣờng phạm vi tồn giới Theo báo cáo trƣờng Đại học Stanford, đến năm 2030 sản lƣợng lƣơng thực Châu Á giảm 10% hơn, đặc biệt lúa gạo, suất sản lƣợng lúa bị đe dọa thiên tai, sâu bệnh yếu tố môi trƣờng đáng ý tƣợng đất nhiễm mặn Đất trồng trọt bị ảnh hƣởng mặn ƣớc tính khoảng 380 triệu ha, chiếm 1/3 diện tích đất trồng tồn giới Việt Nam nƣớc với 90% dân số làm nông nghiệp nƣớc xuất gạo đứng hàng thứ giới sau Thái Lan, chiếm khoảng 50% tổng sản lƣợng gạo thƣơng mại giới (số liệu tính đến năm 2009) Lúa gạo nguồn thu ngoại tệ lớn nông nghiệp xuất Việt Nam nguồn thức ăn gần 90 triệu dân số nƣớc Tuy nhiên, với đƣờng bờ biển dài 3.620 km trải dài từ Bắc vào Nam, hàng năm vùng trồng lúa ven biển chịu ảnh hƣởng nhiều xâm nhiễm mặn từ biển Theo báo cáo năm 2010 Cục Trồng trọt (Bộ Nông nghiệp PTNT), ĐBSCL, xâm nhiễm mặn ảnh hƣởng đến 620.000 ha/1.545.000 lúa đông xn 2009 -1010, chiếm 40% diện tích tồn vùng tỉnh ven biển nhƣ Tiền Giang, Trà Vinh, Sóc Trăng, Bạc Liêu, Kiên Giang, Cà Mau Bến Tre Trong đó, diện tích có nguy bị xâm nhập mặn cao khoảng 100.000 ha/650.000 chiếm 16% diện tích canh tác lúa tỉnh Trƣớc thách thức trên, việc chọn tạo giống lúa có khả chịu mặn cần thiết có ý nghĩa thực tiễn cao Do chúng tơi tiến hành đề tài: “Ứng dụng thị phân tử chọn tạo giống lúa chịu mặn ứng phó với biến đổi khí hậu” rice expressing an Escherichia coli catalase gene”, Kat E Plant Biotech Rep.1, 49-55 56 Negrao et al (2012), “Recent updates on salinity stress in rice: From physiological to molecular responses”, Critical Reviews in Plant Science, 30, 329 – 377 57 Niones JM (2004), “Fine mapping of the salinity tolerance gene on chromosome of rice (Oryza sativa L.) using near-isogenic lines”, MS dissertation Laguna: University of the Philippines Los Baños 58 Ota K, T Yasue (1958), “Studies on salt injury in crops XII The effect of sodium chloride solution on the germination capacity of paddy seed”, Proc Crop Sci Soc Jpn 27(2):223-225 59 Pearson GA, SD Ayers, DL Eberhard (1966), “Relative salt tolerance of rice during germination and early seedling development”, Soil Sci 102:151-156 60 Ponnamperuma, F N (1984), “Role of cultivar tolerance in increasing rice production on saline lands Strategies for crop improvement”, John Wiley and sons, New York, 443p 61 Roberto Tuberosa and Silvio Salvi (2007), “Dissecting QTLs for Tolerance to Drought and Salinity”, Advances in Molecular Breeding Toward Drought and Salt tolerant Crops, 381 – 412 62 Shimose N (1963), “Physiology of salt injury in crops I Effect of iso-osmotic pressure due to sodium chloride and sodium sulfateon the growth and absorption of mineral element by rice plants”, Jpn Soil Sci Tokyo 34:107-111 63 Tagawa T, N Ishizaki (1963), “Physiological studies on the tolerance of rice plants to salinity”, Proc Crop Sci Soc Japan 31(3):249-252 64 Teng S (1994), “Gene tagging for salt tolerance in rice (Oryza sativa L.)”, The University of the Phillipines, Los Banos, Lagnuna, Phillipine, 118 65 Xu D, X Duan, B Wang, B Hong, THD Ho, R Wu (1996), “Expression of a late embryogenesis abundant protein gene, HVA1, from barley confers tolerance to water deficit and salt stress in transgenic rice”, Plant Physiol 110:249-257 80 66 Yoshida, S., D.A Forno, J.H Cock and K.A Gomez (1976), “Laboratory Manual for Physiological Studies of Rice”, International Rice Research Insitute (IRRI), Los Banos, Laguna, Phillipines, 61 – 66 67 Z.Ren, J Gao, L Li, X Cai, W Huang, D Chao, M Zhu, Z Wang, S Luan, H Lin (2005), “A rice quantitative trait locus for salt tolerance encodes a sodium transporter”, Nature Genetics 37, 1141 68 Zeng L et al (2004), “Genetic diversity analyzed by microsatellite among rice (Oryza sativa L ) genotypes with different adaptations to saline soils”, Plant Sci, 166 (5), 1275 – 1285 69 Zhou PH, Tan YF, He YQ, Xu CG Zhang Q (2003), “Simuntaneous improvement for four quanlity traits of Zhengshan 97, an elite parent of hybrid rice, by molecular assisted selection”, Theo, Appl Genet 106, 326 – 331 Internet 70 http://gramene.org 71 http://agroviet.gov.vn 72 http://nature.com 73 http://ricegenetics.com 74 http://gso.gov.vn 75 http://fao.org.vn 76 http://fao.org 81 PHỤ LỤC Phụ lục 1: Danh sách hóa chất thành phần dung dịch Bảng 17: Hóa chất thành phần dung dịch Thành phần Thể tích Đơn vị tính dH2O 70 Ml Tris HCl 1M, pH = 10 Ml NaCl 5M 10 Ml EDTA 0,5M, pH = 10 Ml β- Metacaptoethanol TT Đệm chiết EB Đệm CTAB CTAB 10 G Tris HCl 1M, pH = 7,5 100 Ml NaCl 5M 200 Ml EDTA 0,5M, pH = 50 Ml dH2O 150 Ml 1000 Ml 20 µl 98,8 Ml Đệm TE (Tris EDTA, 10:0,1) Tris HCl 1M, pH = 7,5 EDTA 0,5M, pH = dH2O Dung dịch SDS (10%) Ethanol 96% Ethanol 70% Isopropanol alcohol Chloroform: isomyl alcohol (24:1) RNase (10mg/ml) Gel agarose 0,8% Agarose 0,8 G TBE 100 Ml Ure 50,4 Gram Bis Acrylamide (38L2), 45% 13,5 Ml TBE 10X 12 Ml Thêm nƣớc cất khử trùng đến thể tích 120 Ml Acrylamide 55 Ml APS10% 400 µl TEMED 60 µl Acid acetic 100 Ml H2 O 900 Ml gói Silvernitrate 1,5 G H2 O 1,5 L Ethydium Bromide 10mg/ml Dung dịch acrylamide Dung dịch đổ gel acrylamide Dung dịch cố định, dừng phản ứng (Fix Solution) Dung dịch nhuộm (Staining Solution) Formaldehyd 2250 Ml 60 G 2000 Ml Ml 400 µl 5,5 µl Buffer µl dNTPs µl MgCl2 0,53 µl Primer µl Taq Polymerase 0,03 µl DNA 1,2 µl Dung dịch (Developing Solution) Sodium Carbonate Nƣớc cất (để lạnh 40C) Formaldehyd (trƣớc sử dụng cho vào) Sodium Thiosulfate (trƣớc sử dụng cho vào) Thành phần phản ứng PCR H2O (nƣớc cất lần) Bảng 18: Chuẩn bị dung dịch mẹ môi trƣờng Yoshida (Yoshida ctv, 1976) TT Nguyên tố Tên hóa chất Cơng thức hóa Lƣợng cần học (g/2L) Đa lƣợng N Ammonium nitrate NH4NO3 91,4 P Sodium phosphate NaH2PO4.H2O 35.6 K Potassium