Bài 8 Vẽ cấu trúc phân tử I Giới thiệu về phần mềm vẽ cấu trúc hóa học II Phần mềm chemsketch 1 Vẽ công thức cấu trúc 2D (cấu trúc 2 chiều) Luyện tập 1 trang 53 Chuyên đề Hóa 10 Vẽ công thức cấu tạo c[.]
Trang 1Bài 8: Vẽ cấu trúc phân tử
I Giới thiệu về phần mềm vẽ cấu trúc hóa học
II Phần mềm chemsketch
1 Vẽ công thức cấu trúc 2D (cấu trúc 2 chiều)
Luyện tập 1 trang 53 Chuyên đề Hóa 10: Vẽ công thức cấu tạo của các chất sau:
+ Nháy chuột vào màn hình sẽ hiện lên công thức: CH4;
+ Giữ chuột trái trên công thức CH4 rồi di chuyển chuột một đoạn, thả tay ra sẽ xuất hiện công thức: H3C – CH3;
+ Giữ chuột trái trên một nhóm CH3, di chuyển chuột một đoạn, thả tay ra sẽ xuất hiện công thức: H3C CH3
(không nhìn thấy các nguyên tử C,
Trang 2Bước 3: Vào menu Tools, nháy chuột vào Clean Structure (chuyển cấu trúc 2D về
dạng phù hợp) sẽ xuất hiện công thức:
CH3
CH3C
H3
Bước 5: Trong khu vực 3, chọn nút select/ move; giữ chuột trái và di chuyển lên
toàn bộ công thức, khi thả chuột trái, phân tử đã được chọn (xuất hiện các dấu chấm xung quanh công thức); nháy chuột phải lên công thức, chọn Object
Properties bằng chuột trái, xuất hiện của sổ Properties Chọn All sẽ hiện lên C ở giữa, tại mục size Calculation bỏ chọn auto ta sẽ chọn được cơ chữ (Atom Symbol Size) và độ dài liên kết (Bond Length) tùy ý
Cuối cùng ấn vào apply sẽ thu được công thức cần vẽ
Trang 3+ Nháy chuột vào màn hình sẽ hiện lên công thức: CH4;
+ Giữ chuột trái trên công thức CH4 rồi di chuyển chuột một đoạn, thả tay ra sẽ xuất hiện công thức: H3C – CH3;
+ Giữ chuột trái trên một nhóm CH3, di chuyển chuột một đoạn, thả tay ra sẽ xuất hiện công thức: H3C CH3
(không nhìn thấy các nguyên tử C, H
ở giữa)
+ Tiếp tục giữ chuột trái trên một nhóm CH3, di chuyển chuột một đoạn, thả tay ra
sẽ xuất hiện công thức H3C CH
3
Bước 3: Vào menu Tools, nháy chuột vào Clean Structure (chuyển cấu trúc 2D về
dạng phù hợp) sẽ xuất hiện công thức:
Trang 4Bước 5: Trong khu vực 3, chọn nút select/move; giữ chuột trái và di chuyển lên
toàn bộ công thức, khi thả chuột trái, phân tử đã được chọn (xuất hiện các dấu chấm xung quanh công thức); nháy chuột phải lên công thức, chọn Object
Properties bằng chuột trái, xuất hiện của sổ Properties Chọn All sẽ hiện lên C ở giữa, tại mục size Calculation bỏ chọn auto ta sẽ chọn được cơ chữ (Atom Symbol Size) (thường chọn 14) và độ dài liên kết (Bond Length) tùy ý Chọn font chữ ở mục atom style
Cuối cùng ấn vào apply sẽ thu được công thức cần vẽ:
Luyện tập 2 trang 54 Chuyên đề Hóa 10: Vẽ công thức cấu tạo của các chất sau:
Gợi ý: Chọn O (oxygen, khu vực 2) rồi giữ chuột trái lên một nguyên tử C, di
chuyển một đoạn, thả chuột sẽ được nhóm –OH gắn vào
Trang 5CH3+ Chọn O (oxygen, khu vực 2) rồi giữ chuột trái lên một nguyên tử C, di chuyển một đoạn, thả chuột sẽ được nhóm –OH gắn vào
CH3OH
Bước 4: Vào menu Tools, nháy chuột vào Clean Structure (chuyển cấu trúc 2D về
dạng phù hợp)
Bước 5: Trong khu vực 3, chọn nút select/move; giữ chuột trái và di chuyển lên
toàn bộ công thức, khi thả chuột trái, phân tử đã được chọn (xuất hiện các dấu chấm xung quanh công thức); nháy chuột phải lên công thức, chọn Object
Properties bằng chuột trái, xuất hiện của sổ Properties Tại mục size Calculation bỏ chọn auto ta sẽ chọn được cơ chữ (Atom Symbol Size) (thường chọn 14) và độ dài liên kết (Bond Length) tùy ý Chọn font chữ ở mục atom style
Cuối cùng ấn vào apply sẽ thu được công thức cần vẽ
CH3OH
Trang 6b) Bước 1: Chọn cửa sổ Structure (khu vực 1) và chế độ vẽ thông thường (khu vực
4, nút Draw normal)
Bước 2: Thực hiện chuỗi động tác:
+ Chọn C (carbon ở khu vực 2);
+ Nháy chuột vào màn hình sẽ hiện lên công thức: CH4;
+ Giữ chuột trái trên công thức CH4 rồi di chuyển chuột một đoạn, thả tay ra sẽ xuất hiện công thức: H3C – CH3;
+ Chọn O (ở khu vực 2), giữ chuột trên nhóm CH3, di chuyển chuột một đoạn, thả tay ra sẽ xuất hiện công thức:
Trang 7Bước 3: Vào menu Tools, nháy chuột vào Clean Structure (chuyển cấu trúc 2D về
Bước 5: Trong khu vực 3, chọn nút select/ move; giữ chuột trái và di chuyển lên
toàn bộ công thức, khi thả chuột trái, phân tử đã được chọn (xuất hiện các dấu chấm xung quanh công thức); nháy chuột phải lên công thức, chọn Object
Properties bằng chuột trái, xuất hiện của sổ Properties Chọn All sẽ hiện lên C ở giữa, tại mục size Calculation bỏ chọn auto ta sẽ chọn được cơ chữ (Atom Symbol Size) (thường chọn 14) và độ dài liên kết (Bond Length) tùy ý Chọn font chữ ở mục atom style
Cuối cùng ấn vào apply sẽ thu được công thức cần vẽ
Trang 8a) Bước 1: Vẽ công thức N N
+ Chọn cửa sổ Structure (khu vực 1) và chế độ vẽ thông thường (khu vực 4, nút Draw normal)
+ Chọn N (ở khu vực 2);
+ Nháy chuột vào màn hình sẽ hiện lên công thức: NH3;
+ Giữ chuột trái trên công thức NH3 rồi di chuyển chuột một đoạn, thả tay ra sẽ xuất hiện công thức: H2N – NH2;
+ Nháy chuột 2 lần vào liên kết N – N sẽ được công thức N N
Bước 2: Trong menu Templates, chọn Templates Windows, chọn tiếp Lewis
Structure sẽ hiện lên một bảng có các mẫu công thức Lewis và mẫu các cặp
electron (nếu không thấy cụm từ Lewis Structure trên thanh công cụ bên tay trái thì vào Organizer, chọn Lewis Structure) Chọn cặp electron phù hợp, rồi gắn vào công thức, ta được:
N N
b) Bước 1: Vẽ công thức
Bước 2: Trong menu Templates, chọn Templates Windows, chọn tiếp Lewis
Structure sẽ hiện lên một bảng có các mẫu công thức Lewis và mẫn các cặp
electron (nếu không thấy cụm từ Lewis Structure trên thanh công cụ bên tay trái thì vào Organizer, chọn Lewis Structure) Chọn cặp electron, rồi gắn vào công thức ta được
2 Lưu file và chuyển công thức sang word, powerpoint
Luyện tập 4 trang 54 Chuyên đề Hóa 10: Lưu các nội dung đã vẽ ở trên:
Trang 9a) Dưới định dạng file ChemSketch
b) Dưới định dạng file ảnh, chèn vào Word và PowerPoint
ChemSketch (*.sk2) Nhấn Save để lưu
b) Học sinh lưu các nội dung trên dưới định dạng file ảnh, chèn vào Word và PowerPoint theo các bước sau:
Để lưu file, vào menu File, chọn Save As Cửa sổ Save Document As hiện lên Trong mục File name đặt tên file tùy ý Trong mục Save as type chọn phần mở
rộng (đuôi) là tif, gif, png, hoặc jpg
3 Chuyển sang hình ảnh 3D (cấu trúc 3 chiều)
Luyện tập 5 trang 55 Chuyên đề Hóa 10: Vẽ công thức 2D và 3D của các chất
Trang 10- Lấy vòng cyclohexan ở khu vực thư viện công cụ bên phải
Bước 2: Vào Tool, chọn 3D Structure Optimization (chuyển cấu trúc 3D về dạng
phù hợp) sẽ hiện lên cấu trúc 2D của cyclohexan với các liên kết C – H hiển thị rõ ràng
Bước 3: Trên thanh trạng thái, chọn nút 3D Viewer sẽ nhận được hình ảnh cấu
trúc 3D của cyclohexan
b) Bước 1: Vẽ cấu trúc 2D
- Chọn cửa sổ Structure (khu vực 1) và chế độ vẽ thông thường (khu vực 4, nút Draw normal)
Bước 2: Vào Tool, chọn 3D Structure Optimization (chuyển cấu trúc 3D về dạng
phù hợp) sẽ hiện lên cấu trúc 2D với các liên kết C – H hiển thị rõ ràng
Bước 3: Trên thanh trạng thái, chọn nút 3D Viewer sẽ nhận được hình ảnh cấu
trúc 3D
c) Bước 1: Vẽ cấu trúc 2D
Trang 11- Chọn cửa sổ Structure (khu vực 1) và chế độ vẽ thông thường (khu vực 4, nút Draw normal)
Bước 2: Vào Tool, chọn 3D Structure Optimization (chuyển cấu trúc 3D về dạng
phù hợp) sẽ hiện lên cấu trúc 2D với các liên kết C – H hiển thị rõ ràng
Bước 3: Trên thanh trạng thái, chọn nút 3D Viewer sẽ nhận được hình ảnh cấu
trúc 3D
Luyện tập 6 trang 55 Chuyên đề Hóa 10: Lưu các hình đã vẽ dưới dạng file
ChemSketch và file ảnh, dán hình ảnh vào Word và PowerPoint
ChemSketch (*.sk2) Nhấn Save để lưu
- Học sinh lưu các nội dung trên dưới định dạng file ảnh, chèn vào Word và
PowerPoint theo các bước sau:
Để lưu file, vào menu File, chọn Save As Cửa sổ Save Document As hiện lên Trong mục File name đặt tên file tùy ý Trong mục Save as type chọn phần mở
rộng (đuôi) là tif, gif, png, hoặc jpg
Trang 13Bài tập
Bài tập 1 trang 56 Chuyên đề Hóa 10: Vẽ công thức 2D và 3D rồi lưu dưới dạng
file ChemSketch và tif, sau đó chèn vào Word và PowerPoint với từng chất sau:
+ Nháy chuột vào màn hình sẽ hiện lên công thức: CH4;
+ Chọn N ở khu vực 2 Giữ chuột trái trên công thức CH4 rồi di chuyển chuột một
đoạn, thả tay ra sẽ xuất hiện công thức: H3C – NH2;
Bước 3: Vào menu Tools, nháy chuột vào Clean Structure (chuyển cấu trúc 2D về
dạng phù hợp)
Trang 14Bước 4: Trong khu vực 3, chọn nút select/move; giữ chuột trái và di chuyển lên
toàn bộ công thức, khi thả chuột trái, phân tử đã được chọn (xuất hiện các dấu chấm xung quanh công thức); nháy chuột phải lên công thức, chọn Object
Properties bằng chuột trái, xuất hiện của sổ Properties Tại mục size Calculation bỏ chọn auto ta sẽ chọn được cơ chữ (Atom Symbol Size) và độ dài liên kết (Bond Length) tùy ý
Cuối cùng ấn vào apply sẽ thu được công thức 2D cần vẽ:
C
Bước 5: Vào Tool, chọn 3D Structure Optimization (chuyển cấu trúc 3D về dạng
phù hợp) sẽ hiện lên cấu trúc 2D với các liên kết C – H hiển thị rõ ràng
Bước 6: Trên thanh trạng thái, chọn nút 3D Viewer sẽ nhận được hình ảnh cấu
Trang 15+ Nháy chuột vào màn hình sẽ hiện lên công thức: CH4;
+ Giữ chuột trái trên công thức CH4 rồi di chuyển chuột một đoạn, thả tay ra sẽ xuất hiện công thức: H3C – CH3;
+ Chọn O ở khu vực 2 Giữ chuột trái trên nhóm CH3 bên phải, di chuyển chuột
một đoạn, thả tay ra sẽ xuất hiện công thức:
C
H3
OH (không nhìn
thấy các nguyên tử C, H ở giữa)
+ Tiếp tục chọn C ở khu vực 2, giữ chuột trái trên một nhóm OH, di chuyển chuột
một đoạn, thả tay ra sẽ xuất hiện công thức
C
H3
O
CH3+ Chọn O ở khu vực 2, giữ chuột trái trên nhóm CH2 (đã bị ẩn đi), di chuyển chuột
một đoạn, thả tay ra sẽ xuất hiện công thức
C
H3
O
CH3OH
+ Lại chọn C ở khu vực 2, nháy chuột vào 2 liên kết C – C xen kẽ sẽ thu được công thức
C
H3
O
CH3O
Bước 3: Vào menu Tools, nháy chuột vào Clean Structure (chuyển cấu trúc 2D về
dạng phù hợp):
Trang 16H3
O CH3O
Bước 4: Trong khu vực 3, chọn nút select/move; giữ chuột trái và di chuyển lên
toàn bộ công thức, khi thả chuột trái, phân tử đã được chọn (xuất hiện các dấu chấm xung quanh công thức); nháy chuột phải lên công thức, chọn Object
Properties bằng chuột trái, xuất hiện của sổ Properties Chọn All sẽ hiện lên C ở giữa, tại mục size Calculation bỏ chọn auto ta sẽ chọn được cơ chữ (Atom Symbol Size) (thường chọn 14) và độ dài liên kết (Bond Length) (thường chọn 10) tùy ý Chọn font chữ ở mục atom style
Cuối cùng ấn vào apply sẽ thu được công thức cần vẽ
C
H3 C
O CH3
O
Bước 5: Vào Tool, chọn 3D Structure Optimization (chuyển cấu trúc 3D về dạng
phù hợp) sẽ hiện lên cấu trúc 2D với các liên kết C – H hiển thị rõ ràng
Bước 6: Trên thanh trạng thái, chọn nút 3D Viewer sẽ nhận được hình ảnh cấu
trúc 3D
Trang 17+ Nháy chuột vào màn hình sẽ hiện lên công thức: CH4;
+ Giữ chuột trái trên công thức CH4 rồi di chuyển chuột một đoạn, thả tay ra sẽ xuất hiện công thức: H3C – CH3;
+ Chọn O ở khu vực 2 Giữ chuột trái trên nhóm CH3 bên phải, di chuyển chuột
một đoạn, thả tay ra sẽ xuất hiện công thức:
C
H3
OH (không nhìn
thấy các nguyên tử C, H ở giữa)
+ Lại chọn C ở khu vực 2, nháy chuột vào 2 liên kết C – C xen kẽ sẽ thu được công thức
Trang 18+ Chọn C ở khu vực 2, Giữ chuột trái trên nhóm CH3 , di chuyển chuột một đoạn, thả tay ra sẽ xuất hiện công thức
O
OH
CH3Cl
Cl
Bước 3: Vào menu Tools, nháy chuột vào Clean Structure (chuyển cấu trúc 2D về
dạng phù hợp)
Trang 19Bước 4: Trong khu vực 3, chọn nút select/move; giữ chuột trái và di chuyển lên
toàn bộ công thức, khi thả chuột trái, phân tử đã được chọn (xuất hiện các dấu chấm xung quanh công thức); nháy chuột phải lên công thức, chọn Object
Properties bằng chuột trái, xuất hiện của sổ Properties Chọn All sẽ hiện lên C ở giữa, tại mục size Calculation bỏ chọn auto ta sẽ chọn được cơ chữ (Atom Symbol Size) (thường chọn 14) và độ dài liên kết (Bond Length) (thường chọn 10) tùy ý Chọn font chữ ở mục atom style
Cuối cùng ấn vào apply sẽ thu được công thức cần vẽ
Bước 5: Vào Tool, chọn 3D Structure Optimization (chuyển cấu trúc 3D về dạng
phù hợp) sẽ hiện lên cấu trúc 2D với các liên kết C – H hiển thị rõ ràng
Bước 6: Trên thanh trạng thái, chọn nút 3D Viewer sẽ nhận được hình ảnh cấu
trúc 3D
4 Vẽ công thức
Trang 20+ Lấy vòng 6 cạnh ở khu vực thư viện công cụ bên phải
+ Chọn C ở khu vực 2; Nhấn chuột vào một đỉnh trên vòng benzene (nhóm CH2) sẽ xuất hiện nhánh CH3
+ Chọn O (oxygen, khu vực 2) rồi giữ chuột trái lên một nguyên tử C, di chuyển một đoạn, thả chuột sẽ được nhóm –OH gắn vào, nháy chuột vào 2 liên kết C – OH
