Phân lập và định danh vùng gen its của nấm men nhiễm bệnh trên da chó nuôi tại tp hồ chí minh

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ TP HỒ CHÍ MINH ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP PHÂN LẬP VÀ ĐỊNH DANH VÙNG GEN ITS CỦA NẤM MEN NHIỄM BỆNH TRÊN DA CHĨ NI TẠI TP HỒ CHÍ MINH Ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC- THỰC PHẨM- MÔI TRƯỜNG Chuyên ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Giảng viên hướng dẫn: Ts Hồng Quốc Khánh Ngơ Đức Duy Sinh viên thực hiện: Huỳnh Long Thủ MSSV: 1051110154 Lớp: 10DSH01 TP Hồ Chí Minh, 2014 LỜI CAM ĐOAN Tơi tên Huỳnh Long Thủ, sinh viên đại học chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học, khóa 2010, trường Đại học Cơng Nghệ TP Hồ Chí Minh Tơi xin cam đoan: ✓ Cơng trình nghiên cứu tơi thực ✓ Các số liệu luận văn hoàn toàn trung thực chưa công bố nghiên cứu khác hay phương tiện truyền thông Tơi xin chịu hồn tồn trách nhiệm kết nghiên cứu Luận văn tốt nghiệp SINH VIÊN Huỳnh Long Thủ Đồ án tốt nghiệp MỤC LỤC MỤC LỤC i DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT iv DANH MỤC CÁC BẢNG VÀ HÌNH ẢNH v MỞ ĐẦU CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tình hình ni chó 1.1.1 Thống kê số lượng chó giới 1.1.2 Tình hình ni chó Việt Nam 1.2 Tổng quan bệnh da 1.2.1 Bệnh ngồi da chó 1.2.2 Bệnh da người 1.3 Các tác nhân gây bệnh 1.3.1 Vi khuẩn 1.3.1.1 Một số nhóm vi khuẩn gây bệnh ngồi da thường gặp 1.3.1.2 Các biểu nhóm vi khuẩn gây 1.3.1.3 Khả lây lan sang người 1.3.2 Nấm men 1.3.2.1 Các loài nấm men thường gây bệnh da chó 1.3.2.2 Các biểu bệnh nhóm nấm men gây 1.3.2.3 Khả lây lan sang người 1.3.3 Nấm sợi 1.3.3.1 Một số nhóm nấm mốc gây bệnh thường gặp 1.3.3.2 Bệnh biểu bệnh nhóm nấm mốc gây 1.4 Tổng quan nấm men 10 1.4.1 Hình thái tế bào nấm men 10 1.4.2 Dinh dưỡng sinh trưởng nấm men 10 i Đồ án tốt nghiệp 1.4.3 Sinh sản nấm men 11 1.4.4 Nấm men gây bệnh 12 1.5 Những nghiên cứu giới nấm men gây bệnh 12 1.6 Định danh nấm men 13 1.6.1 Định danh nấm men phương pháp truyền thống 14 1.6.1.1 Quan sát đặc điểm hình thái 14 1.6.1.2 Khảo sát đặc tính sinh lí, sinh thái 14 1.6.2 Định danh nấm men sinh học phân tử 15 1.6.2.1 Đoạn gen rDNA 15 1.6.2.2 Nhân gen Kỹ thuật giải trình tự định danh lồi 17 CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 19 2.1 Vật liệu thiết bị 19 2.1.1 Dụng cụ 19 2.1.2 Thiết bị 19 2.1.3 Vật liệu 19 2.1.3.1 Nguồn phân lập 19 2.1.3.2 Hóa chất 20 2.2 Phương pháp nghiên cứu 21 2.2.1 Phân lập nấm men gây bệnh 21 2.2.2 Quan sát hình thái nấm men 22 2.2.2.1 Quan sát tế bào nấm men 22 2.2.2.2 Quan sát khuẩn ty thật khuẩn ty giả 23 2.2.3 Sử dụng sinh học phân tử định danh nấm men 24 2.2.3.1 Tách chiết DNA 24 2.2.3.2 Điện di 24 2.2.3.3 Phản ứng PCR (Polymerase Chain Reaction) 25 2.2.3.4 Giải trình tự định danh mẫu nấm men 29 ii Đồ án tốt nghiệp CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ BIỆN LUẬN 33 3.1 Kết hình thái học nấm men 33 3.1.1 Kết khuẩn lạc 33 3.1.2 Kết hình ảnh tế bào sinh dưỡng 34 3.1.3 Kết quan sát tế bào sinh sản 35 3.1.4 Kết quan sát khuẩn ty 35 3.2 Kết li trích, thu nhận nhân đoạn gen ITS rDNA nấm men 36 3.2.1 Kết ly trích thu nhận gen nấm men 36 3.2.2 Kết nhân đoạn gen bảo tồn ITS rDNA nấm men 36 3.3 Kết so sánh vùng gen bảo tồn ITS rDNA nấm men ngân hàng gen NCBI thiết lập phân loài 37 3.3.1 Kết Giải trình tự vùng gen ITS rDNA mẫu nấm men 37 3.3.2 Kết so sánh trình tự ITS rDNA ngân hàng gen NCBI xây dựng phân loài 39 CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 43 4.1 Kết luận 43 4.2 Đề nghị 43 Tài liệu tham khảo 45 iii Đồ án tốt nghiệp DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT Bp Base Pair DNA Deoxyribonucleotide Acid EDTA Ethylene- diamine-Tetraacetic-Acid PCR Polymerase Chain Reatio PDA Potato Dextrose Agar TAE Tris-Acetic acid- Ethylenediamine- Tetraacetae TE Tris- Ethylenediamine- Tetraacet iv Đồ án tốt nghiệp DANH MỤC CÁC BẢNG VÀ HÌNH ẢNH Bảng Bảng 1.1 Phát nấm men gây bệnh từ năm 1989 đến 1993………… ……… 13 Bảng 1.2 Internal transcribed spacer region (ITS region, including the 5.8S gene)… 17 Bảng 3.1 Hình ảnh kết hình thái khuẩn lạc ………………………………………33 Bảng 3.2 Hình ảnh tế bào sinh dưỡng…………………………………………………34 Bảng 3.3 Hình ảnh tế bào sinh sản nấm men…………………………………… 35 Bảng 3.4 Hình ảnh quan sát khuẩn ty ………………………… …………… …… 35 Hình ảnh Hình 1.1 Bảng đồ primer ITS…………………………………………… ………… 17 Hình 3.1 Kết kiểm tra ly trích gen mẫu nấm men……… …………… 36 Hình 3.2 Kết sản phẩm PCR ……………………………………….…………….37 Hình 3.3 Kết sản phẩm PCR M23-2 …………………………………… ………37 Hình 3.4 Cây phát sinh lồi dựa so sánh trình tự vùng gen ITS rDNA chủng nấm men phân lập( M9-1, M9-5, M11-1, M23-2) loài nấm men ngân hàng gen…………………………………………………………………………………… 39 v Đồ án tốt nghiệp MỞ ĐẦU Tính cấp thiết đề tài Chó người bạn thân thiết người, người tiếp xúc với chó gần lúc, dù trực tiếp hay gián tiếp Chính mà việc lây nhiễm bệnh nguy hiểm chó sang người vấn đề đáng quan tâm Hiện nay, nhu cầu sở hữu chó làm thú cưng người ngày cao, đa dạng, chủng loài số lượng ngày nhiều, với điều kiện nuôi đa dạng có nhiều bệnh xuất chó có khả lây lan sang người Trong bệnh dễ lây lan sang người bệnh ngồi da chó bệnh dễ cơng sang người Vì cần thơng qua tiếp xúc trực tiếp hay gián tiếp, điều kiện thích hợp người bị lây nhiễm Có nhiều tác nhân gây bệnh ngồi da chó, nấm men tác nhân quan trọng gây nên hậu nghiêm trọng cho chó người Vì để xác định lồi nấm men khóa luận tiến hành phân lập bước đầu định danh kỹ thuật sinh học phân tử vùng gen ITS rDNA nhằm xác định số chủng nấm men nhiễm bệnh da chó ni thành phố Hồ Chí Minh Mục đích nghiên cứu ✓ Cung cấp thơng tin xác số chủng nấm men nhiễm bệnh da chó khả lây lan chúng sang người, nhằm tăng khả điều trị phòng ngừa lây lan chó bị nhiễm loại nấm men Đồ án tốt nghiệp ✓ Tạo nguồn giống nấm men cho nghiên cứu chuyên sâu bệnh học loài nấm men định danh Nhiệm vụ nghiên cứu ✓ Phân lập số nấm men nhiễm bệnh da chó ni thành phố Hồ Chí Minh ✓ Định danh nấm men phương pháp sinh học phân tử dựa việc giải trình tự đoạn gen ITS rDNA nấm men ✓ Bước đầu xác định khả gây bệnh loài nấm men định danh dựa nghiên cứu giới Phương pháp nghiên cứu ✓ Sử dụng phương pháp sinh học phân tử giải trình tự đoạn gen bảo tồn ITS rDNA nấm men để định danh nấm men ✓ Các tài liệu phục vụ nghiên cứu tham khảo từ nghiên cứu, báo khoa học, luận văn khoa học sưu tầm internet ✓ Đề tài có sử dụng phần mềm: BioEdit 7.2.5.0, MEGA5 5.0.1.120, seaview4 4.32.0.0 ✓ Ngân hàng gen http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ Các kết đạt Sau trình nghiên cứu đề tài phân lập định danh loài nấm men, dựa nghiên cứu giới bước đầu nhận định lồi nấm men có khả gây bệnh nguy hiểm chó người Kết cấu đề tài Đề tài gồm chương Đồ án tốt nghiệp Chương 1: Tổng quan tài liệu Trình bày thơng tin liên quan đến chó, nấm men thơng tin phương pháp sinh học phân tử sử dụng định danh nấm men Chương 2: Vật liệu phương pháp nghiên cứu Trình bày tồn ngun vật liệu, địa điểm, máy móc thiết bị phục vụ nghiên cứu tồn quy trình, thao tác thực phương pháp nghiên cứu Chương 3: Kết biện luận Trình bày kết chi tiết tồn q trình thực nhiên cứu Chương 4: Kết luận đề nghị Tổng kết lại kết nghiên cứu đạt đưa đề nghị liên quan nhằm hoàn thiện đề tài Đồ án tốt nghiệp CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 4.1 Kết luận Sau tiến hành phân lập định danh vùng gen ITS mẫu nấm men nhiễm bệnh da chó ni thành phố Hồ Chí Minh cho số kết luận sau Mẫu M9-1 phân lập từ giống chó Rock ni quận Thủ Đức có khả lồi Rhodotorula mucilaginosa với mức tương đồng vùng gen ITS rDNA 100% Mẫu M9-5 phân lập từ giống chó Rock ni quận Thủ Đức có khả loài Trichosporon asahii với mức tương đồng vùng gen ITS rDNA 99% Mẫu M11-1 phân lập từ giống chó xù Bắc Hà ni quận Thủ Đức có khả lồi Meyerozyma guilliermondii với mức tương đồng vùng gen ITS rDNA 99% Mẫu M23-2 phân lập từ giống chó Pug ni quận Thủ Đức có khả lồi Pichia guilliermondii với mức tương đồng vùng gen ITS rDNA 79% Dựa thông tin từ nghiên cứu giới chủng nấm men điều có khả gây bệnh cho người chó với mức độ khác nhau, đặc biệt với người bị suy giảm miễn dịch Trong đó, lồi Meyerozyma guilliermondii phát ca viêm da tồn thân lại có khả kháng thuốc kháng nấm Các chủng lại điều phát tác nhân gây nên thương tổn nặng nề khơng da mà cịn quan nội tạng khác 4.2 Đề nghị Qua trình nghiên cứu tìm hiểu thơng tin từ nghiên cứu giới loài nấm men định danh nấm men gây bệnh chó lây lan sang người Đặc biệt với người suy giảm miễn dịch Vì người điều trị ung thư, bị nhiễm HIV bệnh có liên quan đến hệ 43 Đồ án tốt nghiệp miễn dịch làm suy giảm miễn dịch khơng nên tiếp xúc với chó hay vật nuôi khác Do thời gian điều kiện thực luận văn có hạn nên có nhiều phần khơng thể thực nên chúng tơi có số đề nghị: ✓ Khảo sát khả gây bệnh chủng nấm men phân lập ✓ Khảo sát nhạy cảm chủng thuốc kháng nấm 44 Đồ án tốt nghiệp Tài liệu tham khảo ❖ Tài liệu tiếng Việt [3] Lý Thị Liên Khai Huỳnh Trần Phúc Hậu Khảo sát lưu hành số nấm gây bệnh da, lơng chó tỉnh Sóc Trăng thử nghiệm thuốc điều trị Trường Đại học Cần Thơ Tạp chí Khoa học 2012:22c 47-56 [6] Nguyễn Lân Dũng, Đào Thị Lương Nấm Men 11/07/2006 ❖ Tài liệu tiếng Anh [1] The world wide population of dogs is astonishingly large.Published on September 19, 2012 by Stanley Coren, Ph.D., F.R.S.C in Canine Corner [2] Ernest E Ward, Jr., DVM 2014 What causes “seborrhea” (dog dandruff and cat dandruff)? [4] Walker K, Skelton H, Smith K (2002) "Cutaneous lesions showing giant yeast forms of Blastomyces dermatitidis" Journal of Cutaneous Pathology (10): 616–618 [5] Kurtzman CP, Fell JW (2006) "Yeast Systematics and Phylogeny—Implications of Molecular Identification Methods for Studies in Ecology" Biodiversity and Ecophysiology of Yeasts, The Yeast Handbook [7] Suh SO, McHugh JV, Pollock DD, Blackwell M (2005)."The beetle gut: a hyperdiverse source of novel yeasts" Mycological Research 109 (3): 261–265 [8] Barnett JA (1975) "The entry of D-ribose into some yeasts of the genus Pichia" Journal of General Microbiology 90 (1): 1–12 [9] Arthur H, Watson K (1976) "Thermal adaptation in yeast: growth temperatures, membrane lipid, and cytochrome composition of psychrophilic, mesophilic, and thermophilic yeasts" Journal of Bacteriology 128: 56–68 45 Đồ án tốt nghiệp [10] Balasubramanian MK, Bi E, Glotzer M (2004) "Comparative analysis of cytokinesis in budding yeast, fission yeast and animal cells" Current Biology 14: R806–818 [11] Yeong FM (2005) "Severing all ties between mother and daughter: cell separation in budding yeast" Molecular Microbiology 55 (5): 1325–1331 [12] Cogliati M (2013) "Global neoformans and Cryptococcus molecular gattii: An epidemiology atlas of ofCryptococcus the molecular types" Scientifica 2013: 675213 [13] O' Meara TR, Alspaugh JA (2012) "The Cryptococcus neoformans capsule: A sword and a shield" Clinical Microbiology Reviews 25 (3): 387–408 [14] Ainsworth, G C 1986 History of medical and veterinary mycology, p.43–47 Cambridge University Press, Cambridge [15] G C Ainsworth, History of medical and veterinary mycology, p 1986 43–47 Cambridge University Press, Cambridge [16] M.G Rinaldi,BiologyandpathogenicityofCandidaspecies,p.1–20 In G P Bodey (ed.), Candidiasis: pathogenesis, diagnosis and treatment Raven Press, New York.1993 [17] Rinaldi,M.G.1993.Biology and pathogeni city of Candida species, p.1–20.In G P Bodey (ed.), Candidiasis: pathogenesis, diagnosis and treatment Raven Press, New York [18] Anaissie, E., and G P Bodey 1989 Nosocomial fungal infections: old problems and new challenges Infect Dis Clin North Am 3:867–882 46 Đồ án tốt nghiệp [19] Anaissie, E., G P Bodey, H Kantarjian, J Ro, S E Vartivarian, R Hopfer, J.Hoy, and K.Rolston 1989 New spectrum of fungal infections in patients with cancer Rev Infect Dis 11:369–378 [20] Samonis,G.,andD.Bafaloukos.1992.Fungal infections in cancer patients: an escalating problem In Vivo 6:183–194 [21] Beck-Sague´, C M., W R Jarvis, and the National Nosocomial Infections Surveillance System 1993 Secular trends in the epidemiology of nosoco-mial fungal infections in the United States, 1980–1990 J Infect Dis 167: 1247–1251 [22] Borg von-Zepelin, M., H Eiffert, M Kann, and R Ruăchel 1993 Changes in the spectrum of fungal isolates: results from clinical specimens gathered in 1987/1988 compared with those in 1991/1992 in the University Hospital, Goăttingen, Germany Mycoses 36:247253 [23] Y Van de Peer, J Jansen, P De Rijk, and R De Wachter 1996 