Bài 8 Vẽ cấu trúc phân tử I Giới thiệu về phần mềm vẽ cấu trúc hóa học II Phần mềm chemsketch 1 Vẽ công thức cấu trúc 2D (cấu trúc 2 chiều) Luyện tập 1 trang 53 Chuyên đề Hóa 10 Vẽ công thức cấu tạo c[.]
Bài 8: Vẽ cấu trúc phân tử I Giới thiệu phần mềm vẽ cấu trúc hóa học II Phần mềm chemsketch Vẽ công thức cấu trúc 2D (cấu trúc chiều) Luyện tập trang 53 Chuyên đề Hóa 10: Vẽ cơng thức cấu tạo chất sau: Trả lời a) Bước 1: Chọn cửa sổ Structure (khu vực 1) chế độ vẽ thông thường (khu vực 4, nút Draw normal) Bước 2: Thực chuỗi động tác: + Chọn C (carbon khu vực 2); + Nháy chuột vào hình lên cơng thức: CH4; + Giữ chuột trái công thức CH4 di chuyển chuột đoạn, thả tay xuất công thức: H3C – CH3; + Giữ chuột trái nhóm CH3, di chuyển chuột đoạn, thả tay xuất CH3 công thức: H3C (khơng nhìn thấy ngun tử C, H + Tiếp tục chọn C khu vực 2; nháy chuột vào CH2 công thức H3 C CH3 , thả tay xuất công thức: H3C CH3 H3C Bước 3: Vào menu Tools, nháy chuột vào Clean Structure (chuyển cấu trúc 2D dạng phù hợp) xuất công thức: CH3 H3C CH3 Bước 4: Lại chọn C khu vực 2, nháy chuột vào liên kết C – C thu công thức: CH H 3C CH Bước 5: Trong khu vực 3, chọn nút select/ move; giữ chuột trái di chuyển lên tồn cơng thức, thả chuột trái, phân tử chọn (xuất dấu chấm xung quanh công thức); nháy chuột phải lên công thức, chọn Object Properties chuột trái, xuất sổ Properties Chọn All lên C giữa, mục size Calculation bỏ chọn auto ta chọn chữ (Atom Symbol Size) độ dài liên kết (Bond Length) tùy ý Cuối ấn vào apply thu công thức cần vẽ H3C C CH3 H2C b) Bước 1: Chọn cửa sổ Structure (khu vực 1) chế độ vẽ thông thường (khu vực 4, nút Draw normal) Bước 2: Thực chuỗi động tác: + Chọn C (carbon khu vực 2); + Nháy chuột vào hình lên cơng thức: CH4; + Giữ chuột trái công thức CH4 di chuyển chuột đoạn, thả tay xuất công thức: H3C – CH3; + Giữ chuột trái nhóm CH3, di chuyển chuột đoạn, thả tay xuất CH3 công thức: H3C (không nhìn thấy nguyên tử C, H giữa) + Tiếp tục giữ chuột trái nhóm CH3, di chuyển chuột đoạn, thả tay xuất công thức H3C CH3 Bước 3: Vào menu Tools, nháy chuột vào Clean Structure (chuyển cấu trúc 2D dạng phù hợp) xuất công thức: CH3 H3C Bước 4: Lại chọn C khu vực 2, nháy chuột vào liên kết C – C xen kẽ thu công thức CH2 H2C Bước 5: Trong khu vực 3, chọn nút select/move; giữ chuột trái di chuyển lên tồn cơng thức, thả chuột trái, phân tử chọn (xuất dấu chấm xung quanh công thức); nháy chuột phải lên công thức, chọn Object Properties chuột trái, xuất sổ Properties Chọn All lên C giữa, mục size Calculation bỏ chọn auto ta chọn chữ (Atom Symbol Size) (thường chọn 14) độ dài liên kết (Bond Length) tùy ý Chọn font chữ mục atom style Cuối ấn vào apply thu công thức cần vẽ: CH2 CH H2C CH Luyện tập trang 54 Chuyên đề Hóa 10: Vẽ công thức cấu tạo chất sau: Gợi ý: Chọn O (oxygen, khu vực 2) giữ chuột trái lên nguyên tử