0985 nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể cá đối mực (mugil cephalus linnaeus 1758) ở việt nam luận văn tốt nghiệp

BỘGIÁODỤCVÀ ĐÀO TẠO VIỆNHÀNLÂM KHOAHỌCVÀCÔNGNGHỆVN VIỆNSINHTHÁIVÀTÀINGUYÊNSINHVẬT ********* TRẦNTHỊVIỆTTHANH NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN QUẦN THỂCÁ ĐỐI MỤC (MUGIL CEPHALUSLINNAEUS, 1758)ỞVIỆTNAM TĨMTẮTLUẬNÁNTIẾNSỸ SINHHỌC Chun ngành: Động vật họcMãsố:62.42.01.03 NĂM2016 Cơngtrìnhđượchồnthànhtại : - ViệnSinhtháivàTàinguyênSinhvật - BảotàngThiênnhiênViệtNam Ngườihướngdẫnkhoahọc: TS Phan Kế LongPGS.TS.ĐinhThịPh òng Phảnbiện1:PGS.TS.NguyễnXuânHuấn Trường Đại Học Khoa học tự nhiên-Đại học Quốc Gia Hà NộiPhảnbiện2: PGS.TS.NguyễnThi BichNhi Viện Công nghệ Sinh họcPhảnbiện 3: TS.Nguyễn KiêmSơn HộisinhhọcViệt Nam Luận án bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp Viện họp tạiViệnSinhtháivà TàingunSinhvật Vào hồi ngày tháng năm Cóthểtìmhiểuluậnántạithưviện: - Thưviện Quốcgia - ThưviệnViệnSinhtháivàTàinguyênSinhvật MỞĐẦU Tínhcấp thiếtcủa đềtàiluận án Cá Đối họ Mugilidae có khoảng 80 lồi thuộc 17 giống, có giống lớnnhất làMugil(9lồi) vàLiza(13 loài) (Nguyễn Nhật Thi., 1999) Ở Việt Nam xác địnhcó 13 lồi thuộc họ cá Đối Mugilidae đối tượng nuôi trồng thuỷ sản (Tổng cụcThủy sản, 2014), số lồi cá Đối mục (Mugil cephalusL.)được đặc biệt quan tâmvì có giá trị kinh tế cao Cá Đối mục lồi có phổ thích ứng rộng, phát triển tốt điềukiệntự nhiên/nuôi trồng, tốcđộ s i nh trưởng nhanh,cátrưởng thànhđạtt r ọ n g lượng tới >2kgvàcógiábántrênthịtrườngtrongnướctừ150.000đ-180.000đ/kg;thịtrườngquốctế từ 20-22 USD/kg (Tổng cục Thủy sản, 2014) Nghiên cứu tác giả Lưu Xuân Hòa,2011 cho thấy cá Đối mục (M cephalusL.) đối tượng ưu cho nghề ni cá cácđầmphá.Ngồira,cịncócáclồicáđốikhácthườnggặpnhư:Mugilsoiuy/Lizahaematocheilusna ylàChelonhaematocheilus(Temminck&Schlegel,1845),LizasubviridisnaylàChelonsubviridis( Valenciennes,1836),LizamacrolepisnaynaylàChelon macrolepis(Smith, 1846),Liza affinis Valamugil cunnesiusnay làMoolgardacunnesius(Valenciennes, 1836) phân bố dọc biển Việt Nam có giá trị kinh tế(Tổng cục Thủy sản, 2014) Ở Việt Nam, cá Đối sống, sinh trưởng tốt môitrường nước lợ, lợ mặn nước mặn Những nghiên cứu gần giới lồi cáĐối mục cho thấy có khác biệt quần thể cá Đối mục vùng nhiệt đới(vùng Ấn Độ - Tây Thái Bình Dương) với vùng ơn đới (vùng Bắc Thái Bình Dương vàTrungĐơngDương)(Liuet al., 2010;Shenet al., 2011) Ở Việt Nam, nghiên cứu cá chủ yếu dựa vào đặc điểm hình thái như:Pravdin,1 ; B e x e d v o v , ; B ù i Đ ì n h C h u n g v c s , 9 ; B ộ t h ủ y s ả n , 0 nghiêncứuđầyđủvềhìnhtháivàsinhhọcphântử(SHPT)cáclồicábiểnhầunhưchưacó, có nghiên cứu di truyền cá nước vùng đồng sông Cửu Long VũĐặng Hạ Quyên cs., 2014.Trong nghiên cứu này, tác giả Vũ Đặng Hạ Quyên sử dụnggen16Sđểkiểmchứngnhậndạngvề hìnhtháicủa22lồicáthuộc17giống,15họcótạikhu vực đồng sơng Cửu Long Phân tích phát sinh chủng loại lồi cánghiêncứuvớicác lồitương tựđãcơngbốtrênGenbankđã chỉrasựtương đồnggiữacác giốngnghiêncứu, tuynhiêngiữacáclồi có khácbiệt ViệcđánhgiáđadạngditruyềnnguồngenquầnthểcáĐốimục(M.cephalusL.)tự nhiêncủaViệtNamchưatừngđượcthựchiện.Đểcócơsởchoviệcbảotồnvàpháttriển nguồn gen cá Đối mục cách bền vững hiệu việc nghiên cứu đa dạng ditruyền nguồn gen cho loài cá cần thiết cần tiến hành tổng thể Xuất phát từnhững khoa học trên, NCS tiến hành đề tài “Nghiên cứu đa dạng di truyềnquầnthể cáĐốimục(MugilcephalusLinnaeus,1758)ởViệtNam” Mụctiêucủa luậnán -XácđịnhđặcđiểmditruyềncáĐốimục ViệtNamtrêncơsởvùnggenCO1vàCytb -Xácđịnhtínhđa dạngditruyềnnguồngencáĐốimục ởViệtNam bằngchỉthịSSR Nộidungcủaluậnán - Nghiêncứu mộtsốđặc điểmhình tháibên ngồilồi cáĐốimục ViệtNam,đồngthời đánhgiáhiệntrạnglồicáĐốimụcViệtNam - Nghiên cứu đa dạng di truyền cá Đối mục Việt Nam sở giải mã vùng gen CO1vàCytb - NghiêncứuđadạngditruyềnnguồngencáĐốimụcViệtNam bằngchỉthịSSR Nhữngđónggópmớicủaluậnán - Cậpnhậtnhữngsốliệu mớinhất vềlồicáĐốimục(MugilcephalusL.)ởViệtNam - LànghiêncứuđầutiênvềđadạngditruyềncáĐốimục(MugilcephalusL.)trêncơsởgiả i mã vùnggen CO1vàCytb - Lần xác định tính đa dạng di truyền nguồn gen cá Đối mục Việt Nam cơsởphân tích12 thị SSR - Đã cơng bố 181 trình tự đoạn gen CO1 Cytb cá Đối mục Việt Nam trênGenbank với mã số KT188953 - KT189133 Công bố 193 thông tin 13 loài cá đốithuộc5 giốngtronghọ cáđối Mugilidaethu thậpởViệt Nam lên Fish-BOL - Đóng góp 16 mẫu tiêu (mẫu nhồi, mẫu trưng bày, mẫu nghiên cứu) cho mẫucủaBảo tàngThiên nhiên Việt Nam Ýnghĩa khoahọcvà thực tiễn củaluận án 5.1.Ýnghĩa khoahọc -Xác định số đặc điểm hình thái điển hình sử dụng để phân loại cácgiống thuộc họ Mugilidae sở kết hợp kết nghiên cứu hình thái đặc điểmditruyền vùnggen CO1vàCytb - Cập nhận số liệu phân bố cá Đối mục Việt Nam, đồng thời bước đầu xácđịnh mã vạch di truyền (barcoding) cho loài cá Đối mục Việt Nam, hội nhập dự ánbarcodingthếgiới - Lần thực phân tích đa dạng di truyền quần thể cá Đối mục Việt Nam trêncơsởsử dụngchỉ thị SSR 5.2.Ýnghĩathựctiễn Kết luận án sở khoa học cho việc bảo tồn đa dạng di truyền quần thể cáĐối mục Việt Nam cung cấp số liệu khoa học giúp nhà hoạch định sách, cácnhà quản lý có chiến lược phát triển sản xuất phù hợp với điều kiện phân bố cá Đối mụctrong tự nhiên, đồng thời có kế hoạch cụ thể để xây dựng trạin u ô i l o i c n y n h ằ m bảotồn phát triển bềnvữngnguồn lợithủysảncủaViệt Nam Bốcụccủa luận án Luậnángồm 127trang, trongđócó21bảng, 46hình (9hình vẽ,4 biểuđồ,6 bảnđồ, sơ đồ, 22 ảnh chụp) với 100 tài liệu tham khảo (tiếng Việt – tiếng Anh) 11 phụ lục.Mởđầu (3 trang) ChươngI.Tổngquantàiliệu(36trang) Chương II Vật liệu phương pháp nghiên cứu (18 trang)ChươngIII.Kết quảvàthảo luận (57 trang) Kếtluậnvàkiếnnghị(2 trang) Các công trình cơng bố liên quan đến luận án (1trang)Tàiliệu tham khảo (10 trang) CHƯƠNGI.TỔNGQUANTÀILIỆU 1.1 GiớithiệuvềhọMugilidae Trên giới, họ cá Đối (Mugilidae) họ lớn lớp cá vây tia gồm 20 giốngvới 204 loài (Eschmeyer, 2015) Họ cá Đối (Mugilidae) có giống lớn làMugilvàLiza(FAO, 2015) Theo nghiên cứu họ cá Đối Việt Nam có giống là:MugilLinnaeus, 1758;LizaJordan & Swain, 1884;ValamugilSmith, 1848;CrenimugilSchultz, 1946;Ellochelon, Quoy & Gaimard 1824;MoolgardaWhitley, 1945;ChelonArtedi,1793;ParamugilGhasemzadeh,Ivantsoff &Aarn, 2004 1.2 Đặcđiểmcủagiống Mugil Theo liệu Fishbase (2015), giốngMugilbao gồm 14 lồi phân bố chủ yếu ởChâu Mỹ,đượctìmthấynhiềunhấtởphíaTâyvàĐơngĐạiTâyDương,TháiBìnhDươngvàởmộtsốnướcChâ.ỞViệtNamgiốngMugilcóduynhất mộtlồilàcáĐốimục(Mugil cephalusL.) 1.3 Giớithiệuvềlồicá Đốimục(MugilcephalusLinnaeus,1758)ởViệtNam 1.3.1 Vịtrí phânloại LớpcávâytiaActinopterygiiBộcávược -Perciformes PhânbộcáĐối-Mugiloidae HọcáĐối-Mugilidae Giống-Mugil Loài-Mugilcephalus 1.3.2 Mộtsốđặcđiểmsinhhọc,sinhtháicủacáĐốimụcViệtNam Cá Đối mục loài cá mặt, ăn tạp, chịu ô nhiễm, chịu nguồn nước thiếxy sống vùng nước lợ, nước mặn có độ mặn thấp vùng cửa sơng.Cá Đối mục có đặc điểm hình thái ngồi sau: Thân dài, hình thoi, phần trịn,phần dẹp bên Đầu tương đối lớn, dẹp Mõm rộng ngắn Mắt trònvàlớn vừ a M n g mỡđ ặ c biệt p h t t ri ển , r ấ t dà y che lấpcả mắ tt rừ co nn gư i K h o ả n g cách mắt rộng Lỗ mũi hai đơi, lỗ trước trịn, lỗ sau nhỏ hẹp khe nứt Môitrênr ấ t d y , m ô i d i m ỏ n g R ă n g h a i h m n h ỏ n h l ô n g n h u n g s ắ p t h n h d ã y K h e mangrấtrộng.Viềnsaunắpxươngmangtrơnliền.Màngnắpmangtáchrờinhaurấtrộng.Viềnsauxươngnắpmangtrơnliền.Màngnắpmang táchrờinhauvàkhơngdínhliềnvớieo mang Lược mang dài nhỏ, dạng kim Có mang giả, có vẩy lược, khơng có vẩyđườngbên.Khởiđiểmcủa vâythứnhấtởgầnngangmútvây bụng,khởiđiểmvây lưngth ứhaisaukhởiđiểmvâyhậumơn.Vâyngựcrộng,ởhơicaobênthân,vâybụngrộngvàdài phía bụng Vâyđi dạngchẻ Mặt lưngmầu xám, mặtbụngmầu trắngbạc Cá Đối mục bơi thành đàn, thường chúng vùng đáy cát đáy bùn Thức ăn chủyếu dạng vi tảo tảo silic, mảnh vụn trầm tích đáy động vật đáy Cá concóchiềudài chuẩn(SL)khoảng3cmthườngănđộngvậtphùdu.CáĐốithuầnthụcđẻtrứng tuổi 3-4,thường chúng dichuyểnra xa bờ đẻ trứng ngoàibiểnv i s ố l ợ n g t 0,8đến2,6triệutrứng,thờikỳđẻtrứngphụthuộcvàovùngphânbố,ởViệtNam quansátthấychúngđẻtrứngvàocuối mùathu, đầu mùađông 1.3.3 Giátrịkinh tếcáĐốimục Việt Nam số 10 quốc gia có kim ngạch xuất hàng đầu giới vềcác mặt hàng thủy hải sản Theo số liệu thống kê Hiệp hội nghề cá Việt Nam, năm2004 nước ta xuất hải sản trị giá xấp xỉ 2,4 triệu đô la Mỹ, đến năm 2014 7,9 tỷđơ la Mỹ Để phát triển bền vững, ngành thủy hải sản phải đảm bảo chất lượng tincậy tăng cường khả cạnh tranh giá Tiềm xuất ngành thủy sản làcao, Việt Nam cần tập trung phát triển nghề nuôi trồng thủy sản cách nâng cấp đầy đủ hệthốnghỗtrợ, kiểmsốtdịchbệnhvàmơitrườngninhằmcảithiệnsảnlượng,nângcaonăngsuất vàgiảm thiểu rủi ro cho ngưdân Cá Đối mục loài cá kinh tế Việt Nam, Bộ Nông nghiệp & PTNT xácđịnh 27 loài cá biển phép xuất lồi nhân ni thử nghiệm thànhcông tỉnh Quảng Ninh(Sở Nôngnghiệp & PTNT tỉnh Quảng Ninh, 2015)cho kếtquảrất khả quan, mở rahướngđi cho ngành nuôi trồngthủysản Việt Nam 1.3.4 HiệntrạngkhaithácvànuôicáĐốimụcởViệt Nam Cá Đối mục tự nhiên ngư dân địa phương khai thác dọc ven biển Việt Namvớichiềudài ch uẩ n( S L ) đạtkhoảng 1530cm.C ác địađiểm có t ần xuất bắtg ặp cá Đ ố i mụcthườngxunlàcácvùngcửasơng,đầmphánướclợ,mặnnhư:cửa sơngTháiBình(Hải Phịng), cửa sơng Ba Lạt (Nam Định), cửa Sót (Hà Tĩnh), cửa sơng Nhật Lệ (QuảngBình), phá Tam Giang (Thừa Thiên Huế), đầm Cù Mơng (Bình Định), đầm Ơ Loan (Phún)… Mơ hình ni cá Đối thương phẩm Quảng Bình (2012) chứng minh đượchiệu kinh tế rõ rệt Việc đưa vào thử nghiệm mơ hình ni khơng với mục đíchđểgiảiquyếtnhữngvấnđềkhókhăntrêncácvùngnitơmthường xunbịdịchbệnh màcịngópphầntạoviệclàmvàtăngthunhậpchongườini.Tuylàđốitượngnimớinhưng theo kết đánh giá từ Sở Khoa học cơng nghệ tỉnh Quảng Bình so với đốitượng cá ni khác vốn đầu tư để nuôi cá Đối thường thấp nhiều đặc biệt thức ăncholồinàyđơngiản,giáthànhrẻ.GầnđâySởKhoahọcvàcơng nghệtỉnhQuảngNinhcũng triển khai thử nghiệm ni cá Đối mục từ tháng 10/2013 kết đánh giá sau 2năm nuôi thử nghiệm (12/2015) khả quan, cá bột nở thành công 75%, cá đạt100gsau4 tháng 1.4 Đadạngditruyền 1.4.1 Kháiniệmđadạngditruyền Đa dạng di truyền tất gen di truyền khác tất cá thể thựcvật, động vật, nấm, vi sinh vật Đa dạng di truyền tồn loài loàikhác Đa dạng di truyền là( i ) s ự đ a d n g v ề t h n h p h ầ n g e n g i ữ a c c c t h ể t r o n g loài loài khác nhau;( i i ) s ự đ a d n g v ề g e n c ó t h ể d i t r u y ề n đ ợ c trongmột quần thể hoặcgiữa cácquần thể (Richard B., PrimackC, 1999) Đa dạng di truyền gọi đa dạng gen (đa dạng DNA), tập hợp nhữngbiến đổi gen kiểu gen nội loài Đây đa dạng quantrọng nhất, định lồi tồn lâu dài tự nhiên hay không Đa dạng ditruyềnđược đề cậpđếnnhưlà mức độđa hìnhcủa mỗicá thểtrongsuốtthờigian sốngcủa chúng, phản ánh số alen quần thể vị trí địa lý khoảng thời gian cụ thể số alen loài phạm vi phân bố địa lý lịch sử tồn tạicủachúng 1.4.2.Tầmquan trọngcủađadạngdi truyền Đa dạng di truyền sở cho việc chọn lai tạo giống, loài mới; đa dạng vềloài thường đối tượng khai thác phục vụ mục đích kinh tế; đa dạng hệ sinh thái cóchức bảo vệ mơi trường sống; đồng thời hệ sinh thái trì bảo vệ lànhờ sựtồn tạicủacácquần thể lồi sốngtrongđó 1.4.3.Vaitrị củahệgen tythể trongnghiên cứu đadạngdi truyềnđộngvật Ty thể (mitochondria) quan tồn tế bào động vật, có chức biếnđổinăng lượngtừcácchấtdinhdưỡng thành dạng lượng thích hợpvớit ế b o s dụng Các nhóm gen ty thể thường phiên mã tạo thành chuỗi gen(polycistron), sau gen tách giai đoạn Hệ gen ty thể thể đơn bội khôngtái tổ hợp, di truyền theo dịng mẹ có tỷ lệ đột biến nucleotide cao nhiều so với gennhân, đặc điểm lý tưởng cho nghiên cứu mức tiến hóa nhỏ Trong nghiên cứu phátsinh chủng loại hệgen ty thểxác định tốt mức độ khác biệtvà mốiquan hệ họh n g quần thể địa lý, lồi có quan hệ gần gũi, thứ hạng cao Do vậyty thể đóng vai trị cầu nối nghiên cứu di truyền quần thể quan hệ phát sinh chủngloại(Aviseet al., 1987;Nei,1987; Gangetal, 2014) 1.4.4.Ýnghĩacủaviệcxácđịnh trình tựnucleotideởđộngvật Nghiên cứu đa dạng di truyền họ cá đối Mugilidae thị CO1 Cytb đượcthực số nước như: Pháp, Nhật Bản, Trung Quốc Nghiên cứu mối quan hệ phátsinh chủng loại dựa thông tin di truyền vùng genCytochrome c oxidase subunit 1(CO1) dùng phổ biến nghiên cứu đa dạng di truyền vùng gen nàyđã xác định “mã vạch di truyền” cá (FISH-BOL) Thêm vào đó, theo kết quảnghiên cứu Heraset al.(2009) cho thấy mức độ đa dạng di truyền quần thể cáĐối mục cao từ 3,5 đến 5,9% nghiên cứu gen Cytb Mặt khác, gen Cytbđược lựa chọn sử dụng nghiên cứu di truyền, xác định lồi q trình đột biến gen nàyxảyrachậm,tỷlệđộtbiếnimlặngxẩy rarấtcao.VớinhữngmẫuđồnghìnhgenCytblàlựachọn hữu hiệu trongviệcxácđịnh loài 1.4.5.Một số kỹ thuật sinh học phân tử thường sử dụng nghiên cứu đa dạng ditruyềnđộngvật - Kỹ thuật Isozyme: kỹ thuật nghiên cứu đa hình enzyme Ưu điểm kỹ thuật dễ sửdụng, chi phí thấp, thích hợp với nghiên cứu xác định mức độ biến đổi di truyền cấpđộ thấp Ngoài việc kết hợp kỹ thuật isozyme với kỹ thuật nghiên cứu đa hình DNAcho phép phân tích, so sánh đặc tính bền vững (hoặc thay đổi) theo điều kiện khácnhaucủamôi trường - Kỹ thuật RAPD: kỹ thuật phát tính đa hình DNA nhân ngẫu nhiên Kỹthuật dễ sử dụng, thực nhanh, đơn giản, giá thành thấp không cần biết trướctrìnhtựDNAđểthiếtkếmồi,DNAlàmkhnkhơngcầnđộtinhsạchqcaovàbộmồi sử dụng đánh giá đa dạng di truyền với nhiều loài khác Nhược điểm RAPD làchỉthị trội nên khôngthểnhận biết cáccáthể dị hợp tử - Kỹ thuật RELP: kỹ thuật thực dựa vào độ đặc hiệu enzyme cắt giớihạn (retriction enzyme-RE) vị trí nhận biết chúng DNA gen Kỹ thuậtRFLP có ưu điểm marker đồng trội nên cho phép phân biệt cá thể đồng hợp vàdị hợp Do kích thước DNA khảo sát phương pháp RFLP lớn dấu phân tử(marker) tạo nhiều đủ đáp ứng nhu cầu nghiên cứu Trong nhược điểm kỹ thuậtnày quy trình thực phức tạp, nguy hiểm đối vớingười nghiên cứu (vì sử dụng chấtphóngxạ), tốn thời gian,sửdụngnhiềuenzyme nên kinh phí lớn - Kỹ thuật AFLP: tương tự kỹ thuật RAPD mồi sử dụng gồm phần cốđịnh dài 5bp chứa vị trí nhận biết enzyme giới hạn phần thay đổi ngắn 2-4bp Phần cố định dài tạo ổn định sản phẩm nhân lên, phần thay đổi ngắn sẽtạoranhiềulocus,cóthểlênđếnhơn100locusđượcnhânvớimồiAFLPđơn.AFLPpháthiện khác đoạn DNA nhân có chọn lọc trình tự DNA hệ gen đãđược gắn với đoạn tiếp hợp (adapter) Ưu điển kỹ thuật AFLP kết hợp ưuđiểm RFLP RAPD nên cần sử dụng lượng nhỏ DNA ban đầu, khơng cầnbiết trước trình tự DNA gen cần nghiên cứu, không cần dụng nhiều loại “primer” vàkháhiệuquảtrongviệcphântíchđahìnhmộtcách nhanhchóng,ổnđịnhíttốnkém,ítđộchạichongườithựchiệnvàđángtincậy.TuynhiênnhượcđiểmcủakỹthuậtAFLPlàmộtmarker trội, điều làm hạn chế phân biệt cá thể đồng hợp, dị hợp, mặt khác quátrìnhthựchiện dài, phứctạp, tốn nhiều thời gian thựchiện - Kỹ thuật SSR: kỹ thuật nghiên cứu dựa trình tự lặp đoạn đơn giản, lànhững trình tự ngắn (từ đến cặp ba zơ) có thứ tự lặp lại liên tiếp dao động từ đến 40đơn vị Kỹ thuật SSR có tiềm lớn có khả phát tính đa hình cao, có thểxác định sai khác mà khơng xác định thị khác RADP hayAFLP Phản ứng không tốn kém, tiêt kiệm thời gian hố chất Vì SSR làcơng cụ hữu hiệu nghiên cứu đa dạng di truyền nguồn gen lập đồ hệgen sinh vật SSR loại thị đồng trội nên nhanh chóng thay AFLP RAPDvà trở thành cơng cụ hữu hiệu ứng dụng chọn giống thực vật nghiên cứu ditruyền Nhược điểm kỹ thuật trình thiết kế mồi đắt, loại mồi đặctrưngcho locusđahình 1.4.6 Mộtsốthànhtựunghiên cứu sinhhọcphântửđốivới cá 1.4.6.1 Thếgiới Năm 2013, nhà nghiên cứu Đại học Guelph Ontario (Canada) đề xuất “mãvạch DNA” cáchđể xác định loài.Với kết nghiên cứu củaZhaoe t al (2011), Zhanget al.(2011) sử dụng gen CO1 phân loại loài cá biển Trung Quốc,họ xác định 121 loài cá biển với khoảng cách di truyền trung bình 15,742% giữacác lồi 0,319% cá thể loài Tác giả Jumawanet al (2011) sử dụng genCO1 phân định loài cá da trơnPterygolichthy spardalisvàPterygolichthy disjunctivusđãđịnhdanhloàivàxácđịnhmãvạch loài riêng biệt Tiếp tục hướng nghiên cứu này,Pereiraetal.(2013)đãphântích254lồicánướcngọtởlưuvực sơngParamavàxácđịnh 252 lồi mã vạch di trun với độ xác 99,2% Tiếp nghiên cứu đadạng di truyền họ cá Đối Mugilidae Heraset al.(2009) phân tích đoạn genPhenylalanine, 12S rRNA,cytochrome c oxidase subunit 1(CO1),cytochrome b(Cytb), đãxácđịnhhailồigiốngnhauvềhìnhtháiM platanusvàM lizalà hai lồi riêng biệt, cóquan hệ gần gũi với lồi cá Đối mục (M.cephalus) Tác giả Aviseet al (1989), Keet al.(2009), sử dụng gen CO1 Cytb để nghiên cứu cá Đối mục tai khu vực biển Đài Loanvà phía đơng biển Hoa Đơng (Trung Quốc), kết xác định lồi cá Đối mục(MugilcephalusL.)có3dịng(NWP1,NWP2,NWP3)vàdịng3(NWP3)lnxuấthiệnở khu vựcĐàiLoanvàbiểnHoaĐơng,trongkhidịng1(NWP1)và2(NWP2)làdịngdicư đến từ vùng biển Nhật Bản Mới đây, tác giả Durandet al (2012b) xác định sựthay đổi giống họ Mugilidae gen 16S CO1, kết xác địnhđược họ Mugilidae có 20 giống Cũng tác giả Durandet al (2012a) sử dụng gen Cytb phântíchditruyềnvàxácđịnhđượchọMugilidaecó25giống(15giốngđãbiết,7giống có sựthay đổi giống mới) Còn tác giả Polyakavaet al (2013) sử dụng gen CO1 xác địnhthànhcơngmã vạch cho9 lồi cátronggiốngMugil Nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể cá Đối mục vùng biển khácnhư ĐịaTrung Hải, Đại Tây Dương, Thái Bình Dương, Ấn Độ Dương thực dựa cácchỉthịsinhhóacủaHerasetal.(2009);chỉthịSSR(microsatellites)củatácg i ả Rasmussenet al (2009) vàXuet al.(2010)các kết nghiên cứu cho thấy mức độ đadạng di truyền quần thể cá Đối mục cao 5,9%và thấp 2,7% vùngbiển Thái Bình Dương Kết nghiên cứu phục vụ cho cơng tác bảo tồn lồi,bảovệtài ngun thiên nhiên vàphát triển bền vững 1.4.6.2.Việt Nam Nghiên cứu đa dạng di truyền gen cá biển riêng với HọMugilidae Năm 2003 tác giả Phạm Anh Tuấn sử dụng thị RFLP nghiên cứubiếndị đàn cá tra Việt Nam nhằm khuyến cáo cho việc bảo tồn gen đàn cá tra ni ViệtNam.CũnghướngnghiêncứunàytácgiảNguyễnThuThúyvàcs.,2004đãsửdụng54c hỉthịAFLPđểphântíchtínhđahìnhtậpđồnmẫucủahainhómcáTrachothấytỷlệđahình đàn tương đối thấp, trung bình 1,35% Trong khi, Nguyễn Ngọc Hoàng Anh vàcs., 2005 lại sử dụng kỹ thuật điện di protein SDS-PAGE cho kết vùng gen lồi cáNhái (Hà Tiên) cá Lìm Kìm (Cần Thơ) đồng chúng có nguy tuyệtchủng cao Mặt khác, dựa vào phổ điện di protein tác giả phân loại đặt tên khoahọc cho cá Nhái (Hà Tiên) làHemiramphus hatienensisvà cá Lìm Kìm (Cần Thơ) làHemiramphuscanthoensis.GầnđâytácgiảBùiThịLiên Hàvàcs.,2011đãsửdụngchỉthị SSRđánhgiáđadạngcủa4dịngcárơphiđỏ(Orochromis spp.) nhập nội kết làviệclaichéogiữacácdịngcárơphilàgiải pháphữuhiệuchoviệctăngtínhditruyền,hạnchếtácđộngtiêucựccủahiệntượnglaicậnhuyết,giữđượcưuthếlaicủacácdịngcánhập nội Với nghiên cứu Dương Thúy Yến cs., 2014 sử dụng gen Cytb đánh giá đadạng di truyền cho cá rô đồng cá rô đầu vng (2 lồi đồng hình) để xác định xáctên loài Trong tác giả Dang Thuy Binhet al., 2012, Hoàng Kim Quỳnh, 20112013đánhg i đ a d n g n gu ồn g e n d i t r u y ề n b ằ n g c hỉ t h ị C O đ ố i v i 25 c t h ể c N g ự a đ e n (Hippocampus kuda) xác haplotype cho loài cá Ngựa đen Việt Nam, xác địnhloài cá Ngựa đen Việt Nam tương đồng với loài cá Ngựa đen vùng Ấn Độ-Thái BìnhDương Cũng tác giả Đặng Thúy Bình cs., 2014 sử dụng gen 16S đánh giá đadạng di truyềnquần thể cá Trích vùng biển Việt Nam với quần thể (80 cá thể) xácđịnh 31 haplotype Việt Nam Còn tác giả Vũ Đặng Hạ Quyên cs., 2014a lại sửdụng gen 16S để kiểm chứng nhận dạng hình thái 22 lồi cá nước thuộc 17giống ĐồngbằngsơngCửuLong Cũngnhưnhiềuloạisinhvậtkhác,songsongvớinguồnlợisảnxuấtthìviệctiếnhànhcác nghiên cứu bản(đadạngditruyềnnguồngen,nhậndạnglồiởmứcđộphântử )nhằm “chọn giống” vừa có suất, chất lượng, khả kháng tốt với số loại bệnhđồngthờiđánhgiábảotồnnguồngencủaloàicầnđ ợ c thựchiện.ỞViệtNamchưacómộtnghiêncứunàođề cập đến việc đánh giá đa dạng di truyền cá Đối mục phục vụ cho côngtácchọngiống,bảo tồn vàphát triểnnhân ni bềnvữngmột lồicábiểncó giá trịkinh tế CHƯƠNG II THỜI GIAN, ĐỊA ĐIỂM, VẬT LIỆU VÀPHƯƠNGPHÁPNGHIÊNCỨU 2.1.Thờigianvàđịađiểm 2.1.1 Thờigian - Ngoàithựcđịa: từ7 / 2 đ ế n / - Trong phịng thí nghiệm : thực Phòng Phân loại học thực nghiệm Đadạng nguồn gen - Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam - 18 Hoàng Quốc Việt, Cầu Giấy, HàNội.(trướcvàsau cácchuyến thựcđịa) 2.1.2 Địađiểm - Thumẫucábằngcáchđicùngđăngđáyvớicácthuyềnnhỏcócơngsuấttừ50đến 450 mã lựcvàchủyếu sửdụnglướikéo đáyđểbắt cá - Thumẫu cácchợ cá,cảngcá - Thumẫuở16 tỉnh/thànhphốtừBắcđếnNamViệtNam 2.2.Vậtliệu nghiên cứu 2.2.1 Vậtliệunghiêncứu Mẫu lưng/vây cá đốit h u t h ậ p d ọ c b i ể n V i ệ t N a m đ ợ c b ả o quản e t h a n o l từ70%.Với270 mẫu nghiêncứu, cụthể150 mẫuđược xácđịnhbằng hìnhthá ivà 120mẫukhơngxácđịnh bằnghình thái, hỗ trợ nhận dạngbằngkỹthuậtSHPT Thơng tin từ trình tự Genbank sử dụng luận án: KF375131,KP200024, JQ060540, JQ060553, JQ060541, JN292505, EU505089, JQ623956,EU392296, GU260294, KC500935, EU595054, JQ060284, JQ060300, JQ060285,HM628583, HM628584, HM628585, HM628586, HM628587, HM628588, HM628589,HM628590đến HM628615 … 2.2.2 Hóachất,thiếtbị 2.2.2.1.Hóachất Mơ tả: (hình 3.1) Thân dài, hình thoi, phần trịn, phần dẹp bên Đầutương đối ngắn, đỉnh đầu phẳng Mõm rộng ngắn Mắt tròn lớn vừa.Màng mỡ mắt đặc biệt phát triển, dày, che lấp mắt trừ Mơi rấtdày, mơi mỏng Phía trước hàm có gai thịt tương đối lớn Mơi cómột vài hàng nhỏ.Vây lưng có cái, khởi điểm vây lưng thứ nằm gần ngangmút vây ngực, khởi điểm vây lưng thứ hai nằm sau khởi điểm vây hậu môn Vâyngực ngắn, không đạt đến khởi điểm vây lưng thứ nhất, vây ngực nằm bên thân Gốcvâyngựccóvảynách Vâybụng rộngvàdài.Vâyhậumơncó 8tia vâymềm.Vâyđi dạng chẻ, chia thành hai thùy Vảy đườngbên có 38 – 42 Bên thân có – sọcnâuc h y d ọ c t h â n L l o i d u y n h ấ t t r o n g họcáđốicó24đốtsống,trongkhicáclồikhác có từ 25->35 đốt sống Lưng màu xanhnhạt,m ặ t b ụ n g m u s n g b c D i t h â Hình3.1.MẫucáĐối mụcViệt Nam n t ố i đa62cm,trọnglượngtrungbình350g, lớn nhất3kg Theo công bố 2015 FAO phân bố loài cá Đối mục (M.cephalusL.), ViệtNamlà trong121quốcgiatrên giớiđược xácnhậncó lồi cáĐốimục 3.2 KếtquảnghiêncứugiảimãvùnggenCO1vàCytb 3.2.1 TáchDNAtổngsố Quy trình tách DNA tổng số từ mẫu lưng vây bụng cá Đối mục thực theo quy trình Zang and Shi, 1989 có cải tiến với thành phần đệm chiết, tinh sạchDNA kít Genomic DNA Purification kit (#KO512, Fermentas) Xác định nồng độDNA máy quang phổ hấp thụ (Labormed – Mỹ) bước sóng 260nm 280nm, nồng độ DNA 270 mẫu cá đối dao động từ 650-100 ng/µl Tỷ lệ OD 260/OD280t h ể h i ệ n đ ộ tinh mẫu DNA dao động từ 1,82 đến (số liệu không đây) Kết khẳng định mẫuDNAtáchchiết hoàn toànđủ tiêuchuẩnc h o n h ữ n g p h â n tíchtiếp theo Hình 3.2 kết quảtách DNAmột sốmẫu đại diện 12 891 1 161 2 2 3 3 3 Hình3.2.HìnhảnhDNAtổngsốđại diệncủamột sốmẫucáĐối 3.2.2 Kếtquả xácđịnh nhanh loàicáĐốimụcvới 2cặpmồi MuCF -MuCR vàMuBFMuBR Thực phản ứng PCR từ 120 mẫu (đồng hình) với cặp mồi ngắn MuBF-MuBR MuCF-MuCR dùng để xác định nhanh loài cá Đối mục kỹ thuật PCR phức.Với120cáđối (SL