Database on the structure of small ribosomal subunit RNA Nucleic Acids Res Jan 1, 1997; 25(1): 111– 116 [24] White TJ, Bruns T, Lee S, Taylor J., 1989 Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics In: Innis M, Gelfand DH, Sninsky JJ, White TJ, eds PCR protocols: a guide to methods and applications San Diego, California: Academic Press Inc p 315–322 [25] Bruns TD, Szaro TM., 1992 Rate and mode differences between nuclear and mitochondrial small-subunit rRNA genes in mushrooms Mol Biol Evol 9: 836 -855 [26] David Ellis ,The University of Adelaide,“Rhodotorula rubra”, Mycology Online, 2014 47 Đồ án tốt nghiệp [27] McPartland JM, Goff JP (1991) "Neotypification of Trichosporon beigelii: morphological, pathological and taxonomic considerations".Mycotaxon 41: 173–178 [28] David Ellis 2005 Trichosporon beigelii The University of Adelaide Australia [29] Cuenca-Estrella, M., L Rodero, G Garcia-Effron, and J L Rodriguez Tudela 2002 Antifungal susceptibilities of Candida spp isolated from blood in Spain and Argentina, 1996-1999 J Antimicrob Chemother [34] Pavlov, A R.; Pavlova, N V.; Kozyavkin, S A.; Slesarev, A I (2004) "Recent developments in the optimization of thermostable DNA polymerases for efficient applications☆" Trends in Biotechnology 22 (5): 253–260 [35] Chien A, Edgar DB, Trela JM (1976) "Deoxyribonucleic acid polymerase from the extreme thermophile Thermus aquaticus" J Bacteriol 127 (3): 1550–1557 [36] Sharkey, D J.; Scalice, E R.; Christy, K G.; Atwood, S M.; Daiss, J L (1994) "Antibodies as Thermolabile Switches: High Temperature Triggering for the Polymerase Chain Reaction" Bio/Technology 12 (5): 506–509 ❖ Tài liệu mạng [30]http://vietsciences.free.fr/khaocuu/nguyenlandung/phanloaivisinhbangsinhhocphan tu.htm [31] http://www.vsmmb.com/data/upload_file/File/PCR%20book%201/PCR_basic.pdf [32]http://danluat.thuvienphapluat.vn/nuoi-cho-phai-dang-ky-va-duoc-cap-so-ban-cotin-khong-82093.aspx [33] http://www.virbac.vnn.vn/thong-tin-ki-thuat/890/benh-viem-da-co-mu 48 Đồ án tốt nghiệp 49 Đồ án tốt nghiệp Phụ lục A Hình ảnh trang thiết bị phục vụ nghiên cứu B Kết so sánh trình tự ITS rDNA mẫu nấm men với ngân hàng gen NCBI Kết so sánh M9-1 với Rhodotorula mucilaginosa KDLYL10 trình tự đoạn gen ITS 5.8S rDNA Kết so sánh M9-5 với Trichosporon asahii trình tự đoạn gen ITS 5.8S rDNA Kết so sánh M11-1 với Meyerozyma guilliermondii KAML05 trình tự đoạn gen ITS 5.8S rDNA Kết so sánh M23-2 với Pichia guilliermondii WM 02.91trên trình tự đoạn gen ITS 5.8S rDNA i Đồ án tốt nghiệp PHỤ LỤC A Hình ảnh trang thiết bị phục vụ nghiên cứu Hộp đèn soi UV Uvintec Máy li tâm lạnh MIKRO 220R Nguồn EC105 Bể điện di IBI QS- 710 Máy PCR sprint thermo Cycler Kính hiển vi Nikon eclipse 80i BioRad UV CCD Camera Đồ án tốt nghiệp B Kết so sánh trình tự ITS rDNA mẫu nấm men với ngân hàng gen NCBI Kết so sánh M9-1 với Rhodotorula mucilaginosa KDLYL10 trình tự đoạn gen ITS 5.8S rDNA Score Expect Identities Gaps Strand 1114 bits(603) 0.0 603/603(100%) 0/603(0%) Plus/Plus Query CGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAGTGAATATAGGACGTCCAACTTAACTTGGAGT 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct CGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAGTGAATATAGGACGTCCAACTTAACTTGGAGT 64 Query 61 CCGAACTCTCACTTTCTAACCCTGTGCACTTGTTTGGGATAGTAACTCTCGCAAGAGAGC 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 65 CCGAACTCTCACTTTCTAACCCTGTGCACTTGTTTGGGATAGTAACTCTCGCAAGAGAGC 124 Query 121 GAACTCCTATTCACTTATAAACACAAAGTCTATGAATGTATTAAATTTTATAACAAAATA 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 125 GAACTCCTATTCACTTATAAACACAAAGTCTATGAATGTATTAAATTTTATAACAAAATA 184 Query 181 AAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 185 AAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT 244 Query 241 AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCC 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 245 AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCC 304 Query 301 ATGGTATTCCGTGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATGAATACTTCAACCCTCCTCTTTCT 360 Sbjct 305 ATGGTATTCCGTGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATGAATACTTCAACCCTCCTCTTTCT 364 Query 361 TAATGATTGAAGAGGTGTTTGGTTTCTGAGCGCTGCTGGCCTTTACGGTCTAGCTCGTTC 420 Sbjct 365 TAATGATTGAAGAGGTGTTTGGTTTCTGAGCGCTGCTGGCCTTTACGGTCTAGCTCGTTC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 424 Đồ án tốt nghiệp Query 421 GTAATGCATTAGCATCCGCAATCGAACTTCGGATTGACTTGGCGTAATAGACTATTCGCT 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 425 GTAATGCATTAGCATCCGCAATCGAACTTCGGATTGACTTGGCGTAATAGACTATTCGCT 484 Query 481 GAGGAATTCTAGTCTTCGGACTAGAGCCGGGTTGGGTTAAAGGAAGCTTCTAATCAGAAT 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 485 GAGGAATTCTAGTCTTCGGACTAGAGCCGGGTTGGGTTAAAGGAAGCTTCTAATCAGAAT 544 Query 541 GTCTACATTTTAAGATTAGATCTCAAATCAGGTAGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATAT 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 545 GTCTACATTTTAAGATTAGATCTCAAATCAGGTAGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATAT Query 601 CAA 604 603 ||| Sbjct 605 CAA 607 Kết so sánh M9-5 với Trichosporon asahii trình tự đoạn gen ITS 5.8S rDNA Score Expect Identities Gaps Strand 1005 bits(544) 0.0 560/567(99%) 4/567(0%) Plus/Plus Query 15 GGAAGTAAAAGTCGTAACATTCGTTTTCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAGTGAT ||||||||||||||||||| 74 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct GGAAGTAAAAGTCGTAACA-AGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAGTGAT 59 Query 75 TGCCTTTATAGGCTTATAACTATATCCACTTACACCTGTGAACTGTTCTACTACTTGACG 134 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 60 TGCCTTTATAGGCTTATAACTATATCCACTTACACCTGTGAACTGTTCTACTACTTGACG 119 Query 135 CAAGTCGAGTATTTTTACAAACAATGTGTAATGAACGTCGTTTTATTATAACAAAATAAA 194 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 120 CAAGTCGAGTATTTTTACAAACAATGTGTAATGAACGTCGTTTTATTATAACAAAATAAA 179 Query 195 ACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAATTGCGATAA 254 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 180 ACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAATTGCGATAA 239 Đồ án tốt nghiệp Query 255 GTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCAGCTTGCGCTCTCT 314 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 240 GTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCAGCTTGCGCTCTCT 299 Query 315 GGTATTCCGGAGAGCATGCCTGTTTCAGTGTCATGAAATCTCAACCACTAGGGTTTCCTA 374 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 300 GGTATTCCGGAGAGCATGCCTGTTTCAGTGTCATGAAATCTCAACCACTAGGGTTTCCTA 359 Query 375 ATGGATTGGATTTGGGCGTCTGCGATTTCTGATCGCTCGCCTTAAAAGAGTTAGCAAGTT 434 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 360 ATGGATTGGATTTGGGCGTCTGCGATTTCTGATCGCTCGCCTTAAAAGAGTTAGCAAGTT 419 Query 435 TGACATTAATGTCTGGTGTAATAAGTTTCACTGGGTCCATTGTGTTGAAGCGTGCTTCTA 494 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 420 TGACATTAATGTCTGGTGTAATAAGTTTCACTGGGTCCATTGTGTTGAAGCGTGCTTCTA 479 Query 495 ATCGTCCGCAAGGACAATTACTTTGACTCTGGCCT-AAATCAGGTAGGACTACCCGCTGA 553 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 ATCGTCCGCAAGGACAATTACTTTGACTCTGGCCTGAAATCAGGTAGGACTACCCGCTGA Query 554 ACTTAAGCATATCAA-AAGTCGGAGGA 539 579 ||||||||||||||| ||| ||||||| Sbjct 540 ACTTAAGCATATCAATAAG-CGGAGGA 565 Kết so sánh M11-1 với Meyerozyma guilliermondii KAML05 trình tự đoạn gen ITS 5.8S rDNA Score Expect Identities Gaps Strand 1149 bits(622) 0.0 633/638(99%) 2/638(0%) Plus/Plus Query TTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAC 63 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 47 TTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAC 106 Query 64 AGTATTCTTTTGCCAGCGCTTAACTGCGCGGCGAAAAACCTTACACACAGTGTCTTTTTG 123 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Đồ án tốt nghiệp Sbjct 107 AGTATTCTTTTGCCAGCGCTTAACTGCGCGGCGAAAAACCTTACACACAGTGTCTTTTTG 166 Query 124 ATACAGAACTCTTGCTTTGGTTTGGCCTAGAGATAGGTTGGGCCAGAGGTTTAACAAAAC 183 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 167 ATACAGAACTCTTGCTTTGGTTTGGCCTAGAGATAGGTTGGGCCAGAGGTTTAACAAAAC 226 Query 184 ACAATTTAATTATTTTTACAGTTAGTCAACTTTTGAATTAATCTTCAAAACTTTCAACAA 243 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 227 ACAATTTAATTATTTTTACAGTTAGTCAAATTTTGAATTAATCTTCAAAACTTTCAACAA 286 Query 244 CGGATCTCTTGGTTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATATGAAT 303 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 287 CGGATCTCTTGGTTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATATGAAT 346 Query 304 TGCAGATTTTCGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCTGGTATTCCAGA 363 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 347 TGCAGATTTTCGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCTGGTATTCCAGA 406 Query 364 GGGCATGCCTGTTTGAGCGTCATTTCTCTCTCAAACCCCCGGGTTTGGTATTGAGTGATA 423 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 407 GGGCATGCCTGTTTGAGCGTCATTTCTCTCTCAAACCCCCGGGTTTGGTATTGAGTGATA 466 Query 424 CTCTTAGTCGGACTAGGCGTTTGCTTGAAAAGTATTGGCATGGGTAGTACTGGATAGTGC 483 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 467 CTCTTAGTCGGACTAGGCGTTTGCTTGAAAAGTATTGGCATGGGTAGTACTGGATAGTGC 526 Query 484 TGTCGACCTCTCAATGTATTAGGTTTATCCAACTCGTTGAATGGTGTGGCGGGATATTTC 543 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 527 TGTCGACCTCTCAATGTATTAGGTTTATCCAACTCGTTGAATGGTGTGGCGGGATATTTC 586 Query 544 