(Luận văn) giám sát sự lưu hành virus cúm a trên vịt tại các chợ bán gia cầm sống và xác định các yếu tố nguy cơ làm phát sinh, lây lan dịch cúm gia cầm tại tỉnh quảng ngãi

i LỜI CẢM ƠN lu an n va tn to Trong suốt q trình thực đề tài hồn thành luận văn, nhận giúp đỡ nhiều tổ chức cá nhân Nhân dịp tơi xin cảm ơn: Ban Giám hiệu, Phịng Đào tạo sau đại học, Khoa Chăn nuôi Thú y, Trường Đại học Nông lâm Huế tạo điều kiện cho tơi theo học chương trình đào tạo trình độ Thạc sỹ trường Tập thể Lãnh đạo cán Chi cục Thú y Quảng Ngãi, Cơ quan Thú y vùng IV tạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ tơi hồn thành đề tài nghiên cứu Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến Thầy giáo, TS Trần Quang Vui, Khoa Chăn nuôi Thú y, Trường Đại học Nông lâm Huế người thầy hướng dẫn khoa học, trực tiếp giúp đỡ q trình thực đề tài hồn thành luận văn Tôi xin gửi lời cảm ơn đến đồng nghiệp công tác Tổ chức Nông lương Thế giới (FAO), Chi cục Thú y Quảng Ngãi cung cấp tài liệu, kinh phí lấy mẫu xét nghiệm mẫu để thực nghiên cứu đề tài hồn thiện luận văn Đặc biệt, gia đình, bạn bè đồng nghiệp bên cạnh, động viên, giúp đỡ tơi q trình học tập, nghiên cứu hoàn thành luận văn p ie gh Mặc dù thân nổ lực, cố gắng, song kiến thức thời gian hạn chế nên không tránh khỏi tồn tại, thiếu sót Vì vậy, kính mong tiếp tục nhận quan tâm, góp ý từ thầy cô giáo, bạn bè, đồng nghiệp cho nội dung nghiên cứu oa nl w Xin chân thành cảm ơn! d Thừa Thiên Huế, tháng năm 2015 lu nf va an Tác giả lm ul z at nh oi Hoàng Thị Thùy Trang z m co l gm @ an Lu n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma ii LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan rằng, số liệu kết nghiên cứu luận văn trung thực chưa công bố cơng trình khác Tơi xin cam đoan rằng, giúp đỡ cho việc thực luận văn cảm ơn, thông tin trích dẫn luận văn xác rõ nguồn gốc Thừa Thiên Huế, tháng năm 2015 Tác giả lu an Hoàng Thị Thùy Trang n va p ie gh tn to d oa nl w nf va an lu z at nh oi lm ul z m co l gm @ an Lu n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma iii MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i LỜI CAM ĐOAN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT vi DANH MỤC CÁC BẢNG vii DANH MỤC CÁC HÌNH viii MỞ ĐẦU Chương TỔNG QUAN CÁC VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU 1.1 Tổng quan bệnh cúm gia cầm lu an 1.2 Tình hình dịch cúm gia cầm giới Việt Nam n va 1.2.1 Tình hình dịch cúm gia cầm giới tn to 1.2.2 Tình hình dịch cúm gia cầm Việt Nam ie gh 1.3 Virus học bệnh cúm gia cầm 12 p 1.3.1 Cấu trúc chung virus cúm 12 nl w 1.3.2 Cấu trúc hệ gen virus cúm A 14 d oa 1.3.3 Kháng nguyên virus 15 an lu 1.3.4 Độc lực virus 18 nf va 1.3.5 Cơ chế xâm nhập, nhân lên gây bệnh virus 19 1.3.6 Sức đề kháng virus 21 lm ul 1.3.7 Nuôi cấy lưu giữ virus 21 z at nh oi 1.4 Truyền nhiễm học 21 1.4.1 Động vật cảm nhiễm 21 z 1.4.2 Sự truyền lây bệnh 22 @ gm 1.4.3 Loài vật mang virus 23 co l 1.4.4 Chất chứa virus 23 m 1.4.5 Cách sinh bệnh 23 an Lu 1.4.6 Mùa phát bệnh 24 1.5 Triệu chứng, bệnh tích 24 n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma iv 1.5.1 Triệu chứng lâm sàng điển hình bệnh cúm gia cầm chủng độc lực cao 24 1.5.2 Triệu chứng lâm sàng bệnh chủng virus cúm độc lực thấp 25 1.5.3 Bệnh tích 25 1.6 Các phương pháp chẩn đoán 26 1.6.1 Dựa vào dịch tễ 26 1.6.2 Dựa vào triệu chứng, bệnh tích 27 1.6.3 Phân lập định danh virus 27 1.7 Phòng Bệnh 28 1.7.1 Phòng bệnh vệ sinh 28 1.7.2 Phòng bệnh vaccine 29 lu an Chương MỤC TIÊU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 32 n va 2.1 Mục tiêu nghiên cứu cụ thể 32 tn to 2.2 Đối tượng phạm vi nghiên cứu 32 ie gh 2.3 Nội dung nghiên cứu 32 p 2.4 Phương pháp nghiên cứu 33 nl w 2.4.1 Xác định lưu hành virus cúm A phương pháp Realtime RT-PCR 33 oa 2.4.2 Phương pháp điều tra dịch tễ học 42 d 2.4.3 Phương pháp xử lý số liệu 42 an lu Chương KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 44 nf va 3.1 Tình hình chăn ni gia cầm tỉnh Quảng Ngãi qua năm 2010-2014 44 lm ul 3.2 Tình hình dịch cúm gia cầm địa bàn tỉnh Quảng Ngãi giai đoạn 2010 - 2014 45 z at nh oi 3.3 Kết tiêm phòng vaccine tháng đầu năm 2015 địa phương lấy mẫu giám sát virus cúm gia cầm 48 3.4 Hiện trạng buôn bán gia cầm chợ thực lấy mẫu giám sát 50 z gm @ 3.4.1 Chợ Hàng Rượu 50 l 3.4.2 Chợ Sông Vệ 50 m co 3.4.3 Chợ Chùa 50 an Lu 3.5 Kết giám sát lưu hành virus cúm A chợ 50 n va 3.6 Kết xác định số yếu tố nguy làm phát sinh lây lan dịch cúm gia cầm địa bàn tỉnh Quảng Ngãi 55 ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma v 3.6.1 Hộ chăn ni khơng tiêm vaccine phịng bệnh cúm A/H5N1 cho đàn gia cầm 55 3.6.2 Nguồn gốc giống 56 3.6.3 Cơ sở chăn nuôi gần chợ buôn bán gia cầm 57 3.6.4 Nuôi thả rông gia cầm 58 3.6.5 Quy mô chăn nuôi 59 3.6.6 Vệ sinh phịng bệnh sử dụng hóa chất tiêu độc, khử trùng 59 3.7 Đề xuất biện pháp phòng, chống dịch cúm gia cầm 60 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 62 KẾT LUẬN 62 ĐỀ NGHỊ 62 lu an TÀI LIỆU THAM KHẢO 63 n va p ie gh tn to d oa nl w nf va an lu z at nh oi lm ul z m co l gm @ an Lu n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma vi DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT lu an n va Center for Disease Control DNA: Deoxyribonucleic acid dATP: Deoxyadenosine triphosphate dGTP: Deoxyguanosine triphosphate dCTP: Deoxycytidine triphosphate dTTP : Deoxythymidine triphosphate ELISA: Emzyme Linked Immunosozbent Assay FAO: Food and Agriculture Organization of the United Nations HA: Haemagglutination test gh tn to CDC: Haemagglutination inhibitory test p ie HI: Highly Pathogenic Avian Influenza HPAI: Low Pathogenic Avian Influenza d oa nl w LPAI: Office international des epizooties RNA : Ribonucleic acid RT-PCR: Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction WHO: World Health Organization nf va an lu OIE: z at nh oi lm ul z m co l gm @ an Lu n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma vii DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 2.1 Danh sách primer prober 35 Bảng 2.2 Thành phần Master mix 40 Bảng 3.1 Diễn biến tổng đàn gia cầm tỉnh Quảng Ngãi giai đoạn 2010 - 2014 44 Bảng 3.2 Tình hình dịch cúm gia cầm tỉnh Quảng Ngãi giai đoạn 2010 - 2014 46 Bảng 3.3 Kết tiêm phòng vaccine cúm gia cầm tháng đầu năm 2015 49 Bảng 3.4 Kết xét nghiệm mẫu swab tháng đầu năm 2015 vịt chợ gia cầm sống 51 Bảng 3.5 Kết giám sát virus cúm gia cầm vịt chợ theo thời gian 53 lu an Bảng 3.6 Kết phân tích yếu tố nguy khơng tiêm vaccine phịng bệnh cúm gia cầm 56 n va tn to Bảng 3.7 Kết phân tích yếu tố nguy nguồn gốc giống 57 gh Bảng 3.8 Kết phân tích yếu tố nguy gần chợ buôn bán gia cầm 57 p ie Bảng 3.9 Kết phân tích yếu tố nguy ni thả rơng gia cầm 58 w Bảng 3.10 Kết phân tích yếu tố nguy qui mơ chăn nuôi 59 d oa nl Bảng 3.11 Kết phân tích yếu tố nguy vệ sinh phịng bệnh sử dụng hóa chất tiêu độc, khử trùng 60 nf va an lu z at nh oi lm ul z m co l gm @ an Lu n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma viii DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Cấu trúc virus cúm A 12 Hình 1.2 Cấu trúc virus cúm A/H5N1 13 Hình 1.3 Cấu trúc hệ gen virus cúm A 14 Hình 1.4 Quá trình xâm nhập nhân lên virus tế bào vật chủ 20 Hình 1.5 Bệnh tích đại thể gia cầm mắc bệnh cúm A/H5N1 26 Hình 2.1 Cơ chế hoạt động Taqman probe 37 Hình 2.2 Sơ đồ chiết tách RNA 39 lu Hình 3.1 Biểu đồ diễn biến tổng đàn gia cầm giai đoạn 2010 - 2014 45 an n va Hình 3.2 Tổng hợp tình hình dịch cúm gia cầm gà vịt giai đoạn 2010 - 201447 tn to Hình 3.3 Tỷ lệ lưu hành virus cúm gia cầm vịt chợ buôn bán gia cầm sống 53 p ie gh Hình 3.4 Biến động lưu hành virus cúm gia cầm vịt 55 d oa nl w nf va an lu z at nh oi lm ul z m co l gm @ an Lu n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma MỞ ĐẦU Tính cấp thiết đề tài lu Trong năm gần đây, ngành chăn nuôi Việt Nam khơng ngừng phát triển, đem lại lợi ích kinh tế to lớn cho đất nước nói chung người chăn ni nói riêng Trong xu tồn cầu hóa nay, bên cạnh thuận lợi việc đáp ứng u cầu tồn cầu hóa thách thức cho chăn nuôi Việt Nam Chăn nuôi gia cầm ngày đóng vai trị quan trọng ngành chăn nuôi Việt Nam Tuy nhiên, chăn nuôi gia cầm phải đương đầu với không dịch bệnh phức tạp như: Tụ huyết trùng gia cầm, dịch tả vịt, Newcastle, cúm gia cầm… Trong đó, cúm gia cầm bệnh gây thiệt hại lớn cho người chăn nuôi thiệt hại nặng nề cho kinh tế Việt Nam an n va p ie gh tn to Quảng Ngãi tỉnh duyên hải miền Trung với tổng diện tích tự nhiên 5131km2 Phía Bắc giáp tỉnh Quảng Nam, phía Nam giáp tỉnh Bình Định, Tây Nam giáp tỉnh Kon Tum, phía Đơng giáp biển Đơng với chiều dài bờ biển 130km, có đường QL1A đường sắt Bắc - Nam qua, nằm kề với sân bay Chu Lai Diện tích đất tự nhiên 5.152,7 km2, dân số gần 1,3 triệu người Quảng Ngãi địa phương có tổng đàn gia súc, gia cầm lớn so với tỉnh vùng, chăn ni gia cầm phát triển đa dạng phong phú chủng loại, với tổng đàn gia cầm gần triệu (tính đến tháng 6/2015) Cũng tình hình chung nhiều tỉnh, thành phố nước, từ năm 2004 đến nay, tỉnh Quảng Ngãi có nhiều đợt dịch cúm gia cầm H5N1, H5N6 xảy gây thiệt hại lớn kinh tế, xã hội Các biện pháp phòng, chống dịch áp dụng từ đầu tiêu hủy toàn số gia cầm vùng dịch, cấm buôn bán, vận chuyển gia cầm khu vực có dịch, tiêu độc khử trùng, tiêm phịng vaccine, tăng cường áp dụng biện pháp an toàn sinh học, hàng năm dịch xảy rải rác địa phương tỉnh d oa nl w nf va an lu z at nh oi lm ul z Virus cúm gia cầm có khả biến chủng nhanh lây lan sang người nên kiểm soát cúm gia cầm mục tiêu hàng đầu cơng tác phịng chống dịch gia cầm Tiêm phòng vaccine, theo dõi tiến hành khảo sát lưu hành virus đàn gia cầm giải pháp lựa chọn để giám sát cúm gia cầm Việt Nam Việc đánh giá hiệu vaccine sau tiêm phòng, theo dõi diễn biến tình hình dịch, nghiên cứu biến đổi virus giám sát lưu m co l gm @ an Lu n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma hành virus cúm đàn gia cầm cần thiết, từ đưa giải pháp phòng chống phù hợp với diễn biến dịch cúm gia cầm Tình hình thực tế đặt câu hỏi là: làm để chủ động biết nơi có khả xảy dịch, mức độ lưu hành virus lưu hành chủng virus gây bệnh đồng thời phát thêm chủng virus cách xác Để góp phần giải đáp câu hỏi đó, chúng tơi tiến hành thực đề tài: “Giám sát lưu hành virus cúm A vịt chợ bán gia cầm sống xác định yếu tố nguy làm phát sinh, lây lan dịch cúm gia cầm tỉnh Quảng Ngãi” Mục tiêu chung đề tài lu Xác định mức độ lưu hành virus cúm A vịt bán chợ gia cầm sống tỉnh Quảng Ngãi, từ đề xuất biện pháp phòng chống dịch cúm gia cầm hiệu an va Ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài n Ý nghĩa khoa học đề tài to p ie gh tn Kết nghiên cứu đề tài góp phần cập nhật thêm liệu tình hình lưu hành virus cúm gia cầm tỉnh Quảng Ngãi Ý nghĩa thực tiễn đề tài d oa nl w Trên sở liệu mức độ lưu hành chủng virus lưu hành giúp nhà quản lý thú y lựa chọn loại vaccine thích hợp có biện pháp phịng bệnh hiệu góp phần giúp người chăn nuôi hạn chế thiệt hại kinh tế đến mức thấp bệnh cúm gia cầm gây nf va an lu z at nh oi lm ul z m co l gm @ an Lu n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma 63 TÀI LIỆU THAM KHẢO TÀI LIỆU TIẾNG VIỆT Bùi Quang Anh, Văn Đăng Kỳ (2004), “Bệnh Cúm gia cầm: lưu hành bệnh, chẩn đoán Kiểm soát dịch bệnh”, Khoa học kỹ thuật thú y, 11(3), tr.63-69 Ban đạo quốc gia phòng chống Cúm gia cầm (2005), “Báo cáo tổng kết công tác năm (2004 - 2005) phòng chống dịch Cúm gia cầm”, Hội nghị tổng kết năm phòng chống dịch cúm gia cầm, ngày 18 tháng năm 2005, Hà Nội Bộ Nông nghiệp Phát triển nông thơn (2005), “Kế hoạch dự phịng chống lu an dịch Cúm gia cầm chủng độc lực cao Việt Nam”, Hà Nội n va Bộ Nông nghiệp Phát triển nông thôn (2005), “Tiêu chuẩn ngành - Quy tn to trình chẩn đốn bệnh Cúm gia cầm’’ Trần Hữu Cổn, Bùi Quang Anh (2007), “Bệnh Cúm gia cầm biện pháp gh p ie phịng chống’’, NXB Nơng Nghiệp Hà Nội Các văn hướng dẫn sử dụng vaccine Cúm gia cầm; Báo cáo tình hình dịch w oa nl Cúm gia cầm Cục Thú y trang web truy cập ngày 28 tháng năm d 2015:www.cucthuy.gov.vn/index.php?option=com_content&task=view&id=1 an lu 3&Itemid=64 Cục Thú y (2014), Báo cáo hội nghị phòng chống Cúm gia cầm 2014 Nguyễn Văn Cảm, Tống Hữu Tiến, Nguyễn Tùng, Nguyễn Hoàng Đăng nf va lm ul (2011), “Kết công cường độc gà, vịt sau dùng vaccine cúm gia cầm z at nh oi tái tổ hợp H5N1 chủng Re-5 Trung Quốc”, Khoa học kỹ thuật thú y , 18(3), tr.12-16 Nguyễn Tiến Dũng, Đỗ Quí Phương, Đào Thanh Vân, Bùi Ngọc Anh, Bùi z @ gm Nghĩa Vượng, Nguyễn Thế Vinh, Nguyễn Thúy Duyên (2005), “Giám sát l bệnh Cúm gia cầm Thái Bình”, Khoa học kỹ thuật thú y, 12(2), tr 6-12 m co 10 Trần Xuân Hạnh (2004), “Một vài vấn đề phòng chống bệnh Cúm gia an Lu cầm vaccine”, Khoa học kỹ thuật thú y, 11(3), tr 77-84 n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma 64 11 Lê Thanh Hồ (2004), “Họ Orthomyxoviridae nhóm virus cúm A gây bệnh cúm gà người”, Viện khoa học công nghệ 12 FAO (2007), Sổ tay chim hoang dã bệnh cúm gia cầm 13 Suarez D.L Mary Pantin-Jackwood (2008), “Tiêm vaccine để khống chế bệnh Cúm gia cầm thể độc lực cao”, Hội thảo quốc tế Nghiên cứu phục vụ hoạch định sách phịng chống Cúm gia cầm, 16 - 18/6/2008, Hà Nội 14 Mary J Pantin-Jackwood, Jenny Pfeiffer, Tô Long Thành, Nguyễn Tùng David Suarez (2008), “Độc tính virus Cúm gia cầm thể độc lực cao H5N1 Việt Nam gà vịt’’, Hội thảo quốc tế Nghiên cứu phục vụ hoạch định sách phịng chống Cúm gia cầm, 16 - 18/6/2008, Hà Nội lu 15 Lê Văn Năm (2004), “Kết khảo sát biểu lâm sàng bệnh tích an va đại thể bệnh Cúm gia cầm số sở chăn ni tỉnh phía Bắc”, Khoa n học kỹ thuật thú y, 11(3), tr 86-90 to Lê Văn Năm (2004), “100 câu hỏi đáp quan trọng dành cho cán thú y gh tn 16 Tơ Long Thành (2005), “Kinh nghiệm phịng chống Cúm gia cầm sử dụng 17 p ie người chăn nuôi gà”, NXB Nông Nghiệp Hà Nội Nguyễn Như Thanh, Trương Quang (2001), “Cơ sở phương pháp nghiên oa 18 nl w vaccine Cúm gia cầm Trung Quốc”, Khoa học kỹ thuật thú y, 12(3), tr.87-90 d cứu dịch tễ học thú y”, NXB Nông nghiệp lu Nguyễn Tùng, Nguyễn Hồng Đăng, Ngơ Thị Thu Hương, Đỗ Thị Hoa, Kenjiro nf va an 19 Inui, Nguyễn Văn Cảm, Nguyễn Bá Hiên (2011), “Độc lực virus cúm gia cầm Phạm Hùng Vân (2008), PCR Real-time PCR “các vấn đề z at nh oi 20 lm ul độc lực cao H5N1 nhánh gia cầm”, Khoa học kỹ thuật thú y, 18(3), tr.5-10 ứng dụng thường gặp”, NXB Y học Trần Quang Vui, Nguyễn Thị Bích Nga, Nguyễn Bá Hiên, Lê Thanh Hòa “Đặc điểm gen NS virus cúm A/H5N1 chủng gm @ (2010), z 21 A/Ck/Vietnam/HG4/2005 so sánh với số chủng Việt Nam giới”, m co l Khoa học kỹ thuật thú y, 17(3), tr.5-13 an Lu n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma 65 TÀI LIỆU TIẾNG ANH 22 Beard C W, Brugh M., Webter R.G (1987), “Emegence of amantadine resistant H5N1 avian influenza virus during a simulate layer flock treatment program” Avian dis, 31, pp 533-537 23 Biswas S.K, Nayak D.P (1996), “Influenza virus polymerase basic protein interacts with influenza virus polymerase basic protein at multiple sites” J.Virol, 70, pp 6716-6722 24 Chen H T., Zhang J., Sun D H., Chu Y F., Cai X P., Liu X T., Luo X N., Liu Q., Liu Y S (2008) Rapid detection of porcine circovirus type by loopmediated isothermal amplification J Virol Methods 149(2), 264-8 Collins R A., Ko, L S., Fung K Y., Chan K Y., Xing J., Lau L T.,Yu A C (2003), Rapid and sensitive detection of avian influenza virus subtype H7 using NASBA Biochem Biophys Res Commun 300(2), pp 507-515 26 Ellis J S., Zambon M C (2002) Molecular diagnosis of influenza Rev Med Virol 12(6), pp 375-389 lu 25 an n va gh tn to 27 p ie Fouchier R A., Munster V., Wallensten A., Bestebroer T M., Herfst S., Smith D., Rimmelzwaan G F., Olsen B., Osterhaus A D (2005) Characterization of a novel influenza A virus hemagglutinin subtype (H16) obtained from black-headed gulls J Virol 79(5), pp 2814-2822 oa nl w Gu H., Qi X., Li X., Jiang H., Wang Y., Liu F., Lu S., Yang Y., F Liu (2009) Rapid and specific detection of H3 swine influenza virus using reverse transcription loop-mediated isothermal amplification method Microbiology 108 (2010), pp 1145– 1154 29 Horimoto T., Kawaoka Y (2005), Influenza: lessons from past pandemics, warnings from current incidents Nat Rev Microbiol 3(8), pp 591-600 30 Imai M., Ninomiya A., Minekawa H., Notomi T., Ishizaki T., Van Tu P., Tien N T., Tashiro M., Odagiri T (2007) Rapid diagnosis of H5N1 avian influenza virus infection by newly developed influenza H5 hemagglutinin gene-specific loop-mediated isothermal amplification method J Virol Methods 141(2), pp 173-180 31 Kiatpathomchai W., Jaroenram W., Arunrut N., Jitrapakdee S., Flegel T W (2008) Shrimp Taura syndrome virus detection by reverse transcription loopmediated isothermal amplification combined with a lateral flow dipstick J Virol Methods 153(2), pp 214-7 d 28 nf va an lu z at nh oi lm ul z m co l gm @ an Lu n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma 66 lu Li Q., Xue C., Qin J., Zhou Q., Chen F., Bi Y., Cao Y (2009a) An improved reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay for sensitive and specific detection of Newcastle disease virus Arch Virol 154(9), pp 1433-1440 33 Li Q., Zhou Q F., Xue C Y., Ma J Y., Zhu D Z., Cao Y C (2009b) Rapid detection of porcine reproductive and respiratory syndrome virus by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay J Virol Methods 155(1), pp 55-60 34 Mekata T., Kono T., Savan R., Sakai M., Kasornchandra J., Yoshida T., Itami T (2006) Detection of yellow head virus in shrimp by loop-mediated isothermal amplification (LAMP) J Virol Methods 135(2), pp 151-6 35 Mori Y., Kitao M., Tomita N., Notomi T (2004) Real-time turbidimetry of LAMP reaction for quantifying template DNA Biochem Biophys Methods 59 (2), pp 145-157 36 Notomi T., Okayama H., Masubuchi H., Yonekawa T., Watanabe K., Amino N., Hase T (2000) Loop-mediated isothermal amplification of DNA Nucleic Acids Res 28(12), E63 an 32 n va p ie gh tn to Runstadler J A., Happ G M., Slemons R D., Sheng Z M., Gundlach N., Petrula M., Senne D., Nolting J., Evers D L., Modrell A., Huson H., Hills S., Rothe T., Marr T., Taubenberger J K (2007) Using RRT-PCR analysis and virus isolation to determine the prevalence of avian influenza virus infections in ducks at Minto Flats State Game Refuge, Alaska, during August 2005 Arch Virol 152(10), pp 1901-1910 38 Shivakoti S., Ito H., Murase T., Ono E., Takakuwa H., Yamashiro T., Otsuki K., Ito T (2009) Development of reverse transcription-loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) assay for detection of avian influenza viruses in field specimens J Vet Med Sci 72(4), pp 519-523 39 Shivappa R B., Savan R., Kono T., Sakai M., Emmenegger E., Kurath G., Levine J F (2008) Detection of spring viraemia of carp virus (SVCV) by loop-mediated isothermal amplification (LAMP) in koi carp, Cyprinus carpio L J Fish Dis 31(4), pp 249-258 d oa nl w 37 nf va an lu z at nh oi lm ul z m co l gm @ an Lu n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma 67 PHỤ LỤC MỘT SỐ HÌNH ẢNH TRONG QUÁ TRÌNH NGHIÊN CỨU lu an n va p ie gh tn to d oa nl w nf va an lu z at nh oi lm ul z m co l gm @ an Lu Lấy mẫu chợ buôn bán gia cầm sống n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma 68 lu an n va ie gh tn to p Thao tác chiết tách RNA d oa nl w nf va an lu z at nh oi lm ul z m co l gm @ an Lu Thao tác Template mẫu n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma 69 lu an n va p ie gh tn to d oa nl w nf va an lu z at nh oi lm ul Hình ảnh giá trị Ct z m co l gm @ an Lu n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma 70 KẾT QUẢ XỬ LÝ SỐ LIỆU BẰNG EPICALC Tables - 2-by-2 unstratified 7:40:38 SA, 30/01/2015 | + - | Total -+ -+ + | 14 30 | 44 - | 51 | 56 -+ -+ Total | 19 81 | 100 Tests of significance lu an n va Fisher exact test (one tailed) : 0,004052 Fisher exact test (two tailed) : 0,004826 Uncorrected chi-square : 8,39 p-value : 0,003776 Yates corrected Chi-square : 6,97 p-value : 0,008303 : 3,56 [1,39, 9,14] : 4,76 [1,56, 14,53] Risk difference : 0,23 [0,07, 0,39] Proportional attributable risk : 0,72 [0,28, 0,89] : 0,53 [0,15, 0,78] : -2,56 : 0,19 [0,12, 0,28] : 0,74 [0,49, 0,90] : 0,63 [0,51, 0,73] : 0,65 [0,55, 0,74] : 0,32 [0,19, 0,48] : 0,91 [0,80, 0,97] tn to Measures of exposure effect [95% CI] Risk ratio gh Odds ratio p ie w nl Population proportional attr risk Vaccine efficacy d oa Vaccine efficacy [95% CI] nf va Sensitivity an Prevalence lu Screening [95% CI] [-8,14, -0,39] Predictive value of +ve result Predictive value of -ve result Matched data z at nh oi Accuracy lm ul Specificity z : 4,06 One-sided p-value : 0,000025 Two-sided p-value : 0,000050 McNemar Chi-square : p-value : 0,000050 McNemar odds ratio [95% CI] : 6,00 [2,22, 17,58] Difference in proportions [95% CI] : 0,25 [0,13, 0,37] m co 16,46 l gm @ Z an Lu n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma 71 Tables - 2-by-2 unstratified 7:39:01 SA, 30/01/2015 | + - | Total -+ -+ + | 12 27 | 39 - | 54 | 61 -+ -+ Total | 19 81 | 100 Tests of significance lu an Fisher exact test (one tailed) : 0,017088 Fisher exact test (two tailed) : 0,020503 Uncorrected chi-square : 5,75 p-value : 0,016449 Yates corrected Chi-square : 4,57 p-value : 0,032557 n va Measures of exposure effect [95% CI] Risk ratio 2,68 [1,16, 6,22] Odds ratio : 3,43 [1,21, 9,70] Risk difference : 0,19 [0,03, 0,36] Proportional attributable risk : 0,63 [0,14, 0,84] : 0,40 [0,06, 0,67] : -1,68 : 0,19 [0,12, 0,28] : 0,63 [0,39, 0,83] : 0,67 [0,55, 0,77] : 0,66 [0,56, 0,75] Predictive value of +ve result : 0,31 [0,18, 0,48] Predictive value of -ve result : 0,89 [0,77, 0,95] : 3,26 : 0,000560 p ie gh tn to : Population proportional attr risk nl w Vaccine efficacy [95% CI] Vaccine efficacy [-5,22, -0,16] oa d Screening [95% CI] Z z One-sided p-value z at nh oi Matched data lm ul Accuracy nf va Specificity an Sensitivity lu Prevalence @ : 0,001120 McNemar Chi-square : p-value : 0,001120 McNemar odds ratio [95% CI] : 3,86 Difference in proportions [95% CI] : 0,20 gm Two-sided p-value 10,62 co l [1,60, 9,71] m [0,09, 0,31] an Lu n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma 72 Tables - 2-by-2 unstratified 8:49:01 SA, 30/01/2015 | + - | Total -+ -+ + | 10 20 | 30 - | 61 | 70 -+ -+ Total | 19 81 | 100 Tests of significance an n va : 0,019578 Fisher exact test (two tailed) : 0,025316 Uncorrected chi-square : 5,72 p-value : 0,016762 Yates corrected Chi-square : 4,47 p-value : 0,034536 Risk ratio : 2,59 [1,17, 5,73] Odds ratio : 3,39 [1,21, 9,52] Risk difference : 0,20 [0,02, 0,39] p lu Fisher exact test (one tailed) Proportional attributable risk : 0,61 [0,15, 0,83] Population proportional attr risk : 0,32 [0,05, 0,59] : -1,59 : 0,19 [0,12, 0,28] : 0,53 [0,29, 0,75] : 0,75 [0,64, 0,84] : 0,71 [0,61, 0,79] : 0,33 [0,18, 0,53] : 0,87 [0,76, 0,94] : 1,86 Measures of exposure effect [95% CI] ie gh tn to nl w Vaccine efficacy [95% CI] d oa Vaccine efficacy Accuracy Predictive value of +ve result Predictive value of -ve result Matched data z Z z at nh oi lm ul Specificity nf va Sensitivity an Prevalence lu Screening [95% CI] [-4,73, -0,17] @ : 0,031659 Two-sided p-value : 0,063318 McNemar Chi-square : 3,45 p-value : 0,063318 McNemar odds ratio [95% CI] : 2,22 [0,96, 5,26] Difference in proportions [95% CI] : 0,11 [0,00, 0,22] m co l an Lu Tables - 2-by-2 unstratified gm One-sided p-value n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma 73 7:25:10 SA, 30/01/2015 | + - | Total -+ -+ + | 10 15 | 25 - | 66 | 75 -+ -+ Total | 19 81 | 100 Tests of significance an 0,003757 Fisher exact test (two tailed) : 0,005924 Uncorrected chi-square : 9,55 p-value : 0,001998 Yates corrected Chi-square : 7,82 p-value : 0,005170 Risk ratio : 3,33 [1,53, 7,26] Odds ratio : 4,89 [1,69, 14,12] Risk difference : 0,28 [0,07, 0,49] Proportional attributable risk : 0,70 [0,35, 0,86] : 0,37 [0,12, 0,61] : -2,33 : 0,19 [0,12, 0,28] : 0,53 [0,29, 0,75] : 0,81 [0,71, 0,89] : 0,76 [0,66, 0,84] : 0,40 [0,22, 0,61] : 0,88 [0,78, 0,94] n va : nl lu Fisher exact test (one tailed) to p ie gh tn Measures of exposure effect [95% CI] w Population proportional attr risk oa d Vaccine efficacy [95% CI] Specificity Predictive value of +ve result Predictive value of -ve result z Matched data z at nh oi Accuracy lm ul Sensitivity nf va Prevalence [-6,26, -0,53] an Screening [95% CI] lu Vaccine efficacy @ : 1,02 One-sided p-value : 0,153717 Two-sided p-value : 0,307434 McNemar Chi-square : 1,04 p-value : 0,307434 McNemar odds ratio [95% CI] : 1,67 [0,69, 4,12] Difference in proportions [95% CI] : 0,06 [-0,04, 0,16] m co l gm Z an Lu n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma 74 Tables - 2-by-2 unstratified 7:20:17 SA, 30/01/2015 | + - | Total -+ -+ + | 13 25 | 38 - | 56 | 62 -+ -+ Total | 19 81 | 100 Tests of significance lu an Fisher exact test (one tailed) : 0,003060 Fisher exact test (two tailed) : 0,003623 Uncorrected chi-square : 9,21 p-value : 0,002402 Yates corrected Chi-square : 7,69 p-value : 0,005557 : 3,54 [1,47, 8,51] Odds ratio : 4,85 [1,65, 14,24] Risk difference : 0,25 [0,08, 0,41] Proportional attributable risk : 0,72 [0,32, 0,88] : 0,49 [0,15, 0,74] : -2,54 : 0,19 [0,12, 0,28] : 0,68 [0,43, 0,86] : 0,69 [0,58, 0,79] : 0,69 [0,59, 0,78] Predictive value of +ve result : 0,34 [0,20, 0,51] Predictive value of -ve result : 0,90 [0,79, 0,96] : 3,23 : 0,000613 n va Measures of exposure effect [95% CI] Risk ratio p ie gh tn to Population proportional attr risk nl w Vaccine efficacy [95% CI] Vaccine efficacy [-7,51, -0,47] oa d Screening [95% CI] Z z One-sided p-value z at nh oi Matched data lm ul Accuracy nf va Specificity an Sensitivity lu Prevalence @ : 0,001226 McNemar Chi-square : p-value : 0,001226 McNemar odds ratio [95% CI] : 4,17 Difference in proportions [95% CI] : 0,19 gm Two-sided p-value 10,45 co l [1,63, 11,31] m [0,08, 0,30] an Lu n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma 75 PHIẾU ĐIỀU TRA DỊCH CÚM GIA CẦM Tên chủ hộ chăn nuôi: ……………………………………………………… Địa chỉ: ………………………………………………………………………… Ngày phát biểu bệnh đầu tiên: ……………………………………… Ngày có ca bệnh cuối hộ chăn nuôi: ……………………………… Các loài bị ảnh hưởng cúm gia cầm 1.1 Gà thịt: Tuổi: …………… Số ốm: …………Số chết: ………….Tổng đàn gia cầm:… lu 1.2 Gà đẻ: an Tuổi: …………… Số ốm: …………Số chết: ………….Tổng đàn gia cầm:… n va 1.3 Vịt thịt: to gh tn Tuổi: …………… Số ốm: …………Số chết: ………….Tổng đàn gia cầm:… p ie 1.4 Vịt đẻ: oa nl 1.5 Ngan: w Tuổi: …………… Số ốm: …………Số chết: ………….Tổng đàn gia cầm:… d Tuổi: …………… Số ốm: …………Số chết: ………….Tổng đàn gia cầm:… an lu 1.6 Loài khác: nf va Tuổi: …………… Số ốm: …………Số chết: ………….Tổng đàn gia cầm:… Khơng z at nh oi Có lm ul Đàn gia cầm có tiêm phịng vaccine cúm gia cầm? Có định kỳ khử trùng chuồng trại (2 lần/tháng)? Có Khơng z m an Lu Phương thức chăn ni hộ gia đình: co Các trại sản xuất giống đảm bảo chất lượng l Mua từ chợ buôn bán gia cầm gm Đàn gia cầm gia đình @ Nguồn gốc giống gia cầm lấy từ: n va ac th si PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the waterma 76 Nuôi chạy đồng (đối với vịt) Bán chăn thả Ni khép kín nhà Quy mơ chăn ni Ni nhỏ lẻ hộ gia đình ( 5.000 gia cầm Địa điểm chăn ni gia cầm có gần đường giao thơng khơng (< 500 m)? lu Có Khơng Khoảng cách: …………… an Trại chăn ni có gần chợ buôn bán gia cầm, sản phẩm gia cầm không (