ỨNG DỤNG BIOINFORMATIC PHÂN TÍCH PROTEIN SERK TRÊN ARABIDOPSIS THALIANA

  SERK ArabidopsisArabidopsis thaliana Arabidopsis  !"#$!%& "'( )*+,-./,012324156%7(SERK 87,9:;<$!%$=> *:?/,%!%@7<249!.ASERK )B7(CD4EFB,GSERKH6%? I*68#IIJK!%?L$7M%(#<G?G N?#IIO!.:423P?>2%=M$F4EL64-6 ,1SERK6SER 2-SERK51Q$ 0?KG$ArabidopsisR!%"'(IBF;<N6SERK 6$SJT6)U$<B4)423?$7QHVM ,1WSERK1-SERK2!%SERK3SERK 4-SERK 5(XKQBB4)!%4= ,Y!%6%:%!MSERKR!%"'(R!%=<"Z( SERK3423L64-%,? X#[X#  \['& 'MY ' &]' )U$<26 !. & ' = %@ X !%  ""!%*Y=E$;7Y$,'!%""(X^4423SJ & ';%?!.SERK3_&]'Y,%1$!!%( "`R!%"a!%26(>$=!%<G?GN,? b!%":( R %  !M  6 N    4; SERK1 ! !%    " !% SERK`_&'R!%"Z^MU$4YFG$&(IBF4=,Y 4;SERK@7J42c$7QFG$SERK)EMY <Y!.?@$G$$& '(ISERK1!% SERK2 *+?< d!%eY4D4EBe!%6E@<;% ,%P4<0B7Arabidopsis],!%":f,!%":((XK 4=,YBRI1 !)G$7/ )  74V<;%,%P4<( XM*$e4B7@7J=;SERK3E6Fg?-,h [ii[ X!%"Z!%MU$4Y8f!%"Z R!%"Z(<Y3!.SERK4_&'2<2SERK3 ^E6<YY,%<!jR!%=<"Z([ii[ X!% "Z(2c3%7!-Fk!.?F423,Y4Yl /2& 'Dm#"XK4=,Y!)nNSERK 3SE- E$;!.K4=,Y!)nMF!%""X!% ""f!%"Z(XKM*$J?$7Q<6 ?$7QN6%!M6SERK87( CEL64-*4=6SERK876!d6$N 6SERK4423jT!d4=jDY3!.6 %!M6,J6Yj?$7Q!%BP(YU$o@7SERK 1 OY3!.SERK 3& '=FG$&$!%) SERK642c$7QFG$>$=&(X23/S64= ,YSERK4+/7o!.66BB7,G!$hMKB79 SERKp(RK6?@$G$NSERKU$6FG$$EG* +%);,E$G2*(A46SERKY 4!$d% 49>EQ$  42c FG$ ) U$  q?-!.6>E6$( r4=!j42cFG$9 / 26/26>EN O/D 6 /f !% s?"(#<9/ N6/ >E 249423L%4FN6<!jA!!%"p??!% "p#!%"p((126G14=!j6SERK 6!%$7M%1tN=/2.FG$$@FG$4 ?/!%,Q!K(  SERK  !"SERK#$%&'()*+#,#%& (-' U$6;;%)K74V6!%;6 $1U$6;;%)4Q$MU$Du4Y<,E$G(i=!% ;,E$G$1U$6;;%)=16/,g$G $1HT)20%4YB7%S(=1MU$4Y< o*!.!G;%); SERK ,7 4=!dU$v(SERK423Bje4e$MHY,% )B7carrot4!d2=BP<;%)!%M U$  !.  < ;  %  )  M =  1 23  B7  2 Dactylis glomerata Arabidopsis thaliana  Medicago truncatula  Helianthus annuus Ocotea catharinensi Citrus unshiu !% Theobroma cacaoe4B7%<Y3(#[ %=L$7M%$T+ 2co+N)BvNArabidopsis;%)( $7QFG$NT,J6;%6?/?7 ?!.K6k2=?(?%7o*?   B7    <  7   N  K  ?    /  ,% N   /,2.YYN?@$G$$7QF/(CB7 E%Q+<Y30K?@$G$6$)U$<kY K/6$( w$6;;%)%=);B/N<;% )<M!%o*,0K?@$G$6$<6$@h@$ <o*]&]!%42c#]/,0$L%eF%"`ALT YU$6;LB<!j!%KBP2<(ISERK ,E$ GU$6;$)@7@7%=e?@$G$$< 74VNY,%46*!.64Q$G)2c(XK<74V%7M U$4YU$6SBY,%!%$;Y,%.(#<YNY,%M U$4Y<;%U$!%E%4Q$GN;/,E$ GNSERK!%4G!>%=7Y$1FU$6;,G Y,%(SERK,E$GMU$Du4Y<6$L423,Y 4Y2=7Y$1o*<;%)(&?%=7Y$ 14Q$dY7Y$<6EN<!jMU$4YK?@$G$? $7QF/KU$6;66$N<!j,9 !.Dh@$<o7e76,G(X423,Y4Y% &]## Xx#[x A X#[X#  \['& '49YN!%MU$!.SERK' E(iD?O#[$=!Q=87E;@7!d!% K,E$G6$2=!%<74V*+N4 423U$6!%K?/,E$G))EE6423 !dN( . SERK/'010#2&#- -3#% -3 f6NB79EB%"Fy6v 24=!j+5@!$h7!$!%*%6 v2)/G4=gD66zf626!.)2c )U$$%6?@$G$BP42c$7QF/( XKY,=6M*$e4B7!Q4Q$d?{4Y<6 N<D$M7K,E$G6$4Q$d,E$ G(KM*$e4B7T)4oL$@= I#V4-MB7?Y6'4/ NSERK (XKB7?Y6*DSERK @7 oo+;%)!%0M/7o!.<@)N Sclerotinia(A4!G/,5SERK  )U$X]D*<o $7YJSERK ;MU$4YU$6;;%)!%!d ,o!G1/<@)N@,G( 2<!GE$GNx#['423E6,0f]i\p:# %+o+o*;%)MB7T(XKB7T$7E @7+o+6!.Magnapothe grisea(CQ$%7%N1M o$7YJSERK MU$4Y!G46*!.KB7/ $7E,E$Go+F/g?-,h46*!.8 N!$h+o+6!.M.grisea(x& SERK +o+4Q$ dLPF!.,q?q&R=7Y$1?{4Y!G+o+ 6!.i((i=!%,E$G6NSERK MVitis vinifera^ 423U$649c!.=!%I?+o+ ,Q$d,0"`Ao*;%)(iD6X]]$L ?^o++4Q$d SERK  M Medicago trucatula(M/=!%BP%?@$G$,o!G2#]!%|]+o+ o*NSERK !%]&]%oo+o*(ISERK 3_&]'423 L2=eN66BB7,GF/o+46*g?- !.8( XK?{*M@7SERK EMU$4Y6?@$G$<!j !%K*+6%!de6ENB7(SERK ;,E$ G/u)!G;%)!%=!%Y,%2,G !Go*;%)(XK);7 SERK 423,E$G$1U$6;B76E46*!.Kv !%v^%+j*!Q!dNSERK 46*!.) 2c(  )42&#- 56 7SERK 3 i);6*+N&]'!.KFG$46*6$  56 89'-':;<#= fB79,o!GT1/6!jB7,G)U$!G6G 67Y$1LBg,J=G1g?-/7oQ$.(.,o!G o*@?<!%<6GNKBPN!$h423L2 %?@$G$N!$h(XKBP%7423L2%6BPMY !.,G?$I]iI423j,Y,06 !-FL$7M%}I(f6I]iI?{ 4Y%/67Y$1?~,96@h7oL$@x#! L7U$6;L7/6/ 4=!?i]I!%6>$=Lo *,E$G,o!G!%YN(XK7Y$1%7l4-6I]iI o*g?-I]iI?$7I 6!.%/6 BB7,G( M  ],?    I  423  M  *$  Q$  @  %  $m#"m][ X#[X# X"!% [m• [f[Ix[m7Y$1k$7M,G2*!.I]iI8""$9 1H8!%8'a_8"$91H!G€?%7Y$1$f !%("•8!%("(fom#"!%[m;!dU$v!G /g?-1/!$h(fB79,-o20,0<DN8 ;0M/7oF7)F!.6NPseudomonas syringae •8"‚!%@[m ?{4Y+ F/7!. ],$ $8!%0M7Y$!.4=<NI(7X!!%("‚•8 "‚(C6Tƒ%,E$G)249N[m],?MX ,!%%$#$7$%+F4Q6!.!%,G ?!$h4=<,!%("'( X%I]iI6I^B,Y6FG$$7M,G62); BPMU$4Y<N7/??$A]iI( &?mL"‚!%("‚(XKBP=%72c) „4Ej,Y2T2c423oL$@7o?2.64Q$ G(\F?> I[I[f[Ix'I[I'?I[I"j,Y I]iI!%6?=o*!.<V2I'!%6N T/4=2<$Y4/N?@$G$I s$!%(""' R$88?7"Z!%("' iD?OIeU$vFg?-0<!j2!G j,YFL67j*6I]iI^2423E$t(f60K$ @o6?eYk!.6?/,%!%$7E6?dFG$ B,Y!%Y,%@($7M);{$?<M7 4= !j@7 J6 ?k !. 6 0?/ !%*3 <7!%#"'(i=!F ?>  2  <  M  <  !j      ,?  & &]## Xx#[x A X#[X#  \['& '?2.?/=*3?o *  !.    & ']##xf ][A  [f[Ix [   X]#[_  #xi] f [i&sx[X[# #[f[Ix [  X]#[p&]'_ SERK 3!% ( ""X?""b!%(":(&]'/4=2=7Y$14Q$ dF<N& 'K4),Y!)G$,'%o4=/7!.&( i=4Q$,@ce4B7@7&]'^9//6?2.?/=* 3?>$=!.m#"f!%("ZR!%("Z(I* 3%7Lo7!d!%B7kY8""!%?{4YU$6;7 m#"!%&]'#$q!%("'(\G@&]'?{4Y oo+46*!.8""f!%("ZR!%("Z(&]' ^    !  d    !G  46  *  !.  6  I]iI  !  $h  2  8'a 7?I#?7IXR•""/%,06 /7I]iI Xm'!%A]iI]I'f!%( "ZR!%("Z#!%("a!%("'@7J&]' ^0?/=*3?>$=!.PI2*NT( CQ$T!-%LPF8"?{4YU$6;7&]'!% 49Ng?-$??$7E/K F2.2<!.?/77N[m#$q!%("'(C62$ƒ% o20@*+N&]'46*!.8'a;F46* !.8""f!%("Z#!%("a!%KB79,-4=,Y %!)G$&]'!{/7!.8""!%6I]iI6(CQ$%7@7 J[mE2$M26!.66!.&]'!%4B7%% e>*/4d5K?@$G$?~Nm#"!%[m( &]'$=.>v$,87 NNSERK 87?<M K;<249!.SERK NB7R!%( "'(M],? SERK  87*:U$GjY&]' 2*!.SERK 3.ISERK M],?;MU$4Y642c $7QFG$6$!%2c,-6*+],!%("a( M!%4&]' SERK 1 !%&]' ['_SERK 4 &'_SERK 4^ 26!.& '2KFG$4Q$dF<46*!.&! !%("R!%("Z],!%("a|!%("'(RK SERK 1!%SERK 2!d6,Y<;%,%P4<],!% (":"af,!%(":!%e4B7SERK 14236G%! dMU$4Y!GB6,=jM~!%("'(CQ$U$ v%o&'!%&]'4Q$!dE6<YNY,%!%U$6; R!%("Z!%("Z|!%("' &)42&>?@6A . 56 8*&$9'2&#'5B ][L,2.4e$€<G6FG!.7!. I]iI!%67Y$1B7,GM<!j(XKPG%7@7`‚ Nvo*!.F@'7Y$1(#<MN &]'Lo7?o*,06!$h)4=F!%)B7,G* )o67Y$14=<(CB7%4D4E$NK%>M$N !$h!G+D!GFFo+o*g ?-!.,G(MArabidopsis, 64=,YM&]'46*!!Gg ,G,0@necrotizing!.<B7)/YN6Y,%Y24= ,Y/)@7J6Y,%<Y7+2co+Y,06 v?@2R"x"$1HB$7?(\G,V$ 66B/2,?&6?>%o<4=,Y% o6o*Y,%Y!%+2c</7o!.@necrotrophic(iD 664=,Y&)4e74N7)/7!.&)@7<6 E+2cN6G$*!%?KG$7!.$9,G!%K B7423LPF!.&),@*?@$G$%@7J$9,G MU$4Y64=,YM&]'!%)o?/7!.&(XKB F$MK4=,YN&]'6!.N?/@7 MU$4Yo+,G!%U$6;YNY,%1!.I"!%: 423,E$G0*4=!.KB7)B74=,Y( A 56 28#"2C"&1@B6 i=1M*$e4B7@76;B$k!Q*+N&]'( f64=,Y&]'F/7o!.I]iI8""N!$h(f!%4S J&]'%=eN*3m#"!%MU$4Y< j,Y82,o/)kY!.8(R!% ^6G&]'=*3!.m#"!%SJNbSerk3D MB7$16;F/7!.6I]iI62 Xm'$91H 7f#I""=4/?/N!$h2 )o%@(f64=,Y$77Y$Mm#"@7<+2c46 *!.Y,%Y?g!$h2)@7<=N6Y ,%Y$g@necrotrophic.f!%^@7J<$7 7Y$!G46*!.8""M64=,Ybak1;)>$=,06 ?@$G$&(C4@7!G46*!.8""!%6FG$6&4Q$ e!%*+E6Y,%Y&]'(CQ$%7^@7J&]' Q$!d6$<6E!%g?-N<!j>$=!% <26N 6Yk6?(A/4=,Ye1!. &]'_#[p%&'7#[`YU$o%KB7dv<Y!%+ 2c,E$GI>$=!%?7@7J&]'!%&' )!%d)L64-t%!GE6U$6;YNY,%0 <!j( DEDFD $'G4')-H;IJK5 Xf& %=$90?KG$V9$)jjKM*$ .MY.(C23%j!%+'‚‚a/i… $'=%=&L(#CSERK 3 =M; I$,i?%=eJXf& ET,Y6M*$ H2..7!Q=!@4Q%TU$B( YU$o;Y6,%,6M*$!QSERK 3Arabidopsis thaliana ;Y)MXf& ^'1/YMo%G$M ;YMHQ$$96$( @7;<MXf& X$? [...]... primer với gen SERK 3 bằng Blast trên NCBI Kết quả cho thấy mồi trên có độ che phủ là 100% với gen SERK 3, mồi trên mang độ đặc hiệu cao Do vậy có thể sử dụng mồi trên cho phản ứng PCR Domain Domain là vùng trình tự protein bảo thủ trên trình tự của gen qui định cho một loại protein Dựa vào domain ta có thể biết được một số đặc điểm cơ bản của protein Lấy trình tự protein SERK3 , sử dụng chương trình Pfam... domain của gen này trên cơ sở dữ liệu Các bước thực hiện: 1 Vào trang: http://pfam.sanger.ac.uk/ 2 Nhấp vào sequence serch, dán đoạn proetin vào và nhấp go 3 Kết quả: Tìm cấu trúc, hình ảnh 3D của phân tử protein Sử dụng chương trình Protein Data Bank (PDB) Ta có kết quả sau: Cấu trúc không gian của protein SERK3 IV Tài liệu tham khảo 1 Milena Roux, Benjamin Schwessinger., 2011 The Arabidopsis Leucine-Rich... đuôi pol A: nucleotide 2574 - Dự đoán mRNA exon 1986 bp - Dự đoán protein 662 aa Giải mã trình tự gen sang trình tự protein Sử dụng chương trình ORF Finder (Open Reading Frame Finder) trên NCBI Chương trình chạy cho ta 6 trường hợp, đối chiếu phần FgeneSH trên ta chọn trường hợp 3 (từ trên xuống) Khung đọc mã So sánh sự tương đồng của gen SERK 3 ở các giống cây khác nhau Cây tiến hóa- sử dụng công cụ... BAK1 /SERK3 and BKK1 /SERK4 Are Required for Innate Immunity to Hemibiotrophic and Biotrophic Pathogens The Plant Cell 23: 2440–2455 2 Catherine Albrecht, Eugenia Russinova., 2008 Arabidopsis SOMATIC EMBRYOGENESIS RECEPTOR KINASE Proteins Serve BrassinosteroidDependent and -Independent Signaling Pathways Plant Physiology 148: 611– 619 3 Antje Heese, Dagmar R Hann., 2007 The receptor-like kinase SERK3 /BAK1... thông tin sau: Dự đoán thành phần của đoạn gen mục tiêu Sofberry là công cụ chủ đạo của tất cả phần mền genomic, sử dụng công cụ này để dự đoán thành phần cấu trúc của gen SERK 3 Phân tích kết quả: - Một số thông tin đã biết về gen SERK 3, số gene được dự đoán là 1 chuỗi dương, không có chuỗi âm - Số exon là 1 chuỗi dương: 1 CDSo + CDSf: first coding sequence: nucleotide + CDSi: inter coding sequence:... Brassinosteroidindependent functions of the BRI1-associated kinase BAK1 /SERK3 Plant Signaling & Behavior 3(2) : 116-118 5 Marcelo O Santos1 and Francisco J.L Aragão., 2009 Role of SERK genes in plant environmental response Plant Signaling & Behavior 4(12): 1111-1113 6 Da-Hai Yang, Christian Hettenhausen, Ian T Baldwin and Jianqiang Wu., 2011 The multifaceted function of BAK1 /SERK3 Plant immunity to pathogens and responses... trên các tiêu chí: thành phần GC% cao, nhiệt độ bắt cặp thấp (khoảng 550C) Sản phẩm PCR Kết quả thiết kế đoạn mồi cho phản ứng PCR Các thông số về đoạn mồi được chọn: • • • • • • Kích thước sản phẩm PCR: 179 bp Nhiệt độ bắt cặp: 60,010C Thành phần GC%: 50-55% Mồi trái gắn ở vị trí base phosphat 731 Mồi phải gắn ở vị trí base phosphat 909 Chiều dài mồi 20 bp Kiểm tra độ đặc hiệu của primer với gen SERK . 2 -SERK5 1Q$ 0?KG$ Arabidopsis R!%"'(IBF;<N6 SERK 6$SJT6)U$<B4)423?$7QHVM ,1W SERK1 -SERK2 !% SERK3 SERK 4 -SERK 5(XKQBB4)!%4= ,Y!%6%:%!M SERK R!%"'(R!%=<"Z(  SERK3 423L64-%,?.    SERK  Arabidopsis Arabidopsis thaliana   Arabidopsis  !"#$!%&. *:?/,%!%@7<249!.A SERK )B7(CD4EFB,G SERK H6%? I*68#IIJK!%?L$7M%(#<G?G N?#IIO!.:423P?>2%=M$F4EL64-6 ,1 SERK 6SER 2 -SERK5 1Q$ 0?KG$ Arabidopsis R!%"'(IBF;<N6 SERK 6$SJT6)U$<B4)423?$7QHVM ,1W SERK1 -SERK2 !% SERK3 SERK