sulphate K2SO4 71,39 Ca Calcium chloride, CaCl2.2H2O 117,35 MgSO4.7H2O 324 MnCl3.4H2O 1,5 (NH4- 0,074 dihydrate Mg Magnesium sulphate, hydrate Vi lƣợng Mn Manganous chloride, -hydrate Mo Ammonium molybdate, 4- hydrate Zn Zinc sulphate, 7- )6Mo7O24.4H2O ZnSO4.7H2O 0,035 H3BO3 0,934 CuSO4.5H2O 0,031 FeCl3.6H2O 7,7 C6H8O7.H2O 11,9 H2SO4 50ml hydrate B Boric acid Cu Cupric sulphate, 5hydrate Fe Ferric chloride, 6hydrate Citric acid, monohydrate Sulphuric acid Bảng 19: Chuẩn bị môi trƣờng dinh dƣỡng Yoshida cho lọc mặn (Yoshida ctv, 1976) TT Nguyên tố Cơng thức hóa học mLdd stock/100L Lƣợng có môi trƣờng dinh môi trƣờng (6L) dƣỡng Đa lƣợng N NH4NO3 125 7,5 P NaH2PO4.H2O 125 7,5 K K2SO4 125 7,5 Ca CaCl2.2H2O 125 7,5 Mg MgSO4.7H2O 125 7,5 Vi lƣợng Mn MnCl3.4H2O 125 7,5 Mo (NH4)6Mo7O24.4H2O 125 7,5 Zn ZnSO4.7H2O 125 7,5 B H3BO3 125 7,5 Cu CuSO4.5H2O 125 7,5 Fe FeCl3.6H2O 125 7,5 C6H8O7.H2O 125 7,5 H2SO4 100 ml Chú ý: Dung dịch dùng để lọc mặn đƣợc điều chỉnh pH = hàng ngày, với 1M NaOH/HCl Phụ lục 2: Phân tích tiêu hình thái tiêu cấu thành suất dòng chịu mặn vụ mùa 2012 Giao Thủy, Nam Định BALANCED ANOVA FOR VARIATE TGST FILE MUA12 25/12/13 15: :PAGE Phan tich so lieu vu Mua 2012 VARIATE V003 TGST LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 20 688.190 34.4095 35.54 0.000 * RESIDUAL 42 40.6667 968255 * TOTAL (CORRECTED) 62 728.857 11.7558 BALANCED ANOVA FOR VARIATE CAOCAY FILE MUA12 25/12/13 15: :PAGE Phan tich so lieu vu Mua 2012 VARIATE V004 CAOCAY LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 20 861.714 43.0857 13.71 0.000 * RESIDUAL 42 132.000 3.14286 * TOTAL (CORRECTED) 62 993.714 16.0276 BALANCED ANOVA FOR VARIATE SB/KHOM FILE MUA12 25/12/13 15: :PAGE Phan tich so lieu vu Mua 2012 VARIATE V005 SB/KHOM LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 20 49.7143 2.48571 3.73 0.000 * RESIDUAL 42 28.0000 666667 * TOTAL (CORRECTED) 62 77.7143 1.25346 BALANCED ANOVA FOR VARIATE LADONG FILE MUA12 25/12/13 15: :PAGE Phan tich so lieu vu Mua 2012 VARIATE V006 LADONG LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 20 131.079 6.55397 4.14 0.000 * RESIDUAL 42 66.5000 1.58333 * TOTAL (CORRECTED) 62 197.579 3.18676 - BALANCED ANOVA FOR VARIATE COBONG FILE MUA12 25/12/13 15: :PAGE Phan tich so lieu vu Mua 2012 VARIATE V007 COBONG LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 20 38.9841 1.94921 4.09 0.000 * RESIDUAL 42 20.0000 476191 * TOTAL (CORRECTED) 62 58.9841 951357 BALANCED ANOVA FOR VARIATE GIE/BONG FILE MUA12 25/12/13 15: :PAGE Phan tich so lieu vu Mua 2012 VARIATE V008 GIE/BONG LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 20 29.0794 1.45397 3.98 0.000 * RESIDUAL 42 15.3333 365079 * TOTAL (CORRECTED) 62 44.4127 716334 BALANCED ANOVA FOR VARIATE TONGHAT FILE MUA12 25/12/13 15: :PAGE Phan tich so lieu vu Mua 2012 VARIATE V009 TONGHAT LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 20 23985.1 1199.25 19.88 0.000 * RESIDUAL 42 2534.00 60.3334 * TOTAL (CORRECTED) 62 26519.1 427.727 BALANCED ANOVA FOR VARIATE HATLEP FILE MUA12 25/12/13 15: :PAGE Phan tich so lieu vu Mua 2012 VARIATE V010 HATLEP LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 20 694.889 34.7444 6.67 0.000 * RESIDUAL 42 218.667 5.20635 * TOTAL (CORRECTED) 62 913.556 14.7348 - BALANCED ANOVA FOR VARIATE HATCHAC FILE MUA12 25/12/13 15: :PAGE Phan tich so lieu vu Mua 2012 VARIATE V011 HATCHAC LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 20 19890.9 994.543 16.19 0.000 * RESIDUAL 42 2580.00 61.4286 * TOTAL (CORRECTED) 62 22470.9 362.433 TABLE OF MEANS FOR FACTORIAL EFFECTS FILE MUA12 25/12/13 15: :PAGE 10 Phan tich so lieu vu Mua 2012 MEANS FOR EFFECT TENDONG$ TENDONG$ NOS TGST CAOCAY SB/KHOM LADONG Dòng 118.333 96.0000 7.66667 25.3333 Dòng 118.000 94.6667 6.66667 23.6667 Dòng 3 113.667 93.0000 6.66667 25.0000 Dòng 116.333 98.0000 6.66667 21.1667 Dòng 115.667 100.000 8.33333 25.3333 Dòng 119.000 95.0000 7.00000 27.6667 Dòng 117.000 100.667 7.00000 27.0000 Dòng 120.333 94.3333 6.33333 25.3333 Dòng 118.000 97.0000 9.00000 23.6667 Dòng 10 115.000 96.6667 7.33333 23.6667 Dòng 11 120.333 99.0000 7.00000 26.0000 Dòng 12 113.000 95.3333 7.33333 23.3333 Dòng 13 121.000 95.6667 8.66667 24.6667 Dòng 14 125.000 96.0000 7.66667 24.0000 Dòng 16 124.000 107.333 9.00000 25.6667 Dòng 18 125.000 95.3333 8.33333 26.0000 Dòng 20 121.333 96.0000 7.66667 25.6667 Dòng 22 115.000 91.6667 8.00000 25.3333 Dòng 24 119.000 99.3333 7.33333 24.0000 Dòng 26 119.000 102.667 8.66667 26.6667 OM6976 119.000 90.3333 5.66667 23.6667 SE(N= 5%LSD 3) 42DF TENDONG$ Dòng Dòng Dòng Dòng Dòng Dòng Dòng Dòng Dòng Dòng 10 Dòng 11 Dòng 12 Dòng 13 Dòng 14 Dòng 16 Dòng 18 Dòng 20 Dòng 22 Dòng 24 Dòng 26 OM6976 SE(N= 5%LSD 3) 42DF NOS 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 4.568112 5.62128 5.02353 4.92097 4.471404 5.34530 7.726483 5.07324 COBONG 6.66667 4.66667 5.00000 4.33333 4.66667 5.66667 4.33333 4.66667 4.33333 3.66667 5.00000 4.66667 5.33333 4.33333 5.33333 6.33333 4.33333 4.00000 6.33333 4.33333 4.33333 GIE/BONG 10.3333 10.6667 10.0000 10.0000 10.3333 10.6667 10.6667 10.0000 10.3333 9.66667 10.0000 10.0000 10.0000 9.33333 10.3333 9.33333 10.0000 9.66667 11.6667 10.3333 12.3333 TONGHAT 171.000 140.667 121.000 133.000 168.000 143.667 158.000 148.000 134.667 119.000 131.000 134.000 155.333 106.667 124.667 113.000 113.667 118.000 126.667 119.000 173.333 HATLEP 24.6667 19.6667 16.3333 17.3333 18.6667 19.0000 17.6667 16.3333 17.0000 17.0000 17.6667 22.6667 26.6667 17.0000 20.3333 18.0000 16.6667 16.3333 22.6667 19.3333 27.3333 6.398410 6.13698 7.348845 5.995538 4.48454 12.7980 4.31736 7.75951 TENDONG$ Dòng Dòng Dòng Dòng Dòng Dòng Dòng Dòng Dòng Dòng 10 Dòng 11 Dòng 12 Dòng 13 Dòng 14 Dòng 16 Dòng 18 Dòng 20 Dòng 22 Dòng 24 Dòng 26 OM6976 NOS 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 HATCHAC 146.333 121.000 104.667 115.667 149.333 124.667 140.333 131.667 117.667 102.000 113.333 111.333 128.667 89.6667 104.333 95.0000 97.0000 101.667 104.000 99.6667 146.000 SE(N= 3) 4.52506 5%LSD 42DF 12.9137 ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE FILE MUA12 25/12/13 15: :PAGE Phan tich so lieu vu Mua 2012 F-PROBABLIITY VALUES FOR EACH EFFECT IN THE MODEL SECTION - VARIATE TGST CAOCAY SB/KHOM LADONG COBONG GIE/BONG TONGHAT HATLEP HATCHAC GRAND MEAN (N= 63) NO OBS 63 118.71 63 96.857 63 7.5238 63 24.897 63 4.8730 63 10.270 63 135.83 63 19.444 63 116.38 STANDARD DEVIATION C OF V |TENDONG$| SD/MEAN | | BASED ON BASED ON % | | TOTAL SS RESID SS | | 3.4287 0.98400 5.62 0.0000 4.0035 1.7728 4.8 0.0000 1.1196 0.81650 10.9 0.0002 1.7852 1.2583 5.1 0.0001 0.97538 0.69007 14.2 0.0001 0.84637 0.60422 5.9 0.0001 20.682 7.7675 5.7 0.0000 3.8386 2.2817 11.7 0.0000 19.038 7.8376 6.7 0.0000 11 Phụ lục 3: Phân tích tiêu hình thái tiêu cấu thành suất dòng chịu mặn vụ xuân 2013 Giao Thủy, Nam Định BALANCED ANOVA FOR VARIATE TGST FILE XUAN2013 25/12/13 15:44 :PAGE Phan tich so lieu vu Xuan 2013 VARIATE V003 TGST LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 27 645.333 23.9012 62.74 0.000 * RESIDUAL 56 21.3334 380953 * TOTAL (CORRECTED) 83 666.667 8.03213 BALANCED ANOVA FOR VARIATE CAOCAY FILE XUAN2013 25/12/13 15:44 :PAGE Phan tich so lieu vu Xuan 2013 VARIATE V004 CAOCAY LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 27 1201.90 44.5150 101.06 0.000 * RESIDUAL 56 24.6667 440477 * TOTAL (CORRECTED) 83 1226.57 14.7780 BALANCED ANOVA FOR VARIATE SB/KHOM FILE XUAN2013 25/12/13 15:44 :PAGE Phan tich so lieu vu Xuan 2013 VARIATE V005 SB/KHOM LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 27 33.6548 1.24647 3.08 0.000 * RESIDUAL 56 22.6667 404762 * TOTAL (CORRECTED) 83 56.3214 678571 BALANCED ANOVA FOR VARIATE LADONG FILE XUAN2013 25/12/13 15:44 :PAGE Phan tich so lieu vu Xuan 2013 VARIATE V006 LADONG LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 27 368.000 13.6296 2.44 0.002 * RESIDUAL 56 312.667 5.58333 * TOTAL (CORRECTED) 83 680.667 8.20080 - BALANCED ANOVA FOR VARIATE COBONG FILE XUAN2013 25/12/13 15:44 :PAGE Phan tich so lieu vu Xuan 2013 VARIATE V007 COBONG LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 27 39.9524 1.47972 4.14 0.000 * RESIDUAL 56 20.0000 357143 * TOTAL (CORRECTED) 83 59.9524 722318 BALANCED ANOVA FOR VARIATE DAIBONG FILE XUAN2013 25/12/13 15:44 :PAGE Phan tich so lieu vu Xuan 2013 VARIATE V008 DAIBONG LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 27 551.476 20.4250 6.13 0.000 * RESIDUAL 56 186.667 3.33333 * TOTAL (CORRECTED) 83 738.143 8.89329 BALANCED ANOVA FOR VARIATE GIE/KHOM FILE XUAN2013 25/12/13 15:44 :PAGE Phan tich so lieu vu Xuan 2013 VARIATE V009 GIE/KHOM LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 27 12.2381 453263 1.66 0.056 * RESIDUAL 56 15.3333 273810 * TOTAL (CORRECTED) 83 27.5714 332186 BALANCED ANOVA FOR VARIATE TONGHAT FILE XUAN2013 25/12/13 15:44 :PAGE Phan tich so lieu vu Xuan 2013 VARIATE V010 TONGHAT LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 27 16958.1 628.079 11.26 0.000 * RESIDUAL 56 3124.00 55.7857 * TOTAL (CORRECTED) 83 20082.1 241.954 BALANCED ANOVA FOR VARIATE HATLEP FILE XUAN2013 25/12/13 15:44 :PAGE Phan tich so lieu vu Xuan 2013 VARIATE V011 HATLEP LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 27 2830.23 104.823 12.85 0.000 * RESIDUAL 56 456.667 8.15476 * TOTAL (CORRECTED) 83 3286.89 39.6011 - BALANCED ANOVA FOR VARIATE HATCHAC FILE XUAN2013 25/12/13 15:44 :PAGE Phan tich so lieu vu Xuan 2013 10 VARIATE V012 HATCHAC LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= TENDONG$ 27 11778.3 436.234 6.63 0.000 * RESIDUAL 56 3684.67 65.7976 * TOTAL (CORRECTED) 83 15463.0 186.301 TABLE OF MEANS FOR FACTORIAL EFFECTS FILE XUAN2013 25/12/13 15:44 :PAGE 11 Phan tich so lieu vu Xuan 2013 MEANS FOR EFFECT TENDONG$ TENDONG$ D1 D2 D3 D4 D5 D6 D7 D8 D9 D10 D11 D12 D13 D14 D15 D16 D17 D18 D19 D20 D21 D22 D23 D24 D25 D26 D27 OM6976 SE(N= 5%LSD NOS 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3) 56DF TENDONG$ D1 D2 D3 D4 D5 D6 D7 D8 D9 D10 D11 D12 D13 D14 D15 D16 D17 NOS 3 3 3 3 3 3 3 3 TGST 125.000 133.000 130.000 133.000 134.333 130.333 135.000 131.333 135.000 130.000 131.333 130.000 133.000 133.000 131.000 126.000 130.000 135.000 134.667 135.000 130.000 133.000 130.667 135.000 135.000 130.000 130.333 126.667 CAOCAY 98.6667 94.6667 93.3333 98.0000 101.667 96.3333 100.000 94.0000 96.0000 96.0000 99.3333 96.0000 95.0000 99.0000 96.0000 108.000 99.0000 94.0000 92.3333 108.000 94.0000 94.6667 99.3333 100.667 94.3333 99.0000 99.3333 95.3333 SB/KHOM 5.66667 5.00000 5.33333 5.33333 4.33333 5.33333 5.00000 4.66667 5.00000 4.00000 5.00000 4.66667 4.33333 3.66667 4.66667 6.33333 5.33333 5.00000 6.33333 4.00000 4.66667 4.66667 4.33333 5.00000 4.00000 4.33333 4.66667 4.33333 LADONG 29.0000 23.0000 24.0000 23.6667 23.0000 23.6667 25.0000 25.0000 23.6667 24.6667 22.0000 23.3333 22.3333 21.0000 23.0000 24.0000 23.6667 23.6667 25.0000 23.6667 21.6667 29.0000 20.3333 21.3333 20.3333 20.3333 21.3333 22.6667 4.356349 5.00946 4.383178 6.08546 4.367315 5.04052 5.36423 6.86455 COBONG 4.33333 4.66667 4.00000 5.33333 4.00000 3.00000 4.33333 4.33333 3.66667 5.33333 3.33333 3.33333 3.33333 4.33333 3.33333 3.66667 4.66667 DAIBONG 23.3333 34.0000 22.6667 22.0000 23.0000 22.3333 23.0000 22.6667 23.0000 23.3333 27.0000 22.0000 21.3333 21.6667 23.3333 21.6667 26.3333 GIE/KHOM 10.3333 10.0000 10.3333 9.66667 10.0000 9.66667 10.0000 9.66667 9.33333 10.0000 9.33333 9.66667 10.0000 10.0000 9.33333 10.0000 10.0000 TONGHAT 190.667 180.333 186.000 171.000 177.667 155.667 192.667 191.000 158.667 149.000 162.667 174.333 161.000 177.333 171.667 180.333 177.000 D18 D19 D20 D21 D22 D23 D24 D25 D26 D27 OM6976 SE(N= 5%LSD 3 3 3 3 3 3) 56DF TENDONG$ D1 D2 D3 D4 D5 D6 D7 D8 D9 D10 D11 D12 D13 D14 D15 D16 D17 D18 D19 D20 D21 D22 D23 D24 D25 D26 D27 OM6976 NOS 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 4.33333 5.00000 5.00000 4.00000 4.00000 3.33333 3.00000 3.00000 3.33333 3.33333 4.00000 26.6667 22.6667 23.6667 21.0000 22.3333 21.3333 21.6667 22.3333 21.3333 22.0000 22.3333 9.00000 10.0000 10.6667 9.66667 10.3333 10.0000 10.0000 10.0000 10.0000 10.3333 10.6667 163.667 135.667 148.000 167.000 172.000 171.333 163.333 150.667 158.667 176.667 190.000 5.345033 6.977401 5.05409 6.98601 5.302109 6.855808 4.31222 12.2156 HATLEP 34.6667 21.0000 26.0000 13.6667 14.3333 8.33333 18.3333 16.3333 10.0000 6.66667 17.3333 13.6667 15.6667 12.6667 9.00000 17.0000 16.3333 12.3333 16.0000 11.3333 11.0000 16.6667 15.3333 16.0000 12.3333 19.6667 23.3333 24.0000 HATCHAC 156.000 159.333 160.000 157.333 163.333 144.667 174.333 174.667 148.667 142.333 145.333 160.667 145.333 164.667 162.667 163.333 160.667 151.333 119.667 136.667 156.000 155.333 156.000 147.333 138.333 139.000 153.333 166.000 SE(N= 3) 5.64871 4.68322 5%LSD 56DF 6.67044 13.2665 ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE FILE XUAN2013 25/12/13 15:44 :PAGE Phan tich so lieu vu Xuan 2013 F-PROBABLIITY VALUES FOR EACH EFFECT IN THE MODEL SECTION - VARIATE TGST CAOCAY SB/KHOM LADONG COBONG DAIBONG GIE/KHOM TONGHAT HATLEP HATCHAC GRAND MEAN (N= 84) NO OBS 84 131.67 84 97.571 84 4.8214 84 23.333 84 3.9762 84 23.214 84 9.9286 84 169.79 84 16.036 84 153.65 STANDARD DEVIATION C OF V |TENDONG$| SD/MEAN | | BASED ON BASED ON % | | TOTAL SS RESID SS | | 2.8341 0.61721 6.97 0.0000 3.8442 0.66368 6.98 0.0000 0.82375 0.63621 13.2 0.0002 2.8637 2.3629 10.1 0.0025 0.84989 0.59761 15.0 0.0000 2.9822 1.8257 7.9 0.0000 0.57636 0.52327 5.3 0.0561 15.555 7.4690 4.4 0.0000 6.2929 2.8557 17.8 0.0000 13.649 8.1116 5.3 0.0000 12 ... ? ?Ứng dụng thị phân tử chọn tạo giống lúa chịu mặn ứng phó với biến đổi khí hậu? ?? Mục tiêu nghiên cứu đề tài Ứng dụng thị phân tử kết hợp với phƣơng pháp chọn giống truyền thống để tạo giống lúa. .. GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN NGUYỄN THỊ HUẾ ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ TRONG CHỌN TẠO GIỐNG LÚA CHỊU MẶN ỨNG PHĨ VỚI BIẾN ĐỔI KHÍ HẬU Chun ngành: Di truyền học Mã số: 60420121 LUẬN... nghiên cứu chọn tạo giống lúa chịu mặn - Ứng dụng thị phân tử xác định cá thể mang locus gen Saltol - Đánh giá trồng thử nghiệm dòng chịu mặn đƣợc chọn tạo phƣơng pháp chọn giống nhờ thị phân tử Xác