Tờ hướng dẫn sử dụng Bộ kit MiSeqDx Reagent v3 (1000000030849) Bộ kit MiSeq™Dx Reagent v3 DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Mục đích sử dụng Bộ kit Illumina MiSeqDx Reagent v3là một bộ thuốcthử và v[.]
Tờ hướng dẫn sử dụng Bộ kit MiSeqDx Reagent v3 Bộ kit MiSeq™Dx Reagent v3 DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Mục đích sử dụng Bộ kit Illumina MiSeqDx Reagent v3 thuốc thử vật tư tiêu hao dùng để giải trình tự thư viện mẫu sử dụng kết hợp với xét nghiệm kiểm nhận Bộ kit thuốc thử MiSeqDx v3 thiết kế để sử dụng kết hợp với thiết bị MiSeqDx phần mềm phân tích Nguyên tắc quy trình Đối với đầu vào, Bộ kit thuốc thử MiSeqDx v3 sử dụng thư viện chuẩn bị từ DNA thị mẫu trình tự thu thập thêm vào mục tiêu Thư viện mẫu thu thập tế bào dịng chảy giải trình tự thiết bị nhờ cơng nghệ hóa học giải trình tự theo ngun lý tổng hợp (SBS) Cơng nghệ hóa học SBS sử dụng phương pháp vùng kết thúc thuận nghịch để phát base nucleotide đơn lẻ gắn nhãn huỳnh quang base kết hợp vào sợi DNA phát triển Để biết cách tiến hành giải trình tự thiết bị MiSeqDx, xem Tờ hướng dẫn sử dụng thiết bị MiSeqDx dành cho khu vực bạn phiên phần mềm thiết bị bạn sử dụng Giới hạn quy trình • Dùng cho chẩn đốn ống nghiệm • Các quy định giới hạn nêu tờ hướng dẫn sử dụng dựa xét nghiệm đại diện môđun phần mềm, bao gồm Mô-đun biến thể dịng mầm Mơ-đun biến thể sinh dưỡng Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) Các mơ-đun phát triển nhằm mục đích đánh giá hiệu suất với xét nghiệm đại diện • Các đoạn đọc chứa vùng chèn, vùng xóa vùng kết hợp (indel) Phần mềm xét nghiệm không so khớp thành phần có độ dài lớn 25 bp Do đó, phần mềm xét nghiệm khơng phát indel có độ dài lớn 25 cặp base (bp) • Theo kết kiểm nhận, hệ thống có khả phát biến thể nucleotide đơn (SNV), vùng xóa có kích thước tối đa 25 bp vùng chèn có kích thước tối đa 24 bp sử dụng kết hợp với phần mềm mô-đun Biến thể dòng mầm sinh dưỡng Đối với phát sinh dưỡng, tần số biến thể 0,05, vùng xóa 25 bp vùng chèn 18 bp phát Tài liệu số 1000000030849 v04 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Tờ hướng dẫn sử dụng Bộ kit MiSeqDx Reagent v3 • Phần mềm xét nghiệm khơng so khớp đoạn đọc amplicon có thành phần biến thể cực hạn, dẫn đến việc vùng báo cáo thể dại Các thành phần cực hạn bao gồm: – – Đoạn đọc chứa nhiều ba indel Đoạn đọc có độ dài tối thiểu 30 bp với hàm lượng SNV lớn 4% tổng độ dài mục tiêu amplicon (không bao gồm vùng thăm dị) – Đoạn đọc có độ dài 30 bp với hàm lượng SNV lớn 10% tổng độ dài amplicon (bao gồm vùng thăm dị) • Biến thể lớn, bao gồm biến thể đa nucleotide (MNV) indel lớn, báo cáo biến thể nhỏ riêng biệt tệp VCF đầu • Các biến thể xóa bị lọc bỏ sót mở rộng hai amplicon dạng ô độ dài vùng xóa lớn vùng chồng lấn amplicon dạng • Hệ thống