(LUẬN văn THẠC sĩ) đánh giá khả năng định loại các loài thuộc chi nhân sâm (panax l ) của một số vùng gen thuộc hệ gen lục lạp

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC QUY NHƠN NGUYỄN THỊ MỸ AN ĐÁNH GIÁ KHẢ NĂNG ĐỊNH LOẠI CÁC LOÀI THUỘC CHI NHÂN SÂM (Panax L.) CỦA MỘT SỐ VÙNG GEN THUỘC HỆ GEN LỤC LẠP LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Bình Định - Năm 2019 download by : skknchat@gmail.com BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC QUY NHƠN NGUYỄN THỊ MỸ AN ĐÁNH GIÁ KHẢ NĂNG ĐỊNH LOẠI CÁC LOÀI THUỘC CHI NHÂN SÂM (Panax L.) CỦA MỘT SỐ VÙNG GEN THUỘC HỆ GEN LỤC LẠP Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số : 42 01 14 Người hướng dẫn: TS Lê Thị Thu Hiền TS Nguyễn Thị Mộng Điệp download by : skknchat@gmail.com LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu tơi hướng dẫn khoa học TS Lê Thị Thu Hiền TS Nguyễn Thị Mộng Điệp Luận văn thực khn khổ đề tài: “Giải trình tự phân tích hệ gen phiên mã (transcriptome) Sâm Ngọc Linh (Panax vietnamensis Ha et Grushv.)” Phòng Đa dạng sinh học hệ gen, Viện Nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam Các số liệu, kết nghiên cứu luận văn trung thực chưa công bố hình thức Nếu có điều khơng nêu, tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm nội dung luận văn Người cam đoan Nguyễn Thị Mỹ An download by : skknchat@gmail.com LỜI CẢM ƠN Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến TS Lê Thị Thu Hiền, Viện Nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam nhiệt tình hướng dẫn tạo điều kiện cho thực đề tài luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn TS Nguyễn Thị Mộng Điệp, Khoa Sinh – KTNN, Trường Đại học Quy Nhơn tận tình bảo hỗ trợ tơi giải vấn đề khó khăn trường suốt trình học tập hồn thành luận văn Nhân dịp này, xin gửi lời cảm ơn tới Ban Lãnh đạo cán Viện Nghiên cứu hệ gen, cán phòng Đa dạng sinh học hệ gen, đặc biệt ThS Nguyễn Nhật Linh ThS Phạm Lê Bích Hằng nhiệt tình giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi cho tơi suốt q trình thực đề tài Tôi xin cảm ơn Ban Giám hiệu Trường Đại học Quy Nhơn, Phòng Đào tạo sau Đại học, Ban Chủ nhiệm Khoa Sinh – KTNN tồn thể q thầy truyền đạt cho tơi kiến thức quý báu thời gian học tập rèn luyện trường Cuối cùng, xin gửi lời cảm ơn chân thành tới gia đình, người thân, bạn bè tập thể lớp Sinh học thực nghiệm K20 giúp đỡ, động viên suốt trình học tập trình thực đề tài Tơi xin chân thành cảm ơn! Bình Định, tháng năm 2019 Học viên Nguyễn Thị Mỹ An download by : skknchat@gmail.com MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN LỜI CẢM ƠN DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT DANH MỤC CÁC BẢNG DANH MỤC CÁC HÌNH MỞ ĐẦU 1 Lý lựa chọn đề tài Mục tiêu nghiên cứu Ý nghĩa khoa học thưc tiễn đề tài 3.1 Ý nghĩa khoa học 3.2 Ý nghĩa thực tiễn Cấu trúc luận văn Những đóng góp đề tài Chương TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Giới thiệu chi Nhân sâm 1.1.1 Đặc điểm thực vật 1.1.2 Thành phần hóa học 1.1.3 Giá trị y học kinh tế chi Nhân sâm 1.2 Đặc điểm số loài thuộc chi Nhân sâm Việt Nam 1.2.1 Sâm Ngọc Linh 1.2.1.1 Đặc điểm hình thái sinh thái thực vật 1.2.1.2 Thành phần hóa học tác dụng dược lý 1.2.2 Sâm Vũ diệp 1.2.2.1 Đặc điểm hình thái sinh thái thực vật 1.2.2.2 Thành phần hóa học tác dụng dược lý 10 1.2.3 Tam thất hoang 11 download by : skknchat@gmail.com 1.2.3.1 Đặc điểm hình thái sinh thái thực vật 11 1.2.3.2 Thành phần hóa học tác dụng dược lý 12 1.3 Phân loại học loài thuộc chi Nhân sâm 12 1.4 Mã vạch DNA 13 1.4.1 Định nghĩa mã vạch phân tử 13 1.4.2 Ý nghĩa ứng dụng mã vạch phân tử 14 1.4.3 Các vùng gen sử dụng nghiên cứu mã vạch phân tử 16 1.4.4 Ứng dụng.mã vạch phân tử chi Nhân sâm 17 1.5 Phân tích phát sinh chủng loại 20 Chương ĐỐI TƯỢNG, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 23 2.1 Đối tượng nghiên cứu 23 2.1.1 Mẫu nghiên cứu 23 2.1.2 Các cặp mồi sử dụng nghiên cứu 25 2.1.3 Hóa chất 25 2.1.4 Thiết bị dụng cụ 26 2.2 Địa điểm thời gian nghiên cứu 27 2.3 Nội dung nghiên cứu 27 2.4 Phương pháp nghiên cứu 27 2.4.1 Phương pháp tách chiết DNA tổng số 27 2.4.2 Phương pháp điện di DNA gel agarose 28 2.4.3 Nhân vùng trình tự DNA kỹ thuật PCR 29 2.4.4 Phương pháp tinh sản phẩm PCR 30 2.4.5 Phương pháp xác định trình tự gen 31 2.4.6 Phương pháp phân tích trình tự xây dựng phát sinh chủng loại 32 Chương KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ BÀN LUẬN 33 download by : skknchat@gmail.com 3.1 Kết tách chiết DNA tổng số từ mẫu nghiên cứu 33 3.2 Kết khuếch đại vùng gen nghiên cứu kỹ thuật PCR 34 3.3 Kết phân tích xác định trình tự vùng gen nghiên cứu 36 3.3.1 Kết tìm kiếm liệu tham chiếu 36 3.3.2 Kết giải trình tự vùng gen nghiên cứu 37 3.3.3 Kết so sánh trình tự vùng gen trnC – rps16, trnS – trnG, petB, trnE – trnM mẫu nghiên cứu tham chiếu 40 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 71 KẾT LUẬN 71 KIẾN NGHỊ 71 DANH MỤC TÀI LIỆU THAM KHẢO 72 PHỤ LỤC QUYẾT ĐỊNH GIAO ĐỀ TÀI LUẬN VĂN THẠC SĨ (Bản sao) download by : skknchat@gmail.com DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Tên viết tắt Tên đầy đủ DNA Deoxyribonucleic acid bp Base pair v/p Vòng/ phút PCR Polymerase Chain Reaction NCBI National Center for Biotechnology Information kb Kilo base ML Maximum Likelihood NJ Neighbor Joining STT download by : skknchat@gmail.com DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 2.1 Địa điểm thu mẫu sâm nghiên cứu 24 Bảng 2.2 Thông tin mồi sử dụng nghiên cứu 25 Bảng 2.3 Thành phần PCR 29 Bảng 2.4 Chu trình nhiệt PCR 30 Bảng 2.5 Chu trình nhiệt sử dụng để PCR nhân vùng gen nghiên cứu 30 Bảng 3.1 Kết đo nồng độ độ tinh mẫu DNA 34 Bảng 3.2 Trình tự tham chiếu sử dụng nghiên cứu 36 Bảng 3.3 Số liệu mã vạch DNA chi Nhân sâm sử dụng nghiên cứu 38 Bảng 3.4 Tỷ lệ phần trăm tương đồng trình tự vùng mã vạch DNA lồi thuộc chi Nhân sâm với trình tự GenBank 41 download by : skknchat@gmail.com DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Sâm Ngọc Linh Hình 1.2 Sâm Vũ diệp Hình 1.3 Tam thất hoang 11 Hình 1.4 Biểu đồ mật độ SNPs 19 Hình 1.5 Phân tích đánh giá mật độ SNPs (mPTP) 20 Hình 2.1 Các mẫu sâm sử dụng nghiên cứu 24 Hình 3.1 Kết điện di sản phẩm tách chiết DNA tổng số 33 Hình 3.2 Kết điện di sản phẩm PCR khuếch đại vùng gen mẫu nghiên cứu 35 Hình 3.3 Kết giải trình tự vùng gen trnC – rps16, trnS – trnG, petB, trnE – trnM mẫu CP13 .40 Hình 3.4 Độ tương đồng trình tự vùng gen nghiên cứu thuộc chi Nhân sâm 42 Hình 3.5 Kết so sánh trình tự vùng gen trnC – rps16 mẫu thực vật nghiên cứu thuộc chi Nhân sâm 47 Hình 3.6 Cây phát sinh chủng loại xây dựng dựa vùng gen trnC – rps16 mẫu thực vật nghiên cứu thuộc chi Nhân sâm theo phương pháp Maximum Likelihood (A) Neighbor Joining (B) 48 Hình 3.7 Kết so sánh trình tự vùng gen trnS – trnG mẫu thực vật nghiên cứu thuộc chi Nhân sâm 53 Hình 3.8 Cây phát sinh chủng loại xây dựng dựa vùng gen trnS – trnG mẫu thực vật nghiên cứu thuộc chi Nhân sâm theo phương pháp Maximum Likelihood (A) Neighbor Joining (B) 55 Hình 3.9 Kết so sánh trình tự vùng gen petB mẫu thực vật nghiên cứu thuộc chi Nhân sâm 60 download by : skknchat@gmail.com Vùng gen trnS – trnG  Mẫu CP13  Mẫu MH1 download by : skknchat@gmail.com  Mẫu MR3  Mẫu PL73 download by : skknchat@gmail.com  Mẫu TG07 download by : skknchat@gmail.com Mẫu TX1  Mẫu SVD download by : skknchat@gmail.com  Mẫu TTH  Mẫu SLC download by : skknchat@gmail.com download by : skknchat@gmail.com Vùng gen petB  Mẫu CP13  Mẫu MH1 download by : skknchat@gmail.com  Mẫu MR3  Mẫu PL73 download by : skknchat@gmail.com Mẫu TX1  Mẫu TG07 download by : skknchat@gmail.com Mẫu SVD  Mẫu TTH download by : skknchat@gmail.com  Mẫu SLC download by : skknchat@gmail.com Vùng gen trnE – trnM  Mẫu CP13  Mẫu MH1 download by : skknchat@gmail.com Mẫu MR3  Mẫu PL73  Mẫu TG07 download by : skknchat@gmail.com  Mẫu TX1  Mẫu SVD download by : skknchat@gmail.com  Mẫu TTH  Mẫu SLC download by : skknchat@gmail.com ... sâm (Panax L. ) số vùng gen thuộc hệ gen l? ??c l? ??p” nhằm đánh giá khả định loại download by : skknchat@gmail.com mã vạch DNA tiềm có nguồn gốc từ hệ gen l? ??c l? ??p nghiên cứu thực nghiệm với loài thuộc. .. trnE – trnM, thực đề tài: ? ?Đánh giá khả định loại loài thuộc chi Nhân sâm (Panax L. ) số vùng gen thuộc hệ gen l? ??c l? ??p” Mục tiêu đề tài phân tích đánh giá khả định loại mã vạch DNA tiềm thơng...BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC QUY NHƠN NGUYỄN THỊ MỸ AN ĐÁNH GIÁ KHẢ NĂNG ĐỊNH LOẠI CÁC LOÀI THUỘC CHI NHÂN SÂM (Panax L. ) CỦA MỘT SỐ VÙNG GEN THUỘC HỆ GEN L? ??C L? ??P Chuyên ngành: