Hạt thường tích tụ ở bề mặt biển. Neuston là một tên của nhóm các dạng sống trong lớp bề mặt của đại dương và hồ, và có thể được chia thành Epineuston và Hyponeuston. Các sinh vật Epineuston sống trên đỉnh mặt nước, và tự nhiên phụ thuộc vào sức căng bề mặt của nước. Sinh vật Hyponeuston sống trong vài cm đầu của cột nước. Hạt thường tích tụ ở bề mặt biển. Neuston là một tên của nhóm các dạng sống trong lớp bề mặt của đại dương và hồ, và có thể được chia thành Epineuston và Hyponeuston. Các sinh vật Epineuston sống trên đỉnh mặt nước, và tự nhiên phụ thuộc vào sức căng bề mặt của nước. Sinh vật Hyponeuston sống trong vài cm đầu của cột nước. Hạt thường tích tụ ở bề mặt biển. Neuston là một tên của nhóm các dạng sống trong lớp bề mặt của đại dương và hồ, và có thể được chia thành Epineuston và Hyponeuston. Các sinh vật Epineuston sống trên đỉnh mặt nước, và tự nhiên phụ thuộc vào sức căng bề mặt của nước. Sinh vật Hyponeuston sống trong vài cm đầu của cột nước.
ĐẶC TRƯNG CỦA LOÀI STREPTOMYCES ĐƯỢC PHÂN LẬP TỪ LỚP MỎNG BỀ MẶT BIỂN (SML) Ở VỊNH TRONDHEIM, NA UY GVHD: Phan Thị Huyền Thực hiện: Nhóm 10 DANH SÁCH THÀNH VIÊN Đỗ Thị Xuân Uyên 2.Nguyễn Thị Thu Trinh 3.Châu Mỹ Nga 1513982 1513639 1512109 4.Nguyễn Thị Bích Duyên 1510531 Nguyễn Đoàn Nam Sơn 1512837 NỘI DUNG Đặt vấn đề Phương pháp tiến hành Kết thu Kết luận ĐẶT VẤN ĐỀ Tìm kiếm các sản phẩm bậc hai mới từ vi khuẩn có hoạt tính sinh học rất quan trọng => đáp ứng nhu cầu ngày càng cao về thuốc kháng sinh mới Xạ khuẩn (Actinomycetes), đặc biệt từ chi Streptomyces sản xuất lượng lớn hợp chất có hoạt tính sinh học Các vi khuẩn Streptomyces có khả khoảng 70% các sản phẩm tự nhiên đặc trưng cho loài Actinomycete Tuy nhiên, phần lớn các vi khuẩn Streptomyces đặc trưng đến vẫn được phân lập từ môi trường cạn Gần đây, phát hiện các vi sinh vật biển, có rất nhiều môi trường nước dinh dưỡng trung bình, giàu dinh dưỡng hoặc quá trình nở hoa của sinh vật phù du Hạt thường tích tụ ở bề mặt biển Neuston là tên của nhóm các dạng sống lớp bề mặt của đại dương và hồ, và có thể được chia thành Epineuston và Hyponeuston Các sinh vật Epineuston sống đỉnh mặt nước, và tự nhiên phụ thuộc vào sức căng bề mặt của nước Sinh vật Hyponeuston sống vài cm đầu của cột nước Mật độ vi khuẩn có hoạt tính chuyển hóa cao, thường được gọi là bacterioneuston, được tìm thấy SML Các vi sinh vật này được chọn lọc tự nhiên và phát triển được môi trường biển ở Na Uy với điều kiện thời tiết lạnh và khắc nghiệt Trong nghiên cứu này, phân lập vi khuẩn Streptomyces từ SML ở vịnh Trondheim (Na Uy) Phương pháp tiến hành 2.1 Lấy mẫu và cô lập vi khuẩn Streptomyces từ màng mỏng bề mặt biển Thời gian: 22/3/2004 Địa điểm: vịnh Trondheim, Na Uy -Steinvikholmen (mẫu 1) là đảo nhỏ nằm cách lục địa khoảng 200 m, đó điểm lấy mẫu khác ở gần bờ -Các màng mỏng bề mặt biển được thu thập cách sử dụng các0 tấm Teflon mô tả trước đó Nhiệt độ nước 4,3 -Các tấm được ngâm nước, nhẹ nhàng nhấc lên qua mặt nước, và các vi khuẩn bám vào cạnh cao su Chủng phân lập Tỉ lệ trình tự Loại PKS aa/nucleotide So sánh Sản phẩm tổng hợp giống PKSI-4 và -5 PKSI-4 MP8E7 Khá khác 72% so với PKS từ Amycolatopsis orientalisinvolved 96% so với PKS của phức hợp protein NRPS-PKS từ Streptomyces griseussubsp griseus NBRC 13350 PKSI-5 (NC_010572.1) Hợp chất kháng khuẩn ECO-0501 Nhận xét Chủng phân lập Tỉ lệ trình Loại PKS tự aa giống Sp So sánh Việc chuyển gen PKSI-1 100% Giống khoảng 83% so với PKS-I từ S coelicolorcryptic MP6A2 ngang hai chủng được phân lập từ cụm gen PKS vùng mã hoá KS tương đồng tới 94% đối với PKSI-2 các protein PKS và NRPS-PKS được mã hoá bởi hai cụm gen khác ở Streptomyces griseus subsp griseus NBRC 13350 vùng mã hoá KS tương đồng tới 96% đối với MP6A2 Nhận xét hợp MP6D1 MP6D1 tổng PKSI-2 các protein PKS và NRPS-PKS được mã hoá bởi hai cụm gen khác ở Streptomyces griseus subsp griseus NBRC 13350 Chủng phân lập MPS06-A2 Tỉ lệ trình tự Loại PKS aa/nucleotide giống So sánh Sp tổng hợp Nhận xét PKSI-2 Có sự chuyển gen mới mang tính tương đối 94% MP8E7 chủng phân lập MP6A2 và MP8E7 PKSI-5 MP6A8 Giống 83% so với PKS-I từ PKSI 98% cụm gen lạ chưa biết ở S coelicolor MP6C6 Có sự chuyển gen ngang mới Chủng phân lập Tỉ lệ trình tự Loại PKS aa/nucleotide giống So sánh 96% so với protein kết hợp NRPS-PKS từ Streptomyces MP6C10 griseus subsp griseus NBRC 13350 Tất cả PKS Quan hệ gần 98% so với protein kết hợp NRPS-PKS từ Streptomyces MP9E12 griseus subsp griseus NBRC 13350 93% MP6A2 PKSI-2 MP6C10 và MP9E12 Các PKS 96% MP8E7 PKSI-5 Sản phẩm tổng hợp Nhận xét Hình Quan hệ phát sinh các chuỗi amino acid PKS-I từ chủng Streptomycete được phân lập với các trình tự 16S rDNA giống hệt nhau, bao gồm sự tương đồng mới nhất từ các BLAST tìm kiếm Các tên KS khác được kí hiệu với các chữ cái (A, B, C,…) Số tại các nút đại diện cho số lần mà hình dạng bố trí của nút ở bên phải được khôi phục 1000 lần lấy mẫu Số lượng bổ sung cho các dãy được đặt ngoặc đơn Tỉ lệ đại diện cho số lần thay đổi vị trí axit amin Giải thích • Cụm PKS tương ứng có thể không được biểu hiện các điều kiện được kiểm tra, hoặc điều khiển sự tổng hợp của hợp chất mà phát hiện các phương pháp được sử dụng Ví dụ: Điều tương tự có thể đối với cụm KS C đại diện bởi các dãy MP6A2 PKSI-1 và MP6D1 PKSI-1, vì các chủng phân lập tương ứng có các kiểu ức chế khác (xem Bảng 5) Kết luận Dựa vào hình thái khuẩn lạc mà các chủng phân lập được chia thành 10 nhóm hình thái đại thể Phân tích trình tự 16S rDNA, cho biết sự khác biệt các