phát indel biến thể xảy liền kề mồi khơng có amplicon chồng lấn Đối với vùng có amplicon chồng lấn, xét nghiệm khơng thể phát vùng xóa vùng chồng lấn nhỏ kích thước vùng xóa cần phát Ví dụ: vùng chồng lấn hai amplicon liền kề hai base, xét nghiệm phát vùng xóa bao gồm hai base Có thể phát vùng xóa base hai base • Như với quy trình chuẩn bị thư viện dựa trình tạo thể lai nào, đa hình bản, đột biến, vùng chèn xóa vùng gắn kết oligonucleotide ảnh hưởng đến alen thăm dị theo kết phát giải trình tự Ví dụ: – Một biến thể pha với biến thể vùng mồi khơng khuếch đại, dẫn đến trường hợp âm tính giả – Các biến thể vùng mồi ngăn cản khuếch đại alen tham chiếu, dẫn đến phát biến thể đồng hợp tử khơng xác – Các biến thể indel vùng mồi dẫn đến phát dương tính giả cuối đoạn đọc liền kề với mồi • Xét nghiệm lọc indel sai lệch sợi biến thể xảy gần cuối đoạn đọc bị cắt mềm q trình so khớp • MNV nhỏ chưa kiểm nhận báo cáo Mô-đun biến thể sinh dưỡng • Các vùng xóa báo cáo VCF tọa độ base nằm trước theo định dạng VCF Do đó, xem xét biến thể liền kề trước báo cáo phát base riêng lẻ tham chiếu đồng hợp tử • Các giới hạn dành riêng cho dòng mầm: – Thiết bị MiSeqDx, sử dụng Mơ-đun biến thể dịng mầm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ), thiết kế để cung cấp kết định tính cho phát biến thể dịng mầm (ví dụ: đồng hợp tử, dị hợp tử, thể dại) – Khi sử dụng với Mơ-đun biến thể dịng mầm, phạm vi tối thiểu cần thiết amplicon để phát biến thể xác 150x Do đó, cần có 150 phân đoạn DNA hỗ trợ, tương đương với 300 đoạn đọc kết đôi chồng lấn Số lượng mẫu tổng số base nhắm mục tiêu ảnh hưởng đến phạm vi Hàm lượng GC hàm lượng hệ gen khác ảnh hưởng đến phạm vi Tài liệu số 1000000030849 v04 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Tờ hướng dẫn sử dụng Bộ kit MiSeqDx Reagent v3 – Sự thay đổi số lượng ảnh hưởng đến việc xác định biến thể đồng hợp tử hay dị hợp tử – Các biến thể trường hợp lặp lại định lọc khỏi tệp VCF Bộ lọc lặp lại RMxN sử dụng để lọc biến thể tất phần trình tự biến thể xuất lặp lặp lại hệ gen tham chiếu liền kề với vị trí biến thể Đối với phát biến thể dịng mầm, cần trình tự lặp lại tham chiếu để lọc biến thể xét trình tự lặp lại có độ dài tối đa bp (R5x9) • Các giới hạn dành riêng cho sinh dưỡng: – Thiết bị MiSeqDx, sử dụng Mô-đun biến thể sinh dưỡng Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ), thiết kế để cung cấp kết định tính cho phát biến thể sinh dưỡng (ví dụ: diện biến thể sinh dưỡng có tần số biến thể lớn 0,026 với giới hạn phát 0,05) – Khi sử dụng với Mô-đun biến thể sinh dưỡng, phạm vi tối thiểu cần thiết amplicon để phát biến thể xác 450x nhóm gộp oligonucleotide Do đó, cần có 450 phân đoạn DNA hỗ trợ nhóm gộp oligonucleotide, tương đương với 900 đoạn đọc kết đôi chồng lấn Số lượng mẫu tổng