C, di chuyển đoạn, thả chuột nhóm –OH gắn vào Trả lời: a) Bước 1: Chọn cửa sổ Structure (khu vực 1) chế độ vẽ thông thường (khu vực 4, nút Draw normal) Bước 2: Lấy vòng benzene khu vực thư viện công cụ bên phải Bước 3: + Chọn C khu vực 2; Nhấn chuột vào đỉnh vịng benzene (nhóm CH2) xuất nhánh CH3 CH3 + Chọn O (oxygen, khu vực 2) giữ chuột trái lên nguyên tử C, di chuyển đoạn, thả chuột nhóm –OH gắn vào OH CH3 Bước 4: Vào menu Tools, nháy chuột vào Clean Structure (chuyển cấu trúc 2D dạng phù hợp) Bước 5: Trong khu vực 3, chọn nút select/move; giữ chuột trái di chuyển lên tồn cơng thức, thả chuột trái, phân tử chọn (xuất dấu chấm xung quanh công thức); nháy chuột phải lên công thức, chọn Object Properties chuột trái, xuất sổ Properties Tại mục size Calculation bỏ chọn auto ta chọn chữ (Atom Symbol Size) (thường chọn 14) độ dài liên kết (Bond Length) tùy ý Chọn font chữ mục atom style Cuối ấn vào apply thu công thức cần vẽ OH CH3 b) Bước 1: Chọn cửa sổ Structure (khu vực 1) chế độ vẽ thông thường (khu vực 4, nút Draw normal) Bước 2: Thực chuỗi động tác: + Chọn C (carbon khu vực 2); + Nháy chuột vào hình lên cơng thức: CH4; + Giữ chuột trái công thức CH4 di chuyển chuột đoạn, thả tay xuất công thức: H3C – CH3; + Chọn O (ở khu vực 2), giữ chuột nhóm CH3, di chuyển chuột đoạn, thả tay xuất công thức: H3C OH + Chọn O (ở khu vực 2); giữ chuột nhóm CH2 (bị ẩn đi), di chuyển chuột đoạn, thả tay xuất công thức: H3C OH HO + Chọn N (ở khu vực 2) giữ chuột nhóm CH3, di chuyển chuột đoạn, thả tay xuất công thức: H3C OH HO Bước 3: Vào menu Tools, nháy chuột vào Clean Structure (chuyển cấu trúc 2D dạng phù hợp) Bước 4: Lại chọn C khu vực 2, nháy chuột vào liên kết C – C xen kẽ thu công thức H2N OH O Bước 5: Trong khu vực 3, chọn nút select/ move; giữ chuột trái di chuyển lên tồn cơng thức, thả chuột trái, phân tử chọn (xuất dấu chấm xung quanh công thức); nháy chuột phải lên công thức, chọn Object Properties chuột trái, xuất sổ Properties Chọn All lên C giữa, mục size Calculation bỏ chọn auto ta chọn chữ (Atom Symbol Size) (thường chọn 14) độ dài liên kết (Bond Length) tùy ý Chọn font chữ mục atom style Cuối ấn vào apply thu công thức cần vẽ H2N CH2 C OH O Luyện tập trang 54 Chuyên đề Hóa 10: Vẽ cơng thức Lewis chất sau: Trả lời: a) Bước 1: Vẽ công thức N N + Chọn cửa sổ Structure (khu vực 1) chế độ vẽ thông thường (khu vực 4, nút Draw normal) + Chọn N (ở khu vực 2); + Nháy chuột vào hình lên cơng thức: NH3; + Giữ chuột trái công thức NH3 di chuyển chuột đoạn, thả tay xuất công thức: H2N – NH2; + Nháy chuột lần vào liên kết N – N công thức N N Bước 2: Trong menu Templates, chọn Templates Windows, chọn tiếp Lewis Structure lên bảng có mẫu công thức Lewis mẫu cặp electron (nếu không thấy cụm từ Lewis Structure công cụ bên tay trái vào Organizer, chọn Lewis Structure) Chọn cặp electron phù hợp, gắn vào công thức, ta được: N N b) Bước 1: Vẽ công thức Bước 2: Trong menu Templates, chọn Templates Windows, chọn tiếp Lewis Structure lên bảng có mẫu công thức Lewis mẫn cặp electron (nếu không thấy cụm từ Lewis Structure công cụ bên tay trái vào Organizer, chọn Lewis Structure) Chọn cặp electron, gắn vào công thức ta Lưu file chuyển công thức sang word, powerpoint Luyện tập trang 54 Chuyên đề Hóa 10: Lưu nội dung vẽ trên: a) Dưới định dạng file ChemSketch b) Dưới định dạng file ảnh, chèn vào Word PowerPoint Trả lời: a) Học sinh lưu nội dung định dạng file ChemSkeck theo bước sau: Để lưu file, vào menu File, chọn Save As Cửa sổ Save Document As lên Trong mục File name đặt tên file tùy ý Trong mục Save as type chọn ChemSketch (*.sk2) Nhấn Save để lưu b) Học sinh lưu nội dung định dạng file ảnh, chèn vào Word PowerPoint theo bước sau: Để lưu file, vào menu File, chọn Save As Cửa sổ Save Document As lên Trong mục File name đặt tên file tùy ý Trong mục Save as type chọn phần mở rộng (đuôi) tif, gif, png, jpg Chuyển sang hình ảnh 3D (cấu trúc chiều) Luyện tập trang 55 Chuyên đề Hóa 10: Vẽ công thức 2D 3D chất sau: Trả lời: a) Bước 1: Vẽ cấu trúc 2D - Chọn cửa sổ Structure (khu vực 1) chế độ vẽ thông thường (khu vực 4, nút Draw normal) - Lấy vịng cyclohexan khu vực thư viện cơng cụ bên phải Bước 2: Vào Tool, chọn 3D Structure Optimization (chuyển cấu trúc 3D dạng phù hợp) lên cấu trúc 2D cyclohexan với liên kết C – H hiển thị rõ ràng Bước 3: Trên trạng thái, chọn nút 3D Viewer nhận hình ảnh cấu trúc 3D cyclohexan b) Bước 1: Vẽ cấu trúc 2D - Chọn cửa sổ Structure (khu vực 1) chế độ vẽ thông thường (khu vực 4, nút Draw normal) Bước 2: Vào Tool, chọn 3D Structure Optimization (chuyển cấu trúc 3D dạng phù hợp) lên cấu trúc 2D với liên kết C – H hiển thị rõ ràng Bước 3: Trên trạng thái, chọn nút 3D Viewer nhận hình ảnh cấu trúc 3D c) Bước 1: Vẽ cấu trúc 2D - Chọn cửa sổ Structure (khu vực 1) chế độ vẽ thông thường (khu vực 4, nút Draw normal) Bước 2: Vào Tool, chọn 3D Structure Optimization (chuyển cấu trúc 3D dạng phù hợp) lên cấu trúc 2D với liên kết C – H hiển thị rõ ràng Bước 3: Trên trạng thái, chọn nút 3D Viewer nhận hình ảnh cấu trúc 3D Luyện tập trang 55 Chuyên đề Hóa 10: Lưu hình vẽ dạng file ChemSketch file ảnh, dán hình ảnh vào Word PowerPoint Trả lời: - Học sinh lưu nội dung định dạng file ChemSkeck theo bước sau: Để lưu file, vào menu File, chọn Save As Cửa sổ Save Document As lên Trong mục File name đặt tên file tùy ý Trong mục Save as type chọn ChemSketch (*.sk2) Nhấn Save để lưu - Học sinh lưu nội dung định dạng file ảnh, chèn vào Word PowerPoint theo bước sau: Để lưu file, vào menu File, chọn Save As Cửa sổ Save Document As lên Trong mục File name đặt tên file tùy ý Trong mục Save as type chọn phần mở rộng (đuôi) tif, gif, png, jpg Bài tập Bài tập trang 56 Chuyên đề Hóa 10: Vẽ công thức 2D 3D lưu dạng file ChemSketch tif, sau chèn vào Word PowerPoint với chất sau: Trả lời: Vẽ công thức H3C NH2 Bước 1: Chọn cửa sổ Structure (khu vực 1) chế độ vẽ thông thường (khu vực 4, nút Draw normal) Bước 2: Thực chuỗi động tác: + Chọn C (carbon khu vực 2); + Nháy chuột vào hình lên cơng thức: CH4; + Chọn N khu vực Giữ chuột trái công thức CH4 di chuyển chuột đoạn, thả tay xuất công thức: H3C – NH2; Bước 3: Vào menu Tools, nháy chuột vào Clean Structure (chuyển cấu trúc 2D dạng phù hợp) Bước 4: Trong khu vực 3, chọn nút select/move; giữ chuột trái di chuyển lên tồn cơng thức, thả chuột trái, phân tử chọn (xuất dấu chấm xung quanh công thức); nháy chuột phải lên công thức, chọn Object Properties chuột trái, xuất sổ Properties Tại mục size Calculation bỏ chọn auto ta chọn chữ (Atom Symbol Size) độ dài liên kết (Bond Length) tùy ý Cuối ấn vào apply thu công thức 2D cần vẽ: H3C NH2 Bước 5: Vào Tool, chọn 3D Structure Optimization (chuyển cấu trúc 3D dạng phù hợp) lên cấu trúc 2D với liên kết C – H hiển thị rõ ràng Bước 6: Trên trạng thái, chọn nút 3D Viewer nhận hình ảnh cấu trúc 3D Vẽ cơng thức O H3C C O CH3 Bước 1: Chọn cửa sổ Structure (khu vực 1) chế độ vẽ thông thường (khu vực 4, nút Draw normal) Bước 2: Thực chuỗi động tác: + Chọn C (carbon khu vực 2); + Nháy chuột vào hình lên công thức: CH4; + Giữ chuột trái công thức CH4 di chuyển chuột đoạn, thả tay xuất công thức: H3C – CH3; + Chọn O khu vực Giữ chuột trái nhóm CH3 bên phải, di chuyển chuột H3C đoạn, thả tay xuất công thức: OH (không nhìn thấy nguyên tử C, H giữa) + Tiếp tục chọn C khu vực 2, giữ chuột trái nhóm OH, di chuyển chuột H3C O CH3 đoạn, thả tay xuất công thức + Chọn O khu vực 2, giữ chuột trái nhóm CH2 (đã bị ẩn đi), di chuyển chuột OH H3C O đoạn, thả tay xuất công thức CH3 + Lại chọn C khu vực 2, nháy chuột vào liên kết C – C xen kẽ thu công thức O H3C O CH3 Bước 3: Vào menu Tools, nháy chuột vào Clean Structure (chuyển cấu trúc 2D dạng phù hợp): O H3C O CH3 Bước 4: Trong khu vực 3, chọn nút select/move; giữ chuột trái di chuyển lên tồn cơng thức, thả chuột trái, phân tử chọn (xuất dấu chấm xung quanh công thức); nháy chuột phải lên công thức, chọn Object Properties chuột trái, xuất sổ Properties Chọn All lên C giữa, mục size Calculation bỏ chọn auto ta chọn chữ (Atom Symbol Size) (thường chọn 14) độ dài liên kết (Bond Length) (thường chọn 10) tùy ý Chọn font chữ mục atom style Cuối ấn vào apply thu công thức cần vẽ O H3C C O CH3 Bước 5: Vào Tool, chọn 3D Structure Optimization (chuyển cấu trúc 3D dạng phù hợp) lên cấu trúc 2D với liên kết C – H hiển thị rõ ràng Bước 6: Trên trạng thái, chọn nút 3D Viewer nhận hình ảnh cấu trúc 3D Vẽ công thức OH Cl C C Cl O CH3 Bước 1: Chọn cửa sổ Structure (khu vực 1) chế độ vẽ thông thường (khu vực 4, nút Draw normal) Bước 2: Thực chuỗi động tác: + Chọn C (carbon