Nghiên cứu phương pháp phát hiện virut HAdV gây bệnh đau mắt đỏ ở việt nam bằng kỹ thuật PCR kết hợp với giải trình tự

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC Tự NHIÊN Nguyễn Quang Hưng NGHIÊN CỨU PHƯƠNG PHÁP PHÁT HIỆN VIRUT HAdV GÂY BỆNH ĐAU MẮT ĐỎ Ở VIỆT NAM BẰNG KỸ THUẬT PCR KẾT HỢP GIẢI TRÌNH Tự LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội - 2017 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC Tự NHIÊN Học viên : Nguyễn Quang Hưng NGHIÊN CỨU PHƯƠNG PHÁP PHÁT HIỆN VIRUT HAdV GÂY BỆNH ĐAU MẮT ĐỎ Ở VIỆT NAM BẰNG KỸ THUẬT PCR KẾT HỢP GIẢI TRÌNH Tự Chuyên ngành : Di truyền học Mã số: 60420121 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Cán hướng dẫn: Ts Nguyễn Văn Sáng Ts.Bs Hoàng Anh Tuấn Luận văn thạc sĩ khoa học Nguyễn Quang Hưng LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến tới TS Nguyễn Văn Sáng - giảng viên Bộ môn Di truyền, Trường đại học Khoa học Tự nhiên - Đại học quốc gia Hà Nội, người Thầy ln tận tình hướng dẫn, bảo trực tiếp giúp em tiếp thu nhiều kiến thức kỹ thuật chuyên môn tạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ em suốt q trình thực khóa luận Những dẫn Thầy định hướng quan trọng cho em q trình thực khóa luận Tơi xin bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc tới TS BS Hoàng Anh Tuấn - Trưởng khoa Xét nghiệm tổng hợp - Bệnh viện Mắt TW, người tận tình hướng dẫn, tạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ tơi suốt q trình nghiên cứu hồn thành luận văn Em xin bày tỏ lịng biết ơn chân thành tới thầy cô Bộ mơn Di truyền học, Khoa Sinh học nói riêng thầy cô Trường Đại học Khoa học Tự nhiên nói chung Em xin cảm ơn thầy hết lòng giảng dạy kiến thức giúp đỡ em suốt bốn năm học vừa qua Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới em Nguyễn Tiến Đạt Nguyễn Thu Huyền làm việc phòng thí nghiệm mơn di truyền người giúp đỡ em nhiều trình em thực đề tài Tôi xin chân thành cảm ơn Đại học Quốc gia Hà Nội hỗ trợ nghiên cứu đề tài mã số QG.17.19 Cuối cùng, em xin gửi lời cảm ơn đồng nghiệp anh chị Phòng Vi sinh - Khoa Xét nghiệm tổng hợp - Bệnh viện Mắt Trung ương, gia đình, người thân - người bên cạnh, tạo điều kiện động viên cho em động lực để phấn đấu trình học tập trình thực khóa luận Hà Nội, tháng năm 2017 Nguyễn Quang Hưng QH.2014.T.CH - 60420121 Luận văn thạc sĩ khoa học Nguyễn Quang Hưng MỤC LỤC QH.2014.T.CH - 60420121 Luận văn thạc sĩ khoa học Nguyễn Quang Hưng KIẾN NGHỊ 45 TÀI LIỆU THAM KHẢO 46 QH.2014.T.CH - 60420121 DANH MụC BảNG DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Bệnh đau mắt đỏ hình ảnh mơ tả DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT UV TAE Ultra violet Tris base - Acetic acid - Ethylenediaminetetraacetic acid RNA/ARN Ribonucleic Acid mRNA Messenger Ribonucleic Acid mM Millimol Mm Millimeter ml Milliliter MEGA Molecular Evolutionary Genetics Analysis HVR Hypervariable region dNTPs Deoxyribonucleotide Triphosphate DNA/ADN Deoxyribonucleic Acid DDW Deionized distill water ddNTP Dideoxiribonucleoside triphosphate bp Kilobase pairs BLAST Basic Local Alignment Search Tool h1 Microliter PCR Polymerase chain reaction Luận văn thạc sĩ khoa học Nguyễn Quang Hưng MỞ ĐẦU Đau mắt đỏ từ dùng để bệnh viêm kết mạc cấp Bệnh đau mắt đỏ bệnh lý nhãn khoa phổ biến giới Đau mắt đỏ tiềm ẩn nguy to lớn sức khỏe người bệnh, nhiều trường hợp, không điều trị cách, đau mắt đỏ gây biến chứng nguy hiểm, để lại di chứng sau, gây giảm thị lực chí mù Đau mắt đỏ nhiều nguyên nhân gây nhiễm trùng, dị ứng, hoá chất tác nhân vật lý Một tác nhân gây bệnh đau mắt đỏ người Human Adenovirus (HAdV) Bệnh đau mắt đỏ gây HAdV có tốc độ lây lan nhanh phát triển thành dịch, đe dọa trực tiếp đến sức khỏe cộng đồng Ở Việt Nam, bệnh đau mắt đỏ HAdV hoành hành liên tục suốt 10 năm qua với số lượng người bị nhiễm cao, có năm lên tới 80.000 người Hàng năm, vào khoảng tháng đến tháng 10, thời tiết thuận lợi, dịch đau mắt đỏ HAdV lại bùng phát Khi bệnh xuất hiện, số lượng bệnh nhân tăng nhanh, đặc biệt nơi có mật độ dân cư cao trường học, bệnh viện, nhà máy thành phố lớn Adenovirus (AdV) nhóm virut thuộc họ Adenoviriae, gồm bốn giống khác nhau; có giống Mastedenovirus chuyên gây bệnh người, gọi Human Adenovirus, viết tắt HAdV Hiện có 50 chủng adenovirus khác nhau, khả phát triển loại vaccine điều trị thấp Do chưa có vaccine phòng bệnh, việc phát sớm tác nhân gây đau mắt đỏ để có phác đồ điều trị phù hợp quan trọng Trước kia, phương pháp định danh chủng HAdV thường thực cách phân lập virut, sau xác định nhóm huyết virut phản ứng ngưng kết kháng nguyên tách chiết ADN hệ gen cắt enzyme giới hạn để định loại Những phương pháp có nhược điểm phức tạp, tốn thời gian có độ xác cịn hạn chế Do vậy, chúng tơi tiến hành đề tài nghiên cứu: “Nghiên cứu phương pháp phát virut HAdV gây bệnh đau mắt đỏ Việt Nam kỹ thuật PCR kết hợp giải trình tự” với mục tiêu cụ thể sau: Thiết kế cặp mồi đặc hiệu phục vụ cho việc nhân gen hexon, penton, fiber chủng HAdV gây bệnh đau mắt đỏ QH.2014.T.CH - 60420121 Luận văn thạc sĩ khoa học Nguyễn Quang Hưng Tối ưu quy trình PCR nhân đặc hiệu gen hexon, penton, fiber chủng HAdV gây bệnh' đau mắt đỏ Sử dụng quy trình PCR nhân đặc hiệu gen hexon, penton, fiber mẫu bệnh phẩm thu Bệnh viện Mắt Trung ương Giải trình tự gen ba gen hexon, penton fiber xây dựng chủng loại phát sinh nhằm xác định xác chủng HAdV Việt Nam chủng HAdV gây bệnh đau mắt đỏ phổ biến Việt Nam Nghiên cứu tài trợ Đại học Quốc gia Hà Nội đề tài mã số QG.17.19 QH.2014.T.CH - 60420121 10 ... TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC Tự NHIÊN Học viên : Nguyễn Quang Hưng NGHIÊN CỨU PHƯƠNG PHÁP PHÁT HIỆN VIRUT HAdV GÂY BỆNH ĐAU MẮT ĐỎ Ở VIỆT NAM BẰNG KỸ THUẬT PCR KẾT HỢP GIẢI TRÌNH Tự Chuyên ngành : Di... tổ hợp (nếu có) 1.5 KĨ THUậT Giải TRÌNH Tự Kỹ thuật giải trình tự cơng cụ hiệu nghiên cứu di truyền phân tử Từ phương pháp giải trình tự đột phá Sanger, đến phương pháp giải trình tự ngày phát. .. chẩn đoán đau mắt đỏ mùa dịch 1.1.3 Triệu chứng đau mắt đỏ HAdV Bệnh đau mắt đỏ HAdV xảy lứa tuổi, thường khởi phát trẻ nhỏ Bệnh xảy mắt đa số bị bệnh hai mắt, thông thường mắt phát bệnh trước