số base nhắm mục tiêu ảnh hưởng đến phạm vi Hàm lượng GC hàm lượng hệ gen khác ảnh hưởng đến phạm vi – Đối với phát biến thể sinh dưỡng, cần trình tự lặp lại tham chiếu để lọc biến thể xét trình tự lặp lại có độ dài tối đa bp (R3x6) – Mô-đun biến thể sinh dưỡng phân biệt biến thể dịng mầm sinh dưỡng Mơđun thiết kế để phát biến thể loạt tần số biến thể, sử dụng tần số biến thể để phân biệt biến thể sinh dưỡng với biến thể dòng mầm – Mơ bình thường mẫu xét nghiệm ảnh hưởng đến việc phát biến thể Giới hạn phát báo cáo dựa tần số biến thể liên quan đến tổng số DNA tách chiết từ mơ khối u mơ bình thường Thành phần sản phẩm Bộ kit Illumina MiSeqDx Reagent v3, Danh mục số 20037124 bao gồm: • Dung dịch đệm pha lỗng thư viện, tế bào dòng chảy thuốc thử hậu khuếch đại Các thuốc thử cung cấp Bộ kit thuốc thử Illumina MiSeqDx v3 thuốc thử vật tư tiêu hao dùng lần cho lần chạy giải trình tự nhiều thư viện mẫu thiết bị MiSeqDx Số lượng thư viện mẫu phụ thuộc vào cấp độ ghép kênh mà phương thức chuẩn bị thư viện ngược hướng hỗ trợ Xem bảng sau để biết danh sách đầy đủ thuốc thử cung cấp kit Tài liệu số 1000000030849 v04 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Tờ hướng dẫn sử dụng Bộ kit MiSeqDx Reagent v3 Bộ kit thuốc thử MiSeqDx v3, hộp Bảng Thuốc thử hậu khuếch đại hộp Thành phần Số lượng Dung dịch đệm pha ống Thể tích đóng gói 4,5 ml Thành phần hoạt tính Bảo quản Dung dịch nước đệm -25°C đến loãng thư viện -15°C Hộp thuốc thử MiSeqDx cho v3 (Ghi nhãn RFID) hộp Có nhiều mức Hộp nạp sẵn dùng -25°C đến lần -15°C Bộ kit thuốc thử MiSeqDx v3, hộp Bảng Thuốc thử hậu khuếch đại hộp Thành phần Dung dịch SBS Số Thể tích lượng đóng gói chai 500 ml Thành phần hoạt tính Dung dịch nước đệm Bảo quản 2°C MiSeqDx (PR2) (Ghi đến nhãn RFID) 8°C Tế bào dòng chảy cho Khơng Tế bào dịng chảy thủy tinh, kết đôi, dùng 2°C MiSeqDx (Ghi nhãn áp dụng lần dung dịch nước đệm đến RFID) hộp 8°C Bảo quản xử lý • Nhiệt độ phịng khoảng nhiệt độ từ 15°C đến 30°C • Các thuốc thử sau vận chuyển đông lạnh ổn định bảo quản nhiệt độ từ -25°C đến -15°C ngày hết hạn theo quy định – – Dung dịch đệm pha loãng thư viện Hộp thuốc thử MiSeqDx v3 LƯU Ý: Dung dịch đệm pha loãng thư viện Hộp thuốc thử MiSeqDx v3 vật tư dùng lần ổn định tối đa lần rã đơng nhiệt độ phịng trước ngày hết hạn theo quy định Sau rã đông, hộp thuốc thử phải nạp thư viện mẫu đưa vào chạy thiết bị MiSeqDx Hoặc, bạn bảo quản hộp thuốc thử rã đông nhiệt độ từ 2°C đến 8°C tối đa giờ, sau nạp thư viện mẫu đưa vào chạy thiết bị MiSeqDx Tài liệu số 1000000030849 v04 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Tờ hướng dẫn sử dụng Bộ kit MiSeqDx Reagent v3 • Các thuốc thử sau vận chuyển trạng thái làm lạnh ổn định bảo quản nhiệt độ từ 2°C đến 8°C ngày hết hạn theo quy định – – Dung dịch SBS