Chùa Thiên Ấn khởi công xây dựng vào năm 1694 hồn thành vào cuối năm 1695 (năm Chính Hịa thứ 15), đời Lê Huy Tơng (chúa Nguyễn Phúc Chu đàng trong) Theo Đại đức Thích Đơng Hồng, chùa Thiên Ấn, chùa khai sơn năm 1627 Năm 1627 tạc cổng chùa Thiên Ấn Tổ khai sơn chùa Thiền sư Pháp Hóa (1670 - 1754), tục danh Lê Diệt, hiệu Minh Hải Phật Bảo, gốc người tỉnh Phúc Kiến, Trung Hoa, trụ trì tổ đình 41 năm, viên tịch ngọ ngày 17 tháng 01 năm Giáp Tuất, thọ 84 tuổi, thuộc dòng thiên Lâm Tế Lúc đầu chùa thảo am tĩnh mịch, sau dần trùng tu mở rộng thu hút nhiều tăng ni phật tử trở nên tiếng Năm Vĩnh Thịnh thứ 11 (1717, đời vua Lê Dụ Tông), chúa Nguyễn Phúc Chu, người sùng đạo Phật, ban cho nhà chùa biển ngạch Sắc Tứ Thiên Ấn Tự Tấm biển sau bị hư hại thiền sư Hồng Phúc tái tạo vào năm 1946 Thiên Ấn tự khai sơn từ năm 1716 đến Từ năm 1695 đến (1995), trải qua 300 năm chùa có 15 đời sư trụ trì, có vị suy tôn sư tổ, gọi chung lục tổ Chùa trải qua lần trùng tu vào năm 1717, 1827[2], 1910[3], 1918[4], 1959[5] Hịa thượng Thích Huyền Đạt, vị sư trụ trì gần viên tịch ngày tháng 12 năm Quý Dậu (1 - 1994) thọ 80 tuổi So với chùa cổ nam ngồi bắc, kể chùa Ơng Thu Xà, chùa không bật kiến trúc nội thất, trừ nhà phương trượng xây dựng theo kiến trúc nhà rường, vốn khung mua lại đình làng Phú Nhơn (đình làng nằm thành Phú Nhơn - thành Quảng Ngãi chúa Nguyễn xây dựng làng Phú Nhơn thị trấn Sơn Tịnh, huyện Sơn Tịnh sau vua Gia Long dời làng Chánh Mông thuộc địa phận thành phố Quảng Ngãi) Bù lại, chùa xây dựng vị trí có khơng hai, đỉnh đồi Thiên Ấn, đất thiêng tâm tưởng người dân Quảng Ngãi Không đơng đảo tăng ni phật tử tồn tỉnh tơn xưng ngơi vị tổ đình mà người dân, ngơi chùa có gắn bó bền chặt tâm linh, tình cảm, thể qua giai thoại Giếng Phật [6], chuông Thần nhiều câu ca dao sâu nặng nghĩa tình[7] truyền miệng từ đời qua đời khác Khu viên mộ, nơi an táng vị sư tổ thiền sư trụ trì, nằm tiếp phía đơng Thiên Ấn tự, ngơi bữu tháp xây dựng nhiều tầng theo số lẽ (5,7,9)và tượng hình hoa sen Bên tháp nơi chơn giữ di hài, phía ngồi bia ghi cơng đức, gắn liền với thân tháp Chính khu viên mộ nơi gìn giữ bảo thân vị thiền sư tiếng, kế tục trụ trì chùa Thiên Ấn, gìn giữ, mở rộng ngơi chùa mang giáo lý từ bi, hỉ xả Đức Phật đến đông đảo tín đồ tỉnh Các sách lịch sử Phật giáo Việt Nam, đề cập đến phát triển dòng thiên Lâm tế Đàng Trong từ kỷ XVII sau, đánh giá vị bậc chân tu uyên thâm Phật học tiếng đức độ Những năm gần đây, với ủng hộ vật chất tăng ni, phật tử nước, chùa Thiên Ấn tổ chức trùng tu xây hạng mục phật giáo như: vườn Lâm tì ni (vườn thượng uyển), bảo tháp tầng, tượng phật bồ tát