Ứng dụng tin học trong công nghệ sinh học (7)

NỘI DUNG CH TR ỜNG ĐẠI H C K̃ THỤT CÔNG NGḤ TP.HCM KHOA MÔI TR ỜNG & CÔNG NGḤ SINH H C NG TR̀NH Ḅ MÔN CÔNG NGḤ SINH ḤC • ́NG ḌNG TIN ḤC TRONG CƠNG NGḤ SINH ḤC • • • • Nh́c ḷi ṃt ś kh́i nịm b̉n th́ng kê kết qủ nghiên cứu (3t) Ph ơng pháp b́ trí thí nghịm nghiên cứu khoa học (3t) Phân tích, xử lý kết qủ thực nghịm (9t) Phân tích t ơng quan hồi quy (6t) (Thực hành máy tính) TP.HCM, 09/2008 T̀I LỊU THAM KH̉O • • • • Chu Văn Mẫn – Ứng dụng TH CNSH (2009) Nguỹn Văn ́t – Gío tr̀nh ́ng dụng x́c sút v̀ th́ng kê sinh ḥc – ĐH T̉ng ḥp TP.HCM (1989) Chu Văn Mẫn – Gío tr̀nh th́ng kê sinh ḥc – NXB Khoa học v̀ K̃ thụt (2001) B̉o Huy – Th́ng kê v̀ tin ḥc lâm nghịp – Tr ̀ng ĐH Tây Nguyên (2008) GÍI THỊU Sinh học Bioinformatics H́a học Th́ng kê Khoa học ḿy t́nh GÍI THỊU Công ngḥ Sinh học Ṿt ĺ Tón học V́ Ḍ V̀ BIOINFORMATICS + Công ngḥ Thông tin Bioinformatics Bioinformatics Gíphỉu hỉubiết biếtv̀v̀ kh́m Gíp kh́m ph́nh̃ng nh̃ngnguyên nguyênĺĺ ph́ trongsinh sinhhọc học • • • • • • Xây dựng s̉ d̃ lịu v̀ tr̀nh tự sinh học T̀m kiếm tr̀nh tự sinh học So śnh ćc tr̀nh tự sinh học Phân t́ch tr̀nh tự sinh học Thiết kế mồi (primer) … TẠI SAO CẦN H C MỌN NÀY? • Ḥn chế sai ś: Chỉ có yếu t́ đem thí nghịm đ ̣c khác Các yếu t́ cịn ḷi, khơng ph̉i yếu t́ thí nghịm ph̉i đồng đ̀u t́t • Đ̉ phân tích ṃt cách khoa học khác biệt có ý nghĩa hay khơng cơng thức thí nghiệm  Nh vậy, ph̉i h c Thống kê Sinh h c để bi t ph ơng pháp thí nghiệm, cách phân tích xem có khác biệt thật cơng thức thí nghiệm hay khơng? MỘT Ś KH́I NỊM C • • • • Ṭp ḥp Ph́p thử Sự kịn (biến ć) - Sự kịn t́t yếu - Sự kịn không th̉ - Sự kịn ng̃u nhiên X́c sút CH NG I NH̃NG KH́I NỊM C B̉N TRONG TH́NG KÊ SINH ḤC B̉N T̉NG TH̉ V̀ M̃U • • • T̉ng th̉: t̉ng ś ć th̉ - N M̃u: ś ph̀n tử ǹm m̃u (ḱch th ớc m̃u – n) - Ĺy m̃u ng̃u nhiên - Ĺy m̃u ḥ th́ng - Ĺy m̃u phân t̀ng nX2) utn  • ( X1  X2 ) S12 S22  n1 n2 B3: So sánh Utn với Uα, Utn≥ Uα bác bỏ giả thiết H0 hay trung bình mẫu khác So sánh trung bình m u quan sát • B1: Xác đ̣nh ḍng phân b́ c̉a chũi ś lịu: - n ≥ 30 học - n < 30 nh ng có đ̣ ḷch đ̣ nhọn ǹm khỏng [-2;2]  Ś lịu có phân b́ tịm c̣n chủn So sánh trung bình m u quan sát Ví ḍ: Cân ṇng c̉a em trai 10 tủi thục đ̣a đỉm A B nh sau: - Vùng A: nA=815 em, XA=21,06 kg, SA=1,61 kg - Vùng B: nB=200 em, XB=21,33 kg, SB=1,60 kg Hãy đ́nh giá xem trọng l ̣ng trung bình c̉a em trai 10 tủi hai vùng có khác hay khơng? So sánh trung bình m u quan sát * Tr ̀ng ḥp nS22) Nếu tṛ ś F ≥ Fα,(n1-1),(n2-1)  Bác bỏ Ho  ch́p nḥn H1 (sự sai khác c̉a ph ơng sai có ý ngh̃a th́ng kê) So sánh trung bình m u quan sát Tr ̀ng ḥp ph ơng sai b̀ng nhau: H0: μ1 = μ1 H1: μ1 NE μ1 • B3: So sánh giá tṛ trung bình c̉a m̃u b̀ng tiêu chủn Student t X1  X2 (n1  1) S  (n2  1) S 1 (  ) n1  n2  n1 n2 2 Nếu t ≥ tα(n1+n2-2) bác bỏ gỉ thiết H0, có ngh̃a trung bình m̃u sai khác có ý ngh̃a, ng ̀i ta chọn m̃u có trung bình cao BÀI T P Đ́nh giá kh̉ tăng trọng c̉a gà với nh̃ng chế đ̣ ăn khác nhau, tiến hành thí nghịm lơ A B, m̃i lơ có Sau ṃt th̀i gian cho ăn lọi thức ăn t̉ng ḥp, kết qủ tăng trọng đ ̣c ghi nḥn b̉ng sau: Ś g̀ th́ nghịm Lô gà A 0.8 0.9 1.0 1.1 Lô gà B 0.5 0.6 0.6 0.7 Hãy đ́nh giá chế đ̣ ăn t́t cho thí nghịm ̉ mức ý ngh̃a α=0,05? ng sai So sánh trung bình m u quan sát Tr ̀ng ḥp ph ơng sai khác nhau: • B3: So sánh giá tṛ trung bình c̉a m̃u b̀ng tiêu chủn Student t X1  X2 S12 S22  n1 n2  S12   S22  t( ,n11) n   t( ,n 1) n     t*   S12 S22  n1 n2 So sánh t tính với t* với: Nếu t ≥ t*α bác bỏ gỉ thiết H0 ... ć ṃt mức x́c sút tin c̣y 1-α nh́t đ̣nh, bỉu tḥ đ̣ tin c̣y c̉a kết lụn - α=0,05 (đ̣ tin c̣y 95% hay sai l̀m 5%) - α=0,01 (đ̣ tin c̣y 99% hay sai l̀m 1%) - α=0,001 (đ̣ tin c̣y 99,9% hay sai... c̉a 217 sinh viên: - Chìu cao: Xh  160, 4cm; Sh  4, 2cm • • ớc l ̣ng đỉm: μ~X, σ2~S2, p~f ớc l ̣ng khỏng: t̀ kết qủ c̉a m̃u suy ṛng cho tòn ḅ t̉ng th̉ Đ̣ tin c̣y c̉a kết lụn: ứng với... khơng? mức độ nào? • Trong thí nghịm th ̀ng ng ̀i ta c̀n so sánh kết qủ c̉a cơng thức Ví ḍ: bón phân hay khơng bón, che bóng hay khơng che,… Nói chung ta c̀n xét đ̣c tr ng sinh học mà đ́i với có