Luận văn : Sử dụng kỹ thuật RFLP khảo sát sự đa dạng di truyền của nấm Rhizoctonia solani phân lập từ nhiều cây ký chủ khác nhau part 5 ppt

37 PHẦN VII PHỤ LỤC 7.1. Danh sách các dòng nấm Rhizoctonia solani đƣợc sử dụng trong đề tài Bảng 7.1. Danh sách các dòng nấm Rhizoctonia solani đƣợc sử dụng trong đề tài STT Tên dòng nấm Cây kí chủ Nơi thu thập 1 B-34-01 Bắp Song Phượng, Hoài Đức, Hà Tây 2 B-61-01 Bắp Phước Tân, Long Thành, Đồng Nai 3 B-38 Bắp HTX Quỳnh Vinh, Quỳnh Lưu, Nghệ An 4 BC-63-01 Cải bắp Đà Lạt, Lâm Đồng 5 BN-61-01 Bồ ngót Định Quán, Đồng Nai 6 BĐ-TL Bí đao Thái Lan 7 BV-50-01 Bông vải Cư M Nga, Daklak 8 BV-50-02 Bông vải Cư Jút, Daklak 9 BV-61-01 Bông vải Sông Trầu, Thống Nhất, Đồng Nai 10 BV-61-02 Bông vải Vĩnh Tân, Thống Nhất, Đồng Nai 11 BV-61-04 Bông vải Vĩnh Tâm, Vĩnh Cửu, Đồng Nai 12 BV-61-05 Bông vải Xã lộ 25, Thống Nhất, Đồng Nai 13 BV-61-06 Bông vải Cẩm Đường, Long Thành, Đồng Nai 14 BV-62-01 Bông vải Bình Thuận 15 BV-62-02 Bông vải Ninh Thuận 16 BV-62-03 Bông vải Ninh Thuận 17 BV-71-01 Bông vải Ô Môn, Cần Thơ 18 BV-71-02 Bông vải Phụng Hiệp, Cần Thơ 19 CB-34-02 Cải bắp Song Phượng, Hà Tây 20 CC-79-01 Cỏ chỉ Sóc Trăng 21 CC-72 Cỏ chỉ Đức Huệ, Long An 22 CG-73 Cỏ gừng Chợ Gạo, Tiền Giang 23 CLV-72-02 Cỏ lồng vực Đức Huệ, Long An 38 24 CN1 Cải ngọt Nhập 25 CO-79-01 Cỏ ống Sóc Trăng 26 CO-61-02 Cỏ ống Phước Thiền, Nhơn Trạch, Đồng Nai 27 CP-50-02 Cà phê Eakmak, Daklak 28 CTĐ-77 Cam thảo đất Rạch Giá, Kiên Giang 29 CX-76 Cải xanh Chợ Mới, An Giang 30 CX-8-02 Cải xanh Tp.Hồ Chí Minh 31 KT-63-01 Khoai tây Đà Lạt, Lâm Đồng 32 Đcv-63-02 Đậu cove Đơn Dương, Lâm Đồng 33 ĐHL-63 Đậu hà lan Đà Lạt, Lâm Đồng 34 ĐP-34 Đậu phộng Chương Mỹ, Hà Tây 35 ĐP-38 Đậu phộng Nam Thịnh, Diễn Châu, Nghệ An 36 ĐT-77 Đậu trắng Vĩnh Thuận, Kiên Giang 37 ĐX-61-01 Đậu xanh Thống Nhất, Đồng Nai 38 PT-66 Phát tài Tây Ninh 39 RM-61 Rau muống Phước Tân, Long Thành, Đồng Nai 40 SR-61-01 Sầu riêng Phước Tân, Long Thành, Đồng Nai 41 SR-650 Sầu riêng Phú Giáo, Bình Dương 42 T-651 Tiêu Bình Phước 43 TL-72 Thuốc lá Đức Hòa, Long An 44 XL-4 Xúp lơ Đông Anh, Hà Nội 45 XL-76 Xà lách Chợ Mới, An Giang 7.2. Danh sách các primer đƣợc sử dụng để nghiên cứu rDNA nhân của nấm Bảng 7.2. Những trình tự primer trên tiểu đơn vị nhỏ của rDNA Những trình tự primer trên tiểu đơn vị nhỏ của rDNA ssu ref. nb pb BMB-'A' (Lan) GWA TTA CCG CGG CKG CTG 583-566 18 BMB-'B' (Lan) CCG TCA ATT CMT TTR AGT TT 1147- 1128 20 BMB-'C' (Lan) ACG GGC GGT GTG TRC 1641- 15 39 1637 BMB-BR (Lan) CTT AAA GGA ATT GAC GGA A 1131- 1149 19 BMB-CR (Lan) GTA CAC ACC GCC CGT CG 1637- 1643 17 nssu97a (Kau) TAT ACG GTG AAA CTG CGA ATG GC 75-97 23 nssu97b (Kau) CGG TGA AAC TGC GAA TGG C 79-97 19 nssu634 (Kau) CCC CAG AAG GAA AGI CCC GIC C 705-684 22 nssu897R (Kau) AGA GGT GAA ATT CTT GGA 897-914 18 nssu1088 (Kau) TGA TTT CTC GTA AGG TGC CG 1088- 1069 20 nssu1088R (Kau) CGG CAC CTT ACG AGA AAT CA 1069- 1088 20 nssu131 (Kau) CAG TTA TCG TTT ATT TGA TAG TAC C 107-131 25 NS1 (Whi) GTA GTC ATA TGC TTG TCT C 20-38 19 NS2 (Whi) GGC TGC TGG CAC CAG ACT TGC 573-553 21 NS3 (Whi) GCA AGT CTG GTG CCA GCA GCC 553-573 21 NS4 (Whi) CTT CCG TCA ATT CCT TTA AG (sim. to BMB- b) 1150- 1131 20 NS5 (Whi) AAC TTA AAG GAA TTG ACG GAA G (sim. to BMB-BR) 1129- 1150 22 NS6 (Whi) GCA TCA CAG ACC TGT TAT TGC CTC 1436- 1413 24 NS7 (Whi) GAG GCA ATA ACA GGT CTG TGA TGC 1413- 1436 24 NS8 (Whi) TCC GCA GGT TCA CCT ACG GA 1788- 1769 20 NS17 (Gar) CAT GTC TAA GTT TAA GCA A 54-72 19 NS18 (Gar) CTC ATT CCA ATT ACA AGA CC 516-497 20 NS19 (Gar) CCG GAG AAG GAG CCT GAG AAA C 381-402 22 NS20 (Gar) CGT CCC TAT TAA TCA TTA CG 871-852 20 NS21 (Gar) GAA TAA TAG AAT AGG ACG 802-819 18 NS22 (Gar) AAT TAA GCA GAC AAA TCA CT 1312- 1297 20 NS23 (Gar) GAC TCA ACA CGG GGA AAC TC 1184- 1203 20 NS24 (Gar) AAA CCT TGT TAC GAC TTT TA 1769- 1750 20 SR1 (VilU) ATT ACC GCG GCT GCT (similar to BMB-'A') 581-567 15 40 SR1R (Vil0) TAC CTG GTT GAT TCT GC 21-1 21 SR2 (Elw) CGG CCA TGC ACC ACC 1277- 1263 15 SR3 (VilU) GAA AGT TGA TAG GGC T 321-306 16 SR4 (VilU) AAA CCA ACA AAA TAG AA 841-825 17 SR5 (VilU) GTG CCC TTC CGT CAA TT 1155- 1139 17 SR6 (VilU) TGT TAC GAC TTT TAC TT 1763- 1747 17 SR7 (VilU) GTT CAA CTA CGA GCT TTT TAA 637-617 21 SR7R (VilU) TTA AAA AGC TCG TAG TTG AAC 617-637 21 SR8R (VilU) GAA CCA GGA CTT TTA CCT T 732-750 19 SR9R (Elw) YAG AGG TGA AAT TCT 896-910 15 SR10R (VilU) TTT GAC TCA ACA CGG G 1181- 1196 16 SR11R (Spa) GGA GCC TGA GAA ACG GCT AC 389-408 20 1 (DeP) GCT CTT TCT TGA TTT TGT 1241- 1258 18 3 (DeP) TTT GAG GCA ATA ACA GGT 1410- 1427 18 4 (DeP) CAT CTA AGG GCA TCA CAG 1445- 1428 18 5 (DeP) TTG TCT CTG TCA GTG TAG 1482- 1465 18 6 (DeP) CAA CGA GGA ATT CCT AGT 1566- 1583 18 9 (DeP) AAT GAT CCT TCC GCA GGT 1797- 1780 18 Bảng 7.3. Những trình tự primer trên tiểu đơn vị lớn của rDNA Những trình tự primer trên tiểu đơn vị lớn của rDNA lsu ref. nb pb GUADET P1 (Gua) GAG TCG AGT TGT TTG GGA ATG CAG C 275-300 25 GUADET P2 (Gua) GAA AAG AAC TTT GAA AAG AGA GTG AA 379-403 26 GUADET P3 (Gua) CCC GTC TTG AAA CAC GGA CCA AGG 661-685 24 P2R (Reh) CTC TCT TTT CAA AGT TCT TTT CAT 1412- 17 41 CT 1396 LR0R (VilU) ACC CGC TGA ACT TAA GC 26-42 17 LR0R (Reh) GTA CCC GCT GAA CTT AAG C 24-42 19 LR1R (Mon) AGG AAA AGA AAC CAA CC 57-73 17 LR2 TTT TCA AAG TTC TTT TC 395-379 17 LR2R AAG AAC TTT GAA AAG AG 382-398 17 LR3 (Vil0) GGT CCG TGT TTC AAG AC 677-661 17 LR3R GTC TTG AAA CAC GGA CC 664-680 17 LR4 ACC AGA GTT TCC TCT GG 887-871 17 LR5 (Vil0) ATC CTG AGG GAA ACT TC 997-981 17 LR5R (VilU) GAA GTT TCC CTC AGG AT 981-997 17 LR6 (Vil0) CGC CAG TTC TGC TTA CC 1173- 1157 17 LR7 (Vil0) TAC TAC CAC CAA GAT CT 1483- 1467 17 LR7R (Vil0) AGA TCT TGG TGG TAG TA 1465- 1481 17 LR8 CAC CTT GGA GAC CTG CT 1917- 1901 17 LR8R AGC AGG TCT CCA AGG TG 1901- 1917 17 LR9 AGA GCA CTG GGC AGA AA 2292- 2276 17 LR10 AGT CAA GCT CAA CAG GG 2508- 2492 17 LR10R GAC CCT GTT GAG CTT GA 2490- 2506 17 LR11 GCC AGT TAT CCC TGT GGT AA 2919- 2900 20 LR12 (Vil0) GAC TTA GAG GCG TTC AG 3221- 3204 17 LR12R (VilU) CTG AAC GCC TCT AAG TCA GAA 3205- 3225 21 LR13 CAT CGG AAC AAC AAT GC 3464- 3448 17 LR14 AGC CAA ACT CCC CAC CTG 2701- 2694 18 LR15 TAA ATT ACA ACT CGG AC 161-145 17 LR16 (Mon) TTC CAC CCA AAC ACT CG 716-700 17 42 LR17R TAA CCT ATT CTC AAA CTT 1066- 1083 18 LR20R GTG AGA CAG GTT AGT TTT ACC CT 3058- 3080 23 LR21 ACT TCA AGC GTT TCC CTT T 442-424 19 LR22 CCT CAC GGT ACT TGT TCG CT 371-352 20 F377 AGA TGA AAA GAA CTT TGA AAA GAG AA 375-400 26 R377 CTC TCT TTT CAA AGT TCT TTT CAT CT 400-375 26 LIC15R (Mia2) GGA GGA AAA GAA ACC AAC AG 55-74 20 * LIC24R (Mia1) GAA ACC AAC AGG GAT TG 64-80 17 LIC2044 (Kau) ACG CCT GCC TAC TCG CC 26-42 17 Bảng 7.4. Những trình tự primer trên vùng IGS và 5S của rDNA Những trình tự primer trên vùng IGS và 5S của rDNA 5S RNA (VilU) ATC AGA CGG GAT GCG GT 17 5S RNAR (VilU) ACQ GCA TCC CGT CTG AT 17 NS1R GAG ACA AGC ATA TGA CTA C 38-20 (SSU) 19 LR13R GCA TTG TTG TTC CGA TG 3448- 3464(lsu) 17 Bảng 7.5. Những trình tự primer trên vùng ITS và 5,8S của rDNA Những trình tự primer trên vùng ITS và 5,8S của rDNA ITS1 (Whi) TCC GTA GGT GAA CCT GCG G 1769- 1787(ssu) 19 ITS1F (Gad) CTT GGT CAT TTA GAG GAA GTA A 22 ITS2 (Whi) GCT GCG TTC TTC ATCG ATG C (sim. to 5.8S) 20 ITS3 (Whi) GCA TCG ATG AAG AAC GCA GC (sim. to 5.8SR) 20 ITS4 (Whi) TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC 60-41(lsu) 20 ITS4B CAG GAG ACT TGT ACA CGG TCC AG 23 43 (Gad) ITS4S (Kre) CCT CCG CTT ATT GAT ATG CTT AAG 59-36 (lsu) 24 ITS5 (Whi) GGA AGT AAA AGT CGT AAC AAG G (sim. to SR6R) 1745- 1766(ssu) 22 ITS5R CCT TGT TAC GAC TTT TAC TTC C 1766-1745 (ssu) 22 5.8S (Vil0) CGC TGC GTT CTT CAT CG 17 5.8SR (Vil0) TCG ATG AAG AAC GCA GC 18 SR6R (VilU) AAG TAP AAG TCG TAA CAA GG 1747- 1766(ssu) 20 LR1 (Vil0) GGT TGG TTT CTT TTC CT 73-57(lsu) 17 SLG-1 (Gro) TTG CGC AAC CTG CGG AAG GAT 1773- 1793(ssu) 21 NS24R TAA AAG TCG TAA CAA GGT TT 1750- 1769(ssu) 20 ssu ref. Mankin et al., 1986. Gene 44:143-145 lsu ref. Lapeyre et al., 1993. Nucleic Acids Res. 21:3322-3322 Những primer được thiết kế trong phòng thí nghiệm của Lutzoni: - (DeP) DePriest,1993. Gene 134:67-74 - (Elw) Elwood et al., 1985. Mol. Biol. Evol. 2:399-410 - (Gad) Gardes and Bruns, 1993. Mol. Ecol. 2:113-118 - (Gar) Gargas and Taylor, 1992. Mycologia 84(4): 589-592 - (Gro) Groner and LaGreca, 1997. Lichenologist 29(5):441-454 - (Gua) Guadet et al., 1989. Mol. Biol. Evol. 6:227-242 - (Kau) Kauff and Lutzoni, 2002. Mol. Phylogen. Evol. 25:138-156 - (Kre) Kretzer et al., 1996. Mycologia 88(5): 776-785 - (Lan) Lane et al., 1985. PNAS USA 82:6955-6959 - (Mia1) Miadlikowska and Lutzoni, 2000. Int. J. Plant Sci. 161(6) - (Mia2) Miadlikoska, McCune, Lutzoni,2001. Bryologist 105:1-10 - (Mon) Moncalvo et al., 1993. Mycologia 85(5):788-794 - (Reh) Rehner and Samuels, 1994. Mycol. Res. 98(6):625-634 - (Spa) Spatafora et al, 1995. J. Clinical Microbiol. 33:1322-1326 44 - (Vil0) Vilgalys and Hester, 1990. Journal of bacteriology 172:4238-4246 - (VilU) Vilgalys unpublished [http://www.botany.duke.edu/fungi/mycolab] - (Whi) White et al., 1990. pp 315-322 in PCR protocols: A guide to methods and applications 7.3. Nuôi thu sinh khối nấm R. solani Hình 7.1. Ảnh của sợi nấm R. solani sau khi nuôi lắc 4 ngày . Danh sách các dòng nấm Rhizoctonia solani đƣợc sử dụng trong đề tài Bảng 7.1. Danh sách các dòng nấm Rhizoctonia solani đƣợc sử dụng trong đề tài STT Tên dòng nấm Cây kí chủ Nơi thu thập. 84(4 ): 58 9 -59 2 - (Gro) Groner and LaGreca, 1997. Lichenologist 29 (5 ):4 41- 454 - (Gua) Guadet et al., 1989. Mol. Biol. Evol. 6:2 27-242 - (Kau) Kauff and Lutzoni, 2002. Mol. Phylogen. Evol. 2 5: 1 38- 156 . Lutzoni, 2002. Mol. Phylogen. Evol. 2 5: 1 38- 156 - (Kre) Kretzer et al., 1996. Mycologia 88 (5 ): 776-7 85 - (Lan) Lane et al., 19 85. PNAS USA 8 2:6 955 -6 959 - (Mia1) Miadlikowska and Lutzoni, 2000.