MiSeqDx (PR2) Tế bào dòng chảy MiSeqDx Dung dịch SBS MiSeqDx (PR2) Tế bào dòng chảy MiSeqDx vật tư dùng lần • Những thay đổi hình thức bên ngồi thuốc thử cho thấy dấu hiệu vật liệu bị hư hỏng Nếu có thay đổi hình thức bên ngồi (ví dụ: màu sắc thuốc thử thay đổi rõ ràng thuốc thử bị vẩn đục rõ ràng nhiễm vi sinh vật), không sử dụng thuốc thử Thiết bị vật liệu cần tự chuẩn bị, bán riêng • Thiết bị MiseqDx, danh mục số DX-410-1001 Cảnh báo biện pháp phòng ngừa THẬN TRỌNG Luật liên bang cho phép thiết bị bán theo yêu cầu bác sĩ bác sĩ hành nghề khác cấp phép theo luật Tiểu bang nơi bác sĩ hành nghề, sử dụng yêu cầu sử dụng thiết bị CẢNH BÁO Bộ thuốc thử chứa hóa chất độc hại tiềm ẩn Có thể xảy thương tích cá nhân hít phải, nuốt phải, tiếp xúc với da mắt Mang thiết bị bảo hộ, bao gồm bảo vệ mắt, găng tay áo chồng phịng thí nghiệm tương ứng với nguy phơi nhiễm Xử lý thuốc thử sử dụng chất thải hóa học thải bỏ theo luật quy định hành địa phương, quốc gia khu vực Để biết thêm thông tin môi trường, sức khỏe an toàn, xem bảng liệu an toàn (SDS) địa support.illumina.com/sds.html (Xem mục Thuốc thử trang để biết thêm thông tin.) • Việc khơng tn thủ quy trình nêu dẫn đến kết sai chất lượng mẫu giảm sút đáng kể Tài liệu số 1000000030849 v04 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Tờ hướng dẫn sử dụng Bộ kit MiSeqDx Reagent v3 • Sử dụng biện pháp phòng ngừa thường quy phịng thí nghiệm Khơng dùng pipet miệng Khơng ăn uống hút thuốc khu vực làm việc định Đeo găng tay mặc áo khốc phịng thí nghiệm dùng lần xử lý mẫu xét nghiệm thuốc thử xét nghiệm Rửa tay kỹ sau xử lý mẫu xét nghiệm thuốc thử xét nghiệm • Yêu cầu áp dụng phương pháp thực hành phịng thí nghiệm thích hợp vệ sinh phịng thí nghiệm để ngăn chặn sản phẩm PCR làm nhiễm bẩn thuốc thử, thiết bị đo mẫu DNA hệ gen Tình trạng nhiễm bẩn PCR khiến cho kết khơng xác khơng đáng tin cậy • Để tránh tình trạng nhiễm bẩn, đảm bảo khu vực tiền khuếch đại hậu khuếch đại có thiết bị chuyên dụng (ví dụ: pipet, đầu pipet, máy trộn mẫu máy ly tâm) • Việc ghép cặp mẫu-chỉ thị phải khớp xác với cách bố trí khay in Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) tự động điền mồi thị liên kết với tên mẫu tên mẫu nhập vào mô-đun Xác minh mồi thị liên kết với mẫu trước bắt đầu chạy giải trình tự Mẫu khơng khớp với cách bố trí khay in dẫn đến việc khả nhận dạng mẫu dương tính báo cáo kết khơng xác • Báo cáo cố nghiêm trọng liên quan đến sản phẩm cho Illumina Cơ quan có thẩm quyền Quốc gia thành viên nơi người dùng và/hoặc bệnh nhân cư trú Hướng dẫn sử dụng Xem Tờ hướng dẫn sử dụng thiết bị MiSeqDx dành cho khu vực bạn phiên phần mềm thiết bị bạn sử dụng Đặc điểm hiệu suất Xem Tờ hướng dẫn sử dụng thiết bị MiSeqDx dành cho khu vực bạn phiên phần mềm thiết bị bạn sử dụng Tài liệu số 