Thiết lập cơ sở dữ liệu cho việc xây dựng phòng tiêu bản thực vật tại trường đại học khoa học tự nhiên, đại học quốc gia TPHCM

Đại học Quốc gia Thành Phố Hồ Chí Minh h BÁO CÁO TỔNG KẾT Tên đề tài : Thiết lập sở liệu cho việc xây dựng Phòng tiêu thực vật Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia TPHCM Ngày tháng năm Chủ tịch hội đồng nghiệm thu (Họ tên, chữ ký) Ngày tháng năm Chủ nhiệm (Họ tên chữ ký) Ngày tháng năm Cơ quan chủ quản Ngày tháng năm Cơ quan chủ trì (Họ tên, chữ ký, đóng dấu) TP.HCM, tháng 07 năm 2015 MỤC LỤC TÓM TẮT ABSTRACT DANH MỤC CÁC BẢNG DANH MỤC CÁC HÌNH BÁO CÁO TĨM TẮT BÁO CÁO CHÍNH Mở đầu Chương – TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan cơng tác bảo tàng 1.2 Lịch sử phịng tiêu Thực vật Bộ môn Sinh thái – Sinh học Tiến hóa 1.3 Tổng quan điều kiện bảo quản mẫu 1.4 Tổng quan quy trình số hóa 1.5 Phần mềm BRAHMS Chương - NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Mục tiêu nghiên cứu 2.2 Phạm vi - Nội dung nghiên cứu 2.3 Phương pháp kiểm tra lựa chọn đối tượng số hóa 2.4 Phương pháp số hóa 2.5 Cách xử lý số liệu 2.6 Phương pháp đăng ký mã quốc tế Index Herbariorum Chương – KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 Kết 3.2 Thảo luận Chương - KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 4.1 Kết luận 4.2 Kiến nghị TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC i ii iii iii v 3 6 12 13 13 13 13 16 21 30 31 31 60 62 62 63 65 67 Phụ lục chuyên môn 67 PHỤ LỤC – Hình chụp tiêu 68 PHỤ LỤC – Danh sách họ thực vật số lượng 94 PHỤ LỤC – Danh sách người thu mẫu 102 PHỤ LỤC – Bảng tóm lược q trình thu mẫu phịng tiêu 106 PHỤ LỤC – Thơng tin giấy free acid 118 PHỤ LỤC – Mẫu đơn đăng ký Index Herbariorum 119 Phụ lục sản phẩm 133 PHỤ LỤC – Kết đăng ký Herbariorum 134 PHỤ LỤC – Kết đào tạo 136 Phụ lục quản lý 138  Xác nhận tốn tài quan chủ trì  Đơn xin gia hạn  Quyết định phê duyệt kinh phí  Hợp đồng  Thuyết minh đề cương phê duyệt TĨM TẮT Phịng tiêu thực vật thuộc Bộ môn Sinh thái – Sinh học Tiến hóa nơi lưu giữ mẫu tiêu thực vật từ trường thành lập, có tiêu dạy học Bộ tiêu thực vật vừa có ý nghĩa lịch sử quan trọng, vừa nguồn tài liệu quý giá nghiên cứu thực vật Thế nay, tiêu chưa kiểm tra quản lý liệu cách hồn chỉnh Do đó, đề tài bước đầu tiến hành thống kê, số hóa quản lý liệu tiêu thực vật phần mềm chuyên dụng nhằm lưu giữ, trì phát triển nguồn thông tin quý giá Do thời gian lưu trữ lâu nên bước phục hồi cần tiến hành nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho cơng tác số hóa quản lý sở liệu đề tài công tác quản lý phịng tiêu Sau đó, tiêu số hóa máy ảnh CANON EOS 7D hệ thống đèn hỗ trợ tăng sáng cho mẫu vật Hình ảnh số hóa thơng tin tiêu quản lý phần mềm chuyên dụng BRAHMS Kết 103 tiêu nằm 37 họ thực vật phục hồi, số hóa quản lý liệu phần mềm BRAHMS (Botanical Research And Herbarium Management System) Đề tài bước đầu xây dựng sở liệu Excel hình ảnh tham khảo cho phần tiêu dạy học (4.866 tiêu bản) i ABSTRACT The herbarium of Department of Ecology and Evolutionary Biology plays an important role in reserving thousands of plant specimens since the foundation of the University of Science These specimens maintain both historical meaning and invaluable documents for botanical researches However, they are not under an effective preservation