Phan_tich_di_truyen_bang_phan_mem_thong_ke_NTSYSPCpdf

Trung tâm Phân tích Thí nghiệm Hóa Sinh – Đại học Nông Lâm Tp HCM Phạm Đức Toàn Tài liệu lưu hành nội PHÂN TÍCH DI TRUYỀN BẰNG PHẦN MỀM THỐNG KÊ NTSYSPC I GIỚI THIỆU Phần mềm thống kê NTSYSPC phần mềm dùng để thống kê đặc điểm di truyền kỹ thuật DNA Dựa vào kỹ thuật PCR mẫu DNA sau điện di Thông thường tự nhiên mặt hình thái có hay nhìn hình dáng bề giống chất di truyền lại khác Do việc thống kê tính giống khác quần thể hay cá thể việc cần thiết việc chọn tạo giống cho sản xuất việc phòng trừ dịch hại II Tiến trình thực Sử dụng tiến trình PCR (Polymera Chain Reaction) điện di đọc kết gel, ví dụ quy trình sau: Bảng kết sau chạy điện di A - B C - - - - - - - - - - D - - E - F - - - - - - - G - - H - - - - - K M - - N - - - - - - O P Q - - - - - - - - - Ghi chú: “-“ : vạch phát sáng sau điện di hay goi Band alen Và cần mã hóa số liệu theo bảng mã nhị phân sau: So hàng ngang, mẫu có vạch đánh số mẫu vạch đánh số Và làm vạch cuối mẫu Lưu ý: mẫu đọc kết phải nhìn cẩn thận Theo bảng có bảng số liệu mã hóa sau: Trung tâm Phân tích Thí nghiệm Hóa Sinh – Đại học Nông Lâm Tp HCM Phạm Đức Toàn Tài liệu lưu hành nội Bảng số liệu mã hóa A B C D E F G H K M N O P Q 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 0 1 1 1 1 Khi có bảng số liệu mã hóa mở phần mềm Microsoft Excel để nhập số liệu trước phân tích NTSYSPC II Nhập số liệu vào Microsoft Excel Khởi động Microsoft Excel từ màng hình Hình 1: Màng hình hiển thị Windows Nhắp vào nút Start chọn All Program chọn Microsoft Office chọn Microsoft Excel Trung tâm Phân tích Thí nghiệm Hóa Sinh – Đại học Nông Lâm Tp HCM Phạm Đức Toàn Tài liệu lưu hành nội Hình 2: Mở cửa sổ Microsoft Excel Nhập số liệu Trong cửa sổ Excel tiến hành nhập số liệu từ dòng thứ bắt đầu cột thứ 1, nhập hết số liệu mã hóa bảng số liệu ta nhập sau: - Hàng 3, cột 1: nhập số “1” số hiển thị bảng chung - Hàng 3, cột 2: nhập “số vạch điện di, band hay alen” (số hàng) - Hàng 3, cột 3: nhập “số cột điện di, hay số giống cần thống kê” (số cột hay giếng gel) - Hàng 3, cột 4: nhập số “0” xác định không cho sai sót, số “1” cho sai sót - Hàng 4: nhập tên giống hay tên cột Sau nhập xong ta lưu tập tin tên nơi dễ nhớ để gọi bước Trong lưu tên tập tin BaigiangNTSYSPC, hình Trung tâm Phân tích Thí nghiệm Hóa Sinh – Đại học Nông Lâm Tp HCM Phạm Đức Toàn Tài liệu lưu hành nội Hình 3: Cửa sổ bảng nhập số liệu Khởi động chương trình NTSYSPC Từ màng hình cửa sổ Hình 4: Cửa sổ Windows Trung tâm Phân tích Thí nghiệm Hóa Sinh – Đại học Nông Lâm Tp HCM Phạm Đức Toàn Tài liệu lưu hành nội Nhắp vào nút Start chọn All Program chọn NTSYSPC21 Màng hình NTSYSPC có dạng sau Trung tâm Phân tích Thí nghiệm Hóa Sinh – Đại học Nông Lâm Tp HCM Phạm Đức Toàn Tài liệu lưu hành nội Từ cửa sổ NTSYSPC chọn nút Similarity chọn Qualitative data Sau chọn xuất cửa sổ Trong đó: Input file: nhập tên tập tin bảng số liệu Excel (bảng số liệu Excel trên) Có thể để trỏ chuột vào nhắp đúp để tìm tên file By row?: Nếu nhập bảng số liệu tính hàng (Row) khai báo, không để trống Output file: Đặt tên chọn nơi chốn để lưu File dạng NTSYSPC Có thể để trỏ chuột vào nhắp đúp để tìm nơi lưu tên file Màng hình xuất sau: Trung tâm Phân tích Thí nghiệm Hóa Sinh – Đại học Nông Lâm Tp HCM Phạm Đức Toàn Tài liệu lưu hành nội Nhấp chuột vào nút Compute Sau nhấp chuột vào nút Compute xuất cửa sổ Report listing Từ cửa sổ Report listing vào File chọn Load notebook chọn file NTSYSPC lưu Trung tâm Phân tích Thí nghiệm Hóa Sinh – Đại học Nông Lâm Tp HCM Phạm Đức Toàn Tài liệu lưu hành nội Chọn file để xuất Report listing Và xuất Report listing sau Trung tâm Phân tích Thí nghiệm Hóa Sinh – Đại học Nông Lâm Tp HCM Phạm Đức Toàn Tài liệu lưu hành nội Đây cửa sổ thống kê theo dạng số khó nhìn kết nên sử dụng kết dạng hay dạng biểu đồ Tạo kết qủa dạng biểu đồ Sau bước số liệu nhập xong tạo Report Từ cửa sổ NTSYSPC chọn nút Clustering Chọn nút Clustering Xuất cửa sổ Trung tâm Phân tích Thí nghiệm Hóa Sinh – Đại học Nông Lâm Tp HCM Phạm Đức Toàn Tài liệu lưu hành nội Chọn SAHN Hiển thị cửa sổ Trong mục: Input file: Lấy file NTSYSPC cách gọi tên nhắp đúp chuột vào nơi tìm file Output tree file: Đặt tên chọn nơi để lưu file dạng Dạng thống kê cần thiết cần 10 Trung tâm Phân tích Thí nghiệm Hóa Sinh – Đại học Nông Lâm Tp HCM Phạm Đức Toàn Tài liệu lưu hành nội Khi nhập xong nhấn nút Compute xuất cửa sổ Report listing, sau trở lại cửa sổ NTSYSPC chọn biểu tượng “cây” gần nút Start phía góc trái màng hình.và xuất bảng thống kê Nhấp chuột vào biểu tượng Ta có cửa sổ thống kê dạng “Tree plot” sau 11 Trung tâm Phân tích Thí nghiệm Hóa Sinh – Đại học Nông Lâm Tp HCM Phạm Đức Toàn Tài liệu lưu hành nội CÁCH CÀI ĐẶT CHƯƠNG TRÌNH NTSYSPC CHO MÁY TÍNH PC Cho đóa CD vào máy tính chọn START – Run – Browse để chọn thư mục NTSYSPC chứa đóa CD Mở thư mục NTSYSPC chọn tập tin Setup Setup vào máy, chương trình hiển thị cần Password Serial vào START – Run – Browse mở thư mục NTSYSPC để chọn tập tin CDkeys để lấy thông số cần thiết Các bước cài đặt theo trình tự hình vẽ sau, xong bước Click chuột vào nút OK Next để tiếp tục Hình Hình Hình Hình Hình CHÚC THÀNH CÔNG 12