khu vực 2); + Nháy chuột vào hình lên công thức: CH4; + Giữ chuột trái công thức CH4 di chuyển chuột đoạn, thả tay xuất công thức: H3C – CH3; + Chọn O khu vực Giữ chuột trái nhóm CH3 bên phải, di chuyển chuột H3C đoạn, thả tay xuất cơng thức: OH (khơng nhìn thấy nguyên tử C, H giữa) + Lại chọn C khu vực 2, nháy chuột vào liên kết C – C xen kẽ thu công thức H3C O + Chọn O khu vực 2, giữ chuột trái nhóm CH bị ẩn đi, di chuyển chuột đoạn, thả tay xuất công thức: H3C O OH H3C O + Chọn C khu vực 2, Giữ chuột trái nhóm CH3 , di chuyển chuột đoạn, thả tay xuất công thức OH O CH3 + Chọn Cl khu vực Giữ chuột trái nhóm CH2 (đã bị ẩn đi), di chuyển chuột đoạn, thả tay ra, tiếp tục giữ chuột trái nhóm CH (đã bị ẩn đi), di chuyển chuột đoạn, thả tay Cl OH Cl CH3 O Bước 3: Vào menu Tools, nháy chuột vào Clean Structure (chuyển cấu trúc 2D dạng phù hợp) Bước 4: Trong khu vực 3, chọn nút select/move; giữ chuột trái di chuyển lên tồn cơng thức, thả chuột trái, phân tử chọn (xuất dấu chấm xung quanh công thức); nháy chuột phải lên công thức, chọn Object Properties chuột trái, xuất sổ Properties Chọn All lên C giữa, mục size Calculation bỏ chọn auto ta chọn chữ (Atom Symbol Size) (thường chọn 14) độ dài liên kết (Bond Length) (thường chọn 10) tùy ý Chọn font chữ mục atom style Cuối ấn vào apply thu công thức cần vẽ OH Cl C C Cl O CH3 Bước 5: Vào Tool, chọn 3D Structure Optimization (chuyển cấu trúc 3D dạng phù hợp) lên cấu trúc 2D với liên kết C – H hiển thị rõ ràng Bước 6: Trên trạng thái, chọn nút 3D Viewer nhận hình ảnh cấu trúc 3D Vẽ công thức O H CH3 N O N H Bước 1: Chọn cửa sổ Structure (khu vực 1) chế độ vẽ thông thường (khu vực 4, nút Draw normal) Bước 2: + Lấy vòng cạnh khu vực thư viện công cụ bên phải + Chọn C khu vực 2; Nhấn chuột vào đỉnh vòng benzene (nhóm CH2) xuất nhánh CH3 + Chọn O (oxygen, khu vực 2) giữ chuột trái lên nguyên tử C, di chuyển đoạn, thả chuột nhóm –OH gắn vào, nháy chuột vào liên kết C – OH ta thu nối đơi C=O (lặp lại lần ta có hai đỉnh C=O) + Chọn N khu vực 2, nháy chuột vào đỉnh vòng cạnh ta đỉnh chứa N + Chọn H khu vực 2, Giữ chuột trái trênN, di chuyển chuột đoạn, thả tay xuất công thức O H CH3 N O N H + Chọn C khu vực 2, nháy chuột vào liên kết C-C để liên kết đôi C=C ... file tùy ý Trong mục Save as type chọn phần mở rộng (đuôi) tif, gif, png, jpg Bài tập Bài tập trang 56 Chuyên đề Hóa 10: Vẽ cơng thức 2D 3D lưu dạng file ChemSketch tif, sau chèn vào Word PowerPoint... powerpoint Luyện tập trang 54 Chuyên đề Hóa 10: Lưu nội dung vẽ trên: a) Dưới định dạng file ChemSketch b) Dưới định dạng file ảnh, chèn vào Word PowerPoint Trả lời: a) Học sinh lưu nội dung định... hợp) lên cấu trúc 2D với liên kết C – H hiển thị rõ ràng Bước 3: Trên trạng thái, chọn nút 3D Viewer nhận hình ảnh cấu trúc 3D Luyện tập trang 55 Chuyên đề Hóa 10: Lưu hình vẽ dạng file ChemSketch