Nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật Genexpert MTB RIF trong phát hiện vi khuẩn Lao tại Hải Phòng

Nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật Genexpert MTB RIF trong phát hiện vi khuẩn Lao tại Hải Phòng Nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật Genexpert MTB RIF trong phát hiện vi khuẩn Lao tại Hải Phòng Nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật Genexpert MTB RIF trong phát hiện vi khuẩn Lao tại Hải Phòng luận văn tốt nghiệp,luận văn thạc sĩ, luận văn cao học, luận văn đại học, luận án tiến sĩ, đồ án tốt nghiệp luận văn tốt nghiệp,luận văn thạc sĩ, luận văn cao học, luận văn đại học, luận án tiến sĩ, đồ án tốt nghiệp

(2013), Emergence of rton-aibicans Candida species in neonatal candidemia, N Am J Med Sci., 5(9), p.541-545 10 Li F, Wu L, Cao B, Zhang Y, Li X, Liu Y (2013), Surveillance of the prevalence, antibiotic susceptibility, and genotypic characterization of invasive candidiasis in a teaching hospitai in China between 2006 to 2011, BMC infect Dis., 3(1), p.353-356 11 Melyssa Negri,, Sónia Silva, Diogo Breda, Mariana Henriques, Joana Azeredo, Rosario Oliveira (2012), Candida tropicaiis biofilms: Effect on urinary epithelial cells, Microbial Pathogenesis, 53, 95-99 12 Piayford EG, Marriott D, Nguyen Q, Chen s, Ellis D, Slavin M, Sorrell TC (2008), Candidemia in nonneuỉropenic critically ill patients: risk factors for non­ albicans Candida spp Crit Care Med, 36, p.2034-2039 13 Giovanna Pulcrano, Dora Vita lula, Antonio Voiiaro, Aiessandra Tucci, Monica Cerullo, Matilde Esposito.Fabio Rossano, Maria Rosaria Catania (2013), Rapid and reliable MALDi-TOF mass spectrometry identification of Candida non-albicans isolates from bloodstream infections, Journal of Microbiological Methods, 94, p 262-266 14 Rupinder Kaur, Renee Domergue, Margaret L Zupancic and Brendan p Cormack (2005), A yeast by any other name: Candida giabrata and its interaction with the host, Current Opinion in Microbiology, 8, p.378-384 15 William E.Dismukes et al (2003), Clinical mycology, Oxford University press 16 Gốrkem Yaman, lẹin Akyar, Simge Can (2012), Evaluation of the MALĐI TOF-MS method for identification of Candida strains isolated from biood cultures, Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, 73, p 65-67 17 Yashavanth R et all (2013), Candiduria: prevalence and trends in antifungai susceptibility in a tertiary care hospital of mangalore, J Clin Diagn Res., 7(11), p.2459-2461 18 Zhang, Y-, et al (2010), A simple method of genomic DNA extraction suitable for analysis of bulk fungal strains Letters in applied microbiology, 51(1): p 114-118 NGHIÊN Cứu ỨNG DỤNG KỸ THUẬT GENEXPERT MTB/RIF TRONG PHÁT HIỆN VI KHUẢN 'l a o t i h ả i p h ò n g Hà Thị Bích Ngọc (Tiến s ĩ Sinh học, Bộ môn Vi sinh Đại học Y Dược Hải Phòng) Chu Thị Nga (Thạc s ỉ Bác sĩ, Khoa Vi sinh Bệnh viện Hữu nghị Việt Tiệp Hài Phòng) Trần Đức (Tiến s ĩ Bấc sĩ, Khoa Vi sinh Bệnh viện Hữu nghị Việt Tiệp Hải Phòng) Nguyễn Hùng Cường Ợiến s ĩ Bác sĩ, Bộ môn v ị sinh Đại học Ỷ Dược Hải Phòng) Phạm Văn Quang (Thạc sĩ, Khoa Xét nghiệm Bệnh viện Lao Bệnh phổi Hải Phịng) TĨM TẤT Đặt vấn đề: Năm 2011, WHO đă khuyển cáo mờ rộng trìền khai kỹ thuật GeneXpert MTB/RIFIà hệ thống chẩn đoán phân tử tự động sử dụng kỹ thuật PCR để xác định có mặt cùa vi khuần lao phát đột biến khàng rifampicin gen rpoB cồa vi khuẩn lao [2,7] Mục tiêu nghiên cứu: Đánh giả hiệu quảứng dụng kỹ thuật GeneXpert Hải Phòng vể xấc định tỷ lệ nhiêm vi khuẩn lao phât tình trạng khảng rifampicin đồng thời xác định vùng gen đột biến kháng rifampicin Đối tượng phương pháp nghiên cứu: Xét nghiệm GeneXpert MTB/RIF tiến hành song song với kỹ thuật soi đờm trực tiếp nhuộm Ziehl Neelsen 436 mẫu bệnh phẩm đờm 436 bệnh nhàn Kết quà: Bệnh nhân phát có VI khuẩn lao nam cao gấp gần lần so với nữ bệnh nhân mắc lao thường độ tuổi 40 Tỷ lệ phàt MTB(+) 436 mẫu đờm 94/436 (21,56%) cao gấp hai lần tỷ lệ phát AFB(+) 47/436 (10,77%) Trong 94 mẫu đờm có MTB(+) kỹ thuật GeneXpert phái 10 mẫu kháng rifampicin, tương đương 10,64% Phât tỷ lệ đột biến vùng lõi cùa gen rpoB bơi mẫu dò probe E (60%), probe B (30%) probe D (10%).Ket luận: Kỹ thuật GeneXpert MTB/RIF giúp chẩn đoán nhanh vi khuẩn lao tính kháng rifampicin với qui trình thao tác đơn giản đạt hiệu tốt, cho phép phât vi khuẩn lao với số lượng Từ khố: GeneXpert, Mycobacterium tuberculosis, kháng rifampicin SUMMARY RESEARCHON IMPLEMENTING GENEXPERT TECHNIQUE TO DIAGNOSIS MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN HAI PHONG Ha Thi Bich Ngoc (Doctor o f Biology, Department o f Medical Microbiology, Hai Phong University o f Medicin and Pharmacy) Chu ThiNga (Master Doctor, Faculty o f Microbiology, Vietnam Czech General Hospital) Tran Due (PhD Doctor, Faculty o f Microbiology, Vietnam Czech General Hospital) Nguyen Hung Cuong (PhD Doctor, Department o f Medical Microbiology, Hai Phong University o f Meciicin and Pharmacy) Pham Van Quang (Master, Laboratory Faculty, HaiPhong Pulmonary Tuberculosis Hospital) Background: In 2011, WHO recommendedusing Xpert MTB/RIF techniquewidely (MTB: Mycobacterium tuberculosis; RIF: rifampicin), is asemi quantitative nested real-time PCR invitro diagnostic test for the detection MTB and the detection o f rifampicin resistance associated mutation o f the rpoB gene [2 ,7Ị Purposes: To evaluate the effectiveness o f implementing GeneXpert technique in Haiphong city, about determine the rate o f MTB infection and detection o f rifampicin resistance with gene region associated mutation o f the rpoB gene 489 Materials and method: the Xpert MTB/RIF carried out with the acid - fast sputum smear method (Ziehl Neelsen) for 436 sputum specimens o f 436 patients Results:The patients was found to have MTB in men is nearly higher times than women and patients at high risk for MTB infection at the age over 40 Detection percentage MTB(+) on 436 samples o f sputum tvas 94/436 (equivalent 21.56%) is double the detection percentage AFB(+) was 47/436 (equivalent 10.77%) In 94 sputum samples MTB(+), Gene Xpert detected 10 samples have RIF resistance (equivalent 10.64%) Detectingmutationsin the core o f rpoB gene by probe E (60%), probe B (30%) and probe D (10%) Conclusion: The Gene Xpert MTB/RIF in detecting MTB and rifampicin resistance from sputum specimens may help in early diagnosis MTB with goodeffectiveness, simple process, allowing to detect MTB with very little numbers Keywords: GeneXpert, Mycobacterium tuberculosis, rifampicin resistance ĐẶT VẤN ĐÈ Theo số liệu báo cốo năm 2015 Tổ chức Y tế Thể giới, năm 2014 có khoảng 9,6 triệu trường hợp mắc lao mới, ước tỉnh có triẹu trường hợp báo cáo bệnh nhân xuất triệu chửng lâm sàng bệnh iao s ố lượng người tử vong bệnh lao khoảng 1,5 triệu người Ước tính có 480 nghin trường hợp lao đa kháng thuốc mới, chì có 1/4 số khoảng 123 nghìn trường hợp phát báo cáo [2] Trong chiến phòng chống lao, WHO khuyến cáo áp đụng kỹ thuật GeneXpert MTB/RIF xét nghiệm chẩn đoán ban đầu cho trường hợp nghi mắc laọ đa kháng thuốc lao đong nhiễm HIV cân nhắc áp dụng cho trường hợp xét nghiệm ổờm trực tiểp âm tính để tăng phát íao phồi AFB(-) GeneXpert MTB/RIF hệ thống đóng, tự đọng hồn tồn, bước từ tách chiềt ADN, chạy phản ứng nhân gen đặc hiệu (PCR) vi khuẩn iao đột biến kháng thuốc rifampicin tiến hành phận cartridge Sau gần máy trả kết kép: bệnh phẩm có vi khuẩn lao hay khơng, có nhiều hay vi khuẩn vỉ khuẩn lao cỏ kháng thuốc rifampicin hay không việt Nam quốc gia chịu ảnh hưởng lớn bệnh lao, xếp thứ 12/22 quốc gia có tỷ lệ mắc lao cao Mục liêu Chương trình Chống lao quốc gia nhằm phái xác trường hợp mắc lao,đặc biệt iao đa kháng thuốc cộng đồng sớm tốt Việc áp dụng kỹ thuật phát vi khuẩn lao triển khai tích cực, bật kỹ thuật chẩn đoán nhanh GeneXpert MTB/RIF Đề tài nghiên cứu thực nhằm đánh giá hiệu ứng dụng kỹ thuật GeneXpert Hải Phòng xác định tỷ lệ nhiễm vi khuẩn lao phát tỉnh trạng kháng rifampicin đồng thời xác định vùng gen đột biến kháng rifampicin ĐỘI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN cứu Đối tượng: 436 mẫu bệnh phẩm đờm 436 bệnh nhân Bệnh viện Hữu nghị Việt Tiệp Hải Phòng Bệnh viện Lao Bệnh phổi Hải phòng gửi ve xét nghiệm Khoa Vỉ sinh Bệnh viện Hữu nghị Việt Tiệp Hải Phòng Thời gian tiến hành xét nghiẹm tư 2/1/2014 đến 10/7/2015 Phương pháp nghiên cứu Phương pháp mô tả cắt ngang Phát hiẹn trực khuẩn íao tính kháng rifampicin trực khuẩn lao mẫu đờm bệnh nhân kỹ thuật GeneXpertMTB/RIF: + Nguyên lý: Phản ứng PCR (seminested realtime PCR) thiết kế để nhân đoạn trình tự 192 bp gen rpoB VK lao Trình tự mồi đạc hiệu mẫu dò thiểt kế đặc biệt để có khả phát đột biến cao đảm bảo chắn xác định vùng thường xuyên xảy đột biến chứa 81 bp (acỉdamin 507-533) (Hình 1) Probe B ProbeA rwgamwTOTsrrCTisram Ok/ Probec' Probo D PcobêE -531~-4:533'' MUTĐ51éV MUTH626Y MUTS6Í11 MUTH52SD 507 rpoB 81 Base Pair Core Region 533 Hỉnh 1: Vùng thường xảy đột biến quỉ định tính kháng Rỉf ' + Qui trình thực theo hướng dẫn cùa WHO [1,3] Soi đờm trực tiếp kỹ thuật nhuộm Ziehi Neelsen nhằm phát có mặt trực khuẩn kháng cồn kháng axỉt (ẤFB) bệnh phẩm KẾT QUẢ Đặc điểm nhóm bệnh nhân tuồi vả giới Thực thường qui xét nghiêm GeneXpert MTB/RIF áp dụng với mẫu bệnh phẩm đờm, loại bệnh phẩm khác áp dụng nghiên cứu đấnh giá [1] Trong số bệnh nhân xét nghiệm có người đâ mac lao điều trị, có bệnh nhân đa xác định có vi khuẩn lao đa kháng thuốc, có bệnh nhân thời gian điều trị, có bệnh nhân HIV đồng nhiễm lao, có bẹnh nhân nghỉ mắc lao Kết đặc điểm nhóm bệnh nhân tuọi giới thề Bảng 490 Đăc điếm Nam Giới Nữ Tuối 70 104 23,85 Đặc đếm giới: Trong 436 bệnh nhân xéí nghiệm bệnh phẩm đờm có 317 nam (chiếm 72,71%) 119 nữ (chiếm 27,29%) Đặc điểm tuổi: chia ỉheo nhóm: 20 tuổi chiếm 1,61%, từ 2039 íuổi chiếm 17,88%, từ 40-69 chiếm 56,66%, 70 tuổi chiếm 23,85% Tỷ iệ phát AFB MTB dương tính theo giới nhóm tuồi Kết nhuộm Ziehl Neelsen soi trực tiếp bệnh phẩm đờm chia thành AFB(+) AFB(-) Kết chạy GeneXpert MTB/RIF bệnh phẩm đờm chia ỉhành MTB(+) MTB(-) Tỷ lệ phái AFB(+) MTB(+) theo giới nhom tuổi thể Bảng Bảng 2: Tỷ íệ phát AFB vả MTB dương tính Đặc điểm Nam (317) Nữ (119)