Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp)

Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp) Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp) Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp) Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp) Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp) Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp) Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp) Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp) Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp) Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp) Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp) Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp) Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp) Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp) Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp) Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp) Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp) Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp) Tổng hợp và docking phân tử các dẫn xuất Curcumin từ p Methoxybenzaldehyde _ (Đồ án tốt nghiệp)

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM KỸ THUẬT TP HỒ CHÍ MINH  KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC TỔNG HỢP VÀ DOCKING PHÂN TỬ CÁC DẪN XUẤT CURCUMIN TỪ p-METHOXYBENZALDEHYDE MÃ SỐ KHÓA LUẬN: HC.19.09 SVTH: PHAN ĐĂNG QUỚI TỬ MSSV: 15128078 GVHD: TS HỒNG MINH HẢO Tp Hồ Chí Minh, tháng 07 năm 2019 LỜI CẢM ƠN Để hồn thành khóa luận tốt nghiệp này, bên cạnh cố gắng nỗ lực thân, nhận nhiều giúp đỡ từ nhiều cá nhân tập thể Đầu tiên, xin gửi lời cảm ơn chân thành đến tất q Thầy, Cơ Khoa Cơng nghệ Hóa học Thực phẩm, Trường ĐH Sư phạm Kỹ thuật Tp Hồ Chí Minh Trong q trình học tập suốt 04 năm Trường, Thầy, Cô truyền đạt nhiều kiến thức đại cương chuyên ngành, kỹ thực nghiệm kỹ sống Tất điều giúp tơi tiếp cận nhanh ứng dụng vào công việc sống sau Tơi chân thành cảm ơn TS Hồng Minh Hảo – Giảng viên Bộ mơn Cơng nghệ Hóa học, Khoa Cơng nghệ Hóa học Thực phẩm, Trường ĐH Sư phạm Kỹ thuật Tp Hồ Chí Minh Thầy ln hỗ trợ dạy tơi tận tình từ hình thành ý tưởng đến hồn thành khóa luận tốt nghiệp Tơi xin cảm ơn Cơ Nguyễn Thị Mỹ Lệ - Chun viên Phịng Thí nghiệm, Bộ mơn Cơng nghệ Hóa học Cơ hỗ trợ, giúp đỡ tơi nhiều dụng cụ, máy móc, thiết bị q trình thực khóa luận phịng thí nghiệm Cuối cùng, tơi xin cảm ơn gia đình bạn bè quan tâm, giúp đỡ tạo điều kiện tốt để tơi hồn thành tốt khóa luận tốt nghiệp Tơi hứa vận dụng kiến thức kỹ học để phục vụ cho mục tiêu nghề nghiệp tương lai Một lần nữa, xin chân thành cảm ơn tất cả, chúc người nhiều sức khỏe thành công Tp Hồ Chí Minh, ngày 19 tháng 07 năm 2019 Sinh viên thực PHAN ĐĂNG QUỚI TỬ i LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan tồn nội dung trình bày khóa luận tốt nghiệp riêng tơi Tôi xin cam đoan nội dung tham khảo khóa luận tốt nghiệp trích dẫn xác đầy đủ theo quy định Tp Hồ Chí Minh, ngày 19 tháng 07 năm 2019 Sinh viên thực PHAN ĐĂNG QUỚI TỬ ii MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i LỜI CAM ĐOAN ii DANH MỤC HÌNH vi DANH MỤC BẢNG viii DANH MỤC VIẾT TẮT ix TÓM TẮT x MỞ ĐẦU xi CHƯƠNG TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan curcumin 1.1.1 Sơ lược nghệ vàng curcuminoid 1.1.2 Hoạt tính sinh học curcuminoid 1.1.3 Pharmacophore curcumin 1.1.4 Các dẫn xuất isoxazole pyrazole curcumin 1.2 Tình hình nghiên cứu dẫn xuất curcumin 1.2.1 Tình hình nghiên cứu nước 1.2.2 Tình hình nghiên cứu nước 10 1.3 Giới thiệu phương pháp docking 11 1.4 Receptor – Cyclin dependent kinase (CDK2) 12 1.5 Docking phân tử dẫn xuất curcumin 2R3I 13 1.6 Điểm tính cấp thiết đề tài 14 CHƯƠNG THỰC NGHIỆM VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 15 2.1 Đối tượng nghiên cứu 15 2.2 Nguyên liệu, trang thiết bị thí nghiệm 15 iii 2.2.1 Nguyên liệu 15 2.2.2 Dụng cụ trang thiết bị 16 2.3 Phương pháp nghiên cứu 16 2.3.1 Tổng hợp 16 2.3.2 Kiểm tra độ tinh khiết xác định cấu trúc hóa học 20 2.3.3 Phương pháp docking phân tử 22 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 26 3.1 Kết tổng hợp dẫn xuất curcumin 26 3.1.1 Kết tổng hợp (1E,4Z,6E)-5-hydroxy-1,7-bis(4-methoxyphenyl)hepta 1,4,6-trien-3-one (QT01) 26 3.1.2 Kết tổng hợp 3,5-bis((E)-4-methoxystyryl)isoxazole (QT02) 28 3.1.3 Kết tổng hợp 3,5-bis((E)-4-methoxystyryl)-4H-pyrazole (QT03) 30 3.1.4 Kết tổng hợp 3,5-bis((E)-4-methoxystyryl)-1-phenyl-1H-pyrazole (QT04) 32 3.2 Kết docking phân tử dẫn xuất curcumin 34 3.2.1 Kết redocking 34 3.2.2 Kết docking phân tử dẫn xuất curcumin 36 3.3 Cơ chế tổng hợp dẫn xuất curcumin từ chất p-methoxybenzaldehyde 40 3.3.1 Cơ chế tổng hợp (1E,4Z, 6E)-5-hydroxy-1,7-bis(4-methoxyphenyl)hepta 1,4,6-trien-3-one (QT01) 40 3.3.2 Cơ chế tổng hợp 3,5-bis((E)-4-methoxystyryl)isoxazole (QT02) 41 3.3.3 Cơ chế tổng hợp 3,5-bis((E)-4-methoxystyryl)-4H-pyrazole (QT03) 42 iv 3.3.4 Cơ chế tổng hợp 3,5-bis((E)-4-methoxystyryl)-1-phenyl-1H-pyrazole (QT04) 42 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 44 Kết luận 44 Kiến nghị 44 TÀI LIỆU THAM KHẢO 45 PHỤ LỤC 50 v DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Thân, củ nghệ vàng Hình 1.2 Cấu trúc hóa học curcuminoid Hình 1.3 Cơng thức cấu tạo curcumin .3 Hình 1.4 Cấu trúc curcumin dẫn xuất isoxazole pyrazole curcumin tổng hợp Hình 1.5 Các dẫn xuất curcumin Ohtsu cộng tổng hợp 10 Hình 1.6 Cấu trúc protein CDK2 13 Hình 1.7 Tương tác SCF với protein CDK2 (ID: 2R3I) 13 Hình 2.1 Hệ thống phản ứng tổng hợp (1E,4Z,6E) - – hydroxy - 1,7 - bis (4 methoxyphenyl)hepta -1,4,6-trien-3-one 17 Hình 2.2 Các xách định giá trị x, y mỏng .21 Hình 2.3 Thơng số redocking .23 Hình 2.4 Thơng số docking 24 Hình 3.1 Kết mỏng hợp chất QT01 với ba hệ dung môi A, B C 26 Hình 3.2 Cơng thức cấu tạo hợp chất QT01 28 Hình 3.3 Kết mỏng hợp chất QT02 với ba hệ dung môi A, B C 28 Hình 3.4 Cơng thức cấu tạo hợp chất QT02 30 Hình 3.5 Kết mỏng hợp chất QT03 với ba hệ dung môi C, D E 30 Hình 3.6 Cơng thức cấu tạo hợp chất QT03 