and management In order to save such precious information, this study introduces a proposal to restore and manage these plant specimens using professional software Due to the long time storage, restoring the plant specimens must be taken first to make them in good condition Afterwards they are digitized by using CANON EOS 7D camera and the support flash system Finally the images and information of these plant specimen will be managed with BRAHMS (Botanical Research And Herbarium Management System) The result is 103 specimens belonging to 37 plant families have been restored, digitized and managed with BRAHMS so far In addition, we establish database in Microsoft Excel and medium quality images of 4,866 specimens ii DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 1.1 So sánh phần mềm quản lý sở liệu 12 Bảng 2.1 Sơ đồ xếp ngăn chứa tiêu thực vật 14 Bảng 2.2 Danh sách ngăn có khơng có viết tay từ lần kiểm tra trước 14 Bảng 3.1 Danh sách 100 lồi thực số hóa quản lý sở liệu 32 Bảng 3.2 Tình trạng kiểm tra ngăn 47 Bảng 3.3 Danh sách mẫu tiêu trao đổi thuộc ngăn kiểm tra 50 DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Hệ thống scan phịng tiêu Paris Hình 1.2 Hệ thống chụp hình Vườn thực vật New York Hình 1.3 Quy trình số hóa tiêu thực vật 10 Hình 2.1 Các bước chụp hình lấy thơng tin tiêu bản: (a) tổng thể tiêu bản; (b) nhãn tiêu bản; (c) ghi đính kèm theo tiêu 16 Hình 2.2 Vị trí ưu tiên đính túi đựng mẫu 18 Hình 2.3 Vị trí ưu tiên đính nhãn 18 Hình 2.4 Mẫu Senna tora (L.) Roxb trước (a) sau (b) phục hồi 18 Hình 2.5 Mẫu chuẩn Fagus longipetiolata Seemen Vườn thực vật Edinburgh 20 Hình 2.6 Hệ thống máy ảnh chụp mẫu 20 Hình 2.7 Bảng Excel mẫu dùng cho việc nhập liệu 22 Hình 2.8 Giao diện đăng nhập BRAHMS 23 iii Hình 2.9 Bảng quản lý tài khoản người dùng 23 Hình 2.10 Cửa sổ tạo Project 24 Hình 2.11 Giao diện chọn thẻ SysFont 25 Hình 2.12 Giao diện Import Wizard (Step – Identify Data) 26 Hình 2.13 Giao diện Import Wizard (Step – Determine Data Format) 26 Hình 2.14 Giao diện Import Wizard (Step – Define Imported Fields) 27 Hình 2.15 Giao diện BRAHMS sau đưa tập tin THU NGHIEM.DBF vào 28 Hình 2.16 Cửa sổ chuyển liệu BRAHMS 29 Hình 2.17 Kết chuyển liệu từ Excel vào BRAHMS 29 Hình 3.1 Biểu đồ số lượng nhóm thực vật số hóa 31 Hình 3.2 Mẫu bị rớt băng keo trước (a) sau (b) phục hồi 41 Hình 3.3 Mẫu cịn dính chặt băng keo trước (a) sau (b) phục hồi 42 Hình 3.4 Mẫu có giấy hư bị dính chặt băng keo trước (a) sau (b) phục hồi 43 Hình 3.5 Mẫu đính trước (a) sau (b) phục hồi 43 Hình 3.6 Mẫu tiêu lớn trước (a) sau (b, c) phục hồi 44 Hình 3.7 Nhãn mẫu PH 5036 46 Hình 3.8 Bảng liệu Excel hồn chỉnh 46 Hình 3.9 Biểu đồ số lượng nhóm thực vật tiêu dạy học 49 Hình 3.10 Cửa sổ Treeview bảng species 53 Hình 3.11 Cửa sổ tìm kiếm mẫu tiêu thực vật 54 Hình 3.12 Cửa sổ lọc liệu 55 Hình 3.13 Thanh cơng cụ dị tìm mạng 56 Hình 3.14 Cửa sổ quản lý hình ảnh mẫu vật 57 Hình 3.15 Cửa sổ trích xuất liệu BotanicalRecords 58 Hình 3.16 Cửa sổ tạo report 58 Hình 3.17 Khung nhãn (a) nhãn có liệu (b) 59 Hình 3.17 Khung nhãn (a) nhãn có liệu (b) 61 iv BÁO CÁO CHÍNH MỞ ĐẦU Bộ tiêu thực vật nơi lưu trữ mẫu tham khảo, công cụ giúp định danh cách so sánh chưa biết với mẫu có tiêu kho liệu đa dạng phân bố lồi thực vật Vì vậy, phịng tiêu lập nhằm mục đích lưu giữ, quản lý, phát triển tiêu cung cấp kho liệu cho nhà nghiên cứu tham khảo [1] Để đưa tiêu lên trang web cơng bố liên kết, trao đổi thông tin với bảo tàng khác giới cơng tác số hóa quản lý sở liệu phần mềm chuyên dụng phòng tiêu giới trọng thực thường xuyên Phòng tiêu thực vật thuộc Bộ môn Sinh thái – Sinh học tiến hóa thành lập với mục đích Được lập từ trường Đại học Khoa học Tự Nhiên mang tên Khoa học Đại học đường, phòng tiêu thực vật Bộ môn chứa mẫu tiêu thu thập từ khắp nơi đất nước Việt Nam số nơi giới qua nhiều năm tháng Do thời gian lưu giữ mẫu lâu không bảo dưỡng nên chất lượng mẫu tiêu tiêu dạy học thuộc phòng tiêu Bộ môn bị giảm nhiều Việc kiểm kê mẫu thực chưa hồn thành thơng tin lưu trữ máy tính lại bị Tất điều khiến cho công tác kiểm tra thu thơng tin, số hóa quản lý liệu phần mềm chuyên dụng cần quan tâm nhanh chóng thực thời gian sớm Chính vậy, đề tài “SỐ HĨA TIÊU BẢN THỰC VẬT VÀ XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU TẠI PHÒNG TIÊU BẢN THỰC VẬT THUỘC BỘ MÔN SINH THÁI – SINH HỌC TIẾN HĨA” thực với mục đích phục hồi, bảo dưỡng, số hóa quản lý sở liệu phần mềm BRAHMS tiêu dạy học nhằm góp phần trì, phát triển liên kết nguồn thông tin quý giá với giới CHƯƠNG 1.1 TỔNG QUAN Tổng quan cơng tác bảo tàng Phịng tiêu thực vật nơi bảo quản, xếp theo hệ thống phân loại mẫu danh sách thực vật nhằm phục vụ cho việc tra cứu nghiên cứu khoa học Bộ tiêu thực vật tài liệu tham khảo quan trọng giúp định danh thực vật xác thường xem kho chứa nhiều thơng tin lồi địa điểm thu mẫu, dạng sống, thời gian hoa tạo chất hóa học chứa cây,… Ngồi ra, mẫu tiêu bảo quản dùng cung cấp mẫu DNA chứng khoa học Vì thế, phịng tiêu mang ý nghĩa khoa học thực tế lớn [15] Mẫu thực vật bảo quản nhiều phương pháp lưu giữ, bảo dưỡng liên tục mà hệ tương lai định danh cây, học đa dạng sinh học sử dụng sưu tập cho mục đích bảo tồn phát triển bền vững Ví dụ nhiều mẫu thực vật phòng tiêu Vườn thực vật Kew thu thập cách 100 năm Ngoài ý nghĩa lịch sử định cịn nguồn cung cấp thơng tin sinh thái, khoa học, địa lý cho chuyên gia người nghiệp dư với nhiều mục đích khác [15]: - Nhận diện lồi thực vật Các nhà sinh học châu Âu tiếp tục công việc nghiên cứu quần thể thực vật khu vực ôn đới suốt hàng trăm năm với nguồn tài liệu tham khảo đa dạng phong phú, từ sách hướng dẫn nhận diện đến thực vật chí có kèm hình vẽ minh họa, hình chụp đồ sơ lược khu vực Trong nước nhiệt đới, nhiều thực vật chí với hình minh họa xuất chưa hồn chỉnh cịn tài liệu tham khảo khơng có hình ảnh lại lỗi thời Ví dụ “Flora Brasiliensis” đưa danh sách loài thực vật Brazil gồm 40 phát hành từ năm 1845 đến 1906 phần nhỏ loài tồn Brazil Vì thế, cách để định danh xác thực vật ... số hóa quản lý liệu phần mềm chuyên dụng cần quan tâm nhanh chóng thực thời gian sớm Chính vậy, đề tài “SỐ HÓA TIÊU BẢN THỰC VẬT VÀ XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU TẠI PHÒNG TIÊU BẢN THỰC VẬT THUỘC BỘ MÔN... từ trường Đại học Khoa học Tự Nhiên mang tên Khoa học Đại học đường, phòng tiêu thực vật Bộ môn chứa mẫu tiêu thu thập từ khắp nơi đất nước Việt Nam số nơi giới qua nhiều năm tháng Do thời gian... thực vật thuộc mơn Sinh thái – Sinh học Tiến hóa lập từ trường Đại học Khoa học Tự Nhiên mang tên Khoa học Đại học đường Năm 2006, sinh viên tiến hành kiểm kê mẫu tủ đặt tầng khu D, lập bảng