TGGTATTGTTGGCCCGGCCTTACAACAACCAAACAAGTTTGACCTCAAATCAGGTA-GAA 602 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 587 TGGTATTGTTGGCCCGGCCTTACAACAACCAAACAAGTTTGACCTCAAATCAGGTAGGAA Query 603 TACCCGCTGAACTTAAGCATATCAAAAGGCCGGAGGAA 640 ||||||||||||||||||||||||| | || ||||||| Sbjct 647 TACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGC-GGAGGAA 683 646 Đồ án tốt nghiệp Kết so sánh M23-2 với Pichia guilliermondii WM 02.91trên trình tự đoạn gen ITS 5.8S rDNA Score Expect Identities Gaps Strand 342 bits(185) 3e-90 416/527(79%) 17/527(3%) Plus/Plus Query 24 GTCATCTAGAGAAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTT-CCGTAGGTGAACAAGGGGAAGGAT ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| 82 | |||||||| Sbjct 15 GTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGAT 74 Query 83 CATTACAGAAGTTTTTAGCCAGCCATTAACTGCGCGGCGAAAAACCCCGACTTCACTGAG 142 |||||||| | | ||| |||||| ||||||||||||||||||||| || ||| | | Sbjct 75 CATTACAGTATTCTTTTGCCAGCGCTTAACTGCGCGGCGAAAAACC-TTAC-ACACAGTG 132 Query 143 TCGTAATGA-CCATTCCTCTTGCTTTGGTACGGCCTAGAGATAGGTTGGCCCACAGGTTT 201 || | ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||| Sbjct 133 TCTTTTTGATACAGAACTCTTGCTTTGGTTTGGCCTAGAGATAGGTTGGGCCAGAGGTTT 192 Query 202 AACAAAACACAATTTAATTATTTTTACAGAAA-TAAAATGAACAACTT-TCTTCAAGA-T 258 ||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| || | ||||||| | | Sbjct 193 AACAAAACACAATTTAATTATTTTTACAGTTAGTCAAATTTTGAATTAATCTTCAAAACT 252 Query 259 ATCAACAACTGGATCCAAGGGTTCT-GCTCCGA-GAAGAAAGCAGGGAAAACGCAAATAA 316 |||||||| ||||| |||||| || ||| |||||| |||| |||| || | ||| Sbjct 253 TTCAACAAC-GGATCTCTTGGTTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAAT-GCGA-TAA 309 Query 317 AATTTGCCCCGCAGATTTTAC-GAATCATGGAAGATTC-ATCGTAGCCGGCGCCCTCT 372 ||| || ||||||||| ||||||| ||| || | || | ||||||||| Sbjct 310 GTAATATGAATTGCAGATTTTCGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCT 369 Query 373 GGTATTCCGGCGGGCATTCCCCTTTGAGCGTCATTTCCCCATCAAACCCCCGGGTTTGGT 432 |||||||| | |||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| Sbjct 370 GGTATTCCAGAGGGCATGCCTGTTTGAGCGTCATTTCTCTCTCAAACCCCCGGGTTTGGT 429 Query 433 AATGAGGGATAGTCTTAGTCGGACTAGTCGTTTGCC-GAAAAGTATCGGCGACGTTAGTT 491 | |||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| | |||| Đồ án tốt nghiệp Sbjct 430 ATTGAGTGATACTCTTAGTCGGACTAGGCGTTTGCTTGAAAAGTATTGGCATGGGTAGTA Query 492 TTGGATAGGAAGGTCGATCTGTAAATGTATTAGGTTTATCCAATTCG | ||||| Sbjct 490 538 ||||| || | |||||||||||||||||||| ||| CTAGATAGTGCTGTCGACCTCTCAATGTATTAGGTTTATCCAACTCG 536 489 ... sinh học phân tử vùng gen ITS rDNA nhằm xác định số chủng nấm men nhiễm bệnh da chó ni thành phố Hồ Chí Minh Mục đích nghiên cứu ✓ Cung cấp thơng tin xác số chủng nấm men nhiễm bệnh da chó khả... lan chó bị nhiễm loại nấm men Đồ án tốt nghiệp ✓ Tạo nguồn giống nấm men cho nghiên cứu chuyên sâu bệnh học loài nấm men định danh Nhiệm vụ nghiên cứu ✓ Phân lập số nấm men nhiễm bệnh da chó. .. chó ni thành phố Hồ Chí Minh ✓ Định danh nấm men phương pháp sinh học phân tử dựa việc giải trình tự đoạn gen ITS rDNA nấm men ✓ Bước đầu xác định khả gây bệnh loài nấm men định danh dựa nghiên