1000000030849 v04 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Tờ hướng dẫn sử dụng Bộ kit MiSeqDx Reagent v3 Lịch sử sửa đổi Số tài liệu Số tài liệu 1000000030849 v04 Ngày Tháng 11 năm 2021 Mô tả thay đổi Cập nhật tài liệu tham khảo cho Tờ hướng dẫn sử dụng thiết bị MiSeqDx Cập nhật phần Các giới hạn quy trình phần Cảnh báo biện pháp phòng ngừa (làm rõ thêm) Cập nhật số chi tiết nhỏ cho phù hợp với văn phong tiêu chuẩn tài liệu hướng dẫn Illumina Số tài liệu 1000000030849 v03 Tháng 2021 Cập nhật địa Đại diện ủy quyền châu Âu Bổ sung bảng Lịch sử sửa đổi Bằng sáng chế nhãn hiệu Tài liệu nội dung thuộc quyền sở hữu Illumina, Inc công ty liên kết Illumina, Inc ("Illumina") dành cho việc sử dụng theo hợp đồng với khách hàng Illumina liên quan đến việc sử dụng (các) sản phẩm mô tả tài liệu khơng dành cho mục đích khác Tài liệu nội dung khơng sử dụng hay phân phối mục đích khác và/hoặc khơng truyền tải, tiết lộ hay chép hình thức khác mà khơng có cho phép trước văn Illumina Illumina không chuyển nhượng giấy phép theo sáng chế, nhãn hiệu, quyền quyền theo thông luật quyền tương tự bên thứ ba thông qua tài liệu Các hướng dẫn nêu tài liệu phải tuân thủ nghiêm ngặt rõ ràng cá nhân đào tạo phù hợp có đủ trình độ nhằm đảm bảo sử dụng an toàn cách (các) sản phẩm mô tả tài liệu Phải đọc hiểu hoàn toàn tất nội dung tài liệu trước sử dụng (các) sản phẩm VIỆC KHƠNG ĐỌC TOÀN BỘ VÀ TUÂN THỦ RÕ RÀNG TẤT CẢ CÁC HƯỚNG DẪN NÊU TRONG TÀI LIỆU NÀY CÓ THỂ DẪN ĐẾN GÂY HƯ HỎNG (CÁC) SẢN PHẨM, GÂY TỔN THƯƠNG CHO CON NGƯỜI, BAO GỒM NGƯỜI DÙNG HOẶC NHỮNG NGƯỜI KHÁC VÀ GÂY THIỆT HẠI TÀI SẢN KHÁC, VÀ SẼ LÀM MẤT HIỆU LỰC BẢO HÀNH ÁP DỤNG CHO (CÁC) SẢN PHẨM ĐĨ ILLUMINA KHƠNG CHỊU BẤT KỲ TRÁCH NHIỆM NÀO PHÁT SINH TỪ VIỆC SỬ DỤNG KHÔNG ĐÚNG CÁCH (CÁC) SẢN PHẨM ĐƯỢC MÔ TẢ TRONG TÀI LIỆU NÀY (BAO GỒM CẢ CÁC BỘ PHẬN CỦA SẢN PHẨM HOẶC PHẦN MỀM) © 2021 Illumina, Inc Bảo lưu quyền Tất nhãn hiệu tài sản Illumina, Inc chủ sở hữu tương ứng Để biết thông tin cụ thể nhãn hiệu, xem trang web www.illumina.com/company/legal.html Tài liệu số 1000000030849 v04 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Tờ hướng dẫn sử dụng Bộ kit MiSeqDx Reagent v3 Thông tin liên hệ Illumina 5200 Illumina Way Nhà bảo trợ Úc San Diego, California 92122 U.S.A Illumina Australia Pty Ltd +1.800.809,ILMN (4566) Nursing Association Building +1.858.202.4566 (ngoài khu vực Bắc Mỹ) Level 3, 535 Elizabeth Street techsupport@illumina.com www.illumina.com Illumina Netherlands B.V Steenoven 19 Melbourne, VIC 3000 Australia 5626 DK Eindhoven Hà Lan Thơng tin nhãn sản phẩm Để có thông tin tham chiếu đầy đủ ký hiệu xuất bao bì nhãn sản phẩm, tham khảo giải ký hiệu cho kit bạn địa support.illumina.com Tài liệu số 1000000030849 v04 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM