(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể

(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể

ĐOÀN THỊ NHUNG BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VN HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ Đồn Thị Nhung SINH HỌC THỰC NGHIỆM NGHIÊN CỨU MỐI TƯƠNG QUAN DI TRUYỀN GIỮA NGƯỜI VIỆT CỔ - THUỘC GIAI ĐOẠN HẬU THỜI KỲ ĐỒ ĐÁ MỚI – VỚI NGƯỜI VIỆT HIỆN ĐẠI BẰNG PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ TỒN BỘ HỆ GEN TY THỂ LUẬN VĂN THẠC SĨ NGÀNH SINH HỌC 2021 Hà Nội - 2021 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VN HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ Đồn Thị Nhung NGHIÊN CỨU MỐI TƯƠNG QUAN DI TRUYỀN GIỮA NGƯỜI VIỆT CỔ - THUỘC GIAI ĐOẠN HẬU THỜI KỲ ĐỒ ĐÁ MỚI – VỚI NGƯỜI VIỆT HIỆN ĐẠI BẰNG PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ TỒN BỘ HỆ GEN TY THỂ LUẬN VĂN THẠC SĨ NGÀNH SINH HỌC Hà Nội - 2021 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VN HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ Đồn Thị Nhung NGHIÊN CỨU MỐI TƯƠNG QUAN DI TRUYỀN GIỮA NGƯỜI VIỆT CỔ - THUỘC GIAI ĐOẠN HẬU THỜI KỲ ĐỒ ĐÁ MỚI – VỚI NGƯỜI VIỆT HIỆN ĐẠI BẰNG PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ TỒN BỘ HỆ GEN TY THỂ Chun ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 42 01 14 LUẬN VĂN THẠC SĨ NGÀNH SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS.TS Chu Hoàng Hà Hà Nội - 2021 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đề tài nghiên cứu luận văn cơng trình nghiên cứu tơi nhóm nghiên cứu góp ý người hướng dẫn Đồng thời, kết chưa xuất nghiên cứu Các số liệu, kết nêu luận văn trung thực sai tơi hồn tồn chịu trách nhiệm Học viên cao học ii LỜI CẢM ƠN Đầu tiên xin gửi lời cảm ơn đến thầy hướng dẫn PGS.TS Chu Hồng Hà, khơng có hỗ trợ tận tình suốt q trình tơi khơng thể hồn thành luận văn Tơi xin cảm ơn nhân viên lãnh đạo Trung tâm Giám định ADN Phịng thí nghiệm trọng điểm Công nghệ Gen, Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam, giúp đỡ tơi có thêm nhiều kiến thức kinh nghiệm bước tiến hành luận văn Bên cạnh đó, xin cảm ơn Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam thành viên đề tài “Nghiên cứu giải trình tự gen mẫu xương khảo cổ Việt Nam nhằm cung cấp thông tin di truyền cho nghiên cứu đa dạng sinh học người khảo cổ học”, mã số đề tài: DL0000.08/20-22 giúp đạt kết luận văn Không thể thiếu lời cảm ơn đến ban Lãnh đạo, phòng Đào tạo, phòng chức Học viện Khoa học Công nghệ để luận văn hồn thành Cuối cùng, tơi xin chân thành cảm ơn nhận ủng hộ, giúp đỡ từ gia đình bạn bè suốt trình làm luận văn iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ CÁI VIẾT TẮT v DANH MỤC BẢNG vi DANH MỤC HÌNH vii MỞ ĐẦU 1 Lý chọn đề tài Mục đích nghiên cứu Nội dung nghiên cứu Cơ sở khoa học tính thực tiễn Những đóng góp luận văn CHƯƠNG TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU 1.1 Tình hình nghiên cứu giới 1.1.1 Lịch sử loài người qua nghiên cứu di truyền khảo cổ học 1.1.2 Lồi người khu vực Đơng Nam Á Việt Nam qua nghiên cứu di truyền khảo cổ 1.1.3 Các thị di truyền sử dụng nghiên cứu mẫu xương khảo cổ 1.1.4 Ứng dụng cơng nghệ giải trình tự gen nghiên cứu mẫu khảo cổ 10 CHƯƠNG ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 18 2.1 ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU 18 2.1.1 Người Việt cổ sinh sống giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá 18 2.1.2 Người Việt đại 18 2.2 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 18 2.2.1 Tách chiết DNA ty thể giải trình tự hệ thống máy Ion S5™ (Thermo Fisher Scientific) 18 2.2.2 Phân tích đánh giá chất lượng giải trình tự hệ thống Ion S5™ phần mềm FastQC 21 2.2.3 Map đoạn đọc (reads) với hệ gen tham chiếu lọc chất lượng phần mềm bwa, samtools 21 iv 2.2.4 Ước tính mẫu bị tổn thương (deamination) chỉnh lại file BAM phần mềm mapDamage 21 2.2.5 Gọi biến thể (variants) tạo VCF (Variant Call Format) 22 2.2.6 Tạo file consensus kiểm tra nhiễm với Schmutzi 22 2.2.7 Xác định nhóm haplogroup HaploGrep2 23 2.2.8 Dựng phát sinh chủng loại thông qua phần mềm MEGA 23 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 24 3.1 Kết tách chiết DNA ty thể giải trình tự hệ thống máy Ion S5™ (Thermo Fisher Scientific) 24 3.1.1 Kết tách chiết DNA ty thể 24 3.2 Phân tích đánh giá chất lượng giải trình tự hệ thống Ion S5™ phần mềm FastQC 32 3.3 Map đoạn đọc (reads) với hệ gen tham chiếu lọc chất lượng phần mềm bwa, samtools 35 3.4 Ước tính mẫu bị tổn thương (deamination) chỉnh lại file BAM phần mềm mapDamage 37 3.5 Gọi biến thể (variants) tạo VCF (Variant Call Format) 39 3.6 Tạo file consensus kiểm tra nhiễm với Schmutzi 41 3.7 Xác định nhóm haplogroup HaploGrep2 43 3.8 Dựng phát sinh chủng loại thông qua phần mềm MEGA 45 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 58 KẾT LUẬN 58 KIẾN NGHỊ 58 DANH MỤC CƠNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ 59 DANH MỤC TÀI LIỆU THAM KHẢO 60 v DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ CÁI VIẾT TẮT STT Tên viết tắt Tên đầy đủ DNA Deoxyribonucleic acid mtDNA Mitochondiral DNA H sapiens Homo sapiens H erectus Homo erectus H floresiensis Homo floresiensis NST Nhiễm sắc thể NRY Non-recombining portion of the Y chromosome Autosomal STRs Autosomal short tandem repeats SNPs Single nucleotide polymorphisms 10 PCR Polymerase chain reaction 11 GWAS Genome-wide association study 12 AMHs Anatomically modern Homo sapiens 13 TCN Trước công nguyên 14 EDTA Ethylenediaminetetraacetic acid 15 AFDIL Armed Forces DNA Identification Laboratory 16 rCRS revised Cambridge Reference Sequence 17 USA United States of America 18 HV1 Hypervariable segment 19 VCF Variant Call Format 20 BCF Binary variant call format 21 RSRS Reconstructed Sapiens Reference Sequence vi DANH MỤC BẢNG Bảng Một số loại thị sử dụng nghiên cứu lịch sử loài người Bảng 3.1: Kết kiểm tra nồng độ DNA đầu vào sử dụng Quantifiler Trio kit (ThermoFisher, USA) 30 Bảng 3.2: Kết định lượng thư viện sau chuẩn bị Ion Library Taqman Quantification kit (ThermoFisher, USA) 30 Bảng 3.3: Chất lượng trình tự thu CCNM24WG CCNM55WG 34 Bảng 3.4: Thông tin mẫu lựa chọn để xây dựng phát sinh lồi 45 Bảng 3.5: Thơng tin mẫu thuộc hai nhánh xanh dương đỏ 53 vii DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Mơ hình mtDNA người 12 Hình 2.1: Quy trình làm việc Schmutzi ( Renaud G et al., 2015) 22 Hình 3.1: Mẫu xương đùi – K1A06 24 Hình 3.2: Mẫu xương K1B07 24 Hình 3.3: Mẫu xương dài - K1B05 25 Hình 3.4: Mẫu xương dài mảnh xương nhỏ K1B10A 25 Hình 3.5: Mẫu xương K1B08 26 Hình 3.6: Mẫu xương gãy nát K1B10 26 Hình 3.7: Các mẫu xương sau nghiền mịn 27 Hình 3.8: Kết điện di sản phẩm PCR với cặp mồi miniset PS1 PS2 gel agarose 2% 28 Hình 3.9: Các thơng số q trình giải trình tự 31 Hình 3.10: Chất lượng trình tự mẫu xương cổ thứ (CCNM24WG) 32 Hình 3.11: Chất lượng trình tự mẫu xương cổ thứ hai (CCNM55WG) 32 Hình 3.12: File đầu thu từ samtools 36 Hình 3.13: Thơng tin tổn thương DNA cổ đại mẫu CCNM24WG tạo mapDamage 2.0 37 Hình 3.14: Thơng tin tổn thương DNA cổ đại mẫu CCNM55WG tạo mapDamage 2.0 38 Hình 3.15: Một phần file vcf đầu 40 Hình 3.16: Kết chạy schmutzi 42 Hình 3.17: Cây phát sinh chủng loại người Việt cổ người cổ thuộc số nước giai đoạn 51 Hình 3.18: Cây phát sinh chủng loại người Việt cổ, người cổ thuộc số nước giai đoạn người Việt đại 55 ... CƠNG NGHỆ Đồn Thị Nhung NGHIÊN CỨU MỐI TƯƠNG QUAN DI TRUYỀN GIỮA NGƯỜI VIỆT CỔ - THUỘC GIAI ĐOẠN HẬU THỜI KỲ ĐỒ ĐÁ MỚI – VỚI NGƯỜI VIỆT HIỆN ĐẠI BẰNG PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ TOÀN BỘ HỆ GEN TY THỂ Chuyên... Mục đích nghiên cứu Phân lập tách chiết DNA ty thể (mtDNA) từ mẫu người Việt cổ Ước đoán mối liên hệ di truyền người Việt cổ hậu thời kỳ đồ đá với người Việt đại người Việt cổ số người cổ thuộc. .. đầu cung cấp thêm chứng phân tử tồn người Việt cổ đại mối quan hệ di truyền người Việt cổ người Việt đại người Việt cổ với người cổ thuộc số nước Đông Nam Á thời đại, văn hoá 23 2.2.7 Xác