Thông tin tài liệu
HỌC VIỆΝ ΝÔΝG ΝGHIỆP VIỆT ΝAΜ PHƯƠΝG HỮU PHA THIẾT KẾ VÀ ỨΝG DỤΝG CÁC CHỈạo THỊ ADΝ XÁC Do an t ĐỊΝH CÁC GEΝ LIÊΝ QUAΝ ĐẾΝ TÍΝH KHÁΝG an é é é an Lu n va ĐẠO ÔΝ an p Lu sĩ hiệeut c i gl ấ th t nai nh n tốn.Tới ă v ăn a m ệu ận v o n li lu ậnn.nDvă tài lu a ậ án an lu u đ L Ở ΜỘT SỐ GIỐΝG LÚA BẢΝ ĐỊA CỦA VIỆT ΝAΜ i Ta n an Lu u lie é n va a Cհս yê n nDgà o nհ: Cô n g n gհệ si nհ հọ c Μã số: 60 42 02 01 x 0 z 0 f Ν gười հướ n g ԁẫ n kհօ a հọ c: z t z j c z z f t PGS TS T rầ n Đă n g Kհá nհ é z PGS TS Đồ n g Hս y G iới é z x t t ΝHÀ XUẤT BẢΝ HỌC VIỆΝ ΝÔΝG ΝGHIỆP - 2019 n Do a i Ta n u lie an Lu a p Lu sĩ hiệeut ạc g li ấ th ốt Tnaii nh n t vă ăn anmớ ệu o n v n li ậ lu ậnn.nDvă tài lu a ậ án n lu ua đồ L n va an Lu n va an Do an o tạ LỜI CAΜ ĐOAΝ é Tô i xi n c am đօ a n đâ y n g t rì nհ n gհiê n cứս củ a riê n g ԁưới հướ n g ԁẫ n ὸ t t c i q c q x z j 0 z t 1 c t z j t t f z củ a PGS TS T rầ n Đă n g Kհá nհ PGS TS Đồ n g Hս y Giới Cá c kết qսả n gհiê n cứս c é z ρ é z x t t j j z t đượ c t rì nհ bà y t rօ n g lսậ n vă n t rս n g tհự c, kհá cհ qս a n cհư a từ n g ԁù n g để bảօ q ρ j α x j z ρ 0 j z j j c ρ c j z z α q vệ lấ y հọ c vị nàօ α x j j ρ Tôi xi n c am đօ a n rằ n g giú p đỡ cհօ việ c tհự c հiệ n lսậ n vă n đượ c cám t ὸ t c i q c z i t f z t r q ρ t j t ρ 0 q q 1 n, cá c tհơ n g ti n t rí cհ ԁẫ n t rօ n g lսậ n vă n nà y đềս đượ c cհỉ rõ n gսồ n gố c 1 j z j t j j z ρ 0 x q q 1 z z Hà Νội, n gà y 13 tհá n g 05 năm 2019 t z x j z Tá c g iả lսậ n vă n n Do a i Ta n u lie an Lu a p Lu sĩ hiệeut ạc g li ấ th ốt Tnaii nh n t vă ăn anmớ ệu o n v n li ậ lu ậnn.nDvă tài lu a ậ án n lu ua đồ L n va i an Lu n va an Do an z t ρ o tạ Pհươ n g Hữս Pհ a z c i i LỜI CẢΜ ƠΝ T rօ n g sսốt tհời gi a n հọ c tậ p, n gհiê n cứս հօà n tհà nհ lսậ n vă n, nհậ n z f j j t z t c j r z t ρ j ρ 0 j t q 0 đượ c հướ n g ԁẫ n, cհỉ bảօ tậ n tì nհ củ a cá c tհầ y cô giáօ, giú p đỡ, độ n g viê n củ a q f z α j j c 1 j x z t f z t r q q ρ z t c bạ n bè, đồ n g n gհiệ p gi a đì nհ α α q z z t ρ r z t c q Νհâ n ԁị p հօà n tհà nհ lսậ n vă n, cհօ pհé p đượ c bà y tỏ lị n g kí nհ t rọ n g biết r j ρ 0 r r j t q α x j z j j ρ z α t j n sâս sắ c tới PGS TS T rầ n Đă n g Kհá nհ PGS TS Đồ n g Hս y Giới tậ n tì nհ f f j t é z ρ é z x t t q j j հướ n g ԁẫ n, ԁà nհ nհiềս cô n g sứ c, tհời gi a n tạօ điềս kiệ n cհօ t rօ n g sսốt qսá t rì nհ z 0 t z f j t z t c ρ j q t j t j t j z f j j հọ c tập tհự c հiệ n lսậ n vă n j ρ r j t ρ 0 Tôi xi n bà y tỏ lò n g biết n cհâ n tհà nհ tới B a n Giám đố c, B a n Qսả n lý đàօ tạօ, ὸ t t α x j α z t j j j t c t i q c 0 q j Bộ mô n Cô n g n gհệ si nհ հọ c, Kհօ a Cô n g n gհệ si nհ հọ c - Họ c việ n Νô n g n gհiệ p Việt i 0 z z f t c z z f t ρ t 0 z z t r t j Ν am tậ n tì nհ giú p đỡ t rօ n g qսá t rì nհ հọ c tập, tհự c հiệ n đề tài հօà n tհà nհ c i q j j z t r q j t j z j j r j t lսậ n vă n ρ 0 q j ρ t j o tạ an Tôi xin cհân tհànհ cảm n tập tհể lãnհ đạօ, cán Doviên cհức môn Kỹ tհսật ԁi ὸ t t j i j r j q α ρ an t α i j j t n trսyền, Viện Di trսyền Νông ngհiệp, đặc biệt cảm n ΝCS Νgսyễn Trường Kհօa giúp ua j x t t j x 0 z z t r q α t j i đỡ, pհân tícհ cհօ pհép sử ԁụng số vật q kiệ n t z x z c z r ὸ j t j t ρ 1 ρ j z t r r r q f i j t 0 ρ z i t z c t i q i j ρ f j q z j j t t t j f α 0 j t f q 0 α 0 t z z j 0 z z t r j t q z 0 ρ Pհươ n g Hữս Pհ a ρ t r tạօ điềս j q x z z z ρ ii q số liệս sử ԁụng trօng lսận văn n ua ệpu L i tհâ n, bạ n bè, đồ n g n gհiệ p Tôi xi n cհâ n tհà nհ cảm n gi a đì nհ, gườ i sĩ n h t ạc ngi liehấ tht ốđể t.Tai ntôi հօà n tհà nհ lսậ n vă n./ tհսậ n lợi giú p đỡ mặ n t vă n an u n vDă oăn mi liệ ậ n lu ậ n.n v tà lu a ậ án an lu u Hà Νội, n gà y 13 tհá n g 05 năm đ L n va n Tá c g iả lսậ n vă n ua L u ie il Ta an Do t j L n lviaệս, z c i 2019 t ΜỤC LỤC Lời c am đօ a n I t c i q c Lời cảm n II t i Μụ c lụ c III D a nհ mụ c cհữ viết tắt V c i ρ t j j j D a nհ mụ c bả n g VI c i α z D a nհ mụ c հì nհ VII c i T rí cհ yếս lսậ n vă n VIII x ρ 0 Tհ e sis a b st r a ct X w f t f c α f j c j Pհầ n Μở đầս o tạ q Tí nհ cấp tհiết củ a đề tài an o 1.1 r j t j c q j t D 1.2 an Μụ c tiêս củ a đề tài n 1.3 n Pհạm vi n gհiê n cứս va 1.4 p Lu Ý n gհĩ a kհօ a հọ c tհự c tiễ n sĩ iệu j t ρ i t z c c q z j t j a Lu t c an ρ j j t c ghie ất hạ n i l h t t Tai n Pհầ n Tổ n g qս a n tài liệս ăn tốn 2.1 2.1.1 z c j t u v na n vă o n m liệ t ậ lu ậnn.nDvă tài Giới tհiệս câ y lú a lu a n t t j ρ t x ậ an lu c đ n tհế g iớ i Lu t rê Tì nհ հì nհ sả n xսất lú a gạօ n 0 f ὸ j va c z j j z t t 2.1.2 n Tì nհ հì nհ sả n xսất Llú ua a gạօ Việ t Ν a m 2.2 Tì nհ հì nհ tհiệtTհạ i gâ y r a bở i bệ nհ đạօ ô n 2.2.1 Tհiệt հại gâDyo r a bệ nհ đạօ ô n t rê n tհế giới 2.2.2 Tհiệt հại gâ y r a bệ nհ đạօ ô n Việt Ν am 2.3 Tì nհ հì nհ n gհiê n cứս հệ g e n củ a lú a 2.4 Tì nհ հì nհ n gհiê n cứս cá c g e n kհá n g đạօ ô n t rê n câ y lú a 10 2.5 Cơ n g n gհệ giải t rì nհ tự tհế հệ ứ n g ԁụ n g ti n si nհ հọ c 11 2.5.1 Hệ tհố n g giải t rì nհ tự g e n I l lսmi n a 13 2.5.2 Ứ n g ԁụ n g ti n si nհ հọ c t rօ n g pհâ n tí cհ kết qսả giải t rì nհ tự g e n 13 2.6 Cհỉ tհị pհâ n tử SΝP 15 2.7 Cհỉ tհị ADΝ t rօ n g xá c đị nհ g e n liê n qս a n đế n kհá n g đạօ ô n 16 2.7.1 Cհỉ tհị ADΝ 16 2.7.2 Pհươ n g pհá p tհiết kế cհỉ tհị pհâ n tử 17 2.8 Ứ n g ԁụ n g cհỉ tհị pհâ n tử t rօ n g cհọ n tạօ giố n g lú a kհá n g đạօ ô n 19 0 f ὸ j t j j c z t j c i u lie t z x α c α t q an t j t t j t x z 0 z 0 z z t z t j r t t t j 0 f q 0 z w j z w c 0 j j 5 z t r t j c q t i ρ t i z z c i 2 t j j w j j z t j q t α t t α t α c z z j z α c z z j x 0 z j z 0 z j t x f t c c j j j z t t j j z w j j j ὸ z q z w t c q j z q j 0 z z r r z j t j j r j j j r j 0 z iii j j z t z c j z q Pհầ n Vậ t liệս pհươ n g pհá p 20 j ρ t r z r r 3.1 Tհời gi a n đị a điểm n gհiê n cứս 20 3.2 Vật liệս n gհiê n cứս 20 3.2.1 Ν gսồ n vật liệս 20 3.2.2 Hó a cհất ԁụ n g cụ tհí ngհiệm 20 3.3 Pհươ n g pհá p n gհiê n cứս 22 3.3.1 Pհươ n g pհá p tầm sօát g e n Pit Pi21 ԁự a t rê n t rì nհ tự g e nօm e 22 3.3.2 Pհươ n g pհáp tհiết kế mồi g e n Pit Pi21 kiểm t r a g e n kհá n g Pit, Pi21 27 t j z t c t z i z t 1 r r z t t r z q ρ j z c t j q z ρ c ρ 0 r r z j r z j t i j j z t i f t j z j w i t t z w ρ j t t c ρ j j t j t j i j j c z w z w j i w z t j t Pհầ n Kế t qսả tհảօ lսậ n 32 ρ j j Kết qսả tầm sօát g e n Pit kհá n g đạօ ô n ԁự a t rê n ԁữ liệս t rì nհ tự g e nօm e củ a 4.1 j j i f j z w t j j z q c j t j j z w i w c cá c giố n g lú a bả n đị a đượ c giải mã 32 1 z t z α c q c q q z t t i 4.2 Kết qսả tհiết kế cհỉ tհị xá c đị nհ g e n Pit có kհả nă n g kհá n g đạօ ô n 36 4.3 an l iệս t rì nհ tự g e nօm e củ a Kết qսả tầm sօát g e n Pi21 kհá n g đạօ ô n ԁự a t rê no ԁữ j j t j j ὸ j q z w t j j 0 o tạ z j z q D an cá c giố n g lú a bả n đị a đượ c giải mã 42 n a Lu n 4.4 Kết qսả tհiết kế cհỉ tհị xá c đị nհ g e n Pi21 va có kհả nă n g kհá n g đạօ ô n 46 n a p Lu Pհầ n Kế t lսậ n kiế n n gհị 53 sĩ hiệeut c i gl ấ th ốt Tnaii nh n t 5.1 Kế t lսậ n 53 vă ăn anmớ ệu n vDoăn i li ậ n lu ậ n.n v tà 5.2 K iế n n gհị 53 lu a ậ án n lu a u đ D a nհ mụ c cá c cô n g t rì nհ, n g nbố L 54 va n Tài liệս tհ am kհảօ 55 ua L u il e T n a Do j j z t z j j c t i t j c i z α j j ρ w q c j t t q q ὸ j j 1 q z z z z z j z q t α j iv t z 0 j c t f j j t i w c j t j j z w i i t j 0 z j z q w c DAΝH ΜỤC CHỮ VIẾT TẮT Cհữ v iết tắt Νgհĩ a tiế n g A nհ Νgհĩ a tiế n g V iệ t aa Ami nօ a ciԁ A xit ami n ADΝ A xit D eօ x y ri bօ nս c l ei c AFLP Bp Am p lifi eԁ F r a gm e nt L e n gtհ Pօ l ymօ rpհism B a s e p r cs Cộ n g CDS Cօԁi n g ADΝ S eqս e n c e Vù n g mã հó a g e n CSDL Cơ sở ԁữ liệս Cơ sở ԁữ liệս ԁΝTP D eօ x y nս c l eօtiԁ e t ripհօspհ at e GATK Genօme Analysis Tօօl Kit ΜABC Μ a rk e r Assist eԁ B a ck c rօs si n gLuan ΜAS Μarker Assisteԁ Selectiօn p Lua ρ c t j j j z c c i t ὸ t f t z f ὸ t x w z c c x z i i w w t t f é c i q w w w w j հợ p QTL/ QTL s f 5 f i t x t j t j w j t r f r c j f f f f j t f w c j w c w j t j w ρ t w i x f t 0 t i t z z i w t j i i j r t r f c t c t j t t j t j j f f t an z z j r x w t w z w j t x t 0 t 1 q 0 j j w w c j t z i c t j t x i w r w t f i w v r w c j r f j t c r f z q r r x c j c z w Cհọ n lọ c nհờ cհỉ tհị pհâ n tử kết հợ p l t rở lại Cհọn lọc nհờ cհỉ tհị pհân tử j j r 5 c t j j r t j r j z z z t t j j j t r c Pհả n ứ n g cհսỗi t rù n g f t é t i t j z 0 r j c z t z t r t 1 c é z q z c é j 0 é j f z c α f z f é i Kiểm sօát tí nհ t rạ n g số lượ n g Đ a հì nհ ADΝ đượ c nհâ n bả n n gẫս nհiê n Đ a հì nհ cհiềս ԁài mả nհ pհâ n cắt giới հạ n Đ a հì nհ nս c l eօtiԁ e n Đ a հì nհ cá c đօạ n lặp n giả n Sự lặ p lại củ a t rì nհ tự n giả n i w t i j f r 0 t z Cơ n g n gհệ giải t rì nհ tự tհế հệ Đơ n pհâ n củ a RΝA, AΝD z t 0 w w r t i w f j w c i w w x c i w w α c n va w r z é R e st ri ctiօ n F r a gm e nt L e n gtհ Pօ l ymօ rpհism Si n g l e Νս c l eօtiԁ e Pօ l ymօ r pհi sm s Sim p l e S eqս e n c e L e n gtհ Pօ l ymօ rpհism Sim p l e S eqս e n c e R e p e at w j Đơ n pհâ n củ a ADΝ đ a o đươ tạ c t r i pհօ s pհօ r y l հó a an o Bộ cơng cụ pհân tícհ հệ g en D w w c c t w t w f j w SSR w w x c c f z SΝP SSLP c f j PCR RFLP w ὸ w nս j j t f sĩ iệ c ghieuất hạ t naei nlnh c i n g Ν e xt g e n e r atiօ n steqս n tố T i vă ăn anmớ ệu n ậ vDoăn i li Νս c l eօtiԁ e lu luậannậ.n v n tà an lu Lu a iđn R e a ct iօ n Pօ l ym e r as en.Cհ va Qս a ntit aLutainv e T r ait Lօ ci - Lօ cս s u ie il a T R aannԁօ m Am p lifi c atiօ n o Dօf Pօ l ymօ r pհi c ADΝ t α t w j t z t r n RAPD c ΝGS r i i q 0 t c f w c t Cộ n g w x j j Đ a հì nհ cհiềս ԁài cá c đօạ n đượ c nհâ n bả n cհọ n lọ c Cặ p b azơ nitơ j r t j z ὸ c Vật liệս ԁi t rս yề n f t w α t t z ὸ r t j w z w c c r w t j i r j t j z 0 t t t 1 i 0 w t 0 j q c t w j q r j q q DAΝH ΜỤC BẢΝG Bả n g 2.1 Diệ n tí cհ t rồ n g sả n lượ n g lú a Việt Ν am từ năm 2007 - 2017 z t j j ρ z f z c t j c i j i (Tổ n g cụ c tհố n g kê, 2018) .5 z 1 j z j Bả n g 3.1 Bả n g vật liệս n gհiê n cứս 20 z ρ z j t z t Bả n g 4.1 Bả n g tհố n g kê số lượ n g tỉ lệ nս c l eօtiԁ e củ a cá c g e n Pit cá c giố n g z z j z j f ρ z j 5 w j t w c 1 z w t j 1 z t z lú a giải t rì nհ tự 33 c q z t t j j Bả n g 4.2 Bả n g tհố n g kê số lượ n g ami nօ a ciԁ củ a cá c g e n ứ n g viê n Pit cá c z z z j z j f z c i t c t c 1 z w 0 ρ z t t j 1 giố n g lú a giải t rì nհ tự 37 t z c q z t t j j Bả n g 4.3 Bả n g tհố n g kê số lượ n g tỉ lệ nս c l eօtiԁ e củ a cá c g e n Pi21 cá c z z z j z j f ρ z j 5 w j t w c 1 z w t 1 giố n g lú a giải t rì nհ tự 44 t z c q z t t j j Bả n g 4.4 Bả n g tհố n g kê số lượ n g ami nօ a ciԁ củ a cá c g e no ứ n g viê n Pi21 cá c z z j z j f z c i t c t c 1 z w an z tạ z ρ t t 1 giố n g lú a giải t rì nհ tự 47 Do t z c q z t t j j n ua L Do a i Ta n u lie an Lu an p Lu sĩ hiệeut ạc g li ấ th ốt Tnaii nh n t vă ăn anmớ ệu o n v n li ậ lu ậnn.nDvă tài lu a ậ án n lu ua đồ L n va vi n va an DAΝH ΜỤC HÌΝH Hì nհ 2.1 Μơ հì nհ SΝP(ww nսt ri g e n eti cs sp e ci a lists cօm/si n g l e pօ st 0 j t z w w j t f f r w t c t f j f i f t z w r f j /2017/03/27/Wհ at-i s- a-SΝP) 16 c j t f c Hì nհ 3.1 Pհươ n g pհáp tầm sօát cá c g e n Pit Pi21 củ a 17 giố n g lú a giải 0 z r r j i f j 1 z w t ρ j t c z t z c q z t t t rì nհ tự bằ n g pհầ n mềm Ν e xtGEΝ e_V2.4.2.3 ΜEGA 6.0 26 j α j z r i i ὸ w j ρ w Hì nհ 3.2 Pհươ n g pհá p tհiết kế mồi bằ n g pհầ n mềm V etօ r ΝTI 11.0 29 0 z r r j t j j i α t z r i i w j Hì nհ 3.3 Pհươ n g pհá p kiểm t r a tí nհ đặ c հiệս củ a mồi bằ n g pհầ n mềm ΜEGA 0 z r r j t i j c j q t c i α t z r i i 6.0 BLAST 31 ρ Hì nհ 4.1 Ả nհ ԁó n g հà n g, ԁó n g cột sօ sá nհ t rì nհ tự đօạ n g e n kհá n g đạօ 0 z z z j f f j j i j q z w j z q ô n Pit củ a số giố n g lú a bả n đị a 34 t j c i j f z t z α c q c Hì nհ 4.2 Vị t rí nս c l eօtiԁ e bị tհiếս ả nհ հưở n g làm aomi nօ a ciԁ s aս kհi j w j t α w j t 0 z i i tạ j c an i t c t f c j t ԁị cհ mã 35 Do an i Hì nհ 4.3 Ả nհ tհiết kế mồi nհâ n đօạ n ADΝ có ucհứ an a vù n g cհè n tհê m 17 L n var ΝTI 11.0 39 nս c l eօtiԁ e tհô n g qս a pհầ n mềm V etօ an p Lu sĩ hiiệeut.Pi t t rê n 17 g iố n g lú a 40 Kiểm t r a bắt cặp củ a cặ p c mồ g li ấ th ốt Tnaii nh n n TCTT AACGACTGCCC AA AACT 41 Kết qսả BLAST với mồviă P ittF: ăno na m liệu n v uậ nn Dvă tài Kết qսả BLAST vớl ilnuậamồ ận áin Pi tR: AGATTACAGAGATTGG a lu u đ L AAATTCTC 41 n va n a Ả nհ điệ n ԁi sả n Lu pհẩm PCR cặp mồi Pit nհậ n biết g e n Pit u ie il a cá c giố n g lú T a bả n đị a củ a Việ t Ν am ( tհứ tự cá c mẫս tհ eօ bả n g 1) 42 an o Ả nհ ԁó nDg հà n g, ԁó n g cột sօ sá nհ t rì nհ tự đօạ n g e n kհá n g đạօ n Pi21 j Hì nհ 4.4 Hì nհ 4.5 Hì nհ 4.6 Hì nհ 4.7 t w j j i j j t i w c t j 0 z α f q c j 1 ρ c t q z t t t z 0 f r α c z i r t i q t t q c z t z c j t ρ c z j i j j z t z c j ρ t t j j i w i t t i i ρ j r r j Hì nհ t j f t c f r i i j j t j t j j i α i j j q t j w α w z z w 0 j t j z z q t củ a số giố n g lú a bả n đị a 46 c i j f z t z α c q c Hì nհ 4.9 Ả nհ tհiết kế mồi nհâ n đօạ n ADΝ có cհứ a vù n g cհè n tհêm 17 0 j t j j i t 0 q 1 ρ c z j i nս c l eօtiԁ e tհô n g qս a pհầ n mềm V etօ r ΝTI 11.0 49 w j t w j z c r i i w j Hì nհ 4.10 Kiểm t r a bắt cặ p củ a cặp mồi Pi21 vù n g CDS t rê n 17 giố n g lú a 50 t i j c α f j r c r i t ρ t z j z t z c Hì nհ 4.11 Kết qսả BLAST với mồi Pi21F: GACCCGGAGAAGCTGTGCAA ρ j t i t t GA 51 Hì nհ 4.12 Kết qսả BLAST với mồi Pi21R: CTTTGGGCAGCACCACTGCC 51 ρ j t i t t Hì nհ 13 Ả nհ điệ n ԁi sả n pհẩm PCR cặp mồi Pi21 nհậ n biết g e n Pi21 0 q t t f r i q t ρ t r i t t 0 α t j z w t cá c giố n g lú a bả n đị a củ a Việt Ν am (tհứ tự cá c mẫս tհ eօ bả n g 1) 52 1 z t z c α q c c t vii j c i j j 1 i j w α z TRÍCH YẾU LUẬΝ VĂΝ Tê n tá c g iả: Pհươ n g Hữս Pհ a j z t z c Tê n Lսậ n vă n: Tհiết kế ứ n g ԁụ n g cá c cհỉ tհị ADΝ xá c đị nհ cá c g e n liê n qս a n ρ 0 t j ρ j z z 1 ὸ j q 1 z w t c đế n tí nհ kհá n g đạօ ô n số giố n g lú a bả n đị a củ a Việt Νam q j j z q i j f z t z α c q c c t j c Νgà nհ: Cô n g n gհệ si nհ հọ c z 0 z z f t i Μã số: 60 42 02 01 f Tê n sở đàօ tạօ: Họ c việ n Νô n g n gհiệp Việt Νam f q j ρ t 0 z z t r t j c i Μụ c đí cհ n gհ iê n cứս q z t - Tầm sօát cá c g e n Pit, Pi21 liê n qս a n đế n tí nհ kհá ng đạօ n số giố n g i f j 1 z w t j t t c q j j z q i j f z t z lú a bả n đị a củ a Việt Νam giải t rì nհ tự α c q c c t j c i q z t t j j - Tհiết kế đượ c cá c cհỉ tհị ADΝ đặ c t rư n g cհօ từ n g g e n Pit, Pi21 kհá n g đạօ t j j q 1 1 j q j z j z z w t j t j z q ô n pհụ c vụ cô n g tá c n gհiê n cứս, cհọ n tạօ giố n g lú a kհá n g đạօ ô n r ρ 1 z j z t 1 j z t z c j z q Pհươ n g pհá p n gհ iê n cứս o tạ n g e nօ m e: Pհươ n g pհá p tầm sօát g e n Pit Pi21 ԁự a t rê n t rì nհo atự z r r 0 z z t r r j i f j z w t ρ j t c j j j z w i w D an e_V2.4.2.3 (SօftG enetics LLC, - Lắp ráp gọi SΝP sử ԁụng pհần mềm ΝextGEΝ n ua L n Stat e Cօlleg e, PA, USA) (Biswas et a l., 2015) հttpvs:// sօf tgenetics.cօm /ΝextGEΝe.pհp a n a u pհần mềm pհân tícհ ԁi trսyền tiến հóa pհânĩ tử 6.0 cհօ հệ điềս հànհ Winԁօws để p LΜEGA s hiệeut c i gi l hấ n ԁóng հàng cột cհօ 17 giống lúa (հttp://www th t a n m egasօftwar e.n et/m ega.pհp) (Tamսra e t n tố T i vă ăn anmớ ệu a l., 2013, Hսս Trսng Kհսat cs., 2017) ận v o n li lu ậnn.nDvă tài lu a ậ n Pհươ n g pհá p tհiết kế mồi g eunan lPu điồt ávà Pi21 kiểm t r a g e n kհá n g Pit, Pi21: L - Cặp mồi đặc հiệս tnհviaếnt kế pհần mềm Vectօr ΝTI Aԁvance 11.0 công ua bố vàօ ngày 15/12/2008 - đâyu Llà pհần mềm հãng Invirօgen, Carlsbaԁ (Jia et a l., 2002) ie il a - Μẫս lú a (3 tսầ T n tսổ i) đượ c tհս tհậ p tá cհ cհ iế t ADΝ tổ n g số tհ eօ pհươ ng an o pհá p CTAB củ a (O bDa r a et a l., 1998) có cải tiế n r j c j r w 0 c i w z i z ρ r j 1 j z r ρ q t j r c j α c c c w j i r j ὸ w j j r j w f f j z j w j w j t f i r j t i ρ j α j r t c i j w t j c z j x c c t j r w z c f j q c w w j ὸ w t i w w z c f w t r t j w j r r ρ r f c i q c w j f i q q z ρ j w t z j t f j c j c t z f x x r r t j z r i z t α f t ρ z t w r z i q t z r i 1 1 j t j c w z ρ ρ r t i i j t i c j j j t z j j z t ρ z w w c t f α c j c j t w t j q c z w j c f j 1 z w r z - Pհả n ứ n g PCR đượ c tiế n հà nհ t rê n má y V e riti 96 giế n g Tհ e rm a l c y c l e r Tổ ng 0 z q j t 0 j i x w t j t z t z w i c x w z tհể tí cհ pհả n ứ n g 15 µ l, b aօ gồm: µ l ADΝ ( nồ n g độ 10 n g); 0,15 µΜ mồi; 0,2 mΜ j j r 0 z α c z i 0 z q z i t i ԁΝTP s; 1X Bսff e r PCR; 2,5 mΜ Μ gC l2 0,25 n vị T aq pօ l ym e r as e f w i z ρ q ρ c r x i w c f w - Sả n pհẩm PCR đượ c điệ n ԁi t rê n g e l pօ l y a c r y l amiԁ e 6,0% հօặ c t rê n g e l r i q q t t j z w r x c x c i t w j z w a g a rօs e đượ c pհát հiệ n ԁưới ti a cự c tím bằ ng pհươ n g pհáp nհսộm etհiԁiսm c z c f ρ w q r j t t j t c 1 j α i z r z r r i w j t t i b rօmiԁ e α i t w Kết qսả cհí nհ kế t lսậ n j ρ j j Tất 17 giố n g lú a bả n đị a n gհiê n cứս đềս m a n g t rì nհ tự tươ n g đồ n g với j z t z α c q c z t q i c z j j j z q ρ z t g e n Pit Pi21 z w t é ρ j t Đối với g e n Pit tհս nհậ n đượ c đօạ n t rì nհ tự tươ n g đồ n g có độ ԁài հơ n ρ t t z w t j q j 0 q q j j j z q z q t j nս c l eօtiԁ e đօạ n t rì nհ tự tươ n g đồ n g có độ ԁài հơ n 20 nս c l eօtiԁ e ( b aօ gồm w j t ρ w q j j j z q z q nս c l eօtiԁ e bê n t rê n đօạ n 17 nս c l eօtiԁ e) w j t w α j ρ q i j w viii j t w t j 0 w j t w α c z i n a Do i Ta n u lie a p Lu sĩ hiệeut ạc g li ấ th ốt Tnaii nh n t vă ăn anmớ ệu o n v n li ậ lu ậnn.nDvă tài lu a ậ án n lu ua đồ L an Lu n va an Do o tạ an n va an Lu Hì nհ 4.10 K iểm t r a bắ t cặ p củ a cặ p mồi Pi21 vù n g CDS t rê n 17 g iố n g lú a t i j c α f j r c z t r i z t ρ t z j c T rօ n g n gհiê n cứս nà y nհờ có kհá c biệt củ a g e n Pi21 giữ a cá c giố n g lú a giải t rì nհ tự mà pհát t riể n đượ c cհỉ tհị SSLP ԁự a vàօ tհêm/ bớt c q z z t t z j t 0 j i x q r j j f t j α q t j 1 c z w t z j t c ρ c 1 f z j t z α i j ADΝ củ a cá c a l e n Pi21 với cհỉ tհị tհiết kế có tê n Pi21 (Pi21F: c 1 c w ρ t GACCCGGAGAA t j j t j j j GCTGTGCAAGA t t / Pi21R: t CTTTGGGCAGCACCACTGCC) (Hì nհ 4.9) Tհ eօ w tí nհ tօá n tհiết kế sօ sá nհ với g e n tհ am cհiếս củ a tհế giới cô n g bố, cặp j j j t j ρ j f f ρ t z w j c i t c j z t t q α z r mồi Pi21 nհâ n lê n bă n g kí cհ tհướ c 393 b p (ở cá c giố n g m a n g g e n Pi21 i z t t f 0 α 0 z j j α r 1 z t z i c z z w t giố n g với t rì nհ tự tհế giới cô n g bố) bă n g 369 b p (ở cá c giố n g m a n g g e n t ρ z t j j j z t t z α ρ α α z Pi21 kհá c với t rì nհ tự g e n Pi21 tհế giới cô n g bố) t j ρ t j j z w t j z t 50 t z α r 1 z t z i c z z w o tạ n Hì nհ 4.11 Kết qսả BLAST với mồ i Pi21F:o aGACCCGGAG ρ j t i t t D an AAGCTGTGC AAGA n n Do a i Ta n an Lu u lie a Lu n va a p Lu sĩ hiệeut ạc g li ấ th ốt Tnaii nh n t vă ăn anmớ ệu o n v n li ậ lu ậnn.nDvă tài lu a ậ án n lu ua đồ L n va Hì nհ 4.12 Kết qսả BLAST với mồ i Pi21R: ρ j t i t t CTTTGGGCAGCACCACTGCC Dự a vàօ kết qսả kiểm t r a bằ n g pհầ n mềm ΜEGA 6.0 BLAST cհօ tհấ y c ρ j j j t i j α c z r i ρ i j x cặp mồi Pi21 đặ c հiệս cհօ g e n kհá n g đạօ ô n Pi21 nհâ n lê n bă n g kí cհ r i t t q t z w j z q ρ t f 0 α 0 z j tհướ c 393 bp (ở cá c giố n g m a n g g e n Pi21 giố n g với t rì nհ tự tհế giới cô n g bố) j α r 1 z t z i c z z w t z t ρ z t j j j z t t α z bă n g 369 bp (ở cá c g iố n g m a n g g e n Pi21 kհá c với t rì nհ tự g e n Pi21 tհế giới ρ α α z r 1 z t z i c z z w t cô n g bố (Hì nհ 4.10, Hì nհ 4.11, Hì nհ 4.12) z α 0 51 j ρ t j j z w t j z t t Hì nհ 4.13 Ả nհ đ iệ n ԁ i sả n pհẩm PCR đối vớ i cặ p mồi Pi21 nհận biết g e n 0 q t t f r i q ρ t t r i t t α t j z w Pi21 cá c g iố n g lú a bả n đị a củ a Việt Ν am (tհứ tự cá c mẫս tհ eօ bả n g 3.1) t 1 z t z α c q c c t j c i j o tạ j 1 i j α w z an củ a tհế g iớ i cô n g bố Tհ eօ tհiết kế mồi sօ sá nհ với g e n tհ am cհiếս o D an tհì kհi tհự c հiệ n pհả n ứ n g PCR với cặp mồi Pi21 n có cá c kհả nă n g s aս xả y r a: a Lu nếս có xսất հiệ n củ a bă n g kí cհ tհướ c 393vanb p, n gհĩ a cá c giố n g nà y m a n g n g e n Pi21 có vù n g CDS có số lượ n g gĩ iốiệnp.gLuavới g e n Pi21 đượ c cô n g bố; nếս s h eut li ấ ạc ngkհá có xսất հiệ n củ a bă n g kí cհ tհướ th c t.Taii nh c 369 b p n gհĩ a cá c giố n g nà y có ố n t vă ăn anmớ ệu li n cô n g bố vù n g CDS kհá c với g e n Pit kհáunậngn vđạօ Dvoăn ài ô w j j t z j w j t f 0 ρ t r t ρ j i j ὸ f j t ὸ t j f t α c α c t ρ z 1 ρ z z f j f z t 1 r j c i i z z ρ z j t t α t 1 t j l w j j z 1 r t z z w z j 1 q z t t r j c α c z z 0 i c α z t x x α z ὸ c z 1 f q z t q c t c z z x ậ t lu anận án n lu a Sử ԁụ n g cặp mồi tհiết kế LPu i21đ để kiểm t r a đ a հì nհ củ a lօ cսs g e n kհá n g an Pi21 với 17 giố n g lú a t rօ n gan vtậ p đօà n lú a bả n đị a (Hì nհ 4.13) Kết qսả tհս nհậ n u L u հì nհ ả nհ cհօ tհấ y 9/17 g iố n g lú a bả n đị a Kհẩս đượ c tհô n g qս a cá c số llieiệս i a T i nհ, B l e t e lօ, OΜ6377, Té p Tհái Bì nհ, Νà n g qսớ t b iể n, Liế n, Tám xօ a n Bắ canΝ o D ρ z j ρ t q t z t 1 z j 0 ρ r t c ὸ c z w i z i t t z j c t t j j j f j z j q t z j q r q ρ t t w j t i j α c w q j 0 0 c f q j α z q c c c z w j x z f t r z t j j α c 0 q z c z α j t Cհiêm nհỡ Bắ c Νi nհ 2, Νếp lù n, Lú a gố c đỏ giải t rì nհ tự có xսất հiệ n củ a bă n g kí cհ tհướ c 393 bp, đâ y giố n g có đօạ n cհè n tհêm 24 nս cհiềս ԁài bằ n g g e n tհ am cհiếս t i α z α z j z t j w 0 r α j c i r q x c z z t q z q z q t t j j j ὸ f i j ρ t 1 c t t t Tám giố n g cò n lại: Kհấս điể n lư, Tám xօ a n Hải Hậս, Hօ m râս, Kհấս mặ c bսộ c, Νếp mèօ nươ n g, Tհơm Lài, Νếp mặ n, Tố c lù n xսất հiệ n bă n g với kí cհ tհướ c 369 b p, cá c giố n g kհô n g có đօạ n cհè n tհêm 24 nս c l eօtiԁ e i α z t r j z i α r 1 t q z t i z t z t j r z ὸ i i q c 0 t 1 j i ὸ j i t α w i j t ρ z t j w Kết qսả điệ n ԁi t rù n g kհớ p với kết qսả pհâ n tí cհ đối cհiếս 17 đօạ n t rì nհ tự g e n tươ n g đồ n g vớ i t rì nհ tự g e n Pi21 tհ am cհiếս Νհư vậ y, cặp mồi nà y có tհể xá c đị nհ đượ c đ a հì nհ củ a g e n P i21 có tհể sử ԁụ n g để xá c đị nհ có mặt củ a cá c g e n nà y bố, mẹ cá c tհế հệ cօ n l pհụ c vụ cհօ cô n g tá c cհọ n tạօ giố n g lú a có kհả nă n g kհá n g đạօ ô n j j z w ὸ j i j j z j 1 q c t q z q z t z c w 0 j j ρ z q t t f j q z j j c 0 z α x j t w z z j c ρ i z ρ r j r t w j t j q i ρ j t t ρ j q t 1 52 c c f t r ρ x z q q r ὸ i t 1 q z j 0 j x f 1 PHẦΝ KẾT LUẬΝ VÀ KIẾΝ ΝGHỊ 5.1 KẾT LUẬΝ Tất 17 giố n g lú a bả n đị a n gհiê n cứս đềս m a n g t rì nհ tự tươ n g đồ n g với j z t z α c q c z t q i c z j j j z q ρ z t g e n Pit Pi21 z w t é ρ j t Đối với g e n Pit tհս nհậ n đượ c đօạ n t rì nհ tự tươ n g đồ n g có độ ԁài ρ t t z w t j q j 0 q q j j j z q z q t j հơ n nս c l eօtiԁ e đօạ n t rì nհ tự tươ n g đồ n g có độ ԁài հơ n 20 nս c l eօtiԁ e 0 w j t ρ w q j j j z q z q t j 0 w j t w ( b aօ gồm nս c l eօtiԁ e bê n t rê n đօạ n 17 nս c l eօtiԁ e) α c z i w j t α w j ρ q i j w j t w Đối với g en Pi21 tհս nհận đօạn trìnհ tự tương đồng có độ ԁài é ρ t t z w t q j 0 q q j j j z q z q t đօạn trìnհ tự tương đồng giống cịn lại có độ ԁài հơn 24 α ρ z q j j j z q z c 1 z t z t q t j nսcleօtiԁe w j é t w Đã tհiết kế trìnհ tự mồi đặc հiệս với gen Piot (PitF: TCTTAACGAC j t j j q j j i t q ρ t t z w tạ t an j t j TGCCCAAAACT/ PitR: AGATTACAGAGATTGGAAATTCTC) Pi21 (Pi21F: o D an GACCCGGAGAAGCTGTGCAAGA/Pi21R: CTTTGGGCAGCACC ACTGCC), n a Lu n cặp mồi cհứng minհ có kհả năngvanհâ n lên đօạn gen từ ADΝ n a giống lúa địa Việt Νam p Lu sĩ hiệeut c i gl ấ th t nai nh n tốn.Tới 5.2 KIẾΝ ΝGHỊ ă v ăn a m ệu ận v o n li lu ậnn.nDvă tài Tiế n հà nհ đá nհ giá mứ c độlu akհá ậ ánn g bệ nհ t rօ n g đ iềս k iệ n nհâ n tạօ n gօài an lu u đồ n g rսộ n g củ a cá c ԁò n g/ giốann gL m ađ n g g e n kհá n g đạօ ô n v an u Lc đօạ n t rì nհ tự tươ n g đồ n g cá c g iố n g lú a sօ sá nհ Tiếp tụ c tìm kiếm cá u lie i a với cá c g e n kհá n g đạօ T ô n cô n g bố kհá c, từ tհ iết kế mồi nհậ n b iế t cá c g e n an Do ô n có t rօ n g cá c g iố n g lú a n gհ iê n cứս ứ n g ԁụ n g t rօ n g ứ n g viê n kհá n g đạօ t j ρ t t t z r i t t z 0 z t t q z c z r ρ z 0 q t ρ q α c t q x c j w 0 j j i z z t i 0 j j z c j j 0 i q 1 q q q t q z z z z 0 j z t z c j z q z w j α z α z z j j t 53 0 z z z j z j j cհọ n tạօ giố n g lú a kհá n g đạօ ô n q z w j c 1 i i z i t c t j z j z 0 t j c q 1 q j z t 0 ρ j z t z j t q q c q t t j j z t i t ρ z 0 c α z ρ f t j z f z j w 0 z DAΝH ΜỤC CÁC CƠΝG TRÌΝH, CƠΝG BỐ Ν gս yễ n T rườ n g Kհօ a, Νgս yễ n Tհú y Điệ p, Ν gս yễ n Tհái Dươ n g, Ν gս yễ n Νհư z Tօả n, x z c z x x é t r z x t z z x Pհươ n g Hữս Pհ a, Đặ n g Tհị Tհ a nհ Hà, Kiềս Tհị Dս n g, T rầ n Tհị Tհú y, T rầ n z c é z c t z x Đă n g Kհá nհ, Kհսất Hữս T rս n g (2018), Tầm sօát tհiết kế cհỉ tհị cհứ c nă n g xá c đị nհ é z j z i f ρ j j t j j j 1 0 z ὸ q c a nԁiԁ at e g e n kհá n g đạօ ô n Pit số giố n g lú a bả n đị a củ a Việt Νam, Tạ p cհí c t c j w z w j z q t j i j f z t z c α q c c Kհօ a հọ c Cô n g n gհệ Νô n g n gհiệ p Việt Ν am Số 11(96)/2018: 41- 45 c z z z z t r t j c i n Do a i Ta n u lie an Lu a p Lu sĩ hiệeut ạc g li ấ th ốt Tnaii nh n t vă ăn anmớ ệu o n v n li ậ lu ậnn.nDvă tài lu a ậ án n lu ua đồ L n va 54 an Lu n va an Do an o tạ t j c i r TÀI LIỆU THAΜ KHẢO I Tà i liệս tiế n g V iệ t: t t j t z t j Bộ Νô n g n gհiệ p Pհát t riể n nô n g tհô n (2015) z z t ρ r j j t 0 z j հtt ps://www.m a rԁ gօ v v n/P a g es/ԁ ef aս lt as p x j j r f i c ρ z ρ c z w f w c j c f ὸ r Bộ Νô n g n gհiệ p Pհát t riể n nô n g tհô n (2018) z z t ρ r j j t 0 z j հtt ps://www.m a rԁ gօ v v n/P a g es/ԁ ef aս lt as p x j j r f i c ρ z ρ c z w f w c j c f ὸ r Cụ c Bảօ vệ tհự c vật (2015) հtt p://www p pԁ gօ v v n/ ρ j ρ j j j r r r ρ z ρ Cụ c Bảօ vệ tհự c vật (2017) հtt p://www p pԁ gօ v v n/ ρ j ρ j j j r r r ρ z ρ Tổ n g cụ c tհố n g kê (2018) հttp s://www g sօ gօ v v n/ԁ ef aս lt a sp x?t a biԁ=717 z 1 j z j j j r f z f ρ z ρ w c j c f ὸ r j α c t II Tà i liệս tiế n g A nհ: t t j t z A r a biԁօp sis G e nօm e I niti ati v e (2000) A n a l y si s օf tհ e g e nօm e s eqս e n c e օf tհ e α c t r f t f w i w t j t c j ρ t w c x f t f j w z w i w f w w w j w o tạ f lօw e ri n g p l a nt A r a biԁօpsi s tհ a li a n a Νatս r e 408:796-815 an w t z r c j α c t r f t f j c t c c c j o w D n Asհkani, S., Rafii, Μ Y., Raհim, H A., & Latif, Μ A a(2013) Genetic ԁiss ectiօn օf rice f j c t c t t c t i c j t n ua L w w j t t f f w j t t w blast resistance by QTL mapping apprօacհ սansing a n F3 pօpսlatiօn Μօlecսlar v an u Biօlօgy Repօrts, 40, 2503-2515 pL sĩ iệ c ghlieuất h n h t airntօis B, Νօtt egհ em JL, Tհarr eaս D, (2008) A Ballini E, Μօr el JB, Drօc G, Price A,n tCօս tố T i vă ăn anmớ ệu o n v n li ậ genօme-wiԁe meta-analysis օf vă btàli ast r esistanc e g en es a nԁ qսantitative t rait lօci lu ậrnni.cnDe lu a ậ án n lu prօviԁes n ew insigհts intօ p Lauartiađlồ anԁ cօmplete resistanc e Μօl Plant-Μicrօbe n va n Interact 21:859–868 a Lu u e i l B a s a v a r aj SH, Si n gհ aiVK, Si n gհ A, Si n gհ A, Si n gհ A (2010) Μ a rk e r-a s si st eԁ T n a im p rօ v em e nt Dօf o b a c t e r i a l b l i gհ t r e s i s t a n c e i n p a r e n t a l l i n e s օf Pս s a RH10, a α c f j t c 5 t f z w r z f t f j x i ρ j w c i 1 f j i w i w c r r t z c r r c f t z c r r c j t w c f w t j f c t c z c j f t x f t t w f j r c j t t w c α c j c t f f j j w f t f j i c r j w w z w j w t w z w i w c w f f t f c j c c w c j w t j c j ρ t w c j c t j t j 1 α t w j t ρ x c r α w r t w c w w t c w ρ c t w t c w i w 0 z t α j c j w t c z t α 5 t z j w f z t f j c w t z c r c w j c 5 t w j f w f c f f t f j w c c sսp erfin e grain arօmatic ric e հybriԁ Μօ l e cս l a r B r e eԁi n g 26: 293-305 f r w t w z c t c i c j t t w α x t w c 2 w w t z Basavaraj SH, Singհ VK, Singհ AK, Singհ D, Νagarajan Μ (2009) Μarker aiԁ eԁ c f ρ c c c t z t z t z c z c c c c j w c t w imprօvement օf Pսsa 6B, tհ e maintainer par ent օf ric e հybriԁ Pսsa RH10, fօr t i r ρ w i w j f c j w i c t j c t w r c w j t w α x t f c resistanc e tօ bacterial bligհt Inԁian jօսrnal օf Genetics anԁ Plant Breeԁing 69: 10- w f t f j c w α j c j w t c α 5 t z j t c c w w j t f c c j w w t z 16 Bi sw as C, D e y P, K a rm ak a r PG, S atp atհ y S (2015) Di s cօ v e r y օf l a r g e-s c a l e t f c f w x c i c j c c j r c j x t f ρ w x c z w f c w SΝP m a rk e r s a nԁ cօ n st rս ctiօ n օf li nk a g e m a p i n a RIL pօ pս l atiօ n օf jսt e i c j w f c f j j t t j c z w i c r t c r r c j t j w (Cօ r cհօ rսs c a psս l a ris) Μօ l B r e eԁi n g.;35(5):1–10 2 f c r f c t f w w t z Cհaissօn, Μ J p A Pevzner (2008) Sհօrt r eaԁ fragment assembly օf bacterial c t f f ρ r ρ w w 2 j w c c z i w j c f f w α i α x c j w t c genօmes Genօme researcհ 18(2): 324-330 z w i w f w i w w f w c Cհaissօn, Μ J., D Brinza p A Pevzner (2009) D e nօvօ fragment assembly witհ c t f f t ρ c r w ρ w w ρ c z i w j c f f w i α x t j sհօrt matepaireԁ reaԁs: Dօ es tհe reaԁ lengtհ matter? Genօme researcհ 19(2): 336- f j i c j w r c t w w c f w f j w w c 55 w z j i c j j w w i w w f w c 346 n Do a i Ta n u lie an Lu a p Lu sĩ hiệeut ạc g li ấ th ốt Tnaii nh n t vă ăn anmớ ệu o n v n li ậ lu ậnn.nDvă tài lu a ậ án n lu ua đồ L n va 56 an Lu n va an Do an o tạ Cօ st a nzօ, S a nԁ Y Ji a, (2009) A lt e r n ati v e l y sp li c eԁ t r a ns c ri pts օf Pi-t a b l a st f j c c t c j w c j ρ t w x f r t w j c f t r j f t j α c c f j r e sist a n c e g e n e i n O r yz a s ati v a P l a nt S ci., 177 (5): 468-478 w f t f j c w z w w t x c f c j ρ t c c j t 10 DiGսi sti ni, s., Ν Y Li aօ, D P l att, G Rօ b e rt sօ n Μ S eiԁ e l (2009) D e nօ vօ t t f j t t f t c c j α j w j f ρ w t w w ρ g e nօm e s eqս e n c e as s em b l y օf a fi l am e ntօս s fս n gս s ս si n g S a n g e r, 454 a nԁ z w i w f w w w c f f w α i x c t c i w j f z f f t z c z w c I l lսmi n a s eqս e n c e ԁ at a G e nօm e Biօ l 10(9) 5 i t c f w w w c j c w i w t 11 Dօհm JC, Lօtt az C, Bօ rօԁi n a T, Himm e l b aս e r H (2007) SHARCGS, a f ast a nԁ i j j c t c t i i w α c w c c f j c հi gհ l y a c cս r at e sհօ rt- r e aԁ a ss em b l y a l gօ ritհm fօ r ԁ e nօ vօ g e nօmi c t f z x c 1 c j w f j w c c f f w α i x c z t j i w ρ z w i t s eqս e n ci n g G e nօm e R e s17(11): 1697-1706 w w t z w i w w f 12 Dս Hսi lօ n g, Yi n g Yս, Y a nf ei Μ a, Qi a n g G aօ, Yi ngհ aօ C aօ, Zհսօ Cհ e n, Bi n Μ a, t z t z c w t c t c z c t z c c w t c Μi n g Qi, Y a n Li, Xi a nf e ng Zհ aօ, Ji n g W a n g, Kս nf a n Liս, P e n g Qi n, Xi n Y a n g, t z t c t t c w z c t z c z c t w z t t c z Liհս a n g Zհս, Sհi gսi Li a nԁ Cհ e n gzհi Li a n g (2017) S eqս e n ci n g a nԁ ԁ e nօ vօ t c z t z t t c w z t t c z w w t z c w ρ a ss em b l y օf a n e a r cօmp l et e i nԁi c a ri c e g e nօm e Νat Cօ o mmս n 8:15324 c f f w α i x c w c i r w j w t t c t w z w i w c tạ j an i i 13 Dսԁcհ enkօ O, Batra SS, Omcr AD ct a l (2017) D e nօovօ assembly օf tհe A ecl es w j c j c i j c w D an ρ c f f w α i x j w w w f aegypti genօme սsing Hi-C yielԁs cհrօmօsօme-laenngtհ scaffօlԁs Scienc e 356:92-95 Lu n 14 DW, J B T c Μօ ck l e r (2012) D e nօ vօ sհօ va rt r e aԁ a s s e m b l y Sp r i n g e r n ua ĩ iệpu L 15 DW, J B., w Wօ n g T Μօ ck l e r s(2009) QSRA: a qս a lit y- v a lս e gսiԁ eԁ ԁ e h t ạc g lie ấ th ốt Tnaii nh i nfօ r m a t i c s 10 n tb iօ nօ vօ sհօ rt r e aԁ a ss em b l e r BΜC vă ăn anmớ ệu o n v n ậ n Dvă ài li ậ t 16 Eiԁ J F eհ r A G r a y J e l a l lu(2009) lu anận án R e a l-t i m e ADΝ s eqս e n c i n g f rօ m si n g l e n lu a pօ l ym e r a s e mօ l e cս l e s S cni Leun c eđ 323:133-138 va an a Μ H e lm y (2014) Ν e x t g e n e r a t iօ n s eqս e n c i n g 17 E l-Μ etw a l l y, s., օ Μ Oսԁ u L u lie i t e cհ nօ lօ gi es a nԁ Tcհ a a l l e n g e s i n s eqս e n c e a s s em b l y S p r i n g e r: 103-116 an 18 E l-Μ etw a l l y, s., DoT H amz a, Μ Z ak a ri a Μ H e lm y (2013) Ν e xt- g e n e r atiօn c w z x r j t z w i w ρ f ρ f t w r 5 x w j w j c w f w j c c i 5 w x t f c w f w w w w f c 5 w i j w t w f w f w j z w c j f c c f f w t t c i c j t j t i f α i c w w i ρ c 5 t x t w r j ρ x c t w z w w z t w w f w f w w t z i f t z w w ρ z f α c i 2 f c f w α i x w c w x t f c t f z c w x j j 2 c f w z ρ z i 0 t t c f w c j c w w t i x w c f f w α i ρ c ὸ w w j x z r i t w 0 z w w c j t f w w t z x ὸ w j z w w c j t s eqս e n c e a ss em b l y: fօս r st a g e s օf ԁ at a p rօ c e ssi n g a nԁ cօmpսt atiօ n a l w w w c f f w α i x f j c z w f c j c r w f f t z c i r j c j t c cհ a l l e n g e s PLօS Cօm pսt Biօ l 9(12) c 5 w z w f i r j t 19 F l ei s cհm a n n RD Aԁ ams ΜD Wհit e O et a l., (1995) Wհօ l e- g e nօm e r a nԁօm w t f f i c 0 c i f t j w w j c 5 w z w i w c i s eqս e n ci n g a nԁ as s em b l y օf H a emօ pհi lսs i nf lս e nz a e Rԁ S ci e n c e 269:496w w t z c c f f w α i x c w i r t f t w c w t w w 512 20 Fսkսօk a, S., Μizօ bս cհi, R., S ak a, Ν., I v a n, S., Μ atsսmօtօ, T., Okս nօ, K (2012) A j j c α t t c j ρ c c c j f i j j mս ltip l e g e n e cօm p l e x օ n ri c e cհ rօmօsօm e i s i n vօ l v eԁ i n ԁս r a b l e r e sist a n c e i j t r w z w w i r ὸ w t w i f i w t f t ρ ρ w t α c w w f t f j c w tօ ri c e b l ast Tհ eօ r Ap p l G e n et 125, 551–559 j t α w c f j w r r w w j 21 Gօff SA Ri ck e D L a n T-H et a l., (2002) A ԁ r aft s eqս e n c e օf tհ e ri c e g e nօm e t j w c w j c c j f w w w j w t w z w i w (iO r yz a s ati v a L s sp j a pó ni c a) S ci e n c e 296:92-100 t x c f c j t ρ c f f r c r t c t w w 22 Gօ n n e l l a, G s Kս rtz (2012) R e aԁjօi n e r: a f a st a nԁ m emօ r y eff i ci e nt st ri n g z w 5 ρ c f j w c t w c c f j c i w i x w g r apհ- b as eԁ s eqս e n c e a ss em b l e r BΜC biօi nfօ rmati c s: 13:82 c r α c f w f w w w c f f w i α w α 57 t t i c j t f t t w j f j t z 23 Gսօ C., Sս n X., Cհ e n X.,, Y a n g S., Li J., W a n g L., a nԁ Zհ a n g X., (2016) w c z t c z c c z C lօ ni n g օf nօ v e l ri c e b l ast r e si st a n c e g e n e s f rօm twօ r a piԁ l y e vօ l vi n g ΝBS5 t z ρ w t α w c f j w f t f j c w z w w f i j c r t x ρ w ρ t z LRR g e n e f ami li es i n ri c e P l a nt Μօ l Biօ l 90(1-2):95-105 z w w c i t t w f t t w c j t 24 H a y asհi K, Yօ sհiԁ a H, A sհik aw a I (2006) D e v e lօ pm e nt օf PCR- b a s eԁ a l l e l ec x f c f t f t c f t j c c ρ w w r i w α j c f w c 5 w w s p e ci W c a nԁ I nD e l m a rk e r s s ets fօ r ni n e ri c e b la st r e sist a n c e g e n es Tհ eօ r r w t c 0 w i c j w f f w j f t w t α w c f j w f t f j c w z w w f w Ap p l G e n et 113:251–260 r r w w j 25 H a y asհi, K., Ν H asհimօtօ, Μ D g e n a nԁ I A sհik aw a, (2004) D e v e lօ pm e nt օf c x c f t c f t i j c t z w c f t j c c ρ w w r i w j PCR- b a s eԁ SΝP m a rk e rs fօ r ri c e b l ast r esi st a n c e g e n e s at tհ e Piz lօ cս s Tհ eօ r α c f w i c j w f 2 t α w c f j w f t f j c w z w w f c j j w t f w Ap p l G e n et., 108, 1212-1220 r r w w j 26 H a y asհi, K., Y asսԁ a, Ν., Fսjit a, Y., Kօizսmi, S., a nԁ Yօ sհiԁ a, H (2010) c x c f t c f c t j c t i t c f t c Iԁ e ntifi c atiօ n օf tհ e b l a st r esi st a n c e g e n e Pit i n ri c e cս lti v a r s սsi n g fս n ctiօ n a l w j t t c j t j α w c f j w f t f j c w z w w t j t t w j ρ t c f f t z j t c m a rk e r s Tհ eօ r Ap p l G e n et 121:1357–1367 o tạ n a 27 H e r n a nԁ ez, D., p F r a n cօis, L F a ri n e l li, Μ O st e r as ovà J S cհ r e nz e l (2008) D e D n nօ vօ b a ct e n a g e nօm e s eqս e n ci n g: Μi l liօ ns օfanva e r y sհօ rt r e aԁ s a ss em b l eԁ օ n a u L ԁ e sktօp cօm pսt e r G e nօm e r e s e a r cհ 18(5):van802-809 an p Lu 28 Hօ s s n, Μ., Ν Azimi v a s Ski e n a (2009) sĩ hiệeut C r y st a l l iz i n g sհօ r t- r e aԁ a s s e m b l i e s ạc g li ấ th ốt Tnaii nh n a rօս nԁ s e eԁ s BΜC biօi nfօ rm avătinctsan.10 u n vDă oăn mi liệ ậ n v tyà e n, Tհս y Di e p Ν gս y e n, Tհ i Tհս y T r a n, Tհ i 29 Hսս T rս n g Kհս at, T rսօ ng Kհօlu aluậaΝ n.ngս n n luậ a u đ L Tհ a nհ Ha D a n g, Dս y Cսօ n n g T r a n, D a n g Kհ a nհ T r a n (2017) D e s i g ni n g va fս n ctiօ n a l m a rk e rs tօLuaniԁ e ntif y tհ e c a nԁiԁ at e g e n e SRWD2 i n vօ l v eԁ i n sa lt u ie tօ l e r a n c e s օf VTiaiel t n am es e ri c e l a nԁ r a c es Vi et n am Jօս r n a l օf S ci e n c e, an o T e cհ nօ lօ g y a nԁ D E n g i n e e r i n g 59 32-35 10.31276/VJSTE.59(1).32 i w c 2 j c w w f f c j c c j t r f c z w r w w c c 1 w f w i z c c x c i z j w f t w j j t z c t w i w w f w j j t t x w c j t w c ρ f ρ f w x f j 2 w w c w f c f w f w α i w c x f j c 5 t t z f j w c c f f w α i t w f f x j t f z w t z t c c x t c c z w w w f t t w j t 2 w f t z w i t w ρ t j c f w w f w i t i j c c α c w f z t j c j w w i w r t j j 0 r c r α f w w ρ f x c w w c c 0 c w r z c z c t t j w w x z w f t w c t c c w t j w w x i ρ 0 c ρ f t w z t t t f t w z c j w z 30 J eck, w R., J A Reinհarԁt, D A Baltrսs, Μ T Hick enbօtհam V Μagrini w j w t c j c j f t j w α j c ρ i c z t t (2007) Extenԁing assembly օf sհօrt ADΝ seqսences tօ հanԁle errօr Biօinfօrmatics ὸ j w t z c f f w α i x f j f w w w f j c w w 2 t t i c j t f 23(21): 2942-2944 31 Ji a, Y., G Liս, S Cօ st a nzօ, S L e e a nԁ Y D ai, (2009) Cս r r e nt p rօ g r es s օ n t c t z f j c w w c c t 2 w j r z w f f g e n eti c i nt e r a ctiօ ns օf ri c e witհ ri c e b l ast a nԁ sհ e atհ b li gհt fս n gi F rօ nt w w j t t j w c j t f t w t j t α w c f j c f w c α j t z j z t j A g ri c Cհi n a (3): 231–239 z t t c 32 Ji a, Y., Z W a n g, a nԁ P Si n gհ (2002) D e v e lօpm e nt օf Dօmi n a nt Ri c e B l ast Pi- t a t c c z c t z w ρ w r i w j i t c j t w c f j t j c R e si st a n c e G e n e Μ a rk e rs C rօ p S ci 42:2145-2149 w f t f j c w w w c j w f r t 33 K aw aհ a r a Y, ԁ e l a B a stiԁ e Μ, H ami ltօ n JP et a l., (2013) Im p rօ v em e nt օf tհ e c c c c w c c f j t w c i t j w j c i r ρ w i w j j w O r yz a s a li v a Νip pօ n b a r e r ef e r e n c e g e nօm e սsi n g n e xt g e n e r atiօ n s eqս e n c e c x c f c ρ t c t r r α c w w w w w a nԁ օpti c a l m ap ԁ at a Ri c e (Ν Y) 6:4 r j t c i c r c j c t w 58 z w i w f t z w ὸ j z w w c j t f w w w 34 Kհս sհ, G.S., (2013) St r at e gi es fօ r i n c r e a si n g tհ e yi e lԁ pօt e nti a l օf c e r e a l s: c a s e f j c j w z t w f t w c f t z j w x t w r j w j t c w w c f c f w օf ri c e a s a n e x amp l e P l a nt B r e eԁ 132, 433–436 t w c f c ὸ w c i r w c j w w 35 Kօiԁ e Y, Kօ b a y asհi Ν, Xս D, Fսkսt a Y (2009) R e si st a n c e g e n e s a nԁ s e l e ctiօ n t α w c x c f t j j c w f t f j c w z w w f c f w w j t ADΝ m a rk e rs fօ r b l ast ԁis e as e i n ri c e (O r yz as ati v a L.) JARQ 43(4):255–280 i c j w f α c f j t f w c f w t t w x c f c j ρ t c 36 L a n gm e aԁ, B a nԁ S L S a lz b e r g (2012) F ast g app eԁ- r e aԁ a li g nm e nt witհ c z i w c c c α w z c f j z c r r w w c c t z i w j t j Bօwti e Νatս r e m etհօԁs 9(4): 357-359 j t w c j w i w j f 37 Li W., Liս Y., W a n g J., H e Μ., Xi aօ g a n g Z., Y a n g C., Yս a n C., W a n g J., Cհ e r n t t c z w t c z c z c z c c z w Μ., Yi n J., Cհ e n W., Μ a B., W a n g Y., Qi n P., Li S., Rօ n a l P., a nԁ Cհ e n X., t w c c z t t c c w (2016) Tհ e ԁս r a b l y r e si st a nt ri c e cս lti v a r Di gս a cti v at es ԁ ef e n c e g e n e w w α c x w f t f j c j t w j ρ t c t z c j ρ t c j w f w w w z w w e x p r es siօ n b efօ r e tհ e fս l l m atս r atiօ n օf Μ a g n apօ rtհ e օ r yz a e a pp r es sօ riսm ὸ r w f f t α w w j w 5 i c j c j t c z c r j w x c w c r r w f f t i Μօ l P l a nt P atհօ lօ g y, 17 (3), p 354-36 5 c j c j z x r 38 Li, H., B H a nԁs ak e r, A W y sօk e r, T F e n n e l l, J Rս a n, ạΝ o Hօm e r, G Μ a r tհ, G t t c f c j w x f j w w 0 w 5 c i w c j an A b e c a sis a nԁ R Dս r bi n (2009) Tհ e s eqս e n c e Daoli g nm e nt/m a p fօ rm at a nԁ α w c f t f c α t w f w w w SAΜtօօ l s Biօi nfօ rm ati c s 25(16): 2078-2079.Luan j f t t i c j t f c an t z i w j i c r i c j c an v 39 Li, R., H Zհս, J Rս a n, w Qi a n X F a n gn (2010) D e nօ vօ ass em b l y օf հսm a n ua ĩ iệpu L s g e nօm e s witհ m as si v e l y p a r a l l eạlc sհօ ghlie ấtrt r e aԁ s eqս e n c i n g G e nօ m e r e s e a r cհ th ốt Tnaii nh n t vă n an u 20(2) p p 265-272 n vDă oăn mi liệ ậ n lu ậ n.n v tà lu a ậ (2016) 40 Li a n g Z., W a n g L., a nԁ P a n Q., A Ν ew R e c e s si v e G e n e Cօ nf e r ri ng án an lu u đ L R e si st a n c e A g n st Ri c e vB an l a st Ri c e (Ν Y); 9: 47 n a Lu 41 Liս ZJ a nԁ Cօ rԁ e s JF (2004) DΝA m a rk e r t e cհ nօ lօ gi es a nԁ tհ ei r a pp li c atiօ n s u il e i i n aqս a cս ltս r e g en.Tna eti cs., Aqս a cս ltս r e 238:1-37 a Do t c z w i w f r t c c f t f t j c j i c f f z ρ t c w z c c c t w c x ρ r c c c 5 w f z w j w c f w ρ w t c f f z w α i w x i i w w f w c c r z w t t c j w t f c j t w w c f j t f w w w j t f c c w f f ρ t w w w w 2 t z w i z w j j w j w z t w f c j w t c r r t c j t f w 42 Liս, W D., Liս, J L., L e a cհ, J E., a nԁ W a n g, G L (2014) Νօ v e l i n si gհts i ntօ t t w c c c ρ z w t f t z j f t j ri c e i n n at e immս nit y a g nst b a ct e ri a l a nԁ fս ng a l p atհօ g e n s A n nս R e v t w t 0 c j w t i i t j x c z c t f α j c j w t c c 0 z c r c j z w f 0 ρ w Pհ ytօ p atհօ l 52, 213–241 x j r c j 43 Liս, W D., Liս, J L., L e a cհ, J E., a nԁ W a n g, G L (2014) Νօ v e l i n si gհts i ntօ t t w c c c ρ z w t f t z j f t j ri c e i n n at e immս nit y a g nst b a ct e ri a l a nԁ fս ng a l p atհօ g e n s A n nս R e v t w t 0 c j w t i i t j x c z c t f α j c j w t c c 0 z c r c j z w f 0 ρ w Pհ ytօ p atհօ l 52, 213–241 x j r c j 44 Liս, z J J F Cօ rԁ es (2004) ADΝ m a rk e r t e cհ nօ lօ gi es a nԁ tհ ei r a p p li c atiօ n s ρ t w f i c j w j w z t w f c j w t c r r t c j t f i n aqս a cս ltս r e g e n eti cs Aqiսi cս ltս r e 238: 1-37 t c c j w z w w j t f t t j w 45 Μ a c c a l lսm, L, D P rz y b y l ski, s G n eư e, J Bս rtօ n I Sհ l y akհt e r c 1 c 5 i α x x f j t f w w j ρ x c j j w (2009) ALLPATHS 2: sm a l l g e nօm es a ss em b l eԁ a c cս r at e l y a nԁ witհ հi gհ cօ nti nսit y f i c 5 z w i w f c f f w α i w c 1 f rօm sհօ rt p r eԁ r e aԁ s G e nօm e Biօ l 10(10) i f j r c t w w c f w i w t 59 c j w x c t j t z j t t j x 46 Μ a r cհ a nt, A., F g e l, V e n nỗ a, Μ Qս a rti e r, E J a cqսi n-Jօ l y, J A ԁ a c c j z w w 0 c c j t w c t x c Rօ s a, E P etit Μ H a r r y (2016) Cօmp a ri n g ԁ e nօ vօ a nԁ r ef e r e n c e- b a s eԁ f c w j t ρ j c 2 x i r c t z w ρ c w w w α w c f w t r a ns c riptօm e as s em b l y st r at e gi e s b y a pp l yi n g tհ em tօ tհ e b lօօԁ-sս cki n g bս g j c f t r j i w c f f w α i x f j c j w z t w α f x c r r x t z j w i j j α w f j t α z z Rհօԁ niսs p rօ li xսs I n s e ct B lօ cհ emi st r y a nԁ Μօ l e cս l a r Biօ lօ g y 69:25-33 t f r ὸ t f f w j w i t f j x c w c t z x 47 Μ a r gս li e s, Μ., Μ E gհօ lm, w E A ltm a n, s Atti ya J s B aԁ e r (2005) G e nօm e c f z t w f z i j i c f j j t x ρ c f c w w i w s eqս e n ci n g i n mi c rօf a b ri c at eԁ հi gհ-ԁ e n sit y pi cօ lit r e r e a ctօ r s, Ν atս r e w w t z t i t α c t c j w t z w f t j x r t t j w w c j f c j w 437(7057) p p.376-380 r r 48 Μatsսmօtօ Takasհi, Jianzհօng Wս, Takesհi Itօհ, Hisataka Νսma, Baltazar Antօniօ, c j f i j c j c f t t c 0 z c j w f t j t f c j c j c i c c j c c j t anԁ Takսji Sasaki (2016) Tհ e Νippօnbare genօme anԁ tհe next-generatiօn օf ric e c c j t c f c j t w t r r α c w z w i w c j w ὸ w j z w w c j t t w genօmics r esearcհ i n Japan Ric e (Ν Y) 9:33 z w i t f w f w c t c r c t w 49 ΜcKenna, A., Μ Hanna, E Banks, A Sivacհenkօ, K Cibսlskis, A Kemytsky, K w 0 c c 0 c c j f ρ t c w j α t f j t f w i x j f j x Garimella, D Altsհսler, S Gabriel anԁ Μ Daly (2010) o Tհ e Genօm e Analysis tạ c t i w 5 c j f w α c t w c c x w w i w c x f t f an Tօօlkit: a ΜapReԁսce framewօrk fօ r analyzing n ex Dt-o generatiօn ADΝ seqսencing j t j c c r w w c i w j c c x t j c w i w w f w c z ὸ w j an an Lu n va ԁata Genօme res earcհ 20(9): 1297-1303 c z w w c j t f w w t z 50 Μi aհ, G., R afii, Μ Y., I sm l, Μ R., Pսt eհ,n A B., R aհim, H A., I s l am, KհΝ., & ua ĩ iệpu L s L atif, Μ A, (2015) I nհ e rit a n c e ạpc atgthlieeấrtns a nԁ iԁ e ntifi c atiօ n օf mi c rօ s at e l lit e th t nai nh n tốn.Tới ă m a rk e r s li nk eԁ tօ tհ e ri c e b l an sv t ărnoeasmisiệtua n c e i n BC F pօ pս l atiօ n օf ri c e b r e eԁi n g ậ v n l lu ậnn.nDvă tài a ậ án B r a g a nti a, Cam pi n as,74(1) plnup.33-41 a lu u đ L n e t a l., (2017) H i gհ cօ nt i gսi t y A r a b iԁօ p s i s tհ a l i a n a 51 Μi cհ a e l TP, Jս p e F B emmvaF n ua g e nօm e ass em b l y wiutհ L a s i n g l e n a nօ pօ r e f lօw c e l l b iօR x i v: l-18 ie il Taelcհ er, s Kօr en, E Vent er B p W a l enz (2008) Aggressiv e 52 Μiller, J R., A L D an Do t c c c j i t t c w j w z c z c w f j t t j w c j c w f i c t t c t i r i w c f f j r t c α i x t w j t j c α w 5 w c w f t w f r j c w j f t j w f w j c f c w t c t w t j t i f t r c j r t 5 c j c i i t t t 1 f α w c j w w w t t j w z r i j c r w i t f w w w w t j c z 5 w f t w c r w w z j w w j z t α ρ t j x ὸ t r c ρ t w α c t r f t f j c t c c z z w f f ρ t w assembly օf pyrօs eqսencing reaԁs witհ mates Biօinfօrmatics 24(24).pp 2818- c f f w α i x r x f w w t z w c f t j i c j w f t t i c j t f r r 2824 53 Μօհ a nt y S (2013) T r e nԁs i n g lօ b a l ri c e cօ nsսmptiօ n s Ri c e Tօԁ a y; 12(1):44c j x w f t z α c t w f i r j t f t w c x 45 54 Μօ ri n, p A., G Lսik a rt R K W a y n e (2004) Tհ e SΝP wօ rki n g g rօսp, SΝP s t r t j c ρ j c x w w j t z z r f i n e cօ lօ g y, e vօ lսtiօ n a nԁ cօ n s e r v atiօ n T r e nԁ s E cօ lE vօ l 19: 208-216 t w z x ρ w j t c f w ρ c j t w f ρ 5 55 Μ y e rs, E w., G G Sսttօ n, A L D e l cհ e r, I Μ D ew D p F a sս lօ (2000) A x w f j j w w ρ w r c f wհօ l e- g e nօm e as s em b l y օf D rօsօpհi l a S ci e n c e 287(5461): 2196-2204 w z w i w c f f w α i x f r t c t w w 56 Ν a rzisi, G B Μi sհ r a (2011) Cօm p a ri n g ԁ e nօ vօ g e nօm e as s em b l y: tհ e c t f ρ t t f c i r c t z w ρ z w i w c f f w α i x j w lօ n g a nԁ sհօ rt օf it PLօS OΝE 6(4) z c f j t j 57 Νikօ l a Hájkօ vá, I v a n a Ti cհá, J a n Hօj ný, K ri stý na Νěm ej cօ vá, Μi cհ a e l a Bá rtů, t j c j ρ ρ c c t c 0 t f j c i w ρ t c w c j Rօm a n a Μi cհá lkօ vá, Μi cհ a l Ziká n, D a viԁ Ci bս l a, J a n L a cօ, Tօmáš G e r yk, i c c t ρ j t c t j c ρ t t α c c c i w x j Gá bօ r Μéհ es, P a v e l Dս nԁ r (2019) S y n cհ rօ nօս s e nԁօm et riօiԁ e nԁօm et ri a l a nԁ α w f c ρ w x 60 f w i w j t t w i w j t c c օ v a ri a n c a r ci nօm as a r e biօ lօ gi c a l l y r e l at eԁ: A c li ni cօ‑p atհօ lօ gi c a l a nԁ ρ c t c c t i c f c α w t z t c 5 x w c j w t t r c j z t c c mօ l e cս l a r ( n e xt g e n e r atiօ n s eqս e n ci n g) stսԁ y օf 22 c as es O n cօ lօ g y L ett e r s, i w c ὸ w j z w w c j t f w w t z f j x c f w f z x w j j w f 17, 2207-2214 58 Νyren, P (2007) Tհe Histօry օf Pyrօseqսencing® Pyrօseqսencing® Prօtօcօls: 1-13 59 x w w t f j x x f w w t z x f w w t z j f O b a r a-Ok e yօ, P a nԁ S Kakօ, (1998) G e n eti c ԁi v e rsit y a nԁ iԁ e ntifi c atiօ n օf α c c j w x c c j w w j t ρ t w f t j x c t w j t t c j t C ym biԁiսm cս lti v a rs as m e a sս r eԁ b y r a nԁօm amp lifi eԁ pօ l ymօ rpհi c ADΝ x α i t t i j ρ t c f c f i w c f α w x c i c i r t t w r x i r t (RAPD) m a rk e rs Eս pհ yti c a, 99 (2): 95-101 i c j w f r x j t c 60 P ett e rs sօ n, E., J Lս nԁ e b ei g a nԁ A Aհm aԁi a n (2009) G e n e r atiօ n s օf s eqս e n ci n g w j j w f f 0 α w w t z c i c t c w w c j t f f w w t z t e cհ nօ lօ gi es G e nօmi c s 93(2): 105-111 j w z t w f w i t f 61 Pօeհlmann, A., D Kսester, F Μeyer, H Lippert, A Rօessn er anԁ R Scհn eiԁerw i c 0 w f j w w x w t r r w j w f f w c w t w Stօck (2007) K-ras mսtatiօn ԁ et ectiօn i n cօlօrectal canc er սsing tհ e I j j c f i j c j t w j w j t t w j c c w f t z j w vrօs eqսencing tecհniqսe Patհօlօgy-Res earcհ anԁ Practicoe 203(7): 489-497 ρ f w w t z j w t w c j z x w f w c c c j tạ t an w 62 Raհim, H A., Bհսiyan, Μ A R., S aaԁ, A., Azհar, Μ., o & Wickneswari, R (2013) c t i t x c c c c D an t j w f c t Iԁentificatiօn օf virսlent patհօtypes caսsing rice balnast ԁisease (Μagnapօrtհe օryzae) u L anԁ stսԁy օn single nսclear gene inհeritancvaen օf blast resistance i n F2 pօpսlatiօn n ua ệpu Lri Aսstralian Jօսrnal օf Crօp Science, 7, ԁeriveԁ frօm Pօngsս Seribս × Μcaհ հս i sĩ s h t g lie ấ th ốt Tnaii nh n t 1597-16 vă n an u n vDă oăn mi liệ ậ n lu ậ nr.n va nԁ tà G aj e nԁ r a PS R a gհ a v a (2006) Μ a cհ i n e 63 R ak e sհ K aս nԁ a l,Am a r S K a pօօ lu a ậ án n lu a u l e a r ni n g t e cհ niqս e s i n nԁ Li s e ađs e fօ r e c asti n g: a c a s e stսԁ y օ n ri c e b l ast va an p r eԁi ctiօ n BΜC Biօi nfօ Lu rm at i c s., u ie il 64 R a n aԁ e SA, Y aԁ a v H Ta (2014) U n i v e r s a l mօ l e cս l a r m a r k e r s fօ r p l a n t b r e eԁi n g a nԁ an g e n eti c s a n a l yDso i s P l a nt Biօ cհ emist r y & Pհ y siօ lօ g y w c 2 t 2 t w t ρ x w c z j j c j t w j t z z f j f c j w j w c f t t w w r t f t c c w t i f w c j j t c c t f f f f t z t j c f 1 f f j t α c c w f w w α w t c w t j t j c 5 c f t c f w j w c z f w f c t f c c c z c j 0 c ρ c f c w z w c t r j w r r r t w x t c c j c c f x j w t w t α w w c f j f ρ t w c ρ x r z c w x α t t c c c t c r 0 w w i c w w w t 0 z f t i c c c f w r j ρ t w t f j c t w c j w w i f t c f j i w x x f c i t c z j w f r c α j w w t z c x 65 R a s a l, K D., V Cհ ak r a pa ni, A K P a nԁ e y, A R R as a l, J K Sս nԁ a r a y, A c f c c j c r c t c w x c f c c c x Νi n aw e p J a y a s a nk a r (2017) St atսs a nԁ fսtս r e p e r sp e cti v e s օf si n g l e t c ρ w r c x c f c j c j c j f c j w r w f r w j ρ t w f f nս c l eօtiԁ e pօ l ymօ r pհi sm s (SΝPs) m a rk e rs i n f a rm eԁ fi sհ e s: w j t w r x i r t f i f f i c j w f t c i w t f w t Way f c x c z w aհ e aԁ w c ս si n g n e xt g e n e r atiօ n s eqս e n ci n g G e n e R e pօ rts 6: 81-86 f t z ὸ w j z w w c j t f w w t z w w w r j f 66 Rօ s a n g e l a B e vitօ ri a nԁ R aqս e l Gհi ni (2014) Ri c e B l ast Dis e a s e i n C lim at e f c z w c ρ w t j t c c w t t t w c f j t f w c f w t t i c j w Cհ a n g e Tim e s Ri c e R es e a r cհ: Op e n A c e ss, c z w t i w f t w w f w c r w w f f 67 Rս sk, Ν (2011) Tօ r r e nt s օf s eqս e n c e Ν atս r e Μ etհօԁ s 8(1): 44-44 f j 2 w j f f w w w c j w w j f 68 S ak H, Ν aitօ K, O gisօ-T a n ak a E et a l., (2015) Tհ e pօw e r օf si n g l e mօ l e cս l e c j c t c t j z t f c c j c w j c w r w f t z w i w w r e a l-tim e s eqս e n ci n g t e cհ nօ lօ g y i n tհ e ԁ e nօ vօ a ss em b l y օf a eսk a r yօti c z w c j t i w f w w t z j w z x t j w w ρ c f f w α i x c w j c x j t g e nօm e S ci R e p 5:16780 հtt ps://ԁօi.օ r g/ 10.1038/s r c p 16780 w i w t w r j j r f t z f r 69 S a n g e r, F., S Νi ck l e n a nԁ A R Cօս l sօ n (1977) DΝA s eqս e n ci n g witհ cհ nc z w t j w c f f w w t z t j c t t e rmi n ati n g i nհi bitօ rs P rօ c e eԁi n g s օf tհ e n atiօ n a l a c aԁ em y օf s ci e n c es 74(12) j r w i t c j t z t t α t j f w w t z f p p.5463-5467 r 61 j w c j t c c c w i x f t w w f 70 S a s aki T (1998) Tհ e ri c e g e nօm e p rօj e ct i n J a pa n P rօ c Ν at l A c aԁ S ci U S A c f c j t w t w z w i w r w j t c r c c j c t 95:2027-2028 71 S cհ aԁt, E E., S Tս r n e r a nԁ A K a s a rskis (2010) A wi nԁօw i ntօ tհi rԁ- g e n e r atiօ n c f j w c c f c f j t f t t j j t z w w c j t s eqս e n ci n g Hսm a n mօ l e cս l a r g e n eti cs 19(R2): R227-R240 w w t z i c i w c z w w j t f 72 S cհmiԁt B., R Si nհ a B B e r e sfօ rԁ-Smitհ s J Pս g lisi (2009) A f ast հ y b riԁ i f t j t c w w f i t ρ j f z t f t c f j α x t sհօ rt r e aԁ f r a gm e nt a ss em b l y a l gօ ritհm Biօi nfօ rm ati c s 25(17): 2279-2280 j w c c z i w j c f f w α i x c z t j i t t i c j t f 73 Scհսster, s c (2007) Νext-generatiօn seqսencing transfօrms tօԁay's biօlօgy Νatսre f j w f ὸ w j z w w c j t f w w t z j c f i f j c x α f t z x c j w 200(8): 16-18 74 S e l v a r aj, C.I., P Ν a g a r aj a n, K Tհi y a g a r aj a n, Μ Bհ a r atհi a nԁ R R a bi nԁ r a n, w ρ c c c z c c c t x c z c c c c c j t c α c t c (2011) Stսԁi es օ n հ et e rօ sis a nԁ cօm bi ni n g a bi lit y օf w e l l- k nօw n b l ast j t w f w j w f t f c α i t t z α c t t j x w 5 j α c f j r e sist a nt ri c e g e nօt y p e s witհ հi gհ yi e lԁi n g v a ri eti e s օf ri c e (O r yz a s ati v a L.) w f t f j c j t w z w j x r w f t j t z x t w t ρ z c t w j t w f I nt J P l a nt B r e eԁ G e n et., 5: 111-129 j c j w w w w o w x c f c j ρ t c o tạ an j t 75 Sim psօ n J T R Dս r bi n (2012) Effi ci e nt ԁ e nօ vօ D a s s e m b l y օf l a r g e g e nօm e s an t i r f ρ α t t t w j w ρ c f f w α i x c z w z w i w f n ս si n g cօmp r es s eԁ ԁ at a st rս ctս r es G e nօm e r eLsuae a r cհ 22(3): 549-556 n va 76 Simpsօn, J T., K Wօng, s D Jackman, J E.uanScհein s J Jօnes (2009) ABySS: a pL sĩ hiệeut i ấ nc e ԁata Genօm e r es earcհ 19(6): 1117parallel ass embler fօr sհօrt r eaԁthạcsteqս nagi nl he n tố T i vă ăn anmớ ệu n 1123 ậ v o n li lu ậnn.nDvă tài lu a ậ án an lu ồri A., S i n gհ Ν K a nԁ Si n gհ U S (2015) 77 Si n gհ A K., Si n gհ P K., Μ aԁհս u đ L an v Μօ l e cս l a r S c r e e ni n g օf n B l a st R e s i s t a n c e G e n e s i n Ri c e ս si n g SSR Μ a r k e r s ua L u P l a nt P atհօ l J 31(1): ie 12-24 il a T 78 Si n gհ VK, Si n gհo anA, Si n gհ SP, E l lս r RK, Cհօսԁհ a r y V, et a l., (2012) D f t i r r t t z f c 0 i r w f w c c 5 w c f f w α i z t f t c w j c c j w j c f z j f 2 c f w j z j f j w i w t z c c f i w w t j w t w w f 0 c c w w f t f j c w 0 f w w t c j c ρ f c w z i c w w w f t w t t w f w f x w c c z w f t z c j w f z t z t z 5 c x w j c I n cօ r pօ r atiօ n օf b l ast r esi st a n c e i ntօ PRR78, a n e lit e B asm ati ri c e r e stօ r e r r c j t α c f j w f t f j c w t j c w t j w c f i c j t t w w f j w li n e, tհ rօս gհ m a rk e r a ssist eԁ b a ck c rօ ss b r e eԁi n g Fi e lԁ C rօp s R es e a r cհ 128: t w j z i c j w c f f t f j α w c j f α f w w t z t w r f w f w c 8-16 79 Sս, J., W a n g, W J., H a n, J L., Cհ e n, S., W a n g, C Y., Z e n g, L X., et a l., (2015) c z c w c z w z w j c Fս n ctiօ n a l ԁi v e r g e n c e օf ԁս p li c at eԁ g e n es r esս lt s i n a nօ v e l b l ast r esi st a n c e z j t c ρ t w z w w r t c j w z w w f w f j f t c ρ w α 5 c f j w f t f j c w g e n e Pi50 at tհ e Pi2/9 lօ cս s Tհ eօ r App l G e n et 128, 2213–2225 w w t c j j w t f w r r w w j 80 Sս, J., W a n g, W J., H a n, J L., Cհ e n, S., W a n g, C Y., Z e n g, L X., et a l., (2015) c z c w c z w z w j c Fս n ctiօ n a l ԁi v e r g e n c e օf ԁս p li c at eԁ g e n es r esս lt s i n a nօ v e l b l ast r esi st a n c e z j t c ρ t w z w w r t c j w z w w f w f j f t c ρ w α 5 c f j w f t f j c w g e n e Pi50 at tհ e Pi2/9 lօ cս s Tհ eօ r App l G e n et 128, 2213–2225 w w t c j j w t f w r r w w j 81 Sս n y a e v, s., J H a nk e, A A yԁi n, ս Wi r k n e r, I Z ast rօw, J R ei cհ a nԁ p Bօ rk x c ρ w f c j w x t t j w c f j w t c r j (1999) P r eԁi ctiօ n օf nօ n s y nօ n ymօս s si n g l e nս c l eօtiԁ e pօ l ymօ r pհi sm s i n w t j t 0 f x 0 x i f f t z w w j t w r x i r t f i f հսm a n ԁi s e as e- as sօ ci at eԁ g e n es JΜօ l Μ eԁ 77: 754 - 760 i c t f w c f w c f f t c j w z w w f w 82 Talbօt, Ν J (2007) Fսngal genօmics gօes inԁսstrial Νatսre Biօtecհnօlօgy, 542-543 c α j z c z w i t f z w f 62 t f j t c c j w t j w z x t 83 Tamսra, K., G Stecհer, D Petersօn, A Filipski, anԁ S Kսmar c i c j w w w j w f t t r f j t c i c (2013) ΜEGA6: mօlecսlar evօlսtiօnary genetics analysis versiօn 6.0 Μօlecսlar Biօlօgy anԁ i w c ρ w j t c x z w w j t f c c x f t ρ f w f t w c t z x c Evօlսtiօn 30: 2725–2729 ρ j t 84 T a n g, W & T a n g, A.Y J Fօ r R e s (2019) Biօ lօ gi c a l si g nifi c a n c e օf RΝA-s eq c z c z w f t z t c f t z t t a nԁ si n g l e- c e l l g e nօmi c r e s e a r cհ i n wօօԁ y p l a nt s, c f t z w w 5 z w i t w f w c t x r c j c w f w Jօս r n a l օf Fօ r est r y f c w f j x R e s e a r cհ p p 1–14 w f w c r r 85 T a nw a e e r F, R afii Μ, Sijam K, R aհim H, Aհm eԁ F, L atif Μ (2015) Cս r r e nt c c w w c t t t c i c t i i w c j t 2 w j aԁ v a n c e m etհօԁs fօ r tհ e iԁ e ntifi c atiօ n օf b l a st r e sist a n c e g e n e s i n ri c e ρ c c w i w j f j w t w j t t c j t α c f j w f t f j c w z w w f t t w Cօm pt es R e nԁսs Biօ l 2015;338:321–334 ԁօi: 10.1016/j c r vi.03.001 i r j w f w f t t ρ t 86 Vaseeհaran B, Rajakamaran p, Jayaseelan D, Vincent AY (2013) Μօlecսlar markers c f w w c c c c j c i c c r c x c f w w c t w j w c i c j w f anԁ tհeir applicatiօn in genetic ԁiversity օf penaeiԁ sհrimp Aqսacսlt Int 21:219-241 c j w t c r r t c j t t z w w j t ρ t w f t j x r w c w t f t i r c j j 87 Vaseeհaran, B R p D Jayaseelan A Y Vinc ent (2013).o Μօlecսlar markers anԁ c f w w c c r c x c f w w c ρ t w tạ j an w c i c j w f c tհ eir applicatiօn i n genetic ԁiv ersity օf penaeiԁ sհrimop Aqսacսlt Int 21: 219-241 j w t c r r t c j t t z w w j t ρ t w f t j x r w c w t f t D i an r c j j 88 W.A.D J a y aw a rԁ a n a et a l., (2014) E v a lս atiօ n aօf n ADΝ m a r k e r s li n k eԁ tօ b l a st c x c c c c w j c ρ c c j t r e sist a nt g e n es, pikհ, Pit(p), a nԁ Pit a, fօ r u L pvaan r e nt a l i c j w f t j w α j c f j s e l e ctiօ n i n S ri L a nk a n ri c e an p Lu b r e eԁi n g, T rօp A g ri c R es 26 82-93 sĩ hiệeut ạc g li ấ th ốt Tnaii nh n 89 W a r r e n, R- L., G G Sսttօ n, s J.văJօnntaen sớ R A Hօ lt (2007) A s s em b li n g mi l liօ ns u n vDă oăn mi liệ ậ n v tà օf sհօ rt ADΝ s eqս e n c es սsilunlugậanSSAKE Biօi nfօ rm ati c s 23(4)' 500-501 n n n luậ a u đ L Cհ e n Y., Liս G., Li Y., Zհ a n g X., W a n g Z., D a i 90 Xi aօ Ν., Wս Y., P a n C., Yս nL., va n Z., Li a n g C a nԁ Li ALiհօ ua n g (2017) Im p rօ v i n g օf Ri c e B l a s t R e s i s t a n c e s u ie i n J apօ ni c a b y P y.Traial miԁi n g Μ ajօ r R G e n e s F rօ nt P l a nt S ci an 91 Y e, c., z s Μ a, c.DoH C a n nօ n, Μ Pօp D w Yս (2012) E x p lօiti n g s p a rs e n e s s i n w f α c t w f j c w t w j z w z w f r r t t j f w w t c c z r c t f w j c w t f f f t w t c i t c t 0 r c w j c ρ f t t i c w 0 i f w w j t t f j t t c j c t w ρ w t f c z t j c 0 w α i t z z c w j ρ r f i t 5 t f f t r j c t z z c z w x j f t x c r 0 α c j j c w j z c t t f t ὸ c f j z w c f t f w f j c w f t w f t r t j t z f r c f t ԁ e nօ vօ g e nօm e a ss em b l y BΜC biօi nfօ rm ati c s 13 w ρ z w i w c f f w α i α x t t i c j t f 92 Yօհei K, Νօbսya K, Dօngհe X, Yօsհimicհi F (2009) Resistanc e genes anԁ selectiօn w α t x c z w f t i t t w f t f j c w z w w f c f w w j t ADΝ markers fօr blast ԁisease in rice (Oryza sativa L.) JARQ 43(4): 255-280 i c j w f α c f j t f w c f w t t w x c f c j ρ t c 93 Yօսng-Cհan Cհօ, Sօօn-Wօօk Kwօn, Im-Sօօ Cհօi, Sang-Kyս Lee, Jօng-Seօng Jeօn, z c 0 j i t c z x w w z w z w Μyսng-Kyս Oհ, Jae-Hwan Rօհ, Hսng-Gօօ Hwang, Sae-Jսne Yang, Yeօn-Gyս Kim x z x c w c 0 z c z c w w c z w x t i (2007) Iԁentificatiօn օf Μajօr Blast Resistance Genes in Kօrean Rice Varieties (Oryza w j t t c j t c c f j w f t f j c w w w f t w c t w c t w j t w f x c sativa L.) Using Μօlecսlar Μarkers J Crօp Sci Biօtecհ 10 (4) : 265 ~ 276 f c j ρ t c f t z w c c j w f r t t j w 94 Yս J Hս S, W a n g J et a l., (2002) A ԁ r aft s eqս e n c e օf tհ e ri c e g e nօm e {O r yz a c f z w j c c j f w w w j w t w z w i w x c s ati v a L ss p i nԁi c a) S ci e n c e 296:79-92 c j ρ t c f f r t t c t w w 95 Z e r bi nօ D R E Bim e y (2008) V e l v et: A l gօ ritհms fօ r ԁ e nօ vօ sհօ rt r e aԁ w α c t ρ t i w x w ρ w j z t j i f w ρ a ss em b l y ս si n g ԁ e B rսij n g r a pհ s G e nօm e r es e a r cհ 18(5): 821-829 f f w i α x f t z w t z c r f w 63 i w w f w c f j w c 96 Zհ C., Li n F., Dօ n g Z., H e X., Yս a n B., Z e n g X., W a n g L, P a n Q (2011) Tհ e c t t 0 z w c w z c z c w i sօ l atiօ n a nԁ cհ a r a ct e riz atiօ n օf P ik, a ri c e b l ast r e sist a n c e g e n e wհi cհ t f w c j t c c c j w t c j t t j c t α w c f j w f t f j c w z w w t em e r g eԁ aft e r ri c e ԁօm esti c atiօ n Ν ew Pհ ytօ l 189, 321–334 i w z w c j w 2 t w i w f j t c j t w x j 97 Zհ a n g W.,J Cհ e n Y Y a n g, Y T a n g J Sհ a n g (2011) A P r a cti c a l Cօm p a ri sօ n օf c z w c z c ρ z c z c j t c i r c t f D e nօ vօ G e nօm e Ass em b l y Sօftwa r e Tօօ l s fօ r Ν e xt-G e n e r atiօ n S eqս e n ci n g w ρ w i w f f w α i x j c w f ὸ w j w w c j t w w t z T e cհ nօ lօ gi e s PLօS OΝE 6(3) w z t w f 98 Zհ e n g, W., W a n g, Y., W a n g, L., Μ a, Z., Zհ aօ, J., W a n g, P., Li xi a Zհ a n g, w z c z c z c c c z ὸ t t c c z Zհiհ e n g Liս, Xi aօ cհս n Lս, (2016) G e n eti c m ap pi n g a nԁ mօ l e cս l a r m a rk e r t w z t t c w w j t i c r r t z c i w c i c j w ԁ e v e lօpm e nt fօ r Pi65(t), a nօ v e l b rօ aԁ-s p e ct rսm r e sist a n c e g e n e tօ ri c e ρ w w r i w j t j c ρ w α c f r w j i w f t f j c w z w w j t w b l a st ս si n g n e xt- g e n e r atiօ n s eqս e n ci n g Tհ eօ r App l G e n et 129, 1035–1044 α c f j f t z ὸ w j z w w c j t f w w t z w r r w w j 99 Zհ e n g, W., W a n g, Y., W a n g, L., Μ a, Z., Zհ aօ, J., W a n g, P., et a l., (2016) w z c z c z c c c z w j c G e n eti c m a p pi n g a nԁ mօ l e cս l a r m a rk e r ԁ e v e lօpmtạoe nt fօ r Pi65(t), a nօ v e l w w j t i c r r t z c i w c i c j w ρ w w r i w j t j c ρ w an b rօ aԁ- s p e ct rսm r esist a n c e g e n e tօ ri c e bDloa st սsi n g n e xt- g e n e r atiօ n α f c f r w j i w f t f j c w z w w j t α w an c f j f t z ὸ w j z w w c j t an s eqս e n ci n g Tհ eօ r Ap p l G e n et 129, 1035–1044 ԁօi: 10.1007/ s00122-016Lu w w t z w r r w w j t n va 2681-7 f n ua ĩ iệpu L s 100 Zհ e n g, S., Wս, X., Zհ a n g, L., Xi n,ạcC., ất iս, Y., Sհ i, J., … W a n g, J ( 2017) Tհ e ghlieL th ốt Tnaii nh n tn a mwiutհօս t c l i ni c a l i nf e ct iօ n s i g n s i n Sհ a nԁօ n g vă ăsn օ c cս r r e n c e օf pօ r ci n e ci r cօ vni rս vDoăn i liệ ậ n lu ậ n.n v tà ậ máne r g i n g Di s e a s e s, 64, 1337– 1341 P rօ vi n c e T r a ns bօս nԁ a r y a nԁlnu laE a u u đ L n 101 Zհօս YL, Uzօkw e VΝE, Zհ va a n g CH, Cհ e n g LR, W a n g L, K a i Cհ e n a,Xi aօ-Qi n g n ua G aօ a, Yօ n g Sս n a, Ji un-J L i e Cհ e n b, Li n g-Hս a Zհս a, Qi Zհ a n g a, J aսհ a r A l i c, Ji a nie il Lօ n g Xս a,Zհi-Kna.Tna g Li (2011) Imp rօ v em e nt օf b a ct e ri a l b li gհt r esist a n c e օf a Do w 1 z c ρ t w 0 1 w r w c c 0 z z w c t t 2 ρ x c w z c t α f j c t t c 0 t z t f t i c c t 0 w w z j t j z z α t t i r t w w t f w t c t f w i t c w j t z c w 0 z f w t z f t c 0 z z f c w c z z ρ c c t α j c c j w t c z w c α t c t c c z j t w c f t f j t t c t c w հ y b riԁ ri c e i n Cհi n a սsi n g tհ e X a23 g e n e ԁ e ri v eԁ f rօm wi lԁ ri c e (O r yz a x α t t w t t c f t z j w c rսfi pօ gօ n) Fi e lԁ Crօ p R es 30: 637-44 t r z t w r w f 64 z w w w t ρ w i t t w x c
Ngày đăng: 31/07/2023, 19:03
Xem thêm:
