(LUẬN văn THẠC sĩ) điều tra ca bệnh melioidosis trên lâm sàng và nghiên cứu sự phân bố của vi khuẩn burkholderia pseudomallei ngoài môi trường ở bắc miền trung việt nam

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN Hoàng Sỹ Tiếp ĐIỀU TRA CA BỆNH MELIOIDOSIS TRÊN LÂM SÀNG VÀ NGHIÊN CỨU SỰ PHÂN BỐ CỦA VI KHUẨN BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI NGỒI MƠI TRƯỜNG Ở BẮC MIỀN TRUNG VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SỸ KHOA HỌC Hà Nội - 2017 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN Hoàng Sỹ Tiếp ĐIỀU TRA CA BỆNH MELIOIDOSIS TRÊN LÂM SÀNG VÀ NGHIÊN CỨU SỰ PHÂN BỐ CỦA VI KHUẨN BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI NGỒI MƠI TRƯỜNG Ở BẮC MIỀN TRUNG VIỆT NAM Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã số: 60420107 LUẬN VĂN THẠC SỸ KHOA HỌC Cán hướng dẫn: TS Trịnh Thành Trung TS Phạm Đức Ngọc Hà Nội - 2017 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com LỜI CẢM ƠN Trong trình thực đề tài luận văn, xin gửi lời cảm ơn chân thành tới TS Trịnh Thành Trung, Ths Bùi Nguyễn Hải Linh toàn cán Viện Vi Sinh Vật Công nghệ sinh học - Đại học Quốc gia Hà Nội (IMBT) tận tình hướng dẫn giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi để tơi hồn thành đề tài luận văn tốt nghiệp Đồng thời, muốn gửi lời cảm ơn tới TS Phạm Đức Ngọc quý thầy cô môn Vi sinh vật - Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Hà Nội động viên hỗ trợ nhiều qua trình thực Ngồi ra, tơi muốn cảm ơn người bạn, người sát cánh bên tơi lúc khó khăn giúp tơi vượt qua để hoàn thành luận văn cách tốt Với lịng biết ơn sâu sắc, tơi ln biết ơn ghi nhớ giúp đỡ quý báu Hà Nội, ngày tháng năm 2017 Học viên Hoàng Sỹ Tiếp TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com MỤC LỤC DANH MỤC HÌNH DANH MỤC BẢNG CÁC KÝ HIỆU VIẾT TẮT MỞ ĐẦU Chương 1- TỔNG QUAN 1.1.Giới thiệu bệnh melioidosis 1.1.1 Lịch sử nghiên cứu 1.1.2 Dịch tễ học 1.1.3 Con đường lây nhiễm 1.1.4 Đặc điểm lâm sàng 10 1.1.5 Chuẩn đoán 12 1.1.6 Điều trị lâm sàng 14 1.2 Chi Burkholderia 15 1.2.1 Giới thiệu chi Burkholderia 15 1.2.2 Vi khuẩn Burkholderia pseudomallei 18 CHƯƠNG II - VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 23 2.1 Nguyên vật liệu 23 2.1.1 Mẫu bên ngồi mơi trường 23 2.1.2 Chủng vi sinh vật 23 2.2 Hóa chất, thiết bị 24 2.2.1 Hóa chất 24 2.2.2 Thiết bị 24 2.2.3 Môi trường nuôi cấy sử dụng 24 2.3 Phương pháp nghiên cứu 25 2.3.1 Điều tra ca bệnh lâm sàng 25 2.3.2 Thu thập mẫu đất ngồi mơi trường 25 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam 2.3.3 Phương pháp tách chiết ADN từ mẫu đất 26 2.3.4 Phương pháp phát vi khuẩn B pseudomallei realtime PCR 26 2.3.5 Phương pháp nuôi cấy để phát vi khuẩn B pseudomallei từ mẫu đất 27 2.3.6 Multilocus sequence typing (MLST) 27 CHƯƠNG III - KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 30 3.1 Điều tra ca bệnh melioidosis lâm sàng Bắc Miền Trung Việt Nam tháng 06 - 12/2015 30 3.1.1 Số lượng ca bệnh thông tin nhân học 31 3.1.2 Đặc điểm lâm sàng điều trị 33 3.1.3 Phân bố nơi cư trú bệnh nhân 36 3.2 Điều tra phân bố vi khuẩn Burkholderia pseudomallei ngồi mơi trường 36 3.2.1 Bản đồ phân bố vi khuẩn phát kỹ thuật realtime PCR 36 3.2.2 Bản đồ phân bố vi khuẩn phát phương pháp nuôi cấy 42 3.3 Phân tích dịch tễ học phân tử 43 3.3.1 Phân tích Multilocus sequence typing (MLST) 43 3.3.2 Mối quan hệ kiểu gen chủng B pseudomallei Bắc Miền Trung Việt Nam khu vực khác giới 45 KẾT LUẬN 49 KIẾN NGHỊ VÀ ĐỀ XUẤT 50 TÀI LIỆU THAM KHẢO 51 PHỤ LỤC 54 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam DANH MỤC HÌNH Trang Hình 1.1 Sự phân bố vi khuẩn B pseudomallei vị trí ca bệnh melioidosis theo liệu thu từ 1910 - 2014 Hình 1.2 Hình thức nhiễm bệnh thông qua tiếp xúc với nguồn đất nước chứa B pseudomallei Hình 1.3 Tổn thương quan vi khuẩn B pseudomallei gây 12 Hình 1.4 Phản ứng dương tính với oxidase chủng vi khuẩn 13 Burkholderia pseudomallei Hình 1.5 Đặc tính sinh học vi khuẩn B pseudomallei 13 Hình 1.6 Hình thái khuẩn lạc vi khuẩn Burkholderia pseudomallei BG 14 02 sau ngày nuôi cấy 37°C môi trường Ashdown Agar Hình 1.7 Cây phân loại dựa trình tự rARN 16S loài thuộc chi 17 Burkholderia Hình 1.8 Hình thái tế bào vi khuẩn B pseudomallei 19 Hình 1.9 Hình thái khuẩn lạc vi khuẩn Burkholderia pseudomallei mơi 19 trường Ashdown Agar Hình 1.10 Sự xâm nhập sinh trưởng Burkholderia pseudomallei nội bào 21 Hình 2.1 Bản đồ vị trí mẫu đất thu thập tỉnh thuộc Bắc Miền Trung Việt 23 Nam vào tháng 09 năm 2016 TIEU LUAN MOI download 1: skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam Hình 3.1 Biểu đồ thể số lượng ca bệnh xét nghiệm chuẩn đoán 31 nhiễm bệnh melioidosis bệnh viện tham gia khảo sát từ 06 – 12/2015 Hình 3.2 Biểu đồ nghề nghiệp bệnh nhân nhiễm bệnh melioidosis 32 Bắc Miền Trung Việt Nam Hình 3.3 Biểu đồ độ tuổi bệnh nhân nhiễm bệnh melioidosis Bắc Miền 32 Trung Việt Nam Hình 3.4 Biểu đồ thể số lượng ca bệnh xuất tháng 33 khoảng từ - 12/2015 Hình 3.5 Bản đồ phân bố ca bệnh melioidosis tỉnh Bắc Miền Trung 37 Việt Nam theo báo cáo bệnh viện tham gia trình khảo sát dựa thơng tin địa bệnh nhân Hình 3.6 Hình ảnh mơi trường chọn lọc Ashdown Agar cấy trải dịch 40 làm giàu lần với mơi trường Galimand Broth biến đổi Hình 3.7 Số lượng điểm dương tính tương ứng với số mẫu dương tính 41 điểm lấy mẫu theo phương pháp phát kỹ thuật realtime PCR Hình 3.8 Bản đồ phân bố vi khuẩn B pseudomallei đất dựa kết 41 realtime PCR tỉnh thuộc Bắc Miền Trung Việt Nam Hình 3.9 Bản đồ phân bố vi khuẩn B pseudomallei đất nông nghiệp tỉnh thuộc Bắc Miền Trung Việt Nam dựa kết nuôi cấy TIEU LUAN MOI download 2: skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam 42 (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam Hình 3.10 Số lượng điểm dương tính tương ứng với số mẫu dương tính 43 điểm lấu mẫu theo phương pháp phát kỹ thuật ni cấy Hình 3.11 Tổ hợp dịng (Clonal Complex) B.pseudomallei toàn 46 giới xác định goeBURST Hình 3.12 Sự phân bố ST có nguồn gốc từ Việt Nam (A, B, C, D) bên cạnh phân bố ST thuộc vùng khác Australia, Thái Lan TIEU LUAN MOI download 3: skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam 48 (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam DANH MỤC BẢNG Trang Bảng 1.1 Ước tính số ca bệnh melioidosis năm 2015 Bảng 2.1 Trình tự mồi kích thước mảnh gen khuếch đại 28 Bảng 3.1 Thông tin lâm sàng ca bệnh Bắc Miền Trung Việt Nam 34 Bảng 3.2 Giá trị Ct mẫu đất dương tính giai đoạn làm giàu 37 Bảng 3.3 Kết phân tích Multilocus sequence typing (MLST) 44 TIEU LUAN MOI download 4: skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam CÁC KÝ HIỆU VIẾT TẮT Bcc: Burkholderia cepacia complex CF: Cystic fibrosis (Chứng xơ nang) CDC: U.S Centers for Disease Control and Prevention MALDI-TOF MS: Matrix - assisted laser desorption/ionization of time - of - flight mass spectrometry MHA: Mueller Hinton Agar CLSI: The Clinical & Laboratory Standards Institute TSB: Tryptone Soya Broth MRI: Magnetic Resonnace Imaging TTSS1: The type three secretion system ADN: Acid deoxyribonucleic ARN:Acid ribonucleic TBSS - C50: Threonine-basal salt solution plus colistin at 50 mg/liter ST: Sequence Type MLST: Multilocus Sequence Typing TIEU LUAN MOI download 5: skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam D Chú thích: Australia Thái Lan Việt Nam Khác Hình 3.12 Sự phân bố ST có nguồn gốc từ Việt Nam (A, B, C, D) bên cạnh phân bố ST thuộc vùng khác Australia, Thái Lan TIEU LUAN MOI download 48: skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam KẾT LUẬN Bệnh melioidosis phân bố không đồng tỉnh Bắc Miền Trung Việt Nam Vùng dịch bệnh chủ yếu tập trung tỉnh Nghệ An Hà Tĩnh Cẩm Xuyên Can Lộc huyện có nhiều bệnh nhân nhiễm bệnh melioidosis Melioidosis có biểu lâm sàng đa dạng, phổ biến nhiễm khuẩn huyết viêm phổi, có tỷ lệ tử vong cao Bệnh gặp trẻ nhỏ người già, đặc biệt người trung tuổi có bệnh tiểu đường có nguy nhiễm bệnh cao Vi khuẩn B.pseudomallei tìm thấy đất trồng lúa tỉnh Bắc Miền Trung Việt Nam Tần suất bắt gặp cao huyện Cẩm Xuyên tỉnh Hà Tĩnh, huyện Bố Trạch tỉnh Quảng Bình huyện Vĩnh Linh tỉnh Quảng Trị Các chủng vi khuẩn B.pseudomallei thu thập Bắc Miền Trung Việt Nam đa dạng kiểu gen có quan hệ gần gũi với chủng khu vực đặc biệt Thái Lan Kiểu gen thường gặp chủng phân lập lâm sàng ngồi mơi trường ST 41 Trong 33 chủng B.pseudomallei phân lập Bắc Miền Trung Việt Nam có chủng phát mang gen lipA B pseudomallei NA18 phát Nghệ An, có 12 chủng có kiểu gen ST ST 1563, ST 1564, ST 1565, ST 1566, ST 1567,ST 1568, ST 1569, ST 1570, ST 1571, ST 1572, ST 1573 ST 1574 TIEU LUAN MOI download 49: skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam KIẾN NGHỊ VÀ ĐỀ XUẤT Thực nghiên cứu ca bệnh lâm sàng phân bố vi khuẩn B pseudomallei ngồi mơi trường khu vực cịn lại Việt Nam Thiết lập đồ dịch tễ học, xây dựng mạng lưới bệnh melioidoisis đầy đủ toàn diện đất nước Việt Nam Nghiên cứu ảnh hưởng tác nhân môi trường mùa, yếu tố sinh lý, sinh hóa đến tồn diện vi khuẩn B pseudomallei đất nông nghiệp Việt Nam TIEU LUAN MOI download 50: skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Anh Chandni R., (2012), “Melioidosis: The Great Mimicker”, Infectious Diseases, 5, pp 14-18 Chantratita N et al, (2007), “ Biological relevance of colony morphology and phenotypic switching by Burkholderia pseudomallei”, J Bacteriol, 189(3), pp 807 – 817 Cheng A C., Currie B J., (2005), “Melioidosis: Epidemiology, Pathophysiology and Management”, Clinical Microbiology Reviews, 18(2), pp 383 – 416 Currie B J., Kaestli M., (2016), “A global picture of melioidosis”, Nature, 529 (21), pp 290 -291 Depoorter E., Bull M J., Peeters C., Coenye T., Vandamme P., Mahenthiralingam E., (2016), “Burkholderia: an update on taxonomy and biotechnological potential as antibiotic producers”, Applied Microbiology and Biotechnology, 100(12), pp 5215-5229 Foong Y.C., Tan M., Bradbury R S., (2014), “Melioidosis: a review”, Rural and Remote Health, 14, pp 2763 Francisco A P et al, (2012), “PHYLOViZ: phylogenetic inference and data visualization for sequence based typing methods”, BMC Bioinformatics, 13, pp 87 Francisco A P et al, (2009), “Global optimal eBURST analysis ofmultilocus typing data using a graphic matroid approach”, BMC Bioinformatics, 10, pp 152 Hodgson K., Engler C., Govan B., Ketheesan N., Norton R., (2009), “Comparison of routine bench and molecular diagnostic methods in identification of Burkholderia pseudomallei”, Journal of Clinical Microbiology, 47(5), pp 1578-1580 TIEU LUAN MOI download 51: skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam 10 Inglis T J J., Sagripanti J L., (2006), “Environmental Factors That Affect the Survival and Persistence of Burkholderia pseudomallei”, Applied and Environmental Microbiology, 72(11), pp 6865-6875 11 Kim S W., Kwon G Y., Kim B., Kwon D., Shin J., Bae G R., (2015) “Imported Melioidosis in South Korea: A Case Series with a Literature Review”, Osong Public Health Res Perspect, 6(6), pp 363-368 12 Kingsley P V., Leader M., Nagodawithana N S., Tipre M., Sathiakumar N., (2016), “Melioidosis in Malaysia: A review of Case Reports”, Public Library Of Science Neglected Tropical Diseases, 10(12), pp 5182 13 Limmathurotsakul D., Wuthiekanun V., Chantratita N., Wongsuvan G., Amornchai P., Day N P J., Peacock S J., (2010), “Burkholderia pseudomallei Is Spatially Distributed in Soil in Northeast Thailand”, PLoS Neglected Tropical Diseases, 4(6), pp 694 14 Limmathurotsakul D., Peacock S J., (2011), “Melioidosis: a clinical overview”, British Medical Bulletin, 99, pp 125-139 15 Limmathurotsakul D et al, (2013), “Systematic Review and Consensus Guidelines for Environmental Sampling of Burkholderia pseudomallei”, PLoS Neglected Tropical Diseases, 7(3), pp 2105 16 Limmathurotsakul D., Golding N., Dance D A B., Messina J P., Pigott M., Moyes C L., Rolim D B., Bertherat E., Day N P J., Peacock S J., Hay S I., (2016), “Predicted global distribution of Burkholderia pseudomalleiand burden of melioidosis”, Nature Microbiology, 1, pp 1-5 17 Parry C M., Wuthiekanun V., Hoa N T., Diep T S., Thao L T., Loc P V et al, (1999), “Melioidosis in Southern Vietnam: clinical surveillance and environmental sampling”, Clinical Infectious Diseases, 29(5), pp 1323-1326 18 Payne G W., Vandamme P., Morgan S H., Lipuma J J., Coenye T., Weightman A J., et al, (2005), “Development of a recA gene-based identification approach for the entire Burkholderia genus”, Applied and environmental microbiology, 71(7), pp 3917-3927 19 Phuong D M., Trung T T., Breitbach K., Tuan N Q., Nubel U., Flunker G., Khang D D., Quang N X., Steinmetz I., (2008), “Clinical and microbiological TIEU LUAN MOI download 52: skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam features of melioidosis in northern Vietnam”, Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene, 102(1), pp 30-36 20 Sprague L D., Neubauer H., (2004), “Melioidosis in Animals: A Review on Epizootiology, Diagnosis and Clinical Presentation”, Journal of Veterinary Medical Science, 51, pp 305 – 320 21 Stone J K., DeShazer D., Brett P J., Burtnick M N., (2014), “Melioidosis: Molecular Aspects of Pathogenesis”, Expert Review of Anti-infective Therapy, 12(12), pp 1487-1499 22 Trung T T., Hetzer A., Topfstedt E., Göhler A., Limmathurotsakul D., Wuthiekanun V., Peacock S J., Steinmetz I, (2011), “Improved culture -based detection and quantification of Burkholderia pseudomallei from soil”, Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene, 105, pp 346-351 23 Trung T T., Hetzer A., Goăhler A., Topfstedt E., Wuthiekanun V., Limmathurotsakul D., Peacock S J., Steinmet I., (2011), “Highly Sensitive Direct Detection and Quantification of Burkholderia pseudomallei Bacteria in Environmental Soil Samples by Using Real-Time PCR”, Applied and Environmental Microbiology, 77(18), pp 6486-6494 24 Turner P et al, (2016), “A retrospective analysis of melioidosis in Cambodian children, 2009–2013”, BMC Infectious Diseases, 16, pp 688 25 Willcocks S J., Denman C C., Atkins H S., Wren B W., (2016), “Intracellular replication of the well-armed pathogen Burkholderia pseudomallei”, Current Opinion in Microbiology, 29, pp 94-103 26 Wiersinga W J., Currie B J., Peacock S J., (2012), “Melioidosis”, The New England journal of medicine, 367(11), pp 1035-1044 27 Woods D E., Sokol P A., (2006), “The Genus Burkholderia”, Prokaryotes, 5, pp 848-860 Website 28 http://www.internationales-buero.de/en/renomab.php TIEU LUAN MOI download 53: skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam PHỤ LỤC Cơng trình nghiên cứu có liên quan đến luận văn T.T Trinh, T.S Hoang, D.A Tran, V.T Trinh, A Göhler, T.T Nguyen, S.N Hoang, R Krumkamp, L.T.N Nguyen, J May, P.M Doan, C.D Do, T.A Que, I Steinmetz (2017), “A Simple Laboratory Algorithm for Diagnosis of Melioidosis in Resource-Constrained Areas: A Study from North Central Vietnam”, Clinical Microbiology and Infection Phiếu điều tra bệnh nhân nhiễm bệnh Whitmore TIEU LUAN MOI download 54: skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam Clinical Microbiology and Infection xxx (2017) 1.e1e1.e4 Contents lists available at ScienceDirect Clinical Microbiology and Infection journal homepage: www.clinicalmicrobiologyandinfection.com Research note A simple laboratory algorithm for diagnosis of melioidosis in resource-constrained areas: a study from north-central Vietnam € hler 4, T.T Nguyen 5, S.N Hoang 6, T.T Trinh 1, *, T.S Hoang 1, D.A Tran 2, V.T Trinh 3, A Go 7, 7, R Krumkamp , L.T.N Nguyen , J May , P.M Doan 10, C.D Do 10, T.A Que 2, I Steinmetz 4, 11 1) Institute of Microbiology and Biotechnology, Vietnam National University, Hanoi, Viet Nam General Hospital of Nghe An Province, Viet Nam General Hospital of Ha Tinh Province, Viet Nam 4) Friedrich Loeffler Institute for Medical Microbiology, Greifswald, Germany 5) General Hospital of Quang Binh Province, Viet Nam 6) General Hospital of Quang Tri Province, Viet Nam 7) Bernhard Nocht Institute for Tropical Medicine, Hamburg, Germany 8) German Centre for Infection Research (DZIF), Hamburg-Borstel-Lübeck, Germany 9) Hue Central Hospital, Hue, Viet Nam 10) Bach Mai Hospital, Hanoi, Viet Nam 11) Institute of Hygiene, Microbiology and Environmental Medicine, Medical University of Graz, Graz, Austria 2) 3) a r t i c l e i n f o a b s t r a c t Article history: Received 12 April 2017 Received in revised form 26 June 2017 Accepted 26 July 2017 Available online xxx Objectives: Melioidosis may be endemic in many tropical developing countries, but diagnosis of the disease is currently unreliable in resource-limited areas We aimed to validate a simple and cheap laboratory algorithm for the identification of Burkholderia pseudomallei from clinical specimens in parts of Vietnam where the disease has not previously been reported Methods: In June 2015, we conducted training courses at five general hospitals in north-central provinces in order to raise awareness of the disease and to introduce a simple and cheap laboratory identification algorithm for B pseudomallei including the three-antibiotic disc test Results: Until the end of the year (7 months later), 94 suspected B pseudomallei strains resistant to gentamicin and colistin but sensitive to amoxicillin/clavulanic acid were detected in clinical specimens from 70 patients All strains were further confirmed as B pseudomallei by using a specific TTSS1 real-time PCR assay and recA sequencing analysis Among positive blood cultures, positive rates with B pseudomallei ranged from 3.4% (5/147) to 10.2% (32/312) in the various clinics A total of 82.8% (58/70) patients were bacteraemic, with a mortality of 50% (18/36) among patients with known outcome No death occurred in nonbacteraemic patients Conclusions: Our results demonstrate that the introduction of a simple and easy-to-perform laboratory algorithm for the identification of B pseudomallei from clinical samples, together with clinical awareness raising, can lead to the diagnosis of a significant number of melioidosis cases in resource-limited clinical laboratories which previously did not identify the pathogen T.T Trinh, Clin Microbiol Infect 2017;▪:1 © 2017 European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases Published by Elsevier Ltd All rights reserved Editor: G Greub Keywords: Burkholderia pseudomallei Diagnosis Epidemiology Melioidosis North-central Vietnam Introduction * Corresponding author T T Trinh, Department of Vietnam Type Culture Collection, Institute of Microbiology and Biotechnology, Vietnam National University, 144 Xuan Thuy, Cau Giay, Hanoi, Viet Nam E-mail address: tttrung@vnu.edu.vn (T.T Trinh) Melioidosis is a life-threatening infectious disease of the tropics and subtropics caused by the soil bacterium Burkholderia pseudomallei The overall case fatality rate for the disease can reach 40% even if drugs of choice are provided; the fatality rate can be up to 80% if diagnosis is not performed accurately and subsequent http://dx.doi.org/10.1016/j.cmi.2017.07.029 1198-743X/© 2017 European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases Published by Elsevier Ltd All rights reserved Please cite this article in press as: Trinh TT, et al., A simple laboratory algorithm for diagnosis of melioidosis in resource-constrained areas: a study from north-central Vietnam, Clinical Microbiology and Infection (2017), http://dx.doi.org/10.1016/j.cmi.2017.07.029 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam 1.e2 T.T Trinh et al / Clinical Microbiology and Infection xxx (2017) 1.e1e1.e4 antibiotic treatment is not appropriate [1] Because of diverse clinical presentations, diagnosis of melioidosis has to rely on the identification of B pseudomallei in the laboratory, with a positive culture of B pseudomallei from clinical specimens as the reference standard [2] B pseudomallei is a Gram-negative, oxidase-positive bacillus resistant to gentamicin (although susceptible isolates occur [3]) and colistin, but susceptible to amoxicillin/clavulanic acid The currently recommended diagnosis includes biochemical tests such the API 20NE test and emphasizes the need for specific antibodybased agglutination or lateral flow assays for B pseudomallei confirmation [1] The in-house preparation and additional introduction of currently recommended selective media such as Ashdown agar and costly biochemical identification systems in the daily routine may comprise a major barrier for the detection of B pseudomallei in clinical specimens in many potential endemic areas Moreover, antibody-based tests are not widely available Recently it has been predicted that melioidosis can cause disease in 165 000 people, with 89 000 deaths worldwide [4] In northeast Thailand, the disease is known to be a major cause of community-acquired septicaemia and is classified as the third most common cause of death from infectious diseases [5,6] Although north-central Vietnam is located in the same geographical belt of the tropics as northeast Thailand and is adjacent to Laos, where melioidosis cases have been increasingly detected [7], the disease has not yet been reported from this part of Vietnam Limited resources, lack of laboratory expertise and lack of clinical awareness are likely the main factors responsible for possible underreporting To overcome these problems, we introduced a simple laboratory algorithm for the identification of B pseudomallei accompanied by teaching clinical presentations of melioidosis in five clinical laboratories and hospitals in north-central Vietnam Methods From to 19 June 2015, lectures and hands-on training workshops on melioidosis were conducted at four provincial general hospitals of Nghe An, Ha Tinh, Quang Binh and Quang Tri, as well as one central hospital in Hue city These hospitals serve an area of 40 327 km2 with a population of 6.6 million (Supplementary Table S1) The lectures were orientated towards possible clinical presentations of the disease in order to raise awareness amongst local clinicians Because studies from other endemic areas showed an increased number of melioidosis cases after heavy rainfall [8,9], the training was started before the rainy season In order to achieve maximum adherence to the protocol in those resource-limited settings, we focused on the introduction to laboratory staff of a simple and comprehensible laboratory algorithm for the presumptive identification of B pseudomallei from clinical samples All samples were taken as part of routine clinical care and decisions Blood cultures were routinely subcultured on Columbia blood agar Pus, sputum, urine and body fluids were directly cultured on MacConkey agar, chocolate agar and chromogenic media After 48 hours' incubation at 37
C, single bacterial colonies with a metallic-sheen appearance were subjected to cytochrome oxidase testing and Gram staining Oxidase-positive, Gram-negative bacilli were then tested for susceptibility against antibiotic discs of gentamicin (10 mg), colistin (10 mg) and amoxicillin/clavulanic acid (20/10 mg) according to Clinical and Laboratory Standards Institute recommendations Interpretation was based on zone diameter interpretive standards for Pseudomonas aeruginosa and Enterobacteriaceae [10,11] Suspected B pseudomallei strains were defined as oxidase-positive, Gram-negative bacilli, resistant to gentamicin and colistin but sensitive to amoxicillin/clavulanic acid (zone diameter, 21e26 mm) For final identification, strains were transferred to the Institute of Microbiology and Biotechnology in Hanoi, where B pseudomalleiespecific TTSS1 real-time PCR assay [12] and recA sequence analysis using BUR1 and BUR2 primers [13] were performed The study was approved by the research ethics committee of Bach Mai Hospital (1004/QD-BM 2014), a large referral hospital in Hanoi and a subordinate unit of the Ministry of Health The study aimed to increase the quality of melioidosis diagnoses during routine clinical care and decisions through training measures Informed consent of patients was not required The participating hospitals signed agreements to take part in the study Results By using this laboratory algorithm from June to December 2015 (7 months), 94 suspected B pseudomallei strains were detected from the clinical specimens of 70 patients All strains were confirmed by TTSS1 real-time PCR and showed a recA gene sequence identical to that of B pseudomallei K96243 Seventy-six B pseudomallei strains (80.9%) were isolated from blood, six (6.4%) from pus, five (5.3%) from sputum, two (2.1%) from urine and five (5.3%) from other body fluids (n ¼ cerebrospinal fluid, n ¼ pleural fluid, n ¼ bronchial washes, n ¼ synovial fluid) Of 1097 positive blood cultures obtained during the study, 76 samples (6.9%) were positive for B pseudomallei Positivity rates ranged from 3.4% (5/147) to 10.2% (32/312) among communities (Supplementary Table S1) From the 70 melioidosis patients, most cases (n ¼ 48; 68.6%) were admitted during September, October and November, with a peak (n ¼ 23; 32.9%) in October (Supplementary Fig S1) Twenty-three patients (32.9%) were diagnosed at the provincial general hospital of Nghe An, 27 patients (38.6%) at Ha Tinh, six patients (8.6%) at Quang Binh, five patients (7.1%) at Quang Tri and nine patients (12.9%) at the central hospital of Hue city Assuming that the patients' residential address is most likely the place where infection was acquired, mapping the patient's home addresses revealed 32 cases (45.7%) in Ha Tinh province (Fig 1) Fifty-eight patients (82.9%) had blood culture samples positive for B pseudomallei (Table 1) Of those, 29 patients (50.0%) had documented intravenous treatment with at least one of the currently recommended antibiotics for severe melioidosis, namely ceftazidime, meropenem or imipenem [14] In the remaining 29 (50%), treatment was either not adequate or treatment data were not available Outcome of 19.0% (11/58) patients was not recorded A total of 19.0% (11/58) of patients presenting with severe sepsis was transferred to other hospitals, with unknown outcome Of all blood cultureepositive patients with known outcome, 50.0% (18/ 36) of the patients died, and six deaths occurred within 48 hours after admission Fifty percent (18/36) of the patients with known outcome recovered Among patients with known outcome, 29% (5/ 17) died when receiving adequate treatment A total of 37.5% (3/8) patients died with inadequate treatment, and 90% (10/11) of patients with unavailable treatment data died Of the 12 nonbacteraemic patients, 11 patients (91.7%) received ceftazidime, meropenem or amoxicillin/clavulanic acid All patients recovered (Table 1) Discussion Although the first case of melioidosis was described more than a century ago, the disease is likely to be underreported in many parts of the world Most clinical microbiology laboratories in potential endemic areas are resource limited We therefore simplified the diagnostic procedure by teaching typical morphology characteristics of B pseudomallei on different routine agar media and by introducing a simple bacterial identification including the three- Please cite this article in press as: Trinh TT, et al., A simple laboratory algorithm for diagnosis of melioidosis in resource-constrained areas: a study from north-central Vietnam, Clinical Microbiology and Infection (2017), http://dx.doi.org/10.1016/j.cmi.2017.07.029 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam T.T Trinh et al / Clinical Microbiology and Infection xxx (2017) 1.e1e1.e4 1.e3 Fig Geographical distribution map based on home addresses of melioidosis patients diagnosed in north-central Vietnam, June to December 2015 Dots indicate homes of patients Asterisks indicate locations of five general hospitals, with their names indicated Map constructed by MapInfo 7.8 (MapInfo, Troy, NY, USA) antibiotic disc test This approach proved to be highly specific in this context, because all 94 oxidase-positive, Gram-negative bacilli with gentamicin and colistin resistance but amoxicillin/clavulanic sensitivity were confirmed as B pseudomallei using molecular methods Following this simple laboratory algorithm, three general hospitals of Ha Tinh, Quang Binh and Quang Tri in which B pseudomallei had never before been identified were detected 38 (54.3%) of the 70 melioidosis cases within months The remaining 32 cases (45.7%) detected in the other two hospitals of Nghe An and Hue represent a considerable increase compared to the previous laboratory reports of fewer than five cases per year in each hospital Most affected patients were admitted during the time of seasonal rainfall, with a peak in October Clinical presentations, risk factors and the high mortality of melioidosis cases (18/36, 50.0%, of cases with known outcome) in this study are consistent with other endemic areas, where septicaemia with pneumonia are the most common clinical presentation The same is true for diabetes [5], which was frequently observed in melioidosis patients (19/70) In our study group, 10% of patients with melioidosis were children, including cases of suppurative parotitis, as reported from other endemic areas of Southeast Asia [15] It has been predicted that B pseudomallei is likely to be present in the environment throughout Vietnam, and melioidosis is probably highly endemic [4] To date most cases of melioidosis in Vietnam have been reported from the north and south of the country rather than the central region [9,16] To our knowledge, this is the first report of a series of melioidosis cases detected in northcentral Vietnam Limitations of our study include the fact that the high proportion of patients with positive blood cultures is probably the result of the nonuse of selective media Such media would have possibly increased the detection of B pseudomallei from nonsterile Please cite this article in press as: Trinh TT, et al., A simple laboratory algorithm for diagnosis of melioidosis in resource-constrained areas: a study from north-central Vietnam, Clinical Microbiology and Infection (2017), http://dx.doi.org/10.1016/j.cmi.2017.07.029 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam 1.e4 T.T Trinh et al / Clinical Microbiology and Infection xxx (2017) 1.e1e1.e4 Table Demographic data, clinical presentations, risk factors and outcomes in 70 melioidosis patients diagnosed in north-central Vietnam from June to December 2015 Characteristic Demographic information Age (years) Mean ± SD Range Children (aged 15 years) Male sex Rice occupation Organ involvementa Lungs Skin and soft tissue Genitourinary tract Bone and joint Lymph nodes Suppurative parotitis Central nervous system Middle ear Liver Kidney Prostatitis Known risk factors Diabetes Chronic lung disease Chronic renal disease Chronic liver disease Immunosuppressive drug use Alcoholism Malignancy Outcomes Recovery overall Recovery in cases with known outcome Death overall Death in cases with known outcome Unknown Total (n ¼ 70) Septicaemia (n ¼ 58) No septicaemia (n ¼ 12) 43.6 ± 19.5 1e90 (10.0%) 46.0 ± 18.2 1e90 33.8 ± 25.0 3e79 47 (67.1%) 43 (61.4%) 37 36 10 26 (55.3%) (14.9%) (6.4%) (4.3%) (4.3%) (4.3%) (2.1%) (2.1%) (2.1%) (2.1%) (2.1%) 22 1 1 2 0 0 19 (54.3%) (11.4%) (8.6%) (5.7%) (11.4%) 18 3 1 2 (5.7%) (2.9%) 1 30/70 (42.9%) 30/48 (62.5%) 18/58 (31.0%) 18/36 (50.0%) 12/12 (100%) d 18/70 (25.7%) 18/48 (37.5%) 18/58 (31.0%) 18/36 (50.0%) d 22/70 (31.4%) 22/58 (37.9%) Acknowledgement We thank N N Minh for his help in constructing the map of patient's homes Transparency declaration a Four patients had multiple organ involvement: one had prostatitis and renal abscess, and three others had pneumonia with skin abscess samples such as sputum, throat and wound swabs, resulting in the detection of more localized infections Furthermore, follow-up studies of the melioidosis patients were not carried out after their hospital discharge or transfer, making it hard to determine the true mortality rate and the effectiveness of antibiotic treatment The introduction of selective media and antibody-based tests for rapid culture confirmation would probably further increase the detection rate and speed up the final diagnosis in our study region However, a comparison of the performance of various diagnostic algorithms was not our aim in this study The three-antibiotic disc test seems to be a valuable tool to start detecting melioidosis cases in resource-limited settings where the epidemiologic situation is unclear Better diagnostic methods and improved awareness are likely to substantially reduce mortality The introduction and evaluation of more sophisticated diagnostic algorithms can be based on the results obtained with the three-antibiotic disc test The implementation of this simple and cheap method to other potentially endemic and resource-limited areas might be helpful as a first step towards understanding the global distribution of melioidosis Supported in part by the Vietnamese Ministry of Science and Technology and the German Federal Ministry of Education and Research through the project RENOMAB (Research Network on Melioidosis and Burkholderia pseudomallei; reference 01DP13007) All authors report no conflicts of interest relevant to this article Appendix A Supplementary data Supplementary data related to this article can be found at http:// dx.doi.org/10.1016/j.cmi.2017.07.029 References [1] Hoffmaster AR, AuCoin D, Baccam P, Baggett HC, Baird R, Bhengsri S, et al Melioidosis diagnostic workshop, 2013 Emerg Infect Dis 2015;21(2) [2] Kiratisin P, Santanirand P, Chantratita N, Kaewdaeng S Accuracy of commercial systems for identification of Burkholderia pseudomallei versus Burkholderia cepacia Diagn Microbiol Infect Dis 2007;59:277e81 [3] Podin Y, Sarovich DS, Price EP, Kaestli M, Mayo M, Hii K, et al Burkholderia pseudomallei isolates from Sarawak, Malaysian Borneo, are predominantly susceptible to aminoglycosides and macrolides Antimicrob Agents Chemother 2014;58:162e6 [4] Limmathurotsakul D, Golding N, Dance DA, Messina JP, Pigott DM, Moyes CL, et al Predicted global distribution of Burkholderia pseudomallei and burden of melioidosis Nat Microbiol 2016;1(1) [5] Limmathurotsakul D, Wongratanacheewin S, Teerawattanasook N, Wongsuvan G, Chaisuksant S, Chetchotisakd P, et al Increasing incidence of human melioidosis in Northeast Thailand Am J Trop Med Hyg 2010;82: 1113e7 [6] Chaowagul W, White NJ, Dance DA, Wattanagoon Y, Naigowit P, Davis TM, et al Melioidosis: a major cause of community-acquired septicemia in northeastern Thailand J Infect Dis 1989;159:890e9 [7] Rachlin A, Dittrich S, Phommasone K, Douangnouvong A, Phetsouvanh R, Newton PN, et al Investigation of recurrent melioidosis in Lao People's Democratic Republic by multilocus sequence typing Am J Trop Med Hyg 2016;94:1208e11 [8] Currie BJ, Jacups SP Intensity of rainfall and severity of melioidosis, Australia Emerg Infect Dis 2003;9:1538e42 [9] Phuong DM, Trung TT, Breitbach K, Tuan NQ, Nubel U, Flunker G, et al Clinical and microbiological features of melioidosis in northern Vietnam Trans R Soc Trop Med Hyg 2008;102(Suppl 1):S30e6 [10] Hodgson K, Engler C, Govan B, Ketheesan N, Norton R Comparison of routine bench and molecular diagnostic methods in identification of Burkholderia pseudomallei J Clin Microbiol 2009;47:1578e80 [11] Clinical and Laboratory Standards Institute Performance standards for antimicrobial susceptibility testing Twentieth informational supplement Approved standard M100eS24 Wayne, PA: Clinical and Laboratory Standards Institute; 2014 [12] Trung TT, Hetzer A, Gohler A, Topfstedt E, Wuthiekanun V, Limmathurotsakul D, et al Highly sensitive direct detection and quantification of Burkholderia pseudomallei bacteria in environmental soil samples by using real-time PCR Appl Environ Microbiol 2011;77:6486e94 [13] Payne GW, Vandamme P, Morgan SH, Lipuma JJ, Coenye T, Weightman AJ, et al Development of a recA geneebased identification approach for the entire Burkholderia genus Appl Environ Microbiol 2005;71:3917e27 [14] Wiersinga WJ, Currie BJ, Peacock SJ Melioidosis N Engl J Med 2012;367: 1035e44 [15] Sanderson C, Currie BJ Melioidosis: a pediatric disease Pediatr Infect Dis J 2014;33:770e1 [16] Parry CM, Wuthiekanun V, Hoa NT, Diep TS, Thao LT, Loc PV, et al Melioidosis in southern Vietnam: clinical surveillance and environmental sampling Clin Infect Dis 1999;29:1323e6 Please cite this article in press as: Trinh TT, et al., A simple laboratory algorithm for diagnosis of melioidosis in resource-constrained areas: a study from north-central Vietnam, Clinical Microbiology and Infection (2017), http://dx.doi.org/10.1016/j.cmi.2017.07.029 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam Mọi thông tin xin liên hệ: TS Trịnh Thành Trung Email: tttrung@vnu.edu.vn Viện Vi sinh vật Công nghệ Sinh học, Đại học Quốc Gia Hà Nội PHIẾU ĐIỀU TRA THÔNG TIN BỆNH NHÂN NHIỄM BỆNH MELIOIDOSIS Bệnh viện: ………………………………………………………………………………….… Khoa: ……………………………………………………… Bệnh nhân có tiền sử bị bệnh Melioidosis Có Khơng Khơng biết Mã điều tra: A THÔNG TIN BỆNH NHÂN Mã bệnh án: ………………………………………………………………………………….………… Ngày nhập viện: …… …… /….……….……/20…………… Họ tên bệnh nhân: …………………………………………………….……………….…………… Giới tính: Nam Nữ Năm sinh: ………………………………………… Chiều cao: ………….…………….…………… Cân nặng: ……… ……………………………………………… kg Nghề nghiệp: …………………………………………………….………………….…………………… 10 Thu nhập bình quân: …………… ……………………/tháng 11 Địa chỉ: ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… 12 Họ tên vợ chồng (nếu có): …………… .…………….…………………………………13 Số điện thoại: ……………………………………………………… 14 Nghề nghiệp vợ chồng: ………………………… …………………………………………………………………………………………………………………………… B YẾU TỐ NGUY CƠ I Do hành vi Khơng(1) Có(2) Khơng biết(9) Không(1) Làm ruộng Bị sặc nước Phơi nhiễm với đất nước Có vết thương hở Ăn thức ăn có nhiễm bụi, đất Hút thuốc Uống nước chưa đun sôi Sử dụng đồ uống có cồn có (ghi rõ): Đi ngồi trời mưa Bia Có(2) Khơng biết(9) Rượu Khác II Do bệnh Bệnh tiểu đường (Thời điểm phát bệnh: Năm……………………….………) Phương pháp xét nghiệm Glucose lúc đói Khơng biết Test dung nạp Glucose HbA1c Bệnh tiểu đường kiểm soát tháng trước nhiễm Melioidosis Chỉ số glucose lúc đói …………………… …………… Khơng biết Chỉ số HbA1c nay…………………………………………… … Sử dụng thuốc chống tiểu đường Insulin Không biết Thuốc uống điều trị tiểu đường khác TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam Trang 1/4 (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam Bệnh tim mạch (Ghi rõ thời điểm phát bệnh) Bệnh tim bẩm sinh thấp khớp (Năm……………………….………) Bệnh tim sung huyết (Năm……………………….………) Nhồi máu tim, bệnh động mạch vành (Năm……………………….………) Động mạch ngoại biên (Năm……………………….………) Cao huyết áp (Năm……………………….………) Tai biến mạch máu não (Năm……………………….………) Bệnh gan, thận (Ghi rõ thời điểm phát bệnh) Bệnh thận mạn tính (Năm……………………….………) Sỏi thận Chỉ số: Protein nước tiểu Creatinine: ………………….………………µmol/L Microhematurial Urea: ………………………………………… mmol/24h Bệnh gan mạn tính (Năm……………………….………) Các bệnh khác (Ghi rõ thời điểm phát bệnh) Bệnh phổi (Năm……………………….………) Suy dinh dưỡng (Năm……………………….………) Ung thư (Năm……………………….………) Β-thalassemia/hemoglobin E hemoglobin H (Năm……………………….………) Các hội chứng chuyển hóa (Năm……………………….………) Các bệnh truyền nhiễm khác (Ghi rõ thời gian phát bệnh) HIV (Năm……………………….………) Viêm gan B (Năm……………………….………) Lao (Năm……………………….………) Viêm gan C (Năm……………………….………) III Do sử dụng thuốc Bệnh nhân thường xuyên sử dụng thuốc theo đơn Tên thuốc Liều dùng Đường dùng Thời gian ……………………………………… ………………………………… ………………………………………………………………… ……………………………………… ………………………………… ………………………………………………………………… ……………………………………… ………………………………… ………………………………………………………………… Bệnh nhân có sử dụng Steroid Sử dụng từ ngày ……… … /…… ……… /…………… đến ngày ……… … /…… ……… /…………… Liều dùng: ………………………/ngày Bệnh nhân sử dụng thuốc ức chế miễn dịch cyclosporine (Liều dùng: ……………………….…………/ngày, từ ……… /…….……… /………… đến ngày ……….… /…… …… /………… ) azathioprine (Liều dùng: ……………………….…………/ngày, từ ……… /…….……… /………… đến ngày ……….… /…… …… /………… ) methotrexate (Liều dùng: ……………………….…….…/ngày, từ ……… /…….……… /………… đến ngày ……….… /…… …… /………… ) chemotherapy (Liều dùng: …………………… ………/ngày, từ ……… /…….……… /………… đến ngày ……….… /…… …… /………… ) Khác: Bệnh nhân thường xuyên tự sử dụng thuốc không theo đơn Tên thuốc: ………………………………………… … ……… Liều dùng:…………………….… …… /ngày Thời gian: ………… Tên thuốc: ………………………………………… … ……… Liều dùng:…………………….… …… /ngày Thời gian: ………… Tên thuốc: ………………………………………… … ……… Liều dùng:…………………….… …… /ngày Thời gian: ………… TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam Trang 2/4 (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam C DẤU HIỆU VÀ TRIỆU CHỨNG LÂM SÀNG Nhiệt độ: ……… ,…….… C Huyết áp: ………….……mm Hg Sốt Khơng Nhịp tim: …………….… ….lần/phút Có (Từ ngày…… /………./……… Nhịp thở:……… ….… lần/phút Không biết đến ngày ………./………./………….) Đau đầu Khơng Có Khơng biết Khó thở Khơng Có Khơng biết Ho Khơng Có Khơng biết Viêm màng phổi Khơng Có Khơng biết 10 Phù Khơng Có Khơng biết 11 Khó tiểu Khơng Có Khơng biết D CHẨN ĐỐN VÀ XÉT NGHIỆM LÂM SÀNG Cơng thức máu WBC: …………………………… …K/µL MCV: ……………………………… fL HGB: …………………….…… g/dL HCT: ………………………… ……% MCH: …………………………….pg Tiểu cầu: ……………………… ………… K/µL WBC non (blast): …………………………… % Sinh hóa máu Na: ……………………………… mmol/L K: …………………………… …….….mmol/L Ca: ………………………………… ………mmol/L Creatinine: …………………… µmol/L Urea: ………………………………….mmol/L Albumin: …….……………………… … g/L Protein: ….……………………… g/L ASAT (GOT): …… … …… … U/L Axit uric: ………………………….µmol/L gGT: …………………………….…… U/L ALAT (GPT): …………………………….…U/L Bilirubin: ……………………………… …mmol/L AP: …………………………………….…… eGFR: ……………………… ….……ml/phút CRP: …………………………….…………… mg/L ESR: …………………………………ml Triglyserides: ……………… ……mmol/L Đường huyết lúc đói……………….….mg/L HbA1C……………………………… % HDL Cholesterol……………….…mmol/L LDL Cholesterol …………………….….mmol/L Có protein nước tiểu Có (………….…………… g/L) Khơng Khơng làm E KẾT QUẢ SIÊU ÂM VÀ X-QUANG Chụp X-quang phổi Bình thường Tràn dịch màng ngồi tim Viêm thùy Tràn dịch màng phổi Viêm thùy Viêm đa thùy Chụp X-quang ổ bụng Bình thường Bất thường Siêu âm ổ bụng Bình thường Bất thường Vị trí nhiễm trùng Áp xe gan Áp xe mô mềm Viêm xương/ khớp Áp xe thận Áp xe tuyến mang tai Viêm não/ màng não Áp xe tuyến tiền liệt Áp xe ổ bụng Khác: ………………………………………… Viêm loét, áp xe da Viêm tiết niệu sinh dục ………………………………………… ……… TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam Trang 3/4 (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam (LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam(LUAN.van.THAC.si).dieu.tra.ca.benh.melioidosis.tren.lam.sang.va.nghien.cuu.su.phan.bo.cua.vi.khuan.burkholderia.pseudomallei.ngoai.moi.truong.o.bac.mien.trung.viet.nam