ta sẽ thu được nối đôi C=O (lặp lại 2 lần ta có hai đỉnh C=O)
+ Chọn N ở khu vực 2, nháy chuột vào đỉnh vòng 6 cạnh ta sẽ được đỉnh chứa N + Chọn H ở khu vực 2, Giữ chuột trái trênN, di chuyển chuột một đoạn, thả tay ra
sẽ xuất hiện công thức
N
N
CH3O
Trang 21N
CH3O
Bước 4: Trong khu vực 3, chọn nút select/move; giữ chuột trái và di chuyển lên
toàn bộ công thức, khi thả chuột trái, phân tử đã được chọn (xuất hiện các dấu chấm xung quanh công thức); nháy chuột phải lên công thức, chọn Object
Properties bằng chuột trái, xuất hiện của sổ Properties Tại mục size Calculation bỏ chọn auto ta sẽ chọn được cơ chữ (Atom Symbol Size) (thường chọn 14) và độ dài liên kết (Bond Length) (thường chọn 10) tùy ý Chọn font chữ ở mục atom style Cuối cùng ấn vào apply sẽ thu được công thức cần vẽ
Bước 5: Vào Tool, chọn 3D Structure Optimization (chuyển cấu trúc 3D về dạng
phù hợp) sẽ hiện lên cấu trúc 2D với các liên kết C – H hiển thị rõ ràng
Bước 6: Trên thanh trạng thái, chọn nút 3D Viewer sẽ nhận được hình ảnh cấu
trúc 3D
Trang 22+ Lấy vòng 6 cạnh ở khu vực thư viện công cụ bên phải
+ Chọn N ở khu vực 2; Nhấn chuột vào một đỉnh trên vòng benzene (nhóm CH2)
sẽ xuất hiện nhánh NH2
+ Chọn O (oxygen, khu vực 2) rồi giữ chuột trái lên một nguyên tử C, di chuyển một đoạn, thả chuột sẽ được nhóm –OH gắn vào, nháy chuột vào 2 liên kết C – OH
ta sẽ thu được nối đôi C=O
+ Chọn N ở khu vực 2, nháy chuột vào đỉnh vòng 6 cạnh ta sẽ được đỉnh chứa N
Trang 23+ Chọn H ở khu vực 2, Giữ chuột trái trên N, di chuyển chuột một đoạn, thả tay ra
sẽ xuất hiện công thức
+ Nháy chuột vào liên kết C-N để được liên kết đôi C=N
N
N NH2
HO
+ Lấy vòng 5 cạnh ở khu vực thư viện công cụ bên phải gắn vào vòng 6 cạnh + Chọn N ở khu vực 2, nhấn vào đỉnh của vòng 5 cạnh (làm với 2 đỉnh)
+ Nhấn chuột trái vào cạnh cần tạo liên kết đôi
+ Chọn H ở khu vực 2, Giữ chuột trái trên N, di chuyển chuột một đoạn, thả tay ra
sẽ xuất hiện công thức:
N
N NH2
HO
Bước 4: Trong khu vực 3, chọn nút select/move; giữ chuột trái và di chuyển lên
toàn bộ công thức, khi thả chuột trái, phân tử đã được chọn (xuất hiện các dấu chấm xung quanh công thức); nháy chuột phải lên công thức, chọn Object
Properties bằng chuột trái, xuất hiện của sổ Properties Tại mục size Calculation bỏ
Trang 24chọn auto ta sẽ chọn được cơ chữ (Atom Symbol Size) (thường chọn 14) và độ dài liên kết (Bond Length) (thường chọn 10) tùy ý Chọn font chữ ở mục atom style Cuối cùng ấn vào apply sẽ thu được công thức cần vẽ
Bước 5: Vào Tool, chọn 3D Structure Optimization (chuyển cấu trúc 3D về dạng
phù hợp) sẽ hiện lên cấu trúc 2D với các liên kết C – H hiển thị rõ ràng
Bước 6: Trên thanh trạng thái, chọn nút 3D Viewer sẽ nhận được hình ảnh cấu
trúc 3D
Bài tập 2* trang 56 Chuyên đề Hóa 10: Tìm hiểu các tính năng của ChemSketch
để trình bày các phản ứng sau trên trang Word:
a) N2 + 3H2
t ,p xt
Trang 25a) Chọn ở khu vực 2 Viết kí hiệu hóa học bằng chữ và số Chọn biểu tượng
để nhập mũi tên hai chiều Ta được phương trình:
N2 + 3H2
t ,p xt
b) Một số lưu ý:
Chọn kiểu vẽ , chọn biểu tượng để vẽ nhân trong vòng benzene
Sử dụng để viết chữ trong phương trình