nhóm hình thái và phân loại phân tử, từ đó hình thành phát sinh loài Các phân tích vùng KS từ các dòng phân lập được chọn với các trình tự 16S rDNA giống hệt không cho phép kết luận chắn về tính chất của các hợp chất có thể được tạo TÀI LIỆU THAM KHẢO Sigrid Hakvåg, Espen Fjærvik, Kjell D Josefsen, Elena Ian, Trond E Ellingsen và Sergey B Zotchev Characterization of Streptomyces spp Isolated from the Sea Surface Microlayer in the Trondheim Fjord, Norway Marine Drugs 2008, 6, 620-635 Nguyễn Tú Anh, Một số hợp chất có nguồn gốc tự nhiên thuộc nhóm polyketide- nonribosomal peptide, Tạp chí dược học, 5/2011 (số 421 năm 51), 16-20 Các môi trường sản xuất (PM) là • PM2: Mannitol (20g), bột đậu nành (20g), clerol (antifoam, 0.5g), men khô (3.4g), agarose (10.0g), nước máy (1l) • PM3: bột yến mạch (20g) glycerol (2,5 g), FeSO4.7H2O (0,1 mg), MnCl2.4H2O (0,1 mg), ZnSO4.7H2O (0.01mg), H2SO4 (0,1 mg), agarose (10g), nước máy (1L) • PM4: glucozơ (0,5g), glycerol (2,5g), chiết xuất yến mạch oatmeal (1g), axit casaminoid (2.0g), CaCO3 (1.0g), Clerol (0.2g), agarose (10g) và nước máy (1l) - Môi trường agarose LB được sử dụng cho E coli, M19 đối với Nấm C albicans và M1 đối với M luteus Các môi trường bao gồm: • Môi trường LB: tryptone 10 g, cao nấm men g, NaCl g, nước cất vừa đủ lít • M1: peptone (6,0 g), trypton (4,0 g), chiết xuất nấm men (3,0 g), chiết xuất thịt bò (1,5 g), dextrose (1,0 g), agarose (10g) và nước máy (1l), pH 6,6 • M19: chiết x́t thịt bò (4,7g), chiết x́t từ men (4,7g), peptone (9,4g), dextrose (10,0g), NaCl (10,0g), agarose (10g) và nước máy (1l), pH 6,1 BP_F27: 5’-AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-3’ BP_R1492: 5’-TAC GGY TAC CTT GTT ACG ACT T-3’ ĐIỀU KIỆN PCR 94 C, phút: Biến tính chuỗi DNA Lặp lại 35 chu kỳ, chu kỳ: • • • 94 C, 45 giây 55 C, 20 giây 66 C, phút Giai đoạn cuối: 70 C, phút QIAamp Mini Spin M13 reverse: 5’-AACAGCTATGACCATG-3’ ĐIỀU KIỆN PCR 96 C, phút: Biến tính chuỗi DNA Lặp lại 25 chu kỳ, chu kỳ: • • • 96 C, 30 giây 50 C, 20 giây 60 C, phút KSMA-F 5'-TS GCS ATG GAC CCS CAG CAG-3 ' KSMB-R 5'- CC SGT SCC GTG SGC CTC SAC-3' Một phản ứng cần: • • • 200 μM dNTPs (Deoxynucleoside 20-40 ng DNA 200 nM mồi triphosphates) ... khuẩn Streptomyces có khả khoảng 70% các sản phẩm tự nhiên đặc trưng cho loài Actinomycete Tuy nhiên, phần lớn các vi khuẩn Streptomyces đặc trưng đến vẫn được phân lập từ. .. quá trình nở hoa của sinh vật phù du Hạt thường tích tụ ở bề mặt biển Neuston là tên của nhóm các dạng sống lớp bề mặt của đại dương và hồ, và có thể được chia thành... Streptomycetes được phân lập từ lớp mỏng bề mặt ở vịnh Trondheim, Na Uy • (x-y-z): x nhóm hình thái, y kiểu ức chế, z sớ mẫu • • Mũi tên: nhánh Chữ đậm: chuỗi đại diện cho số chủng phân