Trang 1 KHOA CÔNG NGHỆ ỨNG DỤNG ĐỒ ÁN TỔNG HỢP THIẾT KẾ MỒI DÙNG CHẨN ĐOÁN KHÁNG CLARITHROMYCIN VÀ LEVOFLOXACIN Ở VI KHUẨN HELICOBACTER PYLORI NGÀNH CÔNG NGHỆ SINH HỌC Y DƯỢC HỌ VÀ TÊN S
TRƯỜNG ĐẠI HỌC VĂN LANG KHOA CÔNG NGHỆ ỨNG DỤNG ĐỒ ÁN TỔNG HỢP THIẾT KẾ MỒI DÙNG CHẨN ĐOÁN KHÁNG CLARITHROMYCIN VÀ LEVOFLOXACIN Ở VI KHUẨN HELICOBACTER PYLORI NGÀNH CÔNG NGHỆ SINH HỌC Y DƯỢC HỌ VÀ TÊN SINH VIÊN (MÃ SỐ SINH VIÊN) Võ Ngọc Bích Trâm 207SY68589 Dương Thị Hoàng Yến 207SY27331 Trương Nguyễn Kỳ Duyên 207SY27239 Lê Trần Như Huyền 207SY27260 Nguyễn Hoàng Vinh 207SY68590 THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH, NĂM 2022 TRƯỜNG ĐẠI HỌC VĂN LANG KHOA CÔNG NGHỆ ỨNG DỤNG ĐỒ ÁN TỔNG HỢP THIẾT KẾ MỒI DÙNG CHẨN ĐOÁN KHÁNG CLARITHROMYCIN VÀ LEVOFLOXACIN Ở VI KHUẨN HELICOBACTER PYLORI NGÀNH CÔNG NGHỆ SINH HỌC Y DƯỢC HỌ VÀ TÊN SINH VIÊN (MÃ SỐ SINH VIÊN) Võ Ngọc Bích Trâm 207SY68589 Dương Thị Hoàng Yến 207SY27331 Trương Nguyễn Kỳ Duyên 207SY27239 Lê Trần Như Huyền 207SY27260 Nguyễn Hoàng Vinh 207SY68590 Giảng viên hướng dẫn ThS Cao Ngọc Minh Trang TS Bùi Hoàng Phúc THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH, NĂM 2022 THIẾT KẾ MỒI DÙNG CHẨN ĐOÁN KHÁNG CLARITHROMYCIN VÀ LEVOFLOXACIN Ở VI KHUẨN HELICOBACTER PYLORI TÓM TẮT Tình trạng kháng Clarithromycin và Levofloxacin đang gia tăng trên toàn thế giới và là nguyên nhân phổ biến nhất dẫn đến thất bại trong điều trị Helicobacter pylori Mục tiêu nghiên cứu là thiết kế mồi dùng chẩn đoán kháng Clarithromycin và Levofloxacin ở vi khuẩn Helicobacter pylori Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Nghiên cứu sử dụng các đoạn gen đột biến biểu hiện sự đề kháng kháng sinh trên vi khuẩn Helicobacter pylori (HP) Cụ thể là các gene gyrA biểu hiện đột biến đề kháng kháng sinh Levofloxacin và gene 23S rRNA biểu hiện đột biến đề kháng Clarithromycin Helicobacter pylori được xác định kháng Clarithromycin và Levofloxacin bằng kỹ thuật ARMS-PCR Và thiết kế mồi dựa trên phần mềm Primer1 trong lĩnh vực tin sinh học Kết quả: Thu được ở mỗi loại gồm 4 đoạn mồi tạo ra 3 sản phẩm có độ dài khác nhau dùng để phát hiện đột biến khi điện di Kết luận: Thiết kế mồi dùng chẩn đoán kháng Clarithromycin và Levofloxacin ở vi khuẩn Helicobacter pylori sẽ giúp cho việc xác định pháp đồ điều trị kháng sinh hiệu quả hơn, làm giảm áp lực của bác sĩ điều trị cũng như giảm bớt các triệu chứng của bệnh nhân DESIGNING PRIMERS DIAGNOSE ANTIBIOTIC RESISTANCE TO CLARITHROMYCIN AND LEVOFLOXACIN IN HELICOBACTER PYLORI ABSTRACT Resistance to Clarithromycin and Levofloxacin is increasing worldwide and is the most common cause of treatment failure for Helicobacter pylori The research objective is to design primers to diagnose antibiotic resistance to clarithromycin and levofloxacin in Helicobacter pylori (HP) Research object and method: The study used mutated gene fragments expressing antibiotic resistance in Helicobacter pylori (HP) Specifically, the gyrA gene expressing the Levofloxacin resistance mutation and the 23SrRNA gene expressing the Clarithromycin resistance mutation Helicobacter pylori were determined to be resistant to Clarithromycin and Levofloxacin by ARMS-PCR And primer design is based on Primer 1 software in the field of bioinformatics Result: Obtained in each type, including 4 primers producing 3 products of different lengths, were used to detect mutations by electrophoresis Conclusion: The design of diagnostic primers for Clarithromycin and Levofloxacin resistance of Helicobacter pylori bacteria will help determine more effective antibiotic regimens, reduce pressure on treating doctors, and relieve symptoms for patients MỤC LỤC DANH MỤC HÌNH VẼ vii DANH MỤC BẢNG BIỂU viii DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT ix CHƯƠNG 1 MỞ ĐẦU .10 1.1 Lý do chọn đề tài .10 1.2 Mục tiêu nghiên cứu 12 1.3 Đối tượng và phạm vi nghiên cứu .12 1.4 Nội dung nghiên cứu 12 1.5 Ý nghĩa khoa học và thực tiễn 13 CHƯƠNG 2 TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU .13 2.1 Giới thiệu 13 2.2 Các công trình nghiên cứu 19 2.2.1 Trong nước 19 2.2.2 Ngoài nước 19 CHƯƠNG 3 CƠ SỞ LÝ THUYẾT 20 3.1 Cơ sở lý thuyết 1: Dựa vào cơ chế đề kháng kháng sinh Clarithromycin của Helicobacter pylori 20 3.2 Cơ sở lý thuyết 2: Dựa vào cơ chế đề kháng kháng sinh Levofloxacilin của Helicobacter pylori 21 CHƯƠNG 4 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 23 4.1 Phương pháp nghiên cứu 23 4.2 Nguyên tắc thiết kế mồi 24 4.3 Tổng quan các bước cần thực hiện: 24 CHƯƠNG 5 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 29 5.1 Kết quả 29 5.2 Thảo luận 33 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ .34 Kết luận 34 Kiến nghị 34 DANH MỤC TÀI LIỆU THAM KHẢO 34 vii DANH MỤC HÌNH VẼ Hình 1.1.1: Hiện trạng sức khoẻ ảnh hưởng bởi vi khuẩn Helicobacter pylori (HP) 10 Hình 1.1.2: Hiện trạng đề kháng kháng sinh của vi khuẩn Helicobacter pylori (HP) trên thế giới 11 Hình 2.1.1: Hình dạng vi khuẩn Helicobacter pylori (HP) 13 Hình 2.1.2: Các yếu tố sinh bệnh của vi khuẩn Helicobacter pylori (HP) 17 Hình 3.1.1: Cấu trúc phân tử Clarithromycin 20 Hình 3.1.2: Đột biến thay thế ở vị trí 2142 và 2143 của kháng sinh Clarithromycin 21 Hình 3.2: Cấu trúc phân tử Levofloxacin .22 Hình 4.2.1: Tra cứu gen 23S rRNA vi khuẩn Helicobacter pylori (HP) 25 Hình 4.2.2: Tra cứu gen gyrA vi khuẩn Helicobacter pylori (HP) .25 Hình 4.2.3: Thiết kế các đoạn mồi bằng Primer1 26 Hình 4.2.4: Kiểm tra độ đặc hiệu của đoạn mồi bằng Primer-Blast .27 Hình 4.2.5: Công cụ in silico PCR đối với các sinh vật nhân sơ 28 Hình 4.2.6: Các thông số cần thiết để in silico đoạn mồi 28 viii DANH MỤC BẢNG BIỂU Bảng 1: Các đoạn mồi của gen 23S rRNA 29 Bảng 2: Các đoạn mồi của gen gyrA 31 ix DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT ARMS Amplification refractory mutation system HP Helicobacter pylori 10 CHƯƠNG 1 MỞ ĐẦU 1.1 Lý do chọn đề tài Sự phát triển về mặt kinh tế khiến cho nhu cầu về ăn uống cũng như các vấn đề về sức khoẻ trở thành mối quan tâm hàng đầu của con người Thời gian gần đây tất cả mọi người ở mọi lứa tuổi, giới tính đều gặp ít nhiều các vấn đề về đường tiêu hoá Có thể đơn giản là rối loạn tiêu hoá, tiêu chảy, táo bón,… nặng thì có thể là các bệnh nghiêm trọng hơn như viêm, nhiễm trùng, loét dạ dày đại tràng hay thậm chí là ung thư Hình 1.1.1: Hiện trạng sức khoẻ ảnh hưởng bởi vi khuẩn Helicobacter pylori (HP) Theo Tổ chức Y Tế Thế Giới (WHO) có đến 50% dân số trên thế giới đang mang trong mình bệnh lý dạ dày do vi khuẩn Helicobacter pylori (HP) gây ra Đây là một căn bệnh phổ biến, dễ lây nhiễm và tiềm tàng nhiều mối nguy hại đến sức khoẻ con người Khoảng 10 – 20% số người nhiễm HP có nguy cơ bị nhiễm trùng dạ dày và 1 – 2% có nguy cơ mắc ung thư dạ dày [39] Tại Hội nghị khoa học quốc tế chuyên ngành Tiêu hóa - Gan do Bệnh viện Bạch Mai tổ chức, một nghiên cứu đã công bố tỷ lệ nhiễm HP ở Việt Nam có thể lên đến 70% - cao hơn nhiều so với các nước như Mỹ và Canada (khoảng 30%), Việt Nam hiện cũng đang đứng thứ 18 trong số 20 nước có tỷ lệ ung thư dạ dày cao nhất thế giới