công nghệ đọc trình tự dna chi tiết

Trường Đại Học Nông Lâm TPHCM Môn: Công Nghệ Sinh Học Trong Nông Nghiệp CÔNG NGHỆ ĐỌC KẾT QUẢ TRÌNH TỰ DNA GVHD: Nguyễn Phương NHÓM: NHÓM: Thành viên MSSV Trần Thị Thúy An 15113001 Nguyễn Ngọc Trúc Anh 15113003 Đặng Thế Bảo 15113005 NỘI DUNG Giới thiệu dịch vụ giải trình tự gene Các phương pháp giải trình tự ADN Ứng dụng Giới thiệu dịch vụ giải trình tự gene - Giải trình tự ADN kỹ thuật xác định xếp loại nucleotide A, T, C, G phân tử ADN => Nghiên cứu đặc điểm di truyền mức độ phân tử 2 Các phương pháp giải trình tự ADN 2.1 Phương pháp Maxam – Gibert  Nguyên lý: - Thủy giải đặc trưng phân tử DNA cần xác định trình tự phương pháp hóa học 2.1 Phương pháp Maxam – Gibert Các bước thực hiện: Bước 1: - Đánh dấu phóng xạ P32 đầu 5’ mạch khuôn => tạo đoạn có2: thể phát hình ảnh phóng xạ Bước - Thực phản ứng hóa học đặc hiệu khác nhau, tạo đoạn DNA cắt dài ngắn khác 2.1 Phương pháp Maxam – Gibert Bước 3: 32 P ATCG - Lấy sản phẩm xử lý ống nghiệm đem chạy điện di, hình 32 phóng xạ xác định kết P ATCGCCAG 32 32 Trình tự gen ban đầu P ATCGCCAGTTG P ATCGCCAGTTGTACCAG 32 32 Sau xử lý DMSO4 32 32 P ATC P ATCGCCA P ATCGCCAGTT P ATCGCCAGTTGTACCA 2.1 Phương pháp Maxam – Gibert Bước 4: - Tập hợp kết thu tất ống nghiệm, thu đoạn polynucleotid dài ngắn nucleotid, từ xác định trình tự DNA mạch khuôn 2.1 Phương pháp Maxam – Gibert Ưu điểm: + Phương pháp dễ tiến hành + Chi phí thấp Nhược điểm: + Độ chuẩn xác không cao + Phải thực nhiều lần loại bỏ sai sót để chọn kết gần 2.2 Phương pháp Sanger  Nguyên lý: Dựa vào tổng hợp mạch bổ sung cho trình tự cần xác định nhờ hoạt động enzyme DNA Polymerase Với việc sử dụng thêm dideoxynucleotid (ddNTP) deoxynucleotid thông thường 2.2 Phương pháp Sanger - Việc tổng hợp mạch bổ sung bị dừng lại ddNTP khả hình thành liên kết phosphodieste 2.2 Phương pháp Sanger  Các bước thực hiện: • Bước 1: Biến tính DNA khuôn - Điện di gel polyacrylamid để thu mạch đơn DNA, dùng DNA để tiến hành bước xử lý 2.2 Phương pháp Sanger Bước 2: Chuẩn bị cho phản ứng tổng hợp DNA - Lấy ống Eppendorf, cho thành phần cần thiết vào ống : mạch khuôn, mồi cóhiện đánh phóng P32, Bước : Thực cácdấu phản ứng xạ tổng hợpenzyme DNA DNA polymerase, dNTP, dung dịch đệm thích hợp thêm vào ống tương ứng loại ddNTP định Bước 4: Điện di kết quả, so sánh kết chuỗi mạch đơn DNA tổng hợp để xác định trình tự mạch khuôn 2.2 Phương pháp Sanger Ưu điểm: + Các bước tiến hành đơn giản + Có độ xác cao + Là sở máy giải trình tự gen tự động Nhược điểm: + Chỉ đọc đoạn trình tự ngắn 2.3 Phương pháp giải trình tự máy giải tự động Nguyên lý: Hoàn toàn thiết