THÔNG TIN TÀI LIỆU
ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - Phạm Thị Duyên PHÂN TÍCH ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC PHÂN TỬ GEN NP, GEN M VÀ GEN NS CỦA MỘT SỐ CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 MỚI XUẤT HIỆN NĂM 2011 TẠI VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội - Năm 2012 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - Phạm Thị Duyên PHÂN TÍCH ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC PHÂN TỬ GEN NP, GEN M VÀ GEN NS CỦA MỘT SỐ CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 MỚI XUẤT HIỆN NĂM 2011 TẠI VIỆT NAM Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã số: 60 42 40 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS.TS LÊ THANH HÒA Hà Nội - Năm 2012 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com MỤC LỤC Trang DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT VÀ GIẢI NGHĨA VI DANH MỤC CÁC BẢNG .VIII DANH MỤC CÁC HÌNH XI MỞ ĐẦU CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 BỆNH CÚM GIA CẦM A/H5N1 1.1.1 Tình hình bệnh cúm A/H5N1 giới 1.1.2 Tình hình bệnh cúm A/H5N1 Việt Nam 1.2 ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC VIRUS CÚM A/H5N1 1.2.1 Phân loại danh pháp virus cúm A/H5N1 1.2.2 Cơ chế xâm nhiễm virus cúm A/H5N1 tế bào vật chủ 1.2.3 Dịch tễ học phân tử virus cúm A/H5N1 1.3 ĐẶC ĐIỂM CẤU TRÚC VÀ ĐẶC TÍNH DI TRUYỀN CỦA VIRUS CÚM A/H5N1 12 1.3.1 Đặc điểm hình thái cấu tạo virus cúm A/H5N1 12 1.3.2 Đặc điểm sinh học phân tử hệ gen virus cúm A/H5N1 13 1.3.3 Hiện tượng cắt – ghép mRNA virus cúm A/H5N1 17 1.4 CẤU TRÚC VÀ CHỨC NĂNG CÁC PROTEIN NP, M VÀ NS CỦA VIRUS CÚM A/H5N1 21 1.4.1 Protein NP 21 1.4.2 Protein đệm M (matrix protein) 22 1.4.3 Protein phi cấu trúc NS (non structural protein) 24 1.5 TẦM QUAN TRỌNG CỦA NGHIÊN CỨU ĐẶC TÍNH VÀ BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN CÁC GEN NP, M VÀ NS CỦA VIRUS CÚM A/H5N1 i TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com 25 CHƢƠNG 2: NGUYÊN LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Nguyên liệu 2.1.1 Mẫu bệnh phẩm 2.1.2 Dụng cụ, trang thiết bị 2.1.3 Hoá chất 27 27 27 27 27 2.2 Phƣơng pháp nghiên cứu 27 2.2.1 Tách chiết RNA tổng số (genomic RNA) 28 2.2.2 Thực phản ứng RT-PCR 30 2.2.3 Kĩ thuật dịng hố (cloning) 31 2.2.4 Giải trình tự 32 2.5 Đối chiếu so sánh xử lí số liệu 33 2.2.6 Xử lý số liệu chương trình tin-sinh học 33 CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 34 3.1 Thu nhận, giải mã gen NP, gen M, gen NS virus cúm A/H5N1 chủng Dk-VN-QT800 Dk-VN-QT1603 34 3.1.1 Tách RNA tổng số thực phản ứng RT-PCR 34 3.1.2 Thực RT-PCR, thu nhận giải trình tự gen NP 35 3.1.3 Thực RT-PCR, thu nhận giải trình tự gen M 37 3.1.4 Thực RT-PCR, thu nhận giải trình tự gen NS 39 3.2 Phân tích so sánh thành phần gen, mối quan hệ nguồn gốc phả hệ chủng Dk-VN-QT800 Dk-VN-QT1603 với chủng Việt Nam giới 41 3.2.1 Phân tích gen NP 41 3.2.2 Phân tích gen M 48 3.2.3 Phân tích gen NS 56 3.3 Thảo luận chung 64 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 67 TÀI LIỆU THAM KHẢO 69 PHỤ LỤC ii TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com DANH MỤC CÁC KÍ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT VÀ GIẢI NGHĨA Ký hiệu Thuật từ/Cách dùng nghĩa Tiếng Anh tiếng Việt Aa Amino acid Axit amin Bp Base pair Cặp bazơ Ck Chicken Gà Da Dalton Đơn vị tính trọng lượng phân tử protein Dk Duck Vịt DNA Deoxyribonucleic Acid Axit deoxyribonucleic dNTP Deoxy Nucleotide Triphosphate nt Tiền chất dNTP cho phản ứng PCR nucleotide đơn phân cấu tạo Gs Goose Ngỗng HA Haemagglutinin Ngưng kết hồng cầu Kb Kilo base Kilo bazơ LB Luria-Bertani Môi trường Luria-Bertani nuôi cấy vi khuẩn LPAI Low Pathogenic Avian Influenza Cúm gia cầm thể độc lực thấp M Matrix Protein đệm MDk Muscovy duck Ngan MEGA Molecular Evolutionary Genetics Chương trình phân tích tiến hóa Analysis gen NA Neuraminidase Enzym phân giải sialic NT Nucleotide Nucleotit NEP Nuclear Export Protein Protein vận chuyển NP Nucleoprotein Protein nhân NS Non structural protein Protein không cấu trúc PA Polymerase acidic protein Enzym polymerase có tính axit PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng PCR iii TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com RNA Ribonucleic Acid Axit ribonucleic RNP Ribonucleoprotein Tổ hợp protein liên kết ribonucleic RT-PCR Reverse Transcription-Polymerase Phản ứng PCR ngược Chain Reaction (-)ssRNA Negative single-strand Ribonucleic ARN sợi đơn âm Acid TAE Tris-Acetate-EDTA Tris-Acetate-EDTA TNF-α Tumor Necrosis Factor-α Yếu tố α gây hoại tử khối u WHO World Health Organization Tổ chức Y tế giới iv TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam DANH MỤC CÁC BẢNG TT Tên bảng 1.1 Thống kê dịch cúm gia cầm Việt Nam từ năm 2007- Trang 2010……………………………………………………………… 2.1 Danh sách mồi sử dụng thu nhận, lưu giữ giải mã gen NP, gen M gen NS virus cúm A/H5N1 ……… 29 2.2 Thành phần phản ứng RT-PCR ………………………………… 30 2.3 Thành phần phản ứng nối ……………………………………… 31 3.1 Danh sách chủng virus cúm A/H5N1 Việt Nam giới sử dụng gen NP phân tích so sánh thành phần gen mối quan hệ nguồn gốc phả hệ ………………………………… 3.2 42 Vị trí sai khác nucleotide amino acid gen NP chủng DkVN-QT800 chủng Dk-VN-QT1603 với 20 chủng virus cúm A/H5N1 đăng kí Ngân hàng gen ………………………… 3.3 44 Tỷ lệ (%) đồng nucleotide (trên đường chéo) tương đồng amino acid (dưới đường chéo) gen NP số chủng cúm A/H5N1 Việt Nam giới ………………… 3.4 46 Danh sách chủng virus cúm A/H5N1 Việt Nam giới sử dụng gen M phân tích so sánh thành phần gen mối quan hệ nguồn gốc phả hệ 3.5 49 Vị trí sai khác nucleotide amino acid gen M1 gen M2 chủng Dk-VN-QT800 chủng Dk-VN-QT1603 so với 20 chủng virus cúm A/H5N1 khác 3.6 50 Tỷ lệ (%) đồng nucleotide (trên đường chéo) tương đồng amino acid (dưới đường chéo) gen M1 chủng cúm A/H5N1 Việt Nam giới 3.7 53 Tỷ lệ (%) đồng nucleotide (trên đường chéo) tương đồng amino acid (dưới đường chéo) gen M2 chủng cúm A/H5N1 Việt Nam giới 54 v (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam 3.8 Danh sách chủng virus cúm A/H5N1 Việt Nam giới sử dụng gen NS phân tích so sánh thành phần gen mối quan hệ nguồn gốc phả hệ 3.9 57 Vị trí sai khác nucleotide amino acid gen NS1 chủng DkVN-QT800 chủng Dk-VN-QT1603 so với 20 chủng virus cúm A/H5N1 khác 3.10 58 Tỷ lệ (%) đồng nucleotide (trên đường chéo) tương đồng amino acid (dưới đường chéo) gen NS1 chủng cúm A/H5N1 Việt Nam giới 3.11 61 Tỷ lệ (%) đồng nucleotide (trên đường chéo) tương đồng amino acid (dưới đường chéo) gen NS2 chủng cúm A/H5N1 Việt Nam giới 62 vi (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam DANH MỤC CÁC HÌNH TT Tên hình Trang 1.1 Sơ đồ danh pháp quốc tế chủng virus cúm A ……………… 1.2 Cơ chế xâm nhiễm virus cúm A/H5N1 tế bào chủ ……… 1.3 Đa nhiễm clade virus cúm A/H5N1 thể độc lực cao Viết Nam từ 2001 – 2007 11 1.4 Ảnh chụp mơ hình tiểu phần virus cúm A ………………… 12 1.5 Mơ hình cấu trúc hệ gen virus cúm A/H5N1 ………………… 13 1.6 Mơ hình minh hoạ tượng cắt – ghép mRNA phân đoạn (gen M) virus cúm A/H5N1 ………………………………… 1.7 18 Cơ chế hợp phần polymerase virus cúm A gây tượng chuyển đổi cấc vị trí mối cắt - ghép trình cắt – ghép mRNA M1 virus …………………………………… 1.8 1.9 1.10 1.11 2.1 2.2 2.3 3.1 3.2 19 Mơ hình minh hoạ tượng cắt – ghép mRNA phân đoạn (gen NS) virus cúm A ……………………………………… 20 Mơ hình vị trí domain protein NP virus cúm A/H5N1 ……………………………………………………… 22 Sự thay đổi pH nhờ protein kênh ion M2 trình “cởi áo” virus cúm A ………………………………………… 23 Cấu trúc bậc NS1 mơ hình phức hợp NS1 dsRNA 24 Sơ đồ trình nghiên cứu phân tích gen: gen NP, gen M, gen NS virus cúm A/H5N1 ………………………… 28 Sơ đồ bố trí mồi để thu nhận phân đoạn gen P, gen M, gen NS virus cúm A/H5N1 …………………………… 29 Sơ đồ cấu tạo vector pCR®2.1TOPO (Invitrogen) …………… 31 Kết điện di kiểm tra RNA tổng số chủng Dk-VN-QT800 chủng Dk-VN_QT1603 ……………………………… 34 Kết điện di kiểm tra sản phẩm RT-PCR DNA plasmid tái tổ hợp gen NP ……………………………………………… 35 vii (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam 3.3 3.4 Phân tích diễn giải thành phần nucleotide amino acid gen NP chủng Dk-VN-QT800 ……………………………………… Kết điện di kiểm tra sản phẩm RT-PCR DNA plasmid tái tổ hợp gen M ……………………………………………… 3.5 39 Phân tích diễn giải thành phần nucleotide amino acid gen NS chủng Dk-VN-QT800 ……………………………………… Cây phả hệ biểu thị mối quan hệ nguồn gốc phả hệ 3.8 38 Kết điện di kiểm tra sản phẩm RT-PCR DNA plasmid tái tổ hợp gen NS ……………………………………………… 3.7 37 Phân tích diễn giải thành phần nucleotide amino acid gen M chủng Dk-VN-QT800 …………………………………………… 3.6 36 40 chủng cúm A/H5N1 dựa phân tích trình tự nucleotide gen NP sử dụng chương trình MEGA 4.0 ………………………… 47 Cây phả hệ biểu thị mối quan hệ nguồn gốc phả hệ 3.9 chủng cúm A/H5N1 dựa phân tích trình tự nucleotide gen M1 gen M2 sử dụng chương trình MEGA 4.0 …………… 55 Cây phả hệ biểu thị mối quan hệ nguồn gốc phả hệ 3.10 chủng cúm A/H5N1 dựa phân tích trình tự nucleotide gen NS1 NS2 sử dụng chương trình MEGA 4.0 ………… 63 viii (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam NS1 Protein Changes the Pathogenicity of H5N1 Avian Influenza Viruses in Mice", J Virol, 82(3), pp 1146-1154 84 Zhu Q, Yang H, Chen W, Cao W, Zhong G, Jiao P, Deng G, Yu K, Yang C, Bu Z, Kawaoka Y, Chen H (2008), "A naturally occurring deletion in its NS gene contributes to the attenuation of an H5N1 swine influenza virus in chickens", J Virol, 82(1), pp 220-228 TRANG WEB 85 http://www.cucthuy.gov.vn/ 86 http://www.flu.lanl.gov/ 87 http://www.microbiologybytes.com/virology/Orthomyxoviruses.html 88 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam 79 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam Phụ lục 1: TRÌNH BÀY TRÌNH TỰ GEN NP, GEN M, GEN NS CỦA CHỦNG Dk-VN-QT1603-2011 (Dòng thành phần nucleotide, dòng amino acid tương ứng biểu thị chữ (1 chữ cái) ký hiệu chúng) A Gen NP * 20 * 40 * 60 * ATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTATGAACAGATGGAAACTGGTGGAGAGCGCCAGAATGCTACTGAGATC M A S Q G T K R S Y E Q M E T G G E R Q N A T E I> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > 80 * 100 * 120 * 140 * AGGGCATCGGTTGGAAGAATGGTTAGTGGCATTGGGAGGTTCTACATACAGATGTGCACAGAACTCAAACTCAGT R A S V G R M V S G I G R F Y I Q M C T E L K L S> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > 160 * 180 * 200 * 220 GACTATGAAGGGAGACTGATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGAATGGTACTTTCTGCATTTGATGAAAGGAGA D Y E G R L I Q N S I T I E R M V L S A F D E R R> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > * 240 * 260 * 280 * 300 AACAGGTACCTAGAAGAACACCCCAGTGCGGGGAAGGACCCGAAGAAAACTGGAGGTCCAATTTATCGAAGGAGA N R Y L E E H P S A G K D P K K T G G P I Y R R R> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > * 320 * 340 * 360 * GACGGAAAATGGGTGAGGGAGCTGATTCTGTACGACAAAGAGGAGATCCGGAGGATTTGGCGCCAAGCTAACAAT D G K W V R E L I L Y D K E E I R R I W R Q A N N> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > 380 * 400 * 420 * 440 * GGAGAGGACGCAACTGCTGGCCTTACCCACCTGATGATATGGCATTCCAATCTAAATGATGCCACATATCAGAGA G E D A T A G L T H L M I W H S N L N D A T Y Q R> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > 460 * 480 * 500 * 520 ACGAGAGCTCTCGTGCGTACCGGAATGGACCCCAGAATGTGCTCTCTGATGCAAGGATCAACCCTCCCGAGGAGA T R A L V R T G M D P R M C S L M Q G S T L P R R> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > * 540 * 560 * 580 * 600 TCTGGGGCTGCCGGTGCAGCAGTGAAGGGGGTAGGAACAATGGTGATGGAGCTGATTCGGATGATAAAACGAGGG S G A A G A A V K G V G T M V M E L I R M I K R G> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > * 620 * 640 * 660 * ATCAACGACCGGAATTTCTGGAGAGGCGAAAATGGAAGAAGAACAAGGATTGCATATGAGAGAATGTGCAACATC I N D R N F W R G E N G R R T R I A Y E R M C N I> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > 680 * 700 * 720 * 740 * CTCAAAGGGAAATTCCAAACAGCTGCACAAAGAGCAATGATGGATCAAGTGCGAGAGAGCAGAAATCCTGAGAAT L K G K F Q T A A Q R A M M D Q V R E S R N P E N> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > 760 * 780 * 800 * 820 GCTGAAATTGAAGATCTCATTTTTCTGGCACGGTCTGCACTCATCCTGAGAGGATCAGCAGCCCATAAGTCTTGC A E I E D L I F L A R S A L I L R G S A A H K S C> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > * 840 * 860 * 880 * 900 TTGCCTGCTTGTGTGTACGGGCTTGCAGTGGCCAGTGGATATGACTTTGAGAGAGAAGGATACTCTCTGGTTGGA L P A C V Y G L A V A S G Y D F E R E G Y S L V G> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > * 920 * 940 * 960 * 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108 108 108 108 108 108 108 Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 120 * 140 * 160 * 180 * 200 * GGGAGGTTCTACATACAGATGTGCACAGAACTCAAACTCAGTGACTATGAAGGGAGACTGATCCAGAACAGCATAACAATAGAGAGAATGGTACTTTCTGCATTTGAT T G A .C .A .C .A A .C .A A .A G .C .A .A T G G : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 1300 * 1320 * 1340 * 1360 * 1380 * 1400 ACTGAAGGCAGGACGTCTGACATGAGGACTGAAATCATAAGAATGATGGAAAGTGCCAGACCAGAAGATGTGTCATTCCAAGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGAT C C C G T C .G A G C C C .G A G C .G A G C .G A G C C .G A A .T .G A .A C A G C A G C .G A G C A G C .G A G C .G A G C A .C .G A G C .G A G C : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 1420 * 1440 * 1460 * 1480 * GAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAATAATGAGGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACAATTAA .A A C .A A A A A A A A R A .A A A A A A G A A A A A A A A A A .C . - : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1488 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Md-VN-1455 Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : ATGAGTCTTCTAACCGAGGTCGAAACGTACGTTCTCTCTATCATCCCATCAGGCCCCCTCAAAGCCGAGATCGCGCAGAAACTTGAGGATGTATTTGCAGGAAAGAACACCGATC c A A T T G C G T G C G T T G C G T T G C G T G C T T G C .G A C G .G C C .G C .G C .G C C C .G A C .G C : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-VN-1455 Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 120 * 140 * 160 * 180 * 200 * 220 * TCGAGGCTCTCATGGAGTGGCTAAAGACAAGACCAATCCTGTCACCTCTGACTAAAGGGATCTTGGGATTTGTATTCACGCTCACCGTGCCCAGTGAGCGAGGACTGCAGCGTAG .T .T T A G G .G T .A G A G .G .T .G T A .G T .T C T .T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-VN-1455 Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 580 * 600 * 620 * 640 * 660 * 680 * GGCGGGATCAAGTGAGCAGGCAGCAGAAGCCATGGAGGTCGCCAATCAGGCTAGACAGATGGTGCAGGCAATGAGGACAATTGGGACTCATCCTAACTCTAGTGCTGGTCTGAGA .A G A G G A C A G .T G .T C .A G C A G .T G .T C A G .T G .T C C A G .T G .T C C A G .T G .T C G .T G C G AA T G C G .T G G C G .T G C G .T G C G .T G C G .T G A C G .T G A G T T G C C G .T G : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-VN-1455 Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 700 * 720 * 740 * GATAATCTTCTTGAAAATTTGCAGGCCTACCAGAAAAGAATGGGAGTGCAGATGCAGCGATTCAAGTGA C C C C A C A C .C C G C C A .C C C C A C C C : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com 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: : : : : : : : : : 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 DK-VN-QT80 DK-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Water-Huna Great-cres Water-Hebe Water-Xinj Ck-Hunan-2 Black-crow Grey-heron Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-VN-1455 Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 120 * 140 * 160 * 180 * 200 KKLKREITFHGAKEVALSYSTGALASCMGLIYNRMGTVTTEVAFGLVCATCEQIADSQHRSHRQMATITNPLIRHENRMVLASTTAKAMEQMAGSSEQAA P A : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 DK-VN-QT80 DK-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Water-Huna Great-cres Water-Hebe Water-Xinj Ck-Hunan-2 Black-crow Grey-heron Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-VN-1455 Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 220 * 240 * EAMEVANQARQMVQAMRTIGTHPNSSAGLRDNLLENLQAYQKRMGVQMQRFK T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam C GEN M2 a Nucleotide Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * ATGAGTCTTCTAACCGAGGTCGAAACGCCTACCAGAAAAGAATGGGAGTGCAGATGCAGCGATTCAAGTGATCCTCTTGTTGTTGCCGCAAGTATCATTGGGATCTTGCACTTGA c C T C C T C T A C A C C G A C C A .C C C C A C C C C : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 120 * 140 * 160 * 180 * 200 * 220 * TATTGTGGATTCTTGATCGTCTTTTCTTCAAATGCATTTATCGTCGCCTTAAATACGGTTTGAAAAGAGGGCCTTCTACGGAAGGGGTACCGGAGTCTATGAGGGAAGAGTACCG T .T .T .T .T .T T .C .T .T .T .T .T .T .T .T .T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 240 * 260 * 280 * GCAGGAACAGCAGAATGCTGTGGATGTTGACGATGGTCATTTTGTCAACATAGAATTGGAGTAA G .G A G .G G .G G .G G .G G G G G G G G A G A G G G : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 b Amino acid Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * MSLLTEVETPTRKEWECRCSDSSDPLVVAASIIGILHLILWILDRLFFKCIYRRLKYGLKRGPSTEGVPESMREEYRQEQQNAVDVDDGHFVNIELE L N F S S N S N F S N F S .KN K .S N S.G N .G .N N S N S .H N S N A S N K .S N S N S N S N S : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP 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Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * ATGGATTCCAACACTGTGTCAAGCTTTCAGGTAGACTGCTTCCTTTGGCATGTCCGCAAACGATTTGCAGACCAAGAACTGGGTGATGCCCCATTCCTTGACCGGCTTCGCCGAG C .C T T .C .T .T .T .T .T .T .G .T .T .T T .T .T .T .T .T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 DK-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 120 * 140 * 160 * 180 * 200 * 220 * ATCAGAAGTCCCTAAGAGGAAGAGGCAACACTCTTGGTCTGGACATCGAAACAGCTACTCGTGCGGGGAAACAGATAGTGGAGCGGATTCTGGATGAGGAATCTGATGAGGCACT .C G C .G G A G G .G G C .G G A G .A .C A .A G .A G .A G G .G .G G A A G : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 DK-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 480 * 500 * 520 * 540 * 560 * AAATCTCACCATTACCTTCTCTTTCAGGACATACTAGGGAGGATGTCAAAAATGCAATTGGCGTCCTCATCGGAGGACTTGAATGGAATGATAACACAGTTAGGATCTCTGAAAC .C .C .C .C T G C .C T G C T G C T G C T T .G C T G G C G.T .T .C G C T .C G C G.T .C G A .C T .C G C G.T .C G G C G.T .T .C.AG G C G.T .T .C.AG C T G G C GAT .G A G C.AG G C G.T .C G : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 DK-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 580 * 600 * 620 * 640 * 660 * TATACAGAGATTCGCTTGGAGAAGCAGTGATGAGGGTGGGAGACTTCCACTCCCTCCAAATCAGAAACGGAAAATGGCGAGAACAATTGAGTCAGAGGTTTGA A A A AA A A A A A .A .T A A .G A A A .G A A.A G A A.A G A A .C AA C T C .T.A - A A : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 672 678 (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam b Amino acid DK-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILDEESDEALKMPTSRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVVGSLCIKMD .T G .L E A .A .E A P Q .E A .E A .E A .E A .A S E AA DK-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 120 * 140 * 160 * 180 * 200 * 220 QAMMDKTVILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLSGHTREDVKNAIGVLIGGLEWNDNTVRISETIQRFAWRSSDEGGRLPLPPNQKRKMARTIESEV Q K P .Q P P K P S P P S P S P S P S P S P G F .D L P S D P G H P S P G .G P G F .DR G P G F .DR G P S N.T .A P D .A N P S - P G D : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 223 225 (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam E GEN NS2 a Nucleotide Dk-VN-QT80 DK-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 ATGGATTCCAACACTGTGTCAAGCTTTCAGGACATACTAGGGAGGATGTCAAAAATGCAATTGGCGTCCTCATCGGAGGACTTGAATGGAATGATAACACAG T T T T T T T G.T .T T G.T T G.T T G.T .T G.T .T GAT .G A G G.T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 Dk-VN-QT80 DK-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 120 * 140 * 160 * 180 * 200 TTAGGATCTCTGAAACTATACAGAGATTCGCTTGGAGAAGCAGTGATGAGGGTGGGAGACTTCCACTCCCTCCAAATCAGAAACGGAAAATGGCGAGAACAA .G .G .G .G .G .G C G A .A .T C G A .G C G C G C G .G C.AG A.A C.AG A.A C.AG G C AA C T C C G A : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 Dk-VN-QT80 DK-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 220 * 240 * 260 * 280 * 300 TTGAGTCAGAGGTTTGAAGAAATAAGGTGGCTGATTGAAGAAGTACGACATAGATTGAAAATTACAGAAAACAGCTTCGAACAGATAACGTTCATGCAAGCC A A A .T A AA T .T A .T A .T A .T A .T A .T A A T A .T A .T .G A A T A .T .G A .C .T .G A .C .T T.A .G .T T A .T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 306 306 306 306 306 306 306 306 306 306 306 306 306 306 306 306 306 306 306 306 306 306 Dk-VN-QT80 DK-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 320 * 340 * 360 TTACAACTACTGCTTGAAGTGGAGCAAGAGATAAGAGCCTTCTCGTTTCAGCTTATTTAA .A C G G A : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 366 366 366 366 366 366 366 366 366 366 366 366 366 366 366 366 366 365 366 366 366 366 (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam b Amino acid Dk-VN-QT80 DK-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 MDSNTVSSFQDILGRMSKMQLASSSEDLNGMITQLGSLKLYRDSLGEAVMRVGDFHSLQIRNGKWREQLSQRFEEIRWLIEEVRHRL K .V .K K V .K V .K V .K V F K V .K V F T .M F K V F M K V F K V F K V F G.K V .K V FE .I .G.K V FE .I .G.K M .GY RFE .M L T HK V F M K Dk-VN-QT80 DK-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 100 * 120 KITENSFEQITFMQALQLLLEVEQEIRAFSFQLI .M.T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam Phụ lục 3: Mối quan hệ nguồn gốc phả hệ chủng Dk-VN-QT800 Dk-VN-QT1603 với chủng cúm A/H5N1 Việt Nam giới dựa thành phần aminoacid chƣơng trình MEGA 4.0 A GEN M1 VÀ M2 M1 A-Hubei-1-2010-CY098761 M2 Clade 2.3.2.1 Eurasian-eagle-owl-KP-Q133-2011-JN808066 66 Amino acid Amino acid Water-Hunan-7-2009-CY098856-M1 Dk-Hokkaido-WZ101-2010-AB612912 48 Dk-Hokkaido-WZ83-2010-AB612904 Eurasian-eagle-owl-HK-Q133-2011-JN808066 49 Ck-Jiangsu-k0402-2010-JQ638675 A-VN-UT31239-2007-HM114556 30 Clade 2.3.2 Md-VN-1455-2006-CY029538 Ck-Jiangsu-k0402-2010-JQ638675 Clade 2.3.4 47 A-VN-UT31239-2007-.HM114556.txt Great-crested-grebe-Qinghai-2009-CY06332 Clade 2.3.2 Little-egret-HK-8863-2007-CY036208 EVM-Hunan-3-2011-JX576787-M1 Water-Hunan-7-2009-CY 098856 DK-VN-QT800-2011 Md-VN-LBM113-2012-AB742258 Md-VN-LBM132-2012-AB742266-M1 64 Md-Vietnam-1455-2006-CY029538 Black-crowned-heron-HK-659-2008-CY036232 Dk-VN-208-2005-EU930941 Water-Xinjiang-2009-CY098833 Dk-Hokkaido-WZ83-2010-AB612904 Grey-heron-HK-1046-2008-CY036248 Dk-Hokkaido-WZ101-2010-AB612912 Black-crowned-heron-HK-659-2008-CY036232 Md-VN-LBM132-2012-AB742266 51 Water-Xinjiang-2009-CY098833 81 14 Clade 2.3.2.1 Clade 2.3.4 DK-VN-QT1603-2011 Little-egret-HK-8863-2007-CY036208 Dk-VN-QT800-2011 EVM-Hunan-3-2011-JX576787 Dk-VN-208-2005-EU930941 A-VN-HN31388-2007-HM114588 Clade 2.3.2.1 45 Grey-heron-HK-1046-2008-CY036248 Ck-Hunan-2008-GU182162 Clade 2.3.2 Ck-Hunan-2008-GU182162 Water-Hebei-2009-CY098777 0.0005 Great-crested-Qinghai-2009-CY063321 A-VN-HN31388M1-2007-HM114588 Md-VN-LBM113-2012-AB742258 11 Dk-VN-QT1603-2011 40 A-Hubei-1-2010-CY098761 Water-Hebei-2-2009-CY098777 Clade 2.3.2 0.002 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam Clade 2.3.2.1 (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam (LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).phan.tich.dac.diem.sinh.hoc.phan.tu.gen.NP gen.NS.cua.mot.so.chung.virus.cum.a.h5n1.moi.xuat.hien.nam.2011.tai.viet.nam
Ngày đăng: 21/12/2023, 04:51
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