(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam

(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Vũ Phương Nhung NGHIÊN CỨU ĐA HÌNH/ĐỘT BIẾN GEN CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 VÀ CYP2D6 CYTOCHROME P450 Ở NGƯỜI KINH VIỆT NAM LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Hà Nội – Năm 2020 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Vũ Phương Nhung NGHIÊN CỨU ĐA HÌNH/ĐỘT BIẾN GEN CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 VÀ CYP2D6 CYTOCHROME P450 Ở NGƯỜI KINH Ở VIỆT NAM Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số: 9420201 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS Nguyễn Hải Hà GS TS Nông Văn Hải Hà Nội – Năm 2020 i LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng với hướng dẫn khoa học TS Nguyễn Hải Hà GS.TS Nông Văn Hải Những kết thu luận án mới, trung thực chưa công bố cơng trình khác Các kết cơng bố chung cán hướng dẫn đồng tác giả cho phép sử dụng Luận án Hà Nội, ngày tháng năm 2020 Tác giả luận án Vũ Phương Nhung ii LỜI CẢM ƠN Trước tiên, xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành sâu sắc tới GS.TS Nông Văn Hải-nguyên Viện trưởng Viện Nghiên cứu hệ gen, Chủ tịch hội đồng Khoa học Viện Nghiên cứu hệ gen TS Nguyễn Hải Hà-Phó trưởng phịng Phân tích hệ gen, Viện Nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam Trong suốt trình học tập nghiên cứu, tinh thần say mê nghiêm khắc khoa học với hướng dẫn tận tình khích lệ thầy động lực lớn lao giúp không ngừng cố gắng phấn đấu, vượt qua nhiều khó khăn để hồn thành Luận án Tơi xin chân thành cảm ơn TS Nguyễn Đăng Tơn-Trưởng phịng Phân tích hệ gen đồng nghiệp cơng tác phịng Phân tích hệ gen ln tạo điều kiện thuận lợi, đồng hành giúp đỡ suốt trình học tập làm việc chun mơn Phịng Bằng tình cảm chân thành nhất, tơi xin trân trọng cảm ơn giúp đỡ quý báu Trong q trình nghiên cứu học tập, tơi nhận ý kiến đóng góp quý báu nhà khoa học, cán nghiên cứu Viện nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học Cơng nghệ Việt Nam Những nhận xét góp ý chuyên môn sâu sắc buổi báo cáo, hội thảo giúp tơi hồn thiện tốt Luận án Nhân dịp này, tơi xin chân thành cảm ơn ban Giám đốc, tập thể cán Học viện Khoa học Công nghệ, Viện Hàn lâm khoa học Công nghệ Việt Nam tạo điều kiện thuận lợi cho tơi q trình học tập nghiên cứu Sau cùng, xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến gia đình, người thân bạn bè tin tưởng nguồn động viên tinh thần lớn lao suốt q trình học tập, nghiên cứu hồn thành Luận án Hà Nội, ngày tháng năm 2020 Tác giả luận án Vũ Phương Nhung iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT DÙNG TRONG LUẬN ÁN vii DANH MỤC BẢNG ix DANH MỤC HÌNH x MỞ ĐẦU CHƯƠNG TỔNG QUAN 1.1 CYP450 chuyển hóa thuốc gan 1.2 Đa dạng di truyền gen mã hóa cho enzyme CYP450 tham gia chuyển hóa thuốc 1.2.1 Gen CYP2C9 1.2.2 Gen CYP2C19 11 1.2.3 Gen CYP2D6 14 1.2.4 Gen CYP3A5 17 1.3 Ảnh hưởng đa dạng di truyền gen dược học ADR khác biệt đáp ứng thuốc 20 1.3.1 Khái quát ADR 20 1.3.2 Một số trường hợp đa dạng di truyền gen dược học gây nên khác biệt đáp ứng thuốc 22 1.4 Ứng dụng triển vọng di truyền dược học lâm sàng 29 1.5 Một số phương pháp nghiên cứu đa dạng di truyền gen CYP450 32 1.5.1 Các phương pháp nghiên cứu SNP indel 32 1.5.2 Các phương pháp nghiên cứu CNV 34 1.6 Tình hình nghiên cứu đa hình di truyền số gen CYP450 người Việt Nam phạm vi nghiên cứu luận án 37 1.6.1 Tình hình nghiên cứu đa hình di truyền gen CYP450 Việt Nam giới 37 iv 1.6.2 Phạm vi nghiên cứu luận án 39 CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 40 2.1 Đối tượng nghiên cứu 40 2.2 Các thiết bị, dụng cụ sử dụng nghiên cứu 40 2.3 Phương pháp nghiên cứu 41 2.3.1 Tách chiết DNA tổng số 41 2.3.2 Xác định nồng độ DNA tổng số 42 2.3.3 Phương pháp PCR Khuếch đại đặc hiệu gen 43 2.3.3.1 Thiết kế mồi 43 2.3.3.2 PCR đặc hiệu gen CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6 CYP3A5 45 2.3.4 Giải trình tự Sanger 46 2.3.4.1 PCR giải trình tự 46 2.3.4.2 Tinh sản phẩm PCR giải trình tự 47 2.3.4.3 Biến tính sản phẩm PCR điện di mao quản máy giải trình tự 47 2.3.5 Phương pháp MLPA 47 2.3.5.1 Thực phản ứng MLPA 48 2.3.5.2 Điện di mao quản phân tách đoạn 49 2.3.5.3 Phân tích kết phần mềm Coffalyzer 49 2.3.6 Long range (LR) PCR 50 2.3.7 Real-time PCR 51 2.3.8 Phân tích số liệu nghiên cứu 52 2.3.8.1 Phân tích kết giải trình tự Sanger đánh giá trạng thái cân di truyền Hardy-Weinberg quần thể 52 2.3.8.2 Phân tích thống kê 52 2.3.9 Dự đoán chức in silico biến thể 53 2.3.9.1 Dự đoán chức biến thể vùng mã hóa 53 v 2.3.9.2 Dự đốn chức biến thể vùng không mã hóa 53 2.3.9.3 Dự đốn chức biến thể vùng promoter 54 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 55 3.1 Tách chiết DNA tổng số 55 3.2 Khuếch đại đặc hiệu gen CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6, CYP3A5 giải trình tự 55 3.3 Phân tích đa hình/đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6 CYP3A5 quần thể người Kinh Việt Nam 59 3.3.1 Đa hình/đột biến gen CYP2C9 59 3.3.2 Đa hình/đột biến gen CYP2C19 65 3.3.3 Đa hình/đột biến gen CYP2D6 70 3.3.4 Đa hình/đột biến gen CYP3A5 83 3.4 Phân tích liên kết biến thể CYP2C9, CYP2C19 CYP2D6 85 3.5 Dự đoán chức in silico biến thể tìm thấy CYP2C9, CYP2C19 CYP2D6 87 3.6 So sánh tần số allele gen nghiên cứu quần thể người Kinh Việt Nam với quần thể người khác giới 90 3.6.1 So sánh tần số allele gen CYP2C9 quần thể người Kinh Việt Nam với quần thể người khác giới 90 3.6.2 So sánh tần số allele gen CYP2C19 quần thể người Kinh Việt Nam với quần thể người khác giới 92 3.6.3 So sánh tần số allele gen CYP2D6 quần thể người Kinh Việt Nam với quần thể người khác giới 93 3.6.4 So sánh tần số allele gen CYP3A5 quần thể người Kinh Việt Nam với quần thể người khác giới 96 3.7 Thảo luận 98 3.7.1 Sự phân bố SNP gây ảnh hưởng chức protein CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6 CYP3A5 quần thể người giới 98 vi 3.7.2 Phân tích liên kế t giữa các biế n thể và ý nghiã nghiên cứu đa da ̣ng di truyề n các gen CYP450 102 3.7.3 Vai trò CNV SV gen nghiên cứu đa dạng đáp ứng thuốc cá nhân 103 3.7.4 Vai trò biến thể CYP2C9, CYP2C19 CYP2D6 chức protein tương ứng 105 3.7.5 Ý nghĩa việc sử dụng thông tin di truyền gen CYP450 tham gia chuyển hóa thuốc tối ưu hiệu dùng thuốc người Kinh Việt Nam 107 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 112 DANH MỤC CƠNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ 114 TÀI LIỆU THAM KHẢO 115 PHỤ LỤC vii DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT DÙNG TRONG LUẬN ÁN Tên viết tắt Tên đầy đủ tiếng Anh Nghĩa tiếng Việt dùng luận án ADR Adverse drug reaction Phản ứng có hại thuốc CNV Copy number variant Biến thể số CPIC Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium Hiệp hội ứng dụng Di truyền dược học lâm sàng CYP2C19 Cytochrome P450 2C19 CYP2C9 Cytochrome P450 2C9 CYP2D6 Cytochrome P450 2D6 CYP3A5 Cytochrome P450 3A5 CYP450 Cytochrome P450 DMSO Dimethyl sulfoxide DNA Deoxyribonucleic acid dNTPs Deoxynucleotide triphosphates EDTA Ethylenediaminetetraacetic Acid EM Extensive metabolizer Chuyển hóa thuốc bình thường FDA U.S Food and Drug Administration Cục quản lý Thực phẩm Dược phẩm Hoa Kỳ FPR False positive rate Tỉ lệ dương tính giả GWAS Genome-wide association study Nghiên cứu tương quan toàn hệ gen HSF Human Splicing Finder viii IM Intermediate metabolizer Chuyển hóa thuốc trung bình Indel Insertion/deletion Biến thể thêm/mất nucleotide INR International normalized ratio Chỉ số phản ánh thời gian hình thành cục máu đơng LD Linkage disequilibrium Độ liên kết biến thể LR-PCR Long range PCR MLPA Multiplex ligation dependent probe amplification PCR Polymerase chain reaction PGRN Pharmacogenomics Research Netwwork Mạng lưới nghiên cứu hệ gen dược học PharmVar Pharmacogene Variation Đa dạng di truyền gen dược học PM Poor metabolizer Chuyển hóa thuốc yếu SNP Single nucleotide polymorphism Đa hình đơn nucleotide SRS Substrate recognition site Vị trí nhận biết chất SSRI Selective serotonin reuptake inhibitor Ức chế tái hấp thu serotonine SV Structural variant Biến thể cấu trúc TPMT Thiopurine S-methyltransferase enzyme chuyển hóa thuốc thiopurine UM Ultra rapid metabolizer Chuyển hóa thuốc cực nhanh Khuếch đại đa đầu dị phụ thuộc phản ứng ghép nối ...inh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh K...8 MVN 49 MVN 50 MVN 51 MVN 52 MVN 53 MVN 54 MVN 55 MVN 56 Nam Nam Nam Nam Nam Nam Nam Nam Nam Nam Nam Nam Nam Nam Nam Nam Nam Nam Nam Bình thường Bình thường Bình thường Bình thường Bình thường B...ình thường Bình thường Bình thường Bình thường Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh Kinh 44,1 36,6 27,7 84,3 116,6 115,2 90 86,7 29,8 31,7 2