Khảo sát đột biến Precore và Basal core promoter ở bệnh nhân viêm gan siêu vi B mạnKhảo sát đột biến Precore và Basal core promoter ở bệnh nhân viêm gan siêu vi B mạnKhảo sát đột biến Precore và Basal core promoter ở bệnh nhân viêm gan siêu vi B mạnKhảo sát đột biến Precore và Basal core promoter ở bệnh nhân viêm gan siêu vi B mạnKhảo sát đột biến Precore và Basal core promoter ở bệnh nhân viêm gan siêu vi B mạnKhảo sát đột biến Precore và Basal core promoter ở bệnh nhân viêm gan siêu vi B mạnKhảo sát đột biến Precore và Basal core promoter ở bệnh nhân viêm gan siêu vi B mạnKhảo sát đột biến Precore và Basal core promoter ở bệnh nhân viêm gan siêu vi B mạnKhảo sát đột biến Precore và Basal core promoter ở bệnh nhân viêm gan siêu vi B mạnKhảo sát đột biến Precore và Basal core promoter ở bệnh nhân viêm gan siêu vi B mạnKhảo sát đột biến Precore và Basal core promoter ở bệnh nhân viêm gan siêu vi B mạnKhảo sát đột biến Precore và Basal core promoter ở bệnh nhân viêm gan siêu vi B mạn
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH NGUYỄN THỊ CẨM HƯỜNG KHẢO SÁT ĐỘT BIẾN PRECORE VÀ BASAL CORE PROMOTER Ở BỆNH NHÂN VIÊM GAN SIÊU VI B MẠN LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC TP HỒ CHÍ MINH – Năm 2018 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH NGUYỄN THỊ CẨM HƯỜNG KHẢO SÁT ĐỘT BIẾN PRECORE VÀ BASAL CORE PROMOTER Ở BỆNH NHÂN VIÊM GAN SIÊU VI B MẠN CHUYÊN NGÀNH: TRUYỀN NHIỄM VÀ CÁC BỆNH NHIỆT ĐỚI Mã số: 62 72 38 02 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC PGS TS PHẠM THỊ LỆ HOA PGS.TS CAO NGỌC NGA TP HỒ CHÍ MINH - Năm 2018 i LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tôi, kết nghiên cứu trình bày luận án trung thực, khách quan chưa công bố nơi Tác giả luận án Nguyễn Thị Cẩm Hường ii MỤC LỤC Trang Lời cam đoan i Danh mục chữ viết tắt iv Danh mục đối chiếu thuật ngữ Anh - Việt vi Danh mục bảng viii Danh mục hình x Danh mục biểu đồ, sơ đồ xi MỞ ĐẦU Chương TỔNG QUAN 1.1 Đặc điểm dịch tễ học nhiễm HBV 1.2 Bốn giai đoạn diễn tiến tự nhiên nhiễm HBV mạn 1.3 Cấu trúc hình thái gen HBV 13 1.4 Các kỹ thuật chẩn đoán đột biến vùng Precore Basal core Promoter 17 1.5 Đột biến Precore đột biến Basal core promoter 21 Chương ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 33 2.1 Thiết kế 33 2.2 Dân số đích 33 2.3 Dân số chọn mẫu 33 2.4 Địa điểm thời gian nghiên cứu 33 2.5 Cỡ mẫu 33 2.6 Tiêu chuẩn chọn bệnh loại trừ 35 2.7 Biến số nghiên cứu 36 2.8 Định nghĩa biến số dùng nghiên cứu 37 2.9 Kỹ thuật đo lường biến số 39 2.10 Thu thập phân tích số liệu 42 2.11 Vấn đề y đức 43 Chương KẾT QUẢ 46 3.1 Đặc điểm dân số nghiên cứu 47 iii 3.2 Đặc điểm đột biến vùng Precore, Basal Core Promoter dân số 52 nghiên cứu 3.3 Yếu tố liên quan với đột biến A1762T/G1764A G1896A ………… 57 3.4 Liên quan đột biến đột biến G1896A A1762T/G1764A thể 60 bệnh viêm gan B mạn bùng phát 3.5 Liên quan đột biến vùng precore basal core promoter với biến 62 chứng xơ gan 3.6 Liên quan đột biến vùng precore basal core promoter với biến 65 chứng ung thư biểu mô tế bào gan (HCC) Chương BÀN LUẬN 70 4.1 Về phương pháp nghiên cứu 70 4.2 Về đặc điểm dân số nghiên cứu đặc điểm nhiễm HBV 71 4.3 Về đặc điểm đột biến vùng precore basal core promoter dân số 77 nghiên cứu 4.4 Về yếu tố liên quan với đột biến A1762T/G1764A G1896A 81 4.4 Về liên quan đột biến A1762T/G1764A, G1896A thể bệnh 88 viêm gan B mạn bùng phát 4.5 Về liên quan đột biến vùng Precore Basal core promoter với 91 biến chứng Xơ gan 4.6 Về liên quan đột biến vùng Precore Basal core promoter với 96 biến chứng HCC KẾT LUẬN 103 KIẾN NGHỊ 104 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH ĐÃ CƠNG BỐ CÓ LIÊN QUAN TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC Phụ lục 1: Bảng thu thập số liệu Phụ lục 2: Trang thông tin nghiên cứu Phiếu đồng thuận Phụ lục 3: Giấy chấp thuận Hội đồng đạo đức Phụ lục 4: Danh sách bệnh nhân iv DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Từ viết tắt Từ viết đầy đủ aa acid amin A Adenin AFP Alfa-fetoprotein ALT Alanine transaminase APRI Aspartate aminotransferase to Platelet Ratio index ARFI Acoustic Radiation Force Impulse Imaging AST Aspartate transaminase Anti HBc anti Hepatitis B core Anti HBe anti Hepatitis B e Anti HBs anti hepatitis B surface ARMS - PCR Amplifications refractory mutation system BCP Basal core promoter C Cytosin CHBe(+) Chronic Hepatitis B HBeAg positive CHBe(-) Chronic Hepatitis B HBeAg negative CI Confidence interval CTL Cytotoxic T lymphocyte DNA DeoxyRibo Nucleic acid dNTP deoxy Nucleotide triphosphate DNMD Dung nạp miễn dịch EN Enhancer G Guanin HBcAg Hepatitis B core antigen HBeAg Hepatitis B e antigen HBsAg Hepatitis B virus surface antigen HBV Hepatitis B virus HCC Hepato-cellular carcinoma IC Inactive carrier v IDU Intravenous drug user IU International unit MLPA Multiplex ligation-dependent probe amplification mRNA Messenger RiboNucleic acid OR Odd Ratio ORF Open reading frame PC Precore PCR Polymerase chain reaction pgRNA pregenomic Ribo Nucleic acid rcDNA relaxed circular DeoxyRibo Nucleic acid RE Restriction enzyme RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism RT Reverse transcriptase SD Standard deviation SNP Single nucleotide polymorphism T Thymin TB Trung bình TDF Tenofovir disoproxil fumarate ULN Upper limit normal VEM Vaccin escape mutant vi DANH MỤC ĐỐI CHIẾU THUẬT NGỮ ANH – VIỆT Từ viết tắt APRI Thuật ngữ tiếng Anh Aspartate aminotransferase to Platelet Ratio index Thuật ngữ tiếng Việt Chỉ số tỷ số AST tiểu cầu Anti HBc anti Hepatitis B core Kháng thể chống kháng nguyên lõi Anti HBe anti Hepatitis B e Kháng thể chống kháng nguyên e Anti HBs anti hepatitis B surface ARMS - Amplifications refractory PCR mutation system CHBe(+) CHBe(-) Chronic Hepatitis B HBeAg positive Chronic Hepatitis B HBeAg negative Kháng thể chống kháng nguyên bề mặt Hệ thống khuếch đại chịu nhiệt Viêm gan B mạn HBeAg dương Viêm gan B mạn HBeAg âm CI Confidence interval Khoảng tin cậy CTL Cytotoxic T lymphocyte Tế bào lympho T gây độc EN Enhancer Tăng cường HBcAg Hepatitis B core antigen Kháng nguyên lõi HBV HBeAg Hepatitis B e antigen Kháng nguyên HBe HBsAg Hepatitis B virus surface antigen Kháng nguyên bề mặt HBV HBV Hepatitis B virus Siêu vi viêm gan B HCC Hepato cellular carcinoma Ung thư biểu mô tế bào gan IC Inactive carrier Mang siêu vi khơng hoạt tính IDU Intravenous drug user Người tiêm chích ma tuý IU International unit Đơn vị quốc tế Multiplex ligation-dependent Kỹ thuật khuếch đại phụ thuộc probe amplification mẫu dò mRNA Messenger RiboNucleic acid RNA thơng tin OR Odd Ratio Tỉ số chênh ORF Open reading frame Khung đọc mã mở PCR Polymerase chain reaction Phản ứng khuếch đại chuỗi gen MLPA vii pgRNA rcDNA pregenomic Ribo Nucleic acid RNA tiền gen relaxed circular DeoxyRibo Nucleic acid DNA vòng thẳng RE Restriction enzyme Enzym cắt giới hạn RFLP Restriction Fragment Length Nghiên cứu đa hình đoạn gen sử Polymorphism dụng Enzym cắt giới hạn RT Reverse transcriptase Men mã ngược SD Standard deviation Độ lệch chuẩn SNP Single nucleotide polymorphism Đột biến nucleotide ULN Upper limit normal Giới hạn so với bình thường VEM Vaccin escape mutant Đột biến trốn thoát vac-xin viii DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 2.1: Tỷ lệ ước tính đột biến G1896A nhóm nghiên cứu cỡ mẫu 34 cần thiết để so sánh với tỷ lệ nhóm dung nạp miễn dịch …………………… Bảng 2.2: Danh mục mồi xác định HBV genotype sử dụng nghiên cứu……… 41 Bảng 3.1 Đặc điểm dân số nghiên cứu ………………………………………… 47 Bảng 3.2: Đặc điểm dấu ấn nhiễm HBV dân số nghiên cứu …………………… 48 Bảng 3.3: Phân bố giới theo nhóm giai đoạn nhiễm HBV ………………………… 49 Bảng 3.4: Phân bố genotype theo nhóm giai đoạn nhiễm HBV …………………… 50 Bảng 3.5: Tỉ lệ đột biến vùng BCP dân số nghiên cứu ………………………… 52 Bảng 3.6: Tỉ lệ đột biến vùng Precore vùng Core ……………………………… 53 Bảng 3.7: Phân bố đột biến A1762T/G1764A theo tuổi, giới, đặc điểm nhiễm HBV 57 Bảng 3.8: Các yếu tố liên quan với đột biến với A1762T/G1764A-Phân tích đa biến 58 Bảng 3.9: Phân bố đột biến G1896A theo tuổi, giới, đặc điểm nhiễm HBV ……… 59 Bảng 3.10: Các yếu tố liên quan với đột biến Precore – Phân tích đa biến ………… 60 Bảng 3.11: Phân bố thể bệnh viêm gan hoạt tính theo tình trạng đột biến G1896A 60 A1762T/G1764A ……………………………………………………………… Bảng 3.12: Phân bố đột biến G1896A thể viêm gan bệnh nhân viêm gan 62 có hoạt tính phân tầng theo đột biến A1762T/G1764A ……………………… Bảng 3.13: Liên quan tổ hợp đột biến G1896A, A1762T/G1764A với thể 61 bệnh viêm gan B mạn bùng phát – Phân tích đơn biến ……………………… Bảng 3.14: Phân bố tuổi giới, dấu ấn nhiễm HBV nhóm có khơng có xơ gan 62 Bảng 3.15: Phân bố đột biến vùng Basal core promoter hai nhóm có khơng có 63 xơ gan ………………………………………………………………………… Bảng 3.16: Phân bố đột biến vùng Precore core hai nhóm có khơng có xơ 64 gan …………………………………………………………………………… Bảng 3.17: Các yếu tố liên quan độc lập với biến chứng xơ gan – Phân tích đa biến 65 Bảng 3.18: Đặc điểm tuổi, giới, tình trạng xơ hố gan, dấu ấn nhiễm HBV hai 66 nhóm có khơng có HCC …………………………………………………… kết luận có liên hệ đột biến diễn tiến xơ gan hay ung thư gan Tuy nhiên, cần thêm khảo sát người Việt Nam để kết luận ảnh hưởng có lợi hay có hại đột biến gen Nghiên cứu thực nhằm xác định tỷ lệ mang đột biến bệnh nhân viêm gan B mạn ảnh hưởng đột biến gen độ nặng viêm gan Đề tài đăng ký sở Khoa học Công Nghệ TP HCM duyệt thực Bệnh viện Đại học Y Dược Bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới TP HCM, sở điều trị chuyên môn tin cậy, bảo đảm chất lượng bảo vệ cho an toàn người bệnh Tổ chức thực nghiên cứu này: Đại Học Y Dược TP HCM phối hợp Bệnh viện Đại học Y Dược, Bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới thực nghiên cứu phòng khám viêm gan Bệnh viện Đại học Y Dược sở Bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới Nghiên cứu thực TS.BS Phạm Thị Lệ Hoa BS Nguyễn Thị Cẩm Hường BV ĐH Y Dược TP HCM Bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới Chuyện xảy cho tơi tiến hành nghiên cứu này? Nếu bạn đủ tiêu chuẩn vào nghiên cứu, bạn giải thích ý nghĩa nghiên cứu trả lời thắc mắc nghiên cứu viên Bạn mời tham gia ký vào đồng thuận tham gia nghiên cứu Bạn hỏi ý kiến lấy 3ml máu để làm xét nghiệm tìm đột biến Precore Basal core promoter siêu vi B Chi phí xét nghiệm tìm đột biến Precore Basal core promoter siêu vi B xét nghiệm liên quan nghiên cứu chi trả nhóm nghiên cứu Cơ xảy cho tham gia nghiên cứu? Nghiên cứu ghi lại diễn tiến bệnh số xét nghiệm từ hồ sơ bệnh án trình điều trị bệnh viện Thể tích máu cần cho nghiên cứu ml nên khơng ảnh hưởng đến sức khỏe người tham gia nghiên cứu Lợi ích tham gia nghiên cứu? Nghiên cứu thực nhằm xác định tỷ lệ mang đột biến bệnh nhân viêm gan B mạn ảnh hưởng đột biến gen độ nặng viêm gan Kết nghiên cứu giúp ích cho việc theo dõi điều trị bạn ứng dụng cho việc theo dõi điều trị bệnh nhân nhiễm HBV mạn Tơi rút khỏi nghiên cứu khơng? Có Nếu bác sĩ điều trị thấy tình trạng sức khỏe anh/ chị gặp rủi ro tham gia nghiên cứu, họ rút anh/ chị khỏi nghiên cứu Anh/ chị có tồn quyền tự rút khỏi nghiên mà không bị phạt lợi ích mà anh/chị hưởng Hội đồng y đức có quyền dừng nghiên cứu lúc có lý đáng Điều xảy tơi từ chối thay đổi định sau đó? Điều hồn tồn chấp nhận Các anh/ chị thăm khám chữa bệnh theo qui trình thường qui bệnh viện Nghiên cứu viên thông báo cho anh/ chị biết có thơng tin ảnh hưởng đến định tham gia nghiên cứu tương lai Về tổn thương liên quan đến nghiên cứu? Nghiên cứu ghi lại thơng tin có sẵn hồ sơ bệnh án lấy ml máu nên khơng có tổn thương liên quan đến nghiên cứu 10 Về vấn đề bảo mật? Nghiên cứu thu thập thông tin sức khỏe bạn Những thông tin giữ nơi an toàn bảo mật Hồ sơ bệnh án anh/ chị nhân viên nghiên cứu kiểm tra, bao gồm nghiên cứu viên, kiểm soát viên nghiên cứu, hội đồng y đức Tất hồ sơ nghiên cứu dán mã số nghiên cứu.Tên anh/chị không dùng hình thức báo cáo kết nghiên cứu công bố khoa học liên quan 11 Cách thức sử dụng kết nghiên cứu? ` Khi hoàn thành thu thập số liệu chúng tơi tiến hành phân tích kết viết báo cáo Nếu anh/chị muốn có kết nghiên cứu, thơng báo với nhóm nghiên cứu Chúng đảm bảo anh/ chị nhận tài liệu anh/ chị yêu cầu Một lần nữa, nhóm nghiên cứu khẳng định rằng, báo cáo xuất có liên quan khơng ghi họ tên người tham gia nghiên cứu 12 Có thể thắc mắc với quyền lợi than phiền tham gia nghiên cứu? Nếu anh/ chị có thắc mắc nghiên cứu, anh/ chị hỏi nghiên cứu viên NGUYỄN THỊ CẨM HƯỜNG, ĐT: 0983773915, ĐC: 333 Nguyễn Trãi, Phường 7, quận chuyển thắc mắc hội đồng y đức Đại Học Y Dược TP HCM 217 Hồng Bàng, Q.5, TP.HCM, ĐT:08.38558411 Xin chân thành cám ơn anh/ chị tham gia nghiên cứu PHIẾU XÁC NHẬN ĐỒNG Ý THAM GIA NGHIÊN CỨU Mã số NC: ……………… Họ tên bệnh nhân:……………………………………………………………………………… Năm sinh:……………………………………… Giới:……………………………………… Địa chỉ:………………………………………………………………………………………… Sau giải thích mục đích nghiên cứu “ Khảo sát đột biến Precore Basal core promoter virus HBV bệnh nhân viêm gan siêu vi B mạn” hiểu việc xác định có đột biến có ý nghĩa quan trọng cho nghiên cứu cá nhân Tôi giải thích chi phí xét nghiệm tìm đột biến Precore Basal core promoter siêu vi B xét nghiệm liên quan nghiên cứu chi trả nhóm nghiên cứu Tơi tự nguyện tham gia vào nghiên cứu Tôi biết tơi có quyền từ chối tham gia nghiên cứu lúc tơi muốn mà khơng ảnh hưởng đến q trình chẩn đốn điều trị bệnh tơi TP Hồ Chí Minh, ngày…… tháng…… năm 20 Chữ kí người làm chứng Chữ kí bệnh nhân Tôi xác nhận tơi giải thích trả lời câu hỏi liên quan nghiên cứu “Khảo sát đột biến Precore Basal core promoter bệnh nhân viêm gan siêu vi B mạn” cho bệnh nhân nói bệnh nhân tự nguyện tham gia vào nghiên cứu TP Hồ Chí Minh, ngày…… tháng…… năm 20 Chữ kí điều tra viên ... thể 60 b nh vi m gan B mạn b ng phát 3.5 Liên quan đột biến vùng precore basal core promoter với biến 62 chứng xơ gan 3.6 Liên quan đột biến vùng precore basal core promoter. .. thể b nh 88 vi m gan B mạn b ng phát 4.5 Về liên quan đột biến vùng Precore Basal core promoter với 91 biến chứng Xơ gan 4.6 Về liên quan đột biến vùng Precore Basal core promoter. . .B GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO B Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH NGUYỄN THỊ CẨM HƯỜNG KHẢO SÁT ĐỘT BIẾN PRECORE VÀ BASAL CORE PROMOTER Ở B NH NHÂN VI M GAN SIÊU VI B MẠN CHUYÊN