bài tập thực hành

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINHKHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO THỰC HÀNH

THỰC HÀNH SINH TIN HỌC

Hồ Minh Thuận 21126526Bàng Đức Quân 21126476

1

MỤC LỤC

BÀI 1: THIẾT KẾ PRIMER CHO NOVSPHINGOBIUM SP 3

1.1 Quy trình thực hiện 31.2 Kết quả 13

BÀI 1: THIẾT KẾ PRIMER CHO NOVSPHINGOBIUM SP.

1.1 Quy trình thực hiện

Bước 1: Truy cập NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ )

Bước 2: Nhập tên chi Novosphingobium sp. Chọn Taxonomy Browser

3

Bước 3: Chọn từng loài trong Novosphingobium sp. Chọn All nuleotide sequence

FASTA Copy Sequence file.text Copy tất cả Sequence của tất cả các loài trong

Novosphingobium sp

4

Các loài trong chi Novosphingobium và mã GenBank

>EU118985.1 Novosphingobium yangbajingensis>LT627669.2 Novosphingobium umbotanum>MT325926.1 Novosphingobium terrae>NR_148313.1 Novosphingobium tardum>OR358898.1 Novosphingobium taihuense>OK376647.1 Novosphingobium subterraneum>MT760170.1 Novosphingobium soli

>PP024224.1 Novosphingobium silvae>OK513266.1 Novosphingobium sediminis>NR_108298.1 Novosphingobium sediminicola>NR_104206.1 Novosphingobium rosa

>PP727371.1 Novosphingobium rhizosphaerae>PP593871.1 Novosphingobium resinovorum>PP747934.1 Novosphingobium profundi>MZ410573.1 Novosphingobium pokkalii>MW345954.1 Novosphingobium piscinae>PP049675.1 Novosphingobium percolationis

>OK135666.1 Novosphingobium pentaromativorans7

>OQ675157.1 Novosphingobium panipatense>NR_179570.1 Novosphingobium ovatum>NR_147755.1 Novosphingobium oryzae>ON077586.1 Novosphingobium organovorum>NR_180932.1 Novosphingobium olei

>DQ448852.1 Novosphingobium nitrogenifigens>MT299725.1 Novosphingobium naphthalenivorans>NR_151934.1 Novosphingobium naphthae

>NR_171526.1 Novosphingobium meiothermophilum>NR_116020.1 Novosphingobium mathurense

>NR_178698.1 Novosphingobium marinum

>OP458508.1 Novosphingobium mangrovi ( ex Huang et al 2023)>ON077585.1 Novosphingobium mangrovi( ex Hu et al 2023)>NR_126280.1 Novosphingobium malaysiense

>OR999589.1 Novosphingobium lubricantis>NR_152714.1 Novosphingobium lotistagni>OR781376.1 Novosphingobium lindaniclasticum>PP049674.1 Novosphingobium lentum

>MW010433.1 Novosphingobium kunmingense>OL703070.1 Novosphingobium kaempferiae>NR_181545.1 Novosphingobium jiangmenense>NR_158051.1 Novosphingobium ipomoeae>ON878095.1 Novosphingobium indicum>NR_157799.1 Novosphingobium humi

>NR_181817.1 Novosphingobium huizhouense>PP049673.1 Novosphingobium hassiacum>MH675507.1 Novosphingobium guangzhouense>OM971164.1 Novosphingobium gossypii

>PP049672.1 Novosphingobium ginsenosidimutans>NR_118270.1 Novosphingobium fuchskuhlense>OR564065.1 Novosphingobium fontis

8

>OR262557.1 Novosphingobium fluoreni>MZ427276.1 Novosphingobium flavum

>NR_145944.2 Novosphingobium endophyticum>NR_175595.1 Novosphingobium decolorationis>MZ389880.2 Novosphingobium cyanobacteriorum>NR_148591.1 Novosphingobium colocasiae

>OR262668.1 Novosphingobium clariflavum

>KF676669.1 Novosphingobium chloroacetimidivorans>OR461936.1 Novosphingobium capsulatum

>PP024214.1 Novosphingobium bradum>ON077587.1 Novosphingobium beihaiensis>OR781380.1 Novosphingobium barchaimii>NR_181551.1 Novosphingobium aureum>OL773518.1 Novosphingobium arvoryzae>PP259453.1 Novosphingobium aromaticivorans>PP049671.1 Novosphingobium arabidopsis>PP049670.1 Novosphingobium aquiterrae>NR_175535.1 Novosphingobium aquimarinum

>KP410550.1 Novosphingobium aquaticum (ex Singh et al 2015)>NR_118271.1 Novosphingobium aquaticum (ex Glaeser et al 2013)>OP493226.1 Novosphingobium album (ex Liu et al.2023)

>ON077593.1 Novosphingobium album (ex Hu et al 2023)>PP049669.1 Novosphingobium aerophilum

>NR_116278.1 Novosphingobium acidiphilum

9

Bước 4: Đưa trình tự FASTA vào trong MegaX

Bước 5: Chạy ClustalW

10

Bước 6: Sau khi chạy ClustalW thì chọn đoạn BP có dấu *, độ dài từ 300BP trở lên

Bước 7: Truy cập trang web Primer3 (https://primer3.ut.ee) sau đó dán đoạn trình tự vừa chọn vào

11

Bước 8: Điều chỉnh độ dài primers sản phẩm trên 200BPBước 9: Sau khi chạy chương trình có giao diện như sau

Bước 9: Truy cập trang web In silico PCR amplification và chọn chi Novosphingobium

12

Bước 10: Nhập các đoạn primers vừa tìm được, sau đó chọn APPLY TO ALL Novosphingobium và chạy chương trình

Bước 11: Kiểm tra kết quả PCR, nếu xuất hiện bands chứng tỏ primers có bắt cặp

13

14

Kết quả kiểm tra của primer 1 trên Primer BLASTPrimer 2:

Forward primer: TGGGGAGCAAACAGGATTAGAReverse primer: CGCGTTGCTTCGAATTAAACC

Self 3’complementarity

15

Kết quả kiểm tra của primer 3 trên Primer BLAST

Kết luận: Các cặp primers không đặc hiệu cho chi Novosphingobium sp.

16