32 Hình 3.7 Kết mỏng hợp chất QT04 với ba hệ dung môi A, B C 32 Hình 3.8 Cơng thức cấu tạo hợp chất QT04 34 Hình 3.9 Tương tác ligand SCF với CDK2 (ID: 2R3I) 35 Hình 3.10 Vị trí tương đối ligand re-dock (màu đỏ) so với ligand đồng kết tinh (màu xanh) 35 Hình 3.11.Tương tác dẫn xuất curcumin tổng hợp từ chất pmethoxybenzaldehyde với CDK2 (ID: 2R3I) .38 Hình 3.12 Tương tác dẫn xuất curcumin với CDK2 (ID: 2R3I) .39 Hình 3.13 Cơ chế phản ứng tổng hợp hợp (1E,4Z,6E) – – hydroxy – 1,7 – bis (4methoxyphenyl)hepta -1,4,6-trien-3-one .40 Hình 3.14 Cơ chế phản ứng tổng hợp 3,5-bis((E)-4-methoxystyryl)isoxazole 41 vi Hình 3.15 Cơ chế phản ứng tổng hợp 3,5-bis((E)-4-methoxystyryl)-4H-pyrazole 42 Hình 3.16 Cơ chế phản ứng tổng hợp 3,5-bis((E)-4-methoxystyryl)-1-phenyl-1Hpyrazole 43 vii DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Thành phần chất thân rễ nghệ Bảng 1.2 Cấu trúc hóa học curcumin dẫn xuất Bảng 2.1 Các hóa chất sử dụng quy trình tổng hợp dẫn xuất curcumin từ chất p-methoxybenzaldehyde 15 Bảng 3.1 Điểm số docking amino acid gắn kết SCF dẫn xuất curcumin .36 viii DANH MỤC VIẾT TẮT ACD Available Chemical Directory DNA Deoxyribonucleic Acid BDMC Bisdemethoxycurcumin CC Column Chromatography (Sắc ký cột) CDK2 Cyclin - Dependent Kinase CSD Cambridge Structural Database CTCT Công thức cấu tạo CTPT Công thức phân tử DMC Demethoxycurcumin DPPH 2,2 - diphenyl - - picryhydrazyl HSQC Heteronuclear Single Quantum Correlation MDA Malondialdehyde MDDR MDL Drug Data Report MS Mass Spectrometry (Phổ khối lượng) NMR Nuclear Magnetic Resonance (Cộng hưởng từ hạt nhân) PDB Protein Data Bank (Ngân hàng liệu protein) TBARS Thiobarbituric Acid Reactive Substances TLC Thin Layer Chromatography (Sắc ký lớp mỏng) UV Ultraviolet ix Phụ lục 15 Phổ 1H - NMR hợp chất QT03 64 Phụ lục 16 Phổ 1H - NMR dãn rộng hợp chất QT03 65 Phụ lục 17 Phổ 13C - NMR hợp chất QT03 66 Phụ lục 18 Phổ 13C - NMR dãn rộng hợp chất QT03 67 Phụ lục 19 Phổ HSQC hợp chất QT03 68 Phụ lục 20 Phổ HSQC dãn rộng hợp chất QT03 69 Phụ lục 21 Phổ MS hợp chất QT03 70 Phụ lục 22 Phổ 1H - NMR hợp chất QT04 71 Phụ lục 23 Phổ 1H - NMR dãn rộng hợp chất QT04 72 Phụ lục 24 Phổ 13C - NMR hợp chất QT04 73 Phụ lục 25 Phổ 13C - NMR dãn rộng hợp chất QT04 74 Phụ lục 26 Phổ HSQC hợp chất QT04 75 Phụ lục 27 Phổ HSQC dãn rộng hợp chất QT04 76 Phụ lục 28 Phổ MS hợp chất QT04 77 S K L 0 ... 3.11.Tương tác dẫn xuất curcumin tổng h? ?p từ chất pmethoxybenzaldehyde với CDK2 (ID: 2R3I) Để tìm nhóm có hoạt tính tốt, kết docking phân tử dẫn xuất tổng h? ?p so sánh với curcumin dẫn xuất curcumin. .. chi phí thời gian phân l? ?p Điểm phương ph? ?p sử dụng đề tài luận văn tổng h? ?p toàn phần dẫn xuất curcumin từ chất p- methoxybenzaldehyde cho hiệu suất cao tiết kiệm thời gian Các dẫn xuất curcumin. .. 22 dẫn xuất curcumin, 01 dẫn xuất demethoxycurcumin 07 dẫn xuất bisdemethoxycurcumin Trong đó, dẫn xuất từ phenylpyrazole curcuminoid chiếm phần lớn Các dẫn xuất thiết kế tổng h? ?p cách thay đổi