kế nguyên tắc sử dụng ddNTP Sanger cộng phát minh Trong loại dNTP đánh dấu huỳnh quang khác nhau, biểu thị màu sắc khác 2.3 Phương pháp giải trình tự máy giải tự động - Bước 1: Chuẩn bị (DNA khuôn, dNTP ddNTP có gắn màu quỳnh quang, enzyme, mồi…) - Bước 2: Nhân DNA PCR - Bước 3: Nạp sản phẩm PCR vào máy giải trình tự gen chạy máy giải trình tự gen - Bước 4: Phân tích kết từ liệu máy tính cung cấp 2.3 Phương pháp giải trình tự máy giải tự động Kết đọc Ứng dụng:  So sánh đoạn ADN với liệu ngân hàng gen xác định đoạn ADN sinh vật Xác định đột biến, sai khác trình tự nucleotit sản phẩm gen,  tự nucleotit đoạn ADN suy có ýBiết nghĩa trongtrình nghiên cứu xếp tiến hóa ứng dụng thực tiễn trình tự axit amin tương ứng mạch polypeptide đoạn Tạo sinh vật mang đặc tính mong muốn chuyển gen hóa nấm men… để sản xuất sản phẩm gen theo đường tái tổ vàoADN tế bàomã vi khuẩn, hợp (protein, enzym, vaccine hợp chất có hoạt tính sinh học) XIN CẢM ƠN THẦY VÀ CÁC BẠN ĐÃ LẮNG NGHE [...]... nhau 2.3 Phương pháp giải trình tự bằng máy giải tự động - Bước 1: Chuẩn bị (DNA khuôn, các dNTP và ddNTP có gắn màu quỳnh quang, enzyme, mồi…) - Bước 2: Nhân DNA bằng PCR - Bước 3: Nạp sản phẩm PCR vào máy giải trình tự gen và chạy máy giải trình tự gen - Bước 4: Phân tích kết quả từ các dữ liệu do máy tính cung cấp 2.3 Phương pháp giải trình tự bằng máy giải tự động Kết quả đọc 3 Ứng dụng:  So sánh... Bước 4: Điện di kết quả, so sánh kết quả các chuỗi mạch đơn DNA được tổng hợp để xác định trình tự của mạch khuôn 2.2 Phương pháp Sanger Ưu điểm: + Các bước tiến hành đơn giản + Có độ chính xác cao + Là cơ sở của các máy giải trình tự gen tự động Nhược điểm: + Chỉ đọc được một đoạn trình tự ngắn 2.3 Phương pháp giải trình tự bằng máy giải tự động Nguyên lý: Hoàn toàn được thiết kế trên nguyên tắc... thực hiện: • Bước 1: Biến tính DNA khuôn - Điện di trên gel polyacrylamid để thu các mạch đơn DNA, dùng DNA này để tiến hành các bước xử lý tiếp theo 2.2 Phương pháp Sanger Bước 2: Chuẩn bị cho phản ứng tổng hợp DNA - Lấy 4 ống Eppendorf, cho các thành phần cần thiết vào mỗi ống : mạch khuôn, mồi cóhiện đánh phóng P32, Bước 3 : Thực cácdấu phản ứng xạ tổng hợpenzyme DNA DNA polymerase, dNTP, dung dịch... ngân hàng gen có thể chúng ta xác định được đoạn ADN đó của sinh vật nào Xác định đột biến, sự sai khác về trình tự nucleotit trong cùng một sản phẩm gen,  được tự sắp các và nucleotit của một đoạn ADN có thể suy có ýBiết nghĩa trongtrình nghiên cứu xếp tiến hóa ứng dụng thực tiễn ra trình tự các axit amin tương ứng trên mạch polypeptide nếu đoạn Tạo ra các sinh vật mới mang những đặc tính mong