Nghiên cứu chọn tạo giống lúa kháng rầy nâu với sự trợ giúp của chỉ thị phân tử

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM PHÙNG TÔN QUYỀN NGHIÊN CỨU CHỌN TẠO GIỐNG LÚA KHÁNG RẦY NÂU VỚI SỰ TRỢ GIÚP CỦA CHỈ THỊ PHÂN TỬ LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP Hà nội - 2014 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM PHÙNG TÔN QUYỀN NGHIÊN CỨU CHỌN TẠO GIỐNG LÚA KHÁNG RẦY NÂU VỚI SỰ TRỢ GIÚP CỦA CHỈ THỊ PHÂN TỬ Chuyên ngành: Di truyền chọn giống trồng Mã số : 62.62.01.11 LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC PGS.TS Vũ Đức Quang TS Lưu Thị Ngọc Huyền Hà nội - 2014 i L()I C A M DOAN 'I6i xin cam doan day la kct qua cong tiinh nghicn cu'u cua loi Toan bo so Hcu va kct qua nghicn cu'u luan an la trung thyc va chua tirng dugc su dung dc cong bo Irong cac cong trinh nghicn cuu de nhan hoc v i , cac thong tin trich dan luan an deu dugc chi ro nguon goc Ha noi, 22 thang nam 2014 ac g aluan an f\ Phung Ton Quyen ii LOI C A M O N Tru'dc hel loi x i n dugc gui loi biel an sau sac den P G S T S V u Du'c Quang, rS Lu'u I'hi Ngoc Iluyen, V i e n D i Iruycn N o n g nghicp, da tan tinh hu'o'ng dan giiip d a va tao dicu kicn thuan Igi dc loi hoan cong trinh nghicn cu'u l o i xin chan cam an tap the lanh dao va can bg B a n dao tao sau dai hgc, V i c n K h o a hgc N o n g nghicp V i c t N a m , B a n giam hieu nha truang va K h o a C N S I l & M T, l Y u a n g D a i hgc P h u a n g D o n g , da tao mgi dicu kien thuan Igi cho toi hoan nhicm v u I 01 xin chan cam on tap the can bg nhan vicn B g mon Sinh hgc Phan lu', V i c n D i truycn N o n g nghicp, noi toi da sinh boat chuyen mon, da tao mgi dicu kicn tot nhat cho toi hgc tap va nghicn CLTU I oi xin dugc cam an sy quan tarn chia se va dgng vicn, tir gia dinh, ban be va nguoi than Ha noi, 22 thdng nam 2014 Phung Ion Quyen iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN .i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT .viii DANH MỤC CÁC BẢNG x DANH MỤC CÁC HÌNH .xii MỞ ĐẦU…………………………………………………………………… 1 Tính cấp thiết đề tài Mục tiêu đề tài : Thời gian địa điểm thực hịên đề tài: Tính đóng góp đề tài: Ý nghĩa đề tài: Chương TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Rầy nâu đặc tính kháng rấy nâu lúa 1.1.1 Đặc tính sinh học rầy nâu 1.1.1.1 Phân bố ký chủ 1.1.1.2 Đặc điểm sinh học rầy nâu 1.1.1.3 Tình hình mức độ gây hại 1.1.1.4 Phòng trừ rầy nâu 11 1.1.2 Đặc tính kháng rầy nâu lúa: 12 1.1.2.1 Cơ chế tính kháng côn trùng 12 1.1.2.2 Các kiểu sinh học (BPH) rầy nâu 14 1.1.2.3 Di truyền tính kháng rầy nâu lúa 16 1.2 Chỉ thị phân tử ứng dụng chọn tạo giống lúa 18 1.2.1 Chỉ thị phân tử 18 1.2.1.1 Khái niệm chung thị phân tử 18 1.2.1.2 Phân loại loại thị phân tử 20 iv 1.2.2 Ứng dụng thị phân tử nghiên cứu chọn tạo giống lúa 26 1.2.2.1 Chọn giống nhờ thị phân tử 26 1.2.2.2 Chỉ thị phân tử nghiên cứu lập đồ QTL/gen 29 1.2.2.3 Chỉ thị phân tử nghiên cứu di truyền gen kháng rầy nâu…… 37 1.2.2.4 Nghiên cứu di truyền chọn tạo giống lúa kháng rầy nâu Việt Nam 50 Chương 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 55 2.1 Vật liệu nghiên cứu 55 2.1.1 Các dòng/giống lúa làm vật liệu nghiên cứu………………………….55 2.1.2 Nguồn gốc dòng/giống lúa làm vật liệu nghiên cứu……… ……55 2.1.2.1 Dòng/giống lúa cho gen kháng rầy nâu (donor)…………… … .55 2.1.2.2 Giống nhận gen (recipient) 59 2.1.3 Các nguyên vật liệu phục vụ nghiên cứu…………………………….60 2.1.3.1 Các thị phân tử SSR liên kết gen Bph3 BphZ(t) ……… … 60 2.1.3.2 Nguồn rầy nâu ……………………………………………… …….61 2.1.3.3 Thiết bị, vật tư hóa chất……………………………………… ……61 2.2 Phương pháp nghiên cứu 62 2.2.1 Phương pháp đánh giá khả kháng/nhiễm rầy nâu dòng/giống lúa 62 2.2.2 Phương pháp lai hồi giao, qui tụ gen kháng rầy 63 2.2.3 Phương pháp thu thập thông tin thị sử dụng nghiên cứu 65 2.2.4 Phương pháp chọn tạo dòng lúa kháng rầy nâu thị phân tử 65 2.2.4.1 Chọn tạo dòng lúa ưu tú từ quần thể phân ly (F2 trở đến F6) 65 2.2.4.2 Chọn tạo dòng lúa ưu việt sở hồi giao 65 2.2.5 Một số kỹ thuật dùng phịng thí nghiệm 65 2.2.5.1.Tách chiết ADN tinh theo phương pháp CTAB 65 2.2.5.2 Kiểm tra ADN điện di gel agorose 0.8% 68 2.2.5.3 Kỹ thuật PCR……………………………………………………… 69 2.2.5.4 Kỹ thuật làm gel điện di kiểm tra sản phẩm Gel Agarose… ….70 2.2.6 Chọn giống truyền thống: 72 2.2.6.1 Cơ sở lý luận: 72 v 2.2.6.2 Phương pháp thí nghiệm đồng ruộng 74 2.3 Phương pháp phân tích xử lý số liệu 77 Chương KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 78 3.1 Nghiên cứu nguồn vật liệu tập đồn dịng/giống lúa kháng rầy nâu 78 3.1.1 Nghiên cứu đánh giá nguồn vật liệu bố mẹ cho tổ hợp lai 78 3.1.2 Đánh giá phản ứng số dòng/giống, năm 2008 79 3.1.3 Đánh giá phản ứng dòng/giống Long An Hà Nội, 2011 80 3.2 Ứng dụng thị phân tử chọn tạo giống lúa kháng rầy nâu 86 3.2.1 Kết thiết lập tổ hợp lai chọn tạo giống lúa kháng rầy nâu 87 3.2.2 Kết tách chiết tinh ADN tổng số 88 3.2.3 Kiểm tra kết sản phẩm PCR gel agarose 1% 89 3.2.4 Xác định thị phân tử trợ giúp chọn giống lúa kháng rầy90 3.2.4.1 Xác định thị trợ giúp cho đa hình bố mẹ gen Bph3 90 3.2.4.2 Xác định thị phân tử trợ giúp gen BphZ(t)…………… 91 3.2.5 Phân tích xác định có mặt gen kháng rầy nâu lai… 95 3.2.5.1 Phân tích xác định gen kháng rầy nâu Bph3 dịng BC…….96 3.2.5.2 Phân tích xác định gen kháng rầy nâu BphZ(t) dòng BC 100 3.2.5.3 Phân tích xác định cá thể mang gen Bph3 quần thể chọn tạo giống 103 3.2.5.4 Phân tích xác định cá thể mang gen BphZ(t) quần thể CTG………105 3.3 Khảo sát số dòng triển vọng đồng ruộng………………………107 3.3.1 Đặc điểm sinh trưởng suất dòng triển vọng 107 3.3.2 Kết khảo sát đặc tính nơng sinh học dòng ưu tú 113 3.3.2.1 Kết khảo sát đặc tính kháng rầy nâu dịng ưu tú nhà lưới 113 3.3.2.2 Kết đánh giá số đặc tính nơng sinh học 116 3.4 Kết khảo nghiệm VCU dòng DTR64 dòng KR8 130 3.4.1 Kết khảo nghiệm quốc gia VCU dòng lúa DTR64, vụ xuân năm 2011 130 3.4.2 Khảo nghiệm quốc gia VCU dòng lúa KR8, vụ xuân năm 2012 132 KẾT LUẬN 135 ĐỀ NGHỊ 135 vi NHỮNG CƠNG TRÌNH LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN ĐÃ ĐƯỢC CÔNG BỐ 136 TÀI LIỆU THAM KHẢO 137 PHỤ LỤC PHỤ LỤC BẢNG (Bảng xử lý số liệu IRRI START) PHỤ LỤC ẢNH vii DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Nghĩa chữ viết tắt ANP Anaerobic protein ADN Deoxyribonucleic Axit ARN Ribonucleic Axit Bp Cặp bazơ nitơ Bph Brown plant hopper Gen kháng rầy nâu BVTV Bảo vệ thực vật Ctv Cộng tác viên CTPT Chỉ thị phân tử Chr Nhiễm sắc thể CS Cộng CTAB Cetyltrimethyl amonium bromide CTPT Chỉ thị phân tử CV% Hệ số biến động DTNN Di truyền nông nghiệp Đ/C Đối chứng ĐBSH Đồng sông Hồng ĐBSCL Đồng sông Cửu long EDTA Ethylenediaminetetra acetic acid IRRI Viện nghiên cứu lúa Quốc tế Kb Kilo base KD18 Khang dân 18 KL Khối lượng KL1000 hạt Khối lượng nghìn hạt KHNN Khoa học nông nghiệp viii LSD Sự sai khác có ý nghĩa MABC Marker Assisted Backrossing (Lai lại nhờ thị phân tử) MAS Marker Assisted selection (Chọn lọc nhờ thị phân tử) NS Năng suất NSLT Năng suất lý thuyết NSTT Năng suất thực thu NST Nhiễm sắc thể PCR Polymerase Chian Reaction (Phản ứng chuỗi trùng hợp) QTLs Quantitative Trait Loci (Locut kiểm sốt tính trạng số lượng) RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism (Đa hình chiều dài đoạn phân cắt) RGA Resistance Gene Analog ( Vùng tương đồng gen kháng) RPG Recurrent parent genotip (Kiểu gen bố mẹ phục hồi) SSR Simple Sequence Repeats (Lặp lại trình tự đơn giản) TB Trung bình TBE Tris-Boric acid-EDTA TGST Thời gian sinh trưởng TE Tris-EDTA 150 characterizing its resistance in the 9311 and Nipponbare near isogenic backgrounds”, Theor Appl Genet 121:1601–1611 120 Qiu YF, Guo JP, Jing SL, Zhu LL, He GC (2012), “ Development and characterization of japonica rice lines carrying the brown planthopper resistance genes BPH12 and BPH6” Theor Appl Genet 124(3):485–494 121 Seo BY, Kwon Y-H, Jung JK, Kim G-H J Asia Pac Entomol (2009), “ Electrical penetration graphic waveforms in relation to the actual positions of the stylet tips of Nilaparvata lugens in rice tissue”, Mol Breed 12(2):89–9 122 Rahman M L, Jiang W, Chu SH, Qiao Y, ham TH, woo MK, Lee J, Khanam MS, Chin JH, Jeung JU, Bra DS, Jena KK, Koh HJ ( 2009), “High resolution mapping of two brown planthopper resistance genes, Bph20(t), Bph21(t), originating from Oryza minuta”, Theor Appl Genet 119, pp 1237-1246 123 Ram T, Deen R, Gautam SK, Ramesh K, Rao YK, Brar DS (2010),” Identification of new genes for brown planthopper resistance in rice introgressed from O glaberrima and O minuta”, Rice Genet Newsl 25:67–69 124 Rao V.L.V.P (1993),” Cytoplasmic inheritance of tolerance to insect pests in rice”, Current Science 64, pp 280 125 Renganayaki K, Feitz AK, Sadasivam S, Pammi S, Harrington SE, McCouch SR, Kumar SM, Reddy AS (2002),” Mapping and progress toward map-based cloning of brown planthopper biotype-4 resistance gene introgressed from Oryza officinalis into cultivated rice, O sativa”, Crop Sci 42:2112–2117 126 Redona ED and Mackill DJ (1998), “ Quantitative trait locus analysis for rice panicle and grain characteristics”, Theor Appl Genet 96:957-963 127 Saxena R.C., Demayo C.G and Barion D.A.(1991),” Allozyme variation among biotypes of the brown planthopper, Nilaparvata lugens (Stal), in the Philippines”, Biochem Genet 29, pp 115-123 128 Septiningsih EM, Prasetiyono J, Lubis E., Tai TH, Tjubaryat T, Moeljopawiro S and McCouch SR (2003), “ Identification of quantitative trait 151 loci for yield and yield components in an advanced backcross population derived from the Oryza sativa variety IR64 and the wild relative O rufipogon”, Theor Appl Genet 107:1419-1432 129 Shaobai H., Wolfgang Spielmeyer, Evans S Lagudah and Rana Munns (2008), “ Comparative mapping of HKT genes in wheat, barley, and rice, key determinants of Na+ transport, and salt tolerance”, Journal of Experimental Botany, Vol 59, No 4, pp 927–937, 2008 130 Sreewongchait T, Toojinda T, Thanintorn N, Kosawang C, Vanavichit A, Tharreau D, Sirithunya P (2009), “ Develop- ment of elite indica rice lines with wide spectrum of resistance to Thai blast isolates by pyramiding multiple resistance QTLs”, Plant Breed 309–323 131 Sun LH, Su CC, Wang CM, Zhai HQ, Wan JM (2005), “ Mapping of a major resistance gene to the brown planthopper in the rice cultivar Rathu Heenati”, Breed Sci 55:391–396 132 Sun H, Huang X, Xu X, Lan H, Huang J, Zhang HS (2011), “ ENAC1, a NAC Transcription Factor, is an Early and Transient Response Regulator Induced by Abiotic Stress in Rice (Oryza sativa L.)”, Mol Biotechnol, 52(2):101–110 133 Therayut Toojinda, Somvong Tragoonrung, Apichart Vanvichita, Jonaliza L Siangli Jantaboon, Meechai Siangliw and Shu Fukai (2004), “Molercular breeding for rainfed lowland rice in Mekong Region”, Proceeding of the 4th Internation Rice Conference, 325 134 Thomson MJ, Ismail AM, McCouch SR, Mackill DJ 2009, “ Marker Assisted Breeding In: Pareek A, Sopory SK, Bohnert HJ, Govindjee (eds); Abiotic Stress Adaptation in Plants: Physiological, Molecular and Genomic Foundation”, Chapter 20, Springer, Dordrecht pp 209-224 135 Thomson MJ, Tai TH, McClung AM, Lai XH, Hinga ME, Lobos KB, Xu Y, Martinez CP and McCouch SR (2003), “ Mapping quantitative trait loci for yield components and morphological traits in an advanced backcross 152 population between Oryza rufipogon and the Oryza sativa cultivar Jefferson”, Theor Appl Genet 107:479-493 136 Tomar J.B and Prasad S.C (1996), “ Inheritance of resistance to brown planthopper (Nilaparvata lugens) in rice”, Ind J Agric Sci 66, pp 556559 137 Tsunematsu H, Yoshimura A, Harushima Y, Nagamura Y, Kurata N, Yano M, Sasaki T and Iwata N (1996),” RFLP framwork map using recombinant inbred lines in rice”, Breed Sci 46:279-284 138 Venkateswarlu Yadavalli, Gajendra P Narwane, M S R Krishna, Nagarajan Pothi, Bharathi Muthusamy (2012), “ Tagging of Brown Planthopper Resistance Genes in F2s of IR50 × Ptb33 of Rice by Using Bulked Segregant Analysis”, Rice Science, 19(1): 70-74 139 Wada T., Ito K and Takahashi A (1994),” Biotype comparisons of the brown planthopper, Nilaparvata lugens (Homoptera: Delphacidae) collected in Japan and the Indochina Peninsula”, Appl Entomol Zool, 29, pp 477-484 140 Walia H, Wilson C, Zeng LH, Ismail A, Condamine P, Close T (2007),” Genome-wide transcriptional analysis of salinity stressed japon- ica and indica rice genotypes during panicle initiation stage”, Plant Mol Biol 63:609–623 141 Wang GL, Mackill DJ, Bonman JM, McCouch SR, Champoux MC, Nelson RJ (1994), “ RFLP mapping of genes conferring complete and partial resistance to blast in a durably resistant rice cultivar”, Genetics 136:1421–1434 142 Wang Y, Wang X, Yuan H, Chen R, Zhu L, He R, He G Mol Plant Microbe Interact (2008), “ Responses of two contrasting genotypes of rice to brown planthopper” , Genetics 21(1):122–132 143 Wang Y, Li H, Si Y, Zhang H, Guo H, Miao X (2012), ” Microarray analysis of broad- spectrum resistance derived from an indica cultivar Rathu Heenati “, Genetics 235(4):829–840 153 144 Wang Z., Second G and Tanksley S.D (1992), “ Polymorphism and phylogenetic relationship among species in the Genus Oryza as determined by analysis of nuclear RFLPs”, Theor Appl Genet 83, pp 565 - 581 145 Wang et al BMC Genomics (2012), “ Identification of transcription factors potential related to brown planthopper resistance in rice via microarray expression profiling” Genet 13:687 146 Wu K.S and Tanksley S.D (1993), “ Abuudance, polymorphism and genetic mapping of microsatellite in rice”, Mol Gen, Genet 241, pp 225 - 235 147 Wang D, Pan Y, Zhao X, Zhu L, Fu B, Li Z (2011), “ Genome-wide temporal-spatial gene expression profiling of drought respon- siveness in rice”, BMC Genom 12:149 148 Xiao JH, Li JM, Yuan LP and Tanksley SD (1996), “Identification of QTLs affecting traits of agronomic importance in a recombinant inbred population derived from a subspecific rice cross”, Theor Appl Genet 92:230-244 g 149 Xiao Y.F., Gu Z.Y., Qiu G., Lu B and Wang Y.Q (1998), “ Track monitoring of the biotype of brown plathopper (Nilaparvata lugens) immigrating into rice field in Jiang Huai region”, Acta Entomol Sinica, 412 pp 275-279 150 Xing Z, Tan F, Hua P, Sun L, Xu G and Zhang Q (2001), “Characterization of the main effects, epistatic effects and their environmental interactions of QTLs on the genetic basis of yield traits in rice”, Theor Appl Genet 105:248-257 151 Xu JL, Xue QZ, Luo LJ and Li ZK (2001), “ QTL dissection of panicle number per plant and spikelet number per panicle in rice (Oryza sativa L.)”, Acta genetica Sinica 28:752-759 152 Yadav R, Courtois B, Huang N, McLaren G (1997), “ Mapping genes controlling root morphology and root distribution in a doubledhaploid population of rice”, Theor Appl Genet 94:619–632 154 153 Yamazaki Y, Tsuchiya R, Takahashi Y, Asanuma T, Shidahara Y, Sakaniwa S (2010), “ Rice genes in Oryza base”, Nat Preced doi: 10.1038/npre.2010.5069.1 154 Yang HY, Ren X, Weng QM, Zhu LL, He GC (2002), “ Molecular mapping and genetic analysis of a rice brown planthopper (Nilaparvata lugens Sta°l) resistance gene”, Hereditas 136:39–43 155 Yang HY, You AQ, Yang ZF, Zhang F, He RF, Zhu LL, He G G (2004), “ High resolution genetic mapping at the Bph15 locus for brown planthopper resistance in rice (Oryza sativa L.)”, Theor Appl Genet, 110, pp 182–191 156 Yang HY, You AQ, Yang ZF, Zhang FT, He RF, Zhu LL, He GC (2004), “ High resolution genetic mapping at the Bph15 locus for brown planthopper resistance in rice (Oryza sativa L.)”, Theor Appl Genet 110:182–191 157 Yang L, R B Li, Y R Li, F K Huang, Y Z Chen, S Sh Huang, L F Huang, Ch Liu, Z F Ma, D H Huang, J J Jiang (2012), ”Genetic mapping of bph20(t) and bph21(t) loci conferring brown planthopper resistance to Nilaparvata lugens Stal in rice (Oryza sativa L.)”, Euphytica 183:161–171 DOI 10.1007/s10681-011-0437-7 158 Yara A, Phi CN, Matsumura M, Yoshimura A, Yasui H (2010), “Development of near-isogenic lines for BPH25(t) and BPH26(t), which confer resistance to the brown plant- hopper, Nilaparvata lugens (Stall) in indica rice ‘ADR52’”, Breed Sci 60:639–647 159 Yarasi B, Sadumpati V, Immanni CP, Vudem DR, Khareedu VR (2008), “ Transgenic rice expressing Allium sativum leaf agglutinin (ASAL) exhibits high-level resistance against major sap-sucking pests” BMC Plant Biol 8:102 160 Yongfu Qiu, Jianping Guo, Shengli Jing, Lili Zhu, Guangcun He(2012), “ Development and characterization of japonica rice lines carrying the brown planthopper-resistance genes Bph12 and Bph6”, Theor Appl Genet 124:485–494 DOI 10.1007/s00122-011-1722-5 155 161 Yu SB, Li JX, Xu CG, Tan YF, Gao YJ, Li XH, Zhang Q and Maroof MA (1997),” Importance of epistasis as the genetic basis of heterosis in an elite rice hybrid”, Proc Natl Acad Sci USA 94:9226-9231 162 Zhao X, Huang J, Yu H, Wang L, Xie W (2010), ” Genomic survey, characterization and expression profile analysis of the peptide transporter family in rice (Oryza sativa L.)”, BMC Plant Biol, 10:92 163 Zhang H, Peng H, Li P, Deng Q, Xu P, Li Y, Wang X, Wu X (2008), “ The microarray analysis for gene expression in haploids and diploids derived from twin-seedling rice”, Sci China C Life Sci, 51(6):503–512 164 Zhuang JY, Lin HX, Lu J, Qian HR, Hittalmani S, Huang N and Zheng KL (1997), “ Analysis of QTL x environment interaction for yield components and plant height in rice”, Theor Appl Genet 95:799-808 g 165 Zhuang JY, Fan YY, Rao ZM, Wu JL, Xia YW and Zheng KL (2002), “ Analysis on additive effects and additive-by-additive epistatic effects of QTLs for yield traits in a recombinant inbred line population of rice” Theor Appl Genet 105:1137-1145 166 Zhou Z, Li G, Lin C, He C (2009), “ Conidiophore stalk-less1 encodes a putative zinc-finger protein involved in the early stage of conidiation and mycelial infection in Magnaporthe oryzae”, Mol Plant Microbe Interact, 22(4):402–410 167 Z F Ma cs (2012),” Genetic mapping of bph20(t) and bph21(t) loci conferring brown planthopper resistance to Nilaparvata lugens Starl in rice (Oryza sativa L.)”, Euphytica 183:161–171 156 PHỤ LỤC PHỤ LỤC BẢNG (Bảng xử lý số liệu IRRI START) ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE VARIATE FILE BANG34 GRAND MEAN STANDARD (N= SD/MEAN | 90) DEVIATION 3/ 9/13 16: NO BASED ON BASED ON OBS TOTAL SS RESID SS C OF V |NL % |GIONG$ | | | | | | | | | TGST 90 106.80 2.8687 1.7581 1.6 0.3828 0.0000 CC 90 106.57 12.098 9.7950 9.2 0.6052 0.0008 ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE VARIATE GRAND MEAN FILE BANG35 STANDARD DEVIATION 3/ 9/13 16: C OF V |NL |GIONG$ | (N= 90) SD/MEAN | NO BASED ON BASED ON OBS TOTAL SS RESID SS % | | | | | | | | B/K 90 5.9056 0.94088 0.32453 5.5 0.0000 0.0000 H/B 90 160.68 30.187 3.3162 2.1 0.0701 0.0000 TLHC 90 85.833 5.9612 1.2628 1.5 0.3213 0.0000 P1000 90 23.608 1.4736 0.21003 0.9 0.0295 0.0000 NSLT 90 93.945 15.523 1.4462 1.5 0.8737 0.0000 NSTT 90 59.570 5.9630 5.2997 8.9 0.4668 0.0252 ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE VARIATE FILE BANG10A GRAND MEAN STANDARD (N= SD/MEAN | 12) DEVIATION 3/ 9/13 16: NO BASED ON BASED ON OBS TOTAL SS RESID SS C OF V |NL % |GIONG$ | | | | | | | | | B/K 12 5.2250 0.66486 0.27080 5.2 0.6091 0.0021 H/B 12 172.33 16.097 1.7858 1.0 0.0192 0.0000 TLHC 12 90.417 1.0452 0.20817 0.2 0.2260 0.0001 P1000 12 26.575 3.7921 0.22173 0.8 0.0014 0.0000 NSLT 12 106.70 13.801 6.8857 6.5 0.1295 0.0087 NSTT 12 67.003 4.3262 0.44251 0.7 0.3398 0.0000 157 ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE VARIATE GRAND MEAN FILE BANG10B STANDARD 3/ 9/13 16: DEVIATION C OF V |NL |GIONG$ | (N= 12) SD/MEAN | NO BASED ON BASED ON OBS TOTAL SS RESID SS % | | | | | | | | B/K 12 4.8750 0.61515 0.37749 7.7 0.3129 0.0242 H/B 12 160.63 11.742 0.62915 0.4 0.0004 0.0000 TLHC 12 89.050 1.6003 0.19149 0.2 0.0009 0.0000 P1000 12 26.250 4.1082 0.26300 1.0 0.0201 0.0000 NSLT 12 84.815 4.1783 0.17785 0.2 0.3815 0.0000 NSTT 12 61.915 2.4625 0.19731 0.3 0.9909 0.0000 ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE VARIATE GRAND MEAN (N= B/K 12) FILE BANG11A STANDARD DEVIATION 3/ 9/13 17: C OF V |NL SD/MEAN | NO BASED ON BASED ON OBS TOTAL SS RESID SS 0.56909 0.50000E-01 12 5.4250 % |GIONG$ | | | | | | | | 0.9 0.0001 0.0000 H/B 12 176.08 16.398 1.1680 0.7 0.0339 0.0000 TLHC 12 90.583 1.0513 0.46637 0.5 0.8703 0.0032 P1000 12 26.100 3.7341 0.17319 0.7 0.0043 0.0000 NSLT 12 111.70 15.022 0.72598 0.6 0.0000 0.0000 NSTT 12 67.675 4.4713 0.25079 0.4 0.0150 0.0000 ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE FILE BANG11B | 3/ 9/13 16: F-PROBABLIITY VALUES FOR EACH EFFECT IN THE MODEL SECTION - VARIATE GRAND MEAN STANDARD (N= SD/MEAN | 12) DEVIATION NO BASED ON BASED ON OBS TOTAL SS RESID SS B/K 12 5.1250 0.55942 H/B 12 163.88 TLHC 12 P1000 NSLT C OF V |NL % |GIONG$ | | | | | | | | | 0.95742E-01 1.9 0.0009 0.0001 8.8757 0.86601 0.5 0.0191 0.0000 89.050 1.5676 0.95743E-01 0.1 0.0001 0.0000 12 26.408 4.1529 0.28867 1.1 0.0103 0.0000 12 97.626 13.211 3.0747 3.1 0.0011 0.0003 158 NSTT 12 66.820 4.1305 ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE VARIATE 0.39848 FILE BANG13A STANDARD (N= SD/MEAN | NO BASED ON BASED ON OBS TOTAL SS RESID SS 0.0000 3/ 9/13 16: GRAND MEAN 12) DEVIATION 0.6 0.0221 C OF V |NL % |GIONG$ | | | | | | | | | B/K 12 5.0000 0.35675 0.42426 8.5 0.8079 0.7317 H/B 12 161.58 14.628 0.55074 0.3 0.6480 0.0000 TLHC 12 84.330 2.1529 0.48676 0.6 0.2382 0.0001 P1000 12 22.075 1.5238 0.26615 1.2 0.3227 0.0001 NSLT 12 74.786 6.1989 6.0092 8.0 0.7664 0.2625 NSTT 12 60.042 4.9616 2.6649 4.4 0.4368 0.0101 ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE VARIATE FILE BANG13B GRAND MEAN STANDARD (N= SD/MEAN | 12) DEVIATION 3/ 9/13 16: NO BASED ON BASED ON OBS TOTAL SS RESID SS C OF V |NL % |GIONG$ | | | | | | | | | B/K 12 4.8750 0.28002 0.21016 4.3 0.6921 0.0629 H/B 12 157.25 7.9450 0.20615 0.1 0.0069 0.0000 TLHC 12 84.913 2.5517 2.4142 2.8 0.4123 0.3300 P1000 12 22.075 1.5160 0.23805 1.1 0.8426 0.0000 NSLT 12 71.629 5.0546 2.2609 3.2 0.7250 0.0034 NSTT 12 57.142 2.2117 0.42328 0.7 0.2784 0.0001 ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE VARIATE FILE BANG14A GRAND MEAN STANDARD (N= SD/MEAN | 12) DEVIATION 3/ 9/13 16: NO BASED ON BASED ON OBS TOTAL SS RESID SS C OF V |NL % |GIONG$ | | | | | | | | | B/K 12 5.2167 0.37376 0.27234 5.2 0.0263 0.9351 H/B 12 161.63 14.836 0.40311 0.2 0.0185 0.0000 TLHC 12 84.080 1.9804 0.40694 0.5 0.2301 0.0001 P1000 12 22.125 1.5393 0.22174 1.0 0.9509 0.0000 NSLT 12 78.051 7.4118 3.8210 4.9 0.0148 0.0371 NSTT 12 59.717 3.3420 0.45595 0.8 0.1854 0.0000 159 BALANCED ANOVA FOR VARIATE B/K FILE BANG14B 3/ 9/13 17: VARIATE V003 B/K LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN SQUARES SQUARES F RATIO PROB ER LN NL 315000 157500 2.45 0.166 GIONG$ 225000E-01 749999E-02 * RESIDUAL 385000 0.12 0.946 * TOTAL (CORRECTED) BALANCED ANOVA FOR VARIATE 11 722501 CCC FILE BANG17 641667E-01 656819E-01 4/ 9/13 9:30 VARIATE V003 CCC LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN SQUARES SQUARES F RATIO PROB ER LN NL 6.25000 3.12500 25.00 0.037 GIONG$ 156.060 156.060 * RESIDUAL 250011 125005 * TOTAL (CORRECTED) 162.560 32.5120 ****** 0.001 BALANCED ANOVA FOR VARIATE B/K FILE BANG18 4/ 9/13 9:30 VARIATE V003 B/K LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN SQUARES SQUARES F RATIO PROB ER LN NL 160000 800000E-01 ****** 0.000 160 GIONG$ 135000 135000 ****** 0.000 * RESIDUAL 183696E-07 918480E-08 * TOTAL (CORRECTED) BALANCED ANOVA FOR VARIATE 295000 HY FILE BANG20 590000E-01 4/ 9/13 9:30 VARIATE V003 HY LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN SQUARES SQUARES F RATIO PROB ER LN NL 2.97332 1.48666 8.92 0.101 GIONG$ 62.7267 62.7267 * RESIDUAL 333333 166667 376.36 0.002 * TOTAL (CORRECTED) BALANCED ANOVA FOR VARIATE 66.0334 CCC FILE BANG21 13.2067 4/ 9/13 9:31 SUMS OF MEAN F RATIO PROB SQUARES SQUARES VARIATE V003 CCC LN SOURCE OF VARIATION DF ER LN NL 16.0000 8.00000 ****** 0.000 GIONG$ 24.0000 24.0000 ****** 0.000 * RESIDUAL 335598E-05 167799E-05 * TOTAL (CORRECTED) BALANCED ANOVA FOR VARIATE 40.0000 HY FILE BANG24 8.00000 4/ 9/13 9:32 VARIATE V003 HY LN ER SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB 161 SQUARES SQUARES LN NL 490001 245001 5.44 0.156 GIONG$ 734999 734999 * RESIDUAL 899997E-01 449998E-01 16.33 0.054 TOTAL (CORRECTED) 1.31500 ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE VARIATE CCC TGST (N= SD/MEAN | 6) DEVIATION 4/ 9/13 STANDARD NO BASED ON BASED ON OBS TOTAL SS RESID SS 5.7019 0.35356 6 106.40 143.67 GRAND MEAN (N= 1.2111 STANDARD 6) % |GIONG$ | | | | | | | | | 0.3 0.0370 0.3 0.0491 FILE BANG18 NO BASED ON BASED ON OBS TOTAL SS RESID SS 5.0500 0.24290 H/B 164.00 TLHC P1000 4/ 9/13 0.1843 9:30 C OF V |NL % 0.0005 |GIONG$ | | | | | | | 0.0 0.0000 0.0000 19.769 0.70719 0.4 0.1006 0.0002 10.450 0.92033 0.49497 4.7 0.2883 0.0835 23.100 3.5406 0.25495 1.1 0.1055 0.0007 GRAND MEAN 6) STANDARD FILE BANG20 DEVIATION 4/ 9/13 9:30 C OF V |NL SD/MEAN | NO BASED ON BASED ON OBS TOTAL SS RESID SS % | | 0.95837E-04 ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE (N= C OF V |NL 0.40825 DEVIATION 9:30 SD/MEAN | B/K VARIATE FILE BANG17 GRAND MEAN ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE VARIATE 263000 |GIONG$ | | | | | | | | | HY 73.167 3.6341 0.40825 0.6 0.1014 0.0016 HD 60.300 5.8525 0.28286 0.5 0.0583 0.0004 VP 74.650 2.9771 0.49498 0.7 0.2253 0.0038 TH 52.450 10.032 0.21211 0.4 0.1006 0.0001 HB 55.500 0.89443 0.35355 0.6 0.1006 0.0727 TB 70.300 8.7001 0.84853 1.2 0.3598 0.0012 162 NA 71.300 1.4601 0.63640 0.9 0.4008 0.0409 HT 63.533 1.2817 0.29439 0.5 0.0295 0.0276 TB 65.150 4.1090 0.12376 0.2 0.0115 0.0002 ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE VARIATE GRAND MEAN (N= 6) STANDARD FILE BANG21 DEVIATION 4/ 9/13 9:31 C OF V |NL |GIONG$ SD/MEAN | NO BASED ON BASED ON OBS TOTAL SS RESID SS % | | | | | | | | CCC 104.00 2.8284 0.12954E-02 0.0 0.0000 0.0000 TGST 139.17 3.5870 0.20413 0.1 0.0039 0.0006 ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE VARIATE GRAND MEAN (N= 6) STANDARD FILE BANG22 DEVIATION 4/ 9/13 9:31 C OF V |NL SD/MEAN | NO BASED ON BASED ON OBS TOTAL SS RESID SS % | |GIONG$ | | | | | | | | | B/K 4.8500 0.51284 0.21213 4.4 0.1561 0.0538 H/B 163.33 16.370 3.7804 2.3 0.5816 0.0080 TLHC 12.000 1.4353 0.00000 0.0 1.0000 1.0000 P1000 24.350 5.2053 0.70676E-01 0.3 0.1005 0.0001 ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE FILE BANG24 4/ 9/13 9:32 :PAGE 10 F-PROBABLIITY VALUES FOR EACH EFFECT IN THE MODEL SECTION - VARIATE HY HD TB TH NA BG HT TB GRAND MEAN (N= 6) NO OBS 68.850 57.015 54.465 66.635 65.430 69.835 59.830 63.151 STANDARD DEVIATION C OF V |NL SD/MEAN | BASED ON BASED ON % | TOTAL SS RESID SS | 0.51283 0.21213 0.3 0.1561 0.36583 0.19092 0.3 0.4008 0.89075 0.47376 0.9 0.3415 2.4254 0.51619 0.8 0.4130 3.5176 0.12022 0.2 0.0677 3.1870 0.33235 0.5 0.0865 2.7545 0.15250E-02 0.0 0.0001 1.8043 0.32337E-01 0.1 0.0024 |GIONG$ | | | 0.0538 0.0656 0.0738 0.0067 0.0002 0.0014 0.0000 0.0001 | | | | 163 PHỤ LỤC ẢNH Hình 1: Ơ thí nghiệm cấy lúa làm vật liệu bố mẹ nhà lưới, Trung tâm khuyến nơng Thanh trì Hà nội Hình 2: Chuẩn bị vật liệu lai, điều kiện nhà lưới Hình 3: Vật liệu lai sau khử Hình 4: Mơ hình dòng lúa KR8 kháng rầy đực, điều kiện nhà lưới nâu,vụ xuân năm 2012, Hà Nội Hình 5: Mơ hình dịng lúa KR8 kháng rầy Hình 6: Tham quan mơ hình dịng lúa KR8 kháng rầy nâu,vụ xn năm 2012, Hà Nội nâu,vụ mùa năm 2012, Hà Nội 164 ... Ứng dụng thị phân tử nghiên cứu chọn tạo giống lúa 26 1.2.2.1 Chọn giống nhờ thị phân tử 26 1.2.2.2 Chỉ thị phân tử nghiên cứu lập đồ QTL/gen 29 1.2.2.3 Chỉ thị phân tử nghiên cứu di... Nghiờn cứu chọn tạo giống lúa kháng rầy nâu với trợ giúp thị phân tử? ?? Mục tiêu đề tài : Sử dụng phương pháp chọn giống nhờ thị phân tử để tạo giống lúa ưu việt kháng ổn định với quần thể rầy nâu. .. kháng bổ trợ (phân ly 27:37) 1.2 Chỉ thị phân tử ứng dụng nghiên cứu di truyền chọn tạo giống lúa 1.2.1 Chỉ thị phân tử 1.2.1.1 Khái niệm chung thị phân tử Chỉ thị phân